View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9038_low_2 (Length: 378)

Name: NF9038_low_2
Description: NF9038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9038_low_2
NF9038_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-365)||(6572747-6573094)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (18-298)||(8568464-8568744)
chr3 (159-357)||(8471935-8472133)
chr3 (113-308)||(6519668-6519863)
chr3 (166-365)||(6838350-6838549)
chr3 (113-308)||(6947597-6947792)
chr3 (25-354)||(4388397-4388726)
chr3 (43-308)||(6553944-6554209)
chr3 (161-326)||(5250545-5250710)
chr3 (123-308)||(8454992-8455177)
chr3 (113-304)||(6736318-6736509)
chr3 (40-308)||(6479488-6479756)
chr3 (113-308)||(6448288-6448483)
chr3 (113-308)||(8590057-8590252)
chr3 (25-308)||(5298971-5299254)
chr3 (150-271)||(6917491-6917612)
chr3 (150-357)||(5268421-5268628)
chr3 (152-308)||(6721569-6721725)
chr3 (155-308)||(7750397-7750550)
chr3 (143-358)||(6900474-6900689)
chr3 (155-301)||(6590841-6590987)
chr3 (179-308)||(5281078-5281207)
chr3 (150-287)||(6142676-6142813)
chr3 (187-308)||(13270094-13270215)
chr3 (201-308)||(6259598-6259705)
chr3 (188-308)||(6266122-6266242)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (113-308)||(6983-7178)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (185-262)||(35139940-35140017)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (46-82)||(38188980-38189016)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 6573094 - 6572747
Alignment:
Q  18 agtaattgctccaaacattcctcattcccattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctttccggttagtgtcttttgtagttgacaaatgagtg 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6573094 agtaattgctccaaacactcctcattccctttccacacatcatctagaacaagcagaaatctcttgacggatagtgtcttttgtagttgacaaatgagtg 6572995  T
Q  118 gatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagcttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6572994 gatccaagtcttcaccgtctgcaaaagaatggaatgacctaagaattgttttggtgagtccaacagcatcaaatgattttgagacatggacccaagcttt 6572895  T
Q  218 aagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatact 317  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6572894 aaggtcaaactgtttctccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattattgatact 6572795  T
Q  318 tgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttct 365  Q
    || ||| | ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  6572794 tggttgtcgttgtctttgtatgaaagcaaatggttgattatttcttct 6572747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 8568744 - 8568464
Alignment:
Q  18 agtaattgctccaaacattcctcattcccattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctttccggttagtgtcttttgtagttgacaaatgagtg 117  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | || || || |||| | ||| ||||||||||||  ||||||    
T  8568744 agtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtg 8568645  T
Q  118 gatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagcttt 217  Q
    ||||||||||||||||||| |  |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8568644 gatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagcttt 8568545  T
Q  218 aagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccac 298  Q
    ||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  8568544 aagttcaaattgcttctctatcttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagggtggtcttacccatcccacctagacccac 8568464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 159 - 357
Target Start/End: Original strand, 8471935 - 8472133
Alignment:
Q  159 agaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaa 258  Q
    |||||| ||||||| ||| ||| |||||||||| | |  || |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8471935 agaattattttggtaagtgcaataacatcaaaatactcagatacatggacccaaactttaagttcaaactgcttgtccatcctctggtcattgtagacaa 8472034  T
Q  259 gttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgatta 357  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||| |||||||    
T  8472035 gctgagcaagggtggtcttccccatcccaggcaaacccactatgctgatagttgatacttggttgccattgtcgttgtaagaaagcaaatacttgatta 8472133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 113 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6519863 - 6519668
Alignment:
Q  113 gagtggatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaa 212  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||| | || ||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||     
T  6519863 gagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacatcatcaaaagattctgaaacatagacccat 6519764  T
Q  213 gctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||   || | | ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||    
T  6519763 gctttaagttcaaaatgcttctttgtcatgttgtcattgtagacatgttgagcaagggtggttttacccattcctcctaaacccactatgctgatt 6519668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 166 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 6838549 - 6838350
Alignment:
Q  166 ttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagc 265  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| | || || |||||||||||||||||||  ||||| | ||  |  || ||    |||||||||||||| |||||    
T  6838549 ttttggtaagtccaataacatcaaaatacttagatacatggacccaagctttaatctcaaacttctcttgtattctgcaatcattgtagacaagctgagc 6838450  T
Q  266 aagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttct 365  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6838449 aagggtggtctttcccatcccacccaaaccaactatgctgatagttgatacttggttgccattgtccttgtaagacagcaaatagttaattatttcttct 6838350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 113 - 308
