View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9030_low_15 (Length: 343)

Name: NF9030_low_15
Description: NF9030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9030_low_15
NF9030_low_15
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (15-326)||(4653336-4653647)
chr7 (16-287)||(4845984-4846255)
chr7 (16-287)||(4712044-4712315)
chr7 (16-290)||(4697159-4697433)
chr7 (18-287)||(4666790-4667062)
chr7 (16-290)||(4783804-4784078)
chr7 (16-290)||(4816233-4816507)
chr7 (15-272)||(4863792-4864049)
chr7 (192-276)||(4672542-4672626)
chr7 (22-287)||(4643526-4643791)
chr7 (20-140)||(4636859-4636979)
chr7 (192-287)||(4630782-4630877)
chr7 (16-240)||(4662893-4663117)
chr7 (20-98)||(4630971-4631049)
chr7 (28-143)||(4672675-4672790)
chr7 (231-287)||(4647388-4647444)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-290)||(18925715-18925985)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 15 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 4653647 - 4653336
Alignment:
Q  15 cacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4653647 cacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggat 4653548  T
Q  115 aaaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcata 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4653547 aaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatggagcaatgctcgtttgattcctgttcata 4653448  T
Q  215 aggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctacagagagcaactaaccacacaaaata 314  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653447 aggattatgttgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctacagagagcaactaaccacacaaaata 4653348  T
Q  315 tcgtgatgtcat 326  Q
     || ||||||||    
T  4653347 ccgcgatgtcat 4653336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 4845984 - 4846255
Alignment:
Q  16 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaata 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  || || ||||||||    
T  4845984 acagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaata 4846083  T
Q  116 aaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataa 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||| | ||||||| |||||||  |||||   || |    || |||||||||||||    
T  4846084 aaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgattttttggagtggtggtaacatgattcctgttcataa 4846183  T
Q  216 ggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 287  Q
    ||||||||||||||  ||  ||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4846184 ggattatgctgtgaaaatctactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaatctttcaatcaagct 4846255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 4712044 - 4712315
Alignment:
Q  16 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaata 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||    
T  4712044 acagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaata 4712143  T
Q  116 aaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataa 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||| | | ||||| |||||||  |||||   || |    || |||||||||||||    
T  4712144 aaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatttactggagtggtggtaacatgattcctgttcataa 4712243  T
Q  216 ggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 287  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||| || | |||||| || |||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  4712244 ggattatgctgtgaaaatgtactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaacctttcaattaagct 4712315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 290
Target Start/End: Original strand, 4697159 - 4697433
Alignment:
Q  16 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaata 115  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||  || |||||| ||||    
T  4697159 acagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaata 4697258  T
Q  116 aaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataa 215  Q
     |||||||||||| || || ||||| ||   | ||   ||||| ||   ||| ||||| |||||||| ||||| | | ||| | ||||||||||||||||    
T  4697259 taggtgatagagtctttcaaatattcatagctaatactttggcggagataaacgctgatgtgatttcttggagtactactcctatggttcctgttcataa 4697358  T
Q  216 ggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctaca 290  Q
     |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  4697359 agattatgctgtgtctatgcactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagacttaatctttcaatcaagctaca 4697433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4667062 - 4666790
Alignment:
Q  18 agaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaa 117  Q
    |||| |||| ||||| || ||||||||  ||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  4667062 agagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatcca 4666963  T
Q  118 ggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagca---atgctcgtttggttcctgttcata 214  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  ||||| |  ||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| |    || |||| |||||||||||||||    
T  4666962 ggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaaccaagggctgacgtgctttattggagtagtggtgttcgtatggttcctgttcata 4666863  T
Q  215 aggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 287  Q
    ||||||||||  |||||||| | ||| ||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  4666862 aggattatgccttgactatggattctcaaggagggagccgtcaaattgaaagagttaatctttcaattaagct 4666790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 290
Target Start/End: Original strand, 4783804 - 4784078
Alignment:
Q  16 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaata 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |      
T  4783804 acagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacagg 4783903  T
Q  116 aaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataa 215  Q
    | ||||||||| |||| ||||| || ||  |||||   ||||||||||    |||||| |||||    |||||   ||||| ||||||||||||||||||    
T  4783904 atggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttggttcctgttcataa 4784003  T
Q  216 ggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctaca 290  Q
    ||||||||| |||||||||   ||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  4784004 ggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctaca 4784078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 290
