View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9032_low_1 (Length: 1005)

Name: NF9032_low_1
Description: NF9032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9032_low_1
NF9032_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-992)||(36128319-36129302)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (197-230)||(10199381-10199414)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 992
Target Start/End: Original strand, 36128319 - 36129302
Alignment:
Q  19 ctaatattaatatataggtaactatgttaacaaagtgcttagtaaaaagtgtttttcatataatcgcatatgtataagtcatatccataataaag---ga 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||    
T  36128319 ctaacattaatatataggtaactaagttaataaagtacttagtgaaaagtgttttccataaaatcgcctatgcataagtcatatccataataaagaggga 36128418  T
Q  116 acgtggttacgatgtttccgtataagtcaaaagctactatcatgaa---------aaagcttattgatttaagctgatatagaatataggcatgtcataa 206  Q
    | ||||||||  ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||         |||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||    
T  36128419 atgtggttacactgtttccatataagtcgtaagctactttcatgaactgtcctgaaaagcttattgaattaagctga-acaaaatataggcatgtcataa 36128517  T
Q  207 gttattttcatgagttctcccaaacacttgtgcaacaatttatctcataaattcaaataagttgtaaacagtttcttctaaagacatcctgaacatatga 306  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36128518 gttattt-cataatttctcccaaactcttatgcaacagtttatgtcgtaaattcaaataagttgtaagtagtttcttctaaacacatcctgaacatatga 36128616  T
Q  307 ggaggcaaactatcagattttgtaaaaacggaaagcttgaaaaagaagacaggaagttactttaatataatctaataatgaacaatggcatgcgatttcg 406  Q
    ||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  36128617 ggaagcaaattatctgattttgtgaaaacggaaagcttgaaaaagaagacaggaagttactttaatataatccaataatggacaatggcatgcgattttg 36128716  T
Q  407 catattagagctgatacatagaagtaaaatactaagcctacaaggaattcatcctgctgcaaggtgacactagcattattcatagcagtaatcataattc 506  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36128717 aatattagagctgatacatagaagtaaaatactaaccctacaaggaattcttcctgctgcaaggtgacactagcatgattcatagcagtaatcataattc 36128816  T
Q  507 ataaacaagtagaagaacatagctagcatgaaaatattcaatattctgctaatatatgcaacaagagattctatgtacataggatatcaacaacacggta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  36128817 ataaacaagtagaagaacatagctagcatgaaaatattcaatattctgctaatatatgcaagaagagattctatgtacataggatatcaataacacagta 36128916  T
Q  607 agaattttagacatatatcggcattgcttagcaaattactcggatacataccattcatattggnnnnnnnatagcaatgtgcagcatcaacataagctga 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36128917 agaattttagacatatatcggcattgcttagcaaattactcggatacataccattcatattggtttttttatagcaatgtgcagcatcaacataagctga 36129016  T
Q  707 ggcagcttcatgcttgctttccaacttgaatcacaagacaacaacgatcatttcagggttaagagataattagaaacaaagtagctaacttcaaagaaag 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36129017 ggcagcttcatgcttgctttccaacttgaatcacaagacaacaacgatcatttcagggttaagagataattagaaacaaagtagctaacttcaaagaaag 36129116  T
Q  807 ctaaactgagtcaccttcacatggcaatttgccaacttaatgtaggttgatcccgctttatcccctgaaatggcatcaccaccaccaacaacaacaattt 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36129117 ctaaactgagtcaccttcacatggcaatttgccaacttaatgtaggttgatcccgctttatcccctgaaatggcatcaccaccaccaacaacaacaattt 36129216  T
Q  907 cagcctgattttattacacctaaaatgttattaacaactagaaagcatgtttaaaaaccaatacaccatacactatacgaacacca 992  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36129217 cagcctgattttactacacctaaaatgttattaacaactagaaagcatgtttaaaaaccaatacaccatacactatacgaacacca 36129302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10199414 - 10199381
Alignment:
Q  197 catgtcataagttattttcatgagttctcccaaa 230  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10199414 catgtcataagctattttcatgagttctcccaaa 10199381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University