Target Start/End: Original strand, 6947597 - 6947792
Alignment:
Q  113 gagtggatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaa 212  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| | |||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||     
T  6947597 gagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacgtagacccat 6947696  T
Q  213 gctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    | |||||| |||||||||| ||| ||| | | ||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6947697 gttttaaggtcaaaatgctcctctatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgatt 6947792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 25 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 4388726 - 4388397
Alignment:
Q  25 gctccaaacattcctcattcccattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctttccggttagtgtcttttgtagttgacaaatgagtggatccaa 124  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||| | |  || | ||||     |||  |||  ||    
T  4388726 gctcccaaccttcctcattcccattccagacatcatctaaaacaagcaaatatttcttaccagttagtttgtgctgcaattgatgttggagcagattaaa 4388627  T
Q  125 gtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttca 224  Q
     |||||| | | ||  | ||| || |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||| || | |||||||||||||||||||    
T  4388626 ctcttcagcatgtgttgaagagtgaaatgacctcagaattgctttggtaagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacgtagacccaagctttaagttca 4388527  T
Q  225 aaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgc 324  Q
    |||||||  | ||||||  |||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  4388526 aaatgctctttcatcctgcggtcattgtacacaagctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtacttggttgc 4388427  T
Q  325 cattgtccttgtctgacagcaaatagttga 354  Q
    |  ||||  |||| ||||| ||| ||||||    
T  4388426 cgctgtctatgtcagacagtaaaaagttga 4388397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6554209 - 6553944
Alignment:
Q  43 tcccattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctttccggttagtgtcttttgtagttgacaaatgagtggatccaagtcttcaccgtctgcagg 142  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||  ||||||||||  ||||  | | ||| ||||||     |||| ||||||||| |||||| ||||| |     
T  6554209 tcccattccatatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattagcatgtcttggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctga 6554110  T
Q  143 agaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctc 242  Q
    || ||  |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |     
T  6554109 aggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttg 6554010  T
Q  243 tggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6554009 ttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgatt 6553944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 161 - 326
Target Start/End: Original strand, 5250545 - 5250710
Alignment:
Q  161 aattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagt 260  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||  ||||     
T  5250545 aattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacatagacccaagctttaagttcaaaatgctcctgcatcctgtggtcgttgtacgcaagc 5250644  T
Q  261 tgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgcca 326  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||    
T  5250645 tgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtacatgattgcca 5250710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 123 - 308
Target Start/End: Original strand, 8454992 - 8455177
Alignment:
Q  123 aagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagtt 222  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||    
T  8454992 aagtcttcaccatctgctgaagaattaaacgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagtt 8455091  T
Q  223 caaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    ||||||||| ||  ||| | | ||||||||| ||||| | |||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  8455092 caaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttacccatccctcctaaaccgactatgctgatt 8455177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 113 - 304
Target Start/End: Original strand, 6736318 - 6736509
Alignment:
Q  113 gagtggatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaa 212  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| | || ||  |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||     
T  6736318 gagttgattcaagtcttcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccat 6736417  T
Q  213 gctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgct 304  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6736418 gctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgct 6736509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6479756 - 6479488
Alignment:
Q  40 cattcccattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctttccggttagtgtcttttgtagttgacaaatgagtggatccaagtcttcaccgtctgc 139  Q
    ||||||||||||| | |||||||| |||||||||  ||||||||||  |||   | | ||| ||||||     |||| ||||||||| |||||| |||||    
T  6479756 cattcccattccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattaacatgtgttggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgc 6479657  T
Q  140 aggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatc 239  Q
     | || ||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| | ||| |||    
T  6479656 tgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcataagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgttcctctatc 6479557  T
