View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9040_low_5 (Length: 861)

Name: NF9040_low_5
Description: NF9040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9040_low_5
NF9040_low_5
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (402-859)||(34565093-34565549)
chr7 (403-844)||(34290613-34291046)
chr7 (403-842)||(34553423-34553861)
chr7 (27-403)||(34377147-34377508)
chr7 (21-354)||(34549866-34550184)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (466-842)||(15894847-15895222)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (403-842)||(130935-131373)
chr1 (21-398)||(134648-135019)
chr1 (147-399)||(157161-157411)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 402 - 859
Target Start/End: Original strand, 34565093 - 34565549
Alignment:
Q  402 tggacatgaatcaacccttaaatctttcaagcatggaattggacaatcaggtgacatttgtggcataacatttttcaaggctttcacatttcttattacg 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565093 tggacatgaatcaacccttaaatctttcaagcatggaattggacaatcaggtgacatttgtggcataacatttttcaaggctttcacatttcttattacg 34565192  T
Q  502 aggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctaccaatagattgatagcctataccactaacttgcaataaagttgagtccaaatatg 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34565193 aggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctaccaatagattgatagcctataccactaacttgcaataaagttgagtccaaatata 34565292  T
Q  602 aagatcgttgaagatcagtgtatggatccacataaacccaaaacttttgcaagtttttgaagtccaaatccttgactaaactttcagcccccctaaattt 701  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565293 aagatcgttgaaaatcagtgtatggatccacataaacccaaaacttttgcaagtttttgaagtccaaatccttgactaaactttcagcccccctaaattt 34565392  T
Q  702 catctctaacaacctttagctgatgagatannnnnnncaactcgttgagcgcaacttcatttcttttccaaggaaaattgtctattctatagtaaagttc 801  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565393 tatctc-aacaacctttagctgatgagatatttttttcaattcgttgagcgcaacttcatttcttttccaaggaaaattgtctattctatagtaaagttc 34565491  T
Q  802 ttccaaccgagacaatcttatcaagatattatcagaaatgatgtccatctcattgcaa 859  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  34565492 ttccaaccgagacaatcttatcaagatattatcagaaatgatgtcaagatcattgcaa 34565549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 403 - 844
Target Start/End: Original strand, 34290613 - 34291046
Alignment:
Q  403 ggacatgaatcaacccttaaatctttcaagcatggaattggacaatcaggtgacatttgtggcataacatttttcaaggctttcacatttcttattacga 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||  |||||| ||||||||| | |    
T  34290613 ggacatgaatcaacccttaaatctttcaagtatggaattggacaatcagctgacagttgtgtcagaacatttttcaagcttttcacctttcttattgcaa 34290712  T
Q  503 ggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctaccaatagattgatagcctataccactaacttgcaataaagttgagtccaaatatga 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  | ||||       |||||||||| |||| ||||||||||     
T  34290713 ggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctattaatagattgataatcaatac-------ttgcaataaatttgactccaaatatgc 34290805  T
Q  603 agatcgttgaagatcagtgtatggatccacataaacccaaaacttttgcaagtttttgaagtccaaatccttgactaaactttcagcccccctaaatttc 702  Q
    |||  | |||| |||| | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||    
T  34290806 agagtgctgaaaatcactataaagatccacataaatccaaaacttttgcaagttgttgaaaaccaaatccttgactaaaatttcagcccctccaactttc 34290905  T
Q  703 atctctaacaacctttagctgatgagatannnnnnncaactcgttgagcgcaacttcatttcttttccaaggaaaattgtctattctatagtaaagttct 802  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||| || | | |||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  34290906 atctc-aacaacctttagctgatgagatatctttttcaactcgttcagtgaagcttcatttttcttccaaggaaaattgtccattctaaagtaaatttct 34291004  T