Target Start/End: Original strand, 4816233 - 4816507
Alignment:
Q  16 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaata 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |      
T  4816233 acagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacagg 4816332  T
Q  116 aaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataa 215  Q
    | ||||||||| |||| ||||| || ||  |||||   ||||||||||    |||||| ||||| |  |||||   ||||| ||| ||||||||||||||    
T  4816333 atggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataa 4816432  T
Q  216 ggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctaca 290  Q
    ||||||||| |||||||||   ||| | |  |||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  4816433 ggattatgccgtgactatgggttctcatggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctaca 4816507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 4864049 - 4863792
Alignment:
Q  15 cacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaat 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |  ||| |  |||    
T  4864049 cacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaat 4863950  T
Q  115 aaaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcata 214  Q
    |||||||||||||  || ||||| || ||   | ||    |||||||   ||| ||||| |||||    ||||||  | ||||| |||||||||||||||    
T  4863949 aaaggtgatagagcctttcagattttcatagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgttcata 4863850  T
Q  215 aggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaa 272  Q
    |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4863849 aggattatactgtgtctataaactctgaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaa 4863792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 192 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 4672626 - 4672542
Alignment:
Q  192 tgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatctt 276  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4672626 tgctcgtatggttcctgttcataaggattatgctgtcactatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctt 4672542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643526
Alignment:
Q  22 gattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtg 121  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |  ||| |  ||||||||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtg 4643692  T
Q  122 atagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggatta 221  Q
    ||||||| || |||||||| ||  || |    |||| ||||  ||| || || |||||    |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4643691 atagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggatta 4643592  T
Q  222 tgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 287  Q
    |||  || ||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  4643591 tgcaatgtctatggactatcaagaaggaagctctcaacttgaaagagctaatctttcaatcaagct 4643526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4636979 - 4636859
Alignment:
Q  20 aggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaagg 119  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||    
T  4636979 aggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaagg 4636880  T
Q  120 tgatagagttttccagatatt 140  Q
    ||||||||| || ||||||||    
T  4636879 tgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 192 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4630877 - 4630782
Alignment:
Q  192 tgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 287  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4630877 tgctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcttatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagct 4630782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4663117 - 4662893
Alignment:
Q  16 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaata 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |  |||||  ||||    
T  4663117 acagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaata 4663018  T
Q  116 aaggtgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataa 215  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||  |||||   || | ||||  |   || || |||||    ||||| |||| |||| ||||||||||||||||    
T  4663017 aaggtgatagaatgtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggagtaatggtcgtatggttcctgttcataa 4662918  T
Q  216 ggattatgctgtgactatgcactct 240  Q
    |||||||| |||||||||| |||||    
T  4662917 ggattatggtgtgactatgtactct 4662893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 4631049 - 4630971
Alignment:
Q  20 aggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttga 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||    
T  4631049 aggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672675
Alignment:
Q  28 aatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagag 127  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||  | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||  |||| |||||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagag 4672691  T
Q  128 ttttccagatatttat 143  Q
      || ||||| |||||    
T  4672690 cctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4647444 - 4647388
Alignment:
Q  231 tatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 287  Q
    |||| ||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4647444 tatgtactctcaaggaggaaggaatcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagct 4647388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 290
Target Start/End: Original strand, 18925715 - 18925985
Alignment:
Q  20 aggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaagg 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  | ||||||||  |||| || || |||||||| || |||||||||| ||| |||||| ||||    
T  18925715 aggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaagg 18925814  T
Q  120 tgatagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggat 219  Q
    |||||||||||| ||||| |||||  |||||   |||||||||| ||||||||| ||||||   |||||   ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18925815 tgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggat 18925914  T
Q  220 tatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctaca 290  Q
    |||| |||||||||| |||||  |||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  18925915 tatgttgtgactatgtactctcgagaaggaagctcgcaaattaaaagagttaatctttcaataaagctaca 18925985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University