Q  240 ctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
     | | ||  ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  6479556 ttgttgttgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccaactatgctgatt 6479488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 113 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6448483 - 6448288
Alignment:
Q  113 gagtggatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaa 212  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| | |||||  |||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||    
T  6448483 gagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgactttaggattgctttggtgagtccaacaacatcaaaatattctgaaacatagacccaa 6448384  T
Q  213 gctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    | ||||||||||||||||| ||  ||| | | || |||||| ||||| | |||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6448383 gatttaagttcaaaatgctcctttatcatgttgtgattgtacacaagcttagcaaaagtggtcttacccatcccacccagacccactatgctgatt 6448288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 113 - 308
Target Start/End: Original strand, 8590057 - 8590252
Alignment:
Q  113 gagtggatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaa 212  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| | |||||  |||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||     
T  8590057 gagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgaattgataattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattcagaaacatagacccat 8590156  T
Q  213 gctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    |||||||| ||||||||||  || ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  8590157 gctttaagctcaaaatgctcttctatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgactatgctgatt 8590252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 25 - 308
Target Start/End: Original strand, 5298971 - 5299254
Alignment:
Q  25 gctccaaacattcctcattcccattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctttccggttagtgtcttttgtagttgacaaatgagtggatccaa 124  Q
    ||||| |||||||| || | || ||||| |||||||| | |||||||| | |||||||||| |||||| |||  || | ||||     |||| ||| |||    
T  5298971 gctcccaacattccgcactaccgttccagacatcatccaaaacaagcagatatttctttcctgttagtctctgctgcaattgatgttggagtagattcaa 5299070  T
Q  125 gtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttca 224  Q
    ||||||||| ||||| | ||| || |||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||| |||||| ||||| ||||||    
T  5299071 gtcttcaccatctgccgaagagtgaaatgaccgtaaaattgctttggtaagtccaacaacattaaaagtttccgaaacatagacccaggcttttagttca 5299170  T
Q  225 aaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    || || ||||  ||| | | || |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  5299171 aactgtttctgtatcatgttgttattgtacacaagttgagcaagggtggtttttcccattccacctagacccactatgctgatt 5299254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 150 - 271
Target Start/End: Original strand, 6917491 - 6917612
Alignment:
Q  150 aatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcat 249  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||| |  |||| | || ||||    
T  6917491 aatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcat 6917590  T
Q  250 tgtagacaagttgagcaagggt 271  Q
    |||| |||||||| ||||||||    
T  6917591 tgtaaacaagttgcgcaagggt 6917612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 150 - 357
Target Start/End: Original strand, 5268421 - 5268628
Alignment:
Q  150 aatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcat 249  Q
    |||||||| ||||||| ||| || ||||| | | ||||||||  ||  || |||| |||||| |||||| ||| ||||| || ||  ||||| |||||||    
T  5268421 aatgacctcagaattgctttagtaagtccgagaccatcaaaaatttccgaaacatagacccaggctttatgtttaaaattctccttgatcctttggtcat 5268520  T
Q  250 tgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaata 349  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||  |||| ||||| ||| |    
T  5268521 tgtacacgagttgagcaagggtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtacatggttgcccttgtctatgtcagacagtaaaaa 5268620  T
Q  350 gttgatta 357  Q
     |||||||    
T  5268621 attgatta 5268628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 152 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6721725 - 6721569
Alignment:
Q  152 tgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattg 251  Q
    |||| |||||||||||| || ||| | || |||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||| | |||| | | ||||| |||||||||    
T  6721725 tgacttgagaattgtttgggcgagacgaagaacatcaaaagattctgaaagatagacccaagctttaagttcatattgctccactatcctgtggtcattg 6721626  T
Q  252 tagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    || ||||| || |||||||| ||||| || ||||||  || ||||||||| ||||||    
T  6721625 taaacaagctgggcaagggttgtcttacctatcccaatcagacccactatactgatt 6721569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 308
Target Start/End: Original strand, 7750397 - 7750550
Alignment:
Q  155 cctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtag 254  Q
    ||||||||||| || ||||||   ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||  |  ||| | ||||| |||||     
T  7750397 cctgagaattgcttgggtgagatgaacaagatcaaaagattctgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttgtggtcgttgtaa 7750496  T
Q  255 acaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    |||||| | |||| ||| ||||| |||||||||  || ||||||||| ||||||    
T  7750497 acaagtcgggcaatggttgtcttacccatcccaatcacacccactatactgatt 7750550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 358