Q  803 tccaaccgagacaatcttatcaagatattatcagaaatgatg 844  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34291005 tccaaccgagacaatcttatcaagacattatcagaaatgatg 34291046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 403 - 842
Target Start/End: Original strand, 34553423 - 34553861
Alignment:
Q  403 ggacatgaatcaacccttaaatctttcaagcatggaattggacaatcaggtgacatttgtggcataacatttttcaaggctttcacatttcttattacga 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| | |    
T  34553423 ggacatgaatcaacccttaaatctttcaagtatggaattggacaatcaggtgacatttgtggcataacatttttcaagcttttcacctttcttattgcaa 34553522  T
Q  503 ggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctaccaatagattgatagcctataccactaacttgcaataaagttgagtccaaatatga 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||  |||||||||||| |||| ||||||||||     
T  34553523 ggatttcacatttcttaatcaattgtgagaccatcaatatgctattaatagattgataatctatagcaccgacttgcaataaatttgactccaaatatgc 34553622  T
Q  603 agatcgttgaagatcagtgtatggatccacataaacccaaaacttttgcaagtttttgaagtccaaatccttgactaaactttcagcccccctaaatttc 702  Q
    ||| || |||| |||| | ||  |||||||||||| |||||||||||| | ||| |  |||| ||| ||||||||| || |||||| ||| || | ||||    
T  34553623 agagcgctgaaaatcactataaagatccacataaatccaaaacttttgtaggttgtataagttcaagtccttgactgaaatttcagtccctctgactttc 34553722  T
Q  703 atctctaacaacctttagctgatgagatannnnnnncaactcgttgagcgcaacttcatttcttttccaaggaaaattgtctattctatagtaaagttct 802  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||       |||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| || ||  | |||||||||    
T  34553723 atctc-aacaacctttagctgatgagatatctttttcaactcattgatcgcaatttcatttttttcccaaggaaaattgtccatccttaaataaagttct 34553821  T
Q  803 tccaaccgagacaatcttatcaagatattatcagaaatga 842  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  34553822 tccaatcgagacaatcttatcaagacattagtagaaatga 34553861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 27 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 34377508 - 34377147
Alignment:
Q  27 tggcatctcaagatagcaaggaaaagagctttgactgaaacatttgaggctaggaagcttctatagtataatacgccccaatgatgggaatttaatctta 126  Q
    |||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |  ||    ||||||||||||||||    
T  34377508 tggcatctcaacgtagcaatggaaagagctttcactgaaacatttgaggctaggaagcttctttagtttaattttcatcagctttgggaatttaatctta 34377409  T
Q  127 gctttctgctgtacacaattaataggattgcaattattctcaacgatctcagtcatcttcttgcattcagacacaaaaaataattccaaatttggaaggc 226  Q
    |||||||| |||| |||||||               ||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||  ||   |   |||| |||||||||    
T  34377408 gctttctgttgtaaacaatta---------------ttcccaatgatctccttcatcttctcgcattcagacacatgaatcgacatcaaacttggaaggc 34377324  T
Q  227 ttgtgaccacggaaacatccggaagcacatattccaaatcattgcactgattgatgattatctcttgtaaacactcaaatcctataatctgaccatgatt 326  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| || | || | || | | |||||||||||    
T  34377323 ttgtgaccacggaaacatccggaatcacatattccaaatcattgcacttcttgatccttatctcttgtaaatacccgaaccttaaagtttgaccatgatt 34377224  T
Q  327 tttccagatgtgcttcaattttggaagacaatacaaatttaataatcttagttcacactgcaacatgctatcgtttg 403  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  34377223 tttccagatgtgcttcagttttggaagacaatacaaatttaagacctctagttcacactgcaagatgctatcatttg 34377147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 354
Target Start/End: Original strand, 34549866 - 34550184
Alignment:
Q  21 acattgtggcatctcaagatagcaaggaaaagagctttgactgaaacatttgaggctaggaagcttctatagtataatacgccccaatgatgggaattta 120  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||   | |||||  ||| ||||||    