Target Start/End: Original strand, 6900474 - 6900689
Alignment:
Q  143 agaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctc 242  Q
    |||||| | |||||| ||||||| || ||| || | ||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |     
T  6900474 agaatgaattgacctaagaattgattgggtcagacgaacaagatcaaaagattccgaaacatggacccaagctttaatttcaaaatgctccacgatcatg 6900573  T
Q  243 tggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgaca 342  Q
    | ||||| ||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || ||||||||  |||||| | | |||||| |||| | ||||  |||| || |    
T  6900574 tcgtcatagtaaacaagctgggcgagggttgtcttacccatcccaatcacacccactacactgattatgggtacttggttgcgactgtcactgtcggaaa 6900673  T
Q  343 gcaaatagttgattat 358  Q
    | ||||||| ||||||    
T  6900674 gtaaatagtcgattat 6900689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 6590987 - 6590841
Alignment:
Q  155 cctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtag 254  Q
    ||||||||||| |  ||||||   ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |   ||| | ||||| |||||     
T  6590987 cctgagaattgatcgggtgagatgaacaagatcaaaagattttgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctccagtatcttgtggtccttgtaa 6590888  T
Q  255 acaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactat 301  Q
    |||||  | |||||||| ||||| |||||||||  || |||||||||    
T  6590887 acaagccgggcaagggttgtcttacccatcccaatcatacccactat 6590841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 179 - 308
Target Start/End: Original strand, 5281078 - 5281207
Alignment:
Q  179 aacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttc 278  Q
    |||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||  |  || || | ||| || || ||||| | |||||||||||||||     
T  5281078 aacagcatcaaaaaattctgaaacatagacccaagctttatgttcaaaatgctctttaattctatcgtcgttatacacaagctcagcaagggtggtctta 5281177  T
Q  279 cccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  5281178 cccatcccaccagaacccactatggtgatt 5281207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 150 - 287
Target Start/End: Original strand, 6142676 - 6142813
Alignment:
Q  150 aatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcat 249  Q
    |||||||| ||||||| |  |||||| | ||||| |||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||| |||||||    
T  6142676 aatgacctaagaattgatagggtgagactaacaagatcaaaagatcttggaacatggacccaagcattaagttcaaattgctcctgtatcctgtggtcat 6142775  T
Q  250 tgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatccca 287  Q
    |||| | ||  || |||||||| ||||| || ||||||    
T  6142776 tgtaaataaactgcgcaagggttgtcttacctatccca 6142813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 187 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 13270215 - 13270094
Alignment:
Q  187 caaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatccc 286  Q
    ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||    
T  13270215 caaaagattctggaacatagacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgagcaagggctgtcttacccatccc 13270116  T
Q  287 acccaaacccactatgctgatt 308  Q
       || ||||||||| ||||||    
T  13270115 catcagacccactatactgatt 13270094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 308
Target Start/End: Original strand, 6259598 - 6259705
Alignment:
Q  201 acatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccacta 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||  ||||| ||||||||   || ||||||||    
T  6259598 acatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttacccatccccgtcagacccacta 6259697  T
Q  301 tgctgatt 308  Q
    | ||||||    
T  6259698 tactgatt 6259705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 188 - 308
Target Start/End: Original strand, 6266122 - 6266242
Alignment:
Q  188 aaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatccca 287  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||  ||||| || |||||     
T  6266122 aaaagtttctgaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttaccaatcccc 6266221  T
Q  288 cccaaacccactatgctgatt 308  Q
      || ||||||||| ||||||    
T  6266222 gtcagacccactatactgatt 6266242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 113 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 7178 - 6983
Alignment:
Q  113 gagtggatccaagtcttcaccgtctgcaggagaatggaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattttgagacatggacccaa 212  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| | || ||  |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||     
T  7178 gagttgattcaagtcttcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccat 7079  T
Q  213 gctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7078 gctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtctttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgatt 6983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 185 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 35140017 - 35139940
Alignment:
Q  185 atcaaaagattttgagacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttg 262  Q
    |||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||| ||||  |  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  35140017 atcaaaagattcagaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcatgtatcctatggtcattgtaaacaagttg 35139940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 38189016 - 38188980
Alignment:
Q  46 cattccacacatcatctagaacaagcaaacatttctt 82  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38189016 cattccaaacatcatctagaacaagcaaaaatttctt 38188980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University