T  34549866 acattttggcatctcaacatagcaagggaaatagctttcactgaaacatttgaggctaggaagcttctctagtaatatttcctccaatattggaaattta 34549965  T
Q  121 atcttagctttctgctgtacacaattaataggattgcaattattctcaacgatctcagtcatcttcttgcattcagacacaaaaaataattccaaatttg 220  Q
    |||||||||||||| |||  |||||||               |||  || ||||||  ||||||||| |||||||||||||  ||   |  ||||| |||    
T  34549966 atcttagctttctgttgtgaacaatta---------------ttcctaatgatctccttcatcttctcgcattcagacacacgaatcgacaccaaacttg 34550050  T
Q  221 gaaggcttgtgaccacggaaacatccggaagcacatattccaaatcattgcactgattgatgattatctcttgtaaacactcaaatcctataatctgacc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||| ||||||| | || | || | | |||||    
T  34550051 gaaggcttgtgaccacggaaacatccggaatcacatattccaaatcattgcacttcttgatccttatctcttctaaacacccgaaccttaaagtttgacc 34550150  T
Q  321 atgatttttccagatgtgcttcaattttggaaga 354  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  34550151 atgatttttccatatgtgcttcagttttggaaga 34550184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 9e-97; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 466 - 842
Target Start/End: Original strand, 15894847 - 15895222
Alignment:
Q  466 ataacatttttcaaggctttcacatttcttattacgaggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctaccaatagattgatagccta 565  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||    
T  15894847 ataatatttttcaagtctttcactttttttattgcaaggatttcacatttcttaatcacttgtgagatcatcaatatgctatttatatattgataaccta 15894946  T
Q  566 taccactaacttgcaataaagttgagtccaaatatgaagatcgttgaagatcagtgtatggatccacataaacccaaaacttttgcaagtttttgaagtc 665  Q
    ||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| || || |||| |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |    
T  15894947 tagaactaacttgcaataaatttgactccaaatatgaagatctttgaaaattagagtatcgatccacataaacccaaaacttctgtaagttgttgaagac 15895046  T
Q  666 caaatccttgactaaactttcagcccccctaaatttcatctctaacaacctttagctgatgagatannnnnnncaactcgttgagcgcaacttcatttct 765  Q
    ||||||||||| |||| ||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       || |||||||| ||||||||||||| |    
T  15895047 caaatccttgagtaaaatttcagtacctctaaatttcatctc-aacaacctttagctgatgagatatctttttcagctcgttgatcgcaacttcattttt 15895145  T
Q  766 tttccaaggaaaattgtctattctatagtaaagttcttccaaccgagacaatcttatcaagatattatcagaaatga 842  Q
     ||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  15895146 attccaaggaaaattgtacatcctaaagtaaagttcttccaaccgaaacagtctaatcaagacattatcagaaatga 15895222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 167; Significance: 5e-89; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 403 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 131373 - 130935
Alignment:
Q  403 ggacatgaatcaacccttaaatctttcaagcatggaattggacaatcaggtgacatttgtggcataacatttttcaaggctttcacatttcttattacga 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  131373 ggacatgaatcaaccctcaaatctttcaagtatggaattggacaatcatgtgacaattgtctcataacatttttcaagtctttcacctttcttattgcga 131274  T
Q  503 ggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcaatatgctaccaatagattgatagcctataccactaacttgcaataaagttgagtccaaatatga 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||| || |||| ||     
T  131273 ggatttcacatttcttaatcaattgtgagatcatcagtatgctattaatagattgatagtctatagcactaatttgcaataaatttgactcgaaatgtgc 131174  T
Q  603 agatcgttgaagatcagtgtatggatccacataaacccaaaacttttgcaagtttttgaagtccaaatccttgactaaactttcagcccccctaaatttc 702  Q
    ||| || |||| |||| | ||   ||||||||| | |||||||||||| |  || |  |||||||||||||||| ||||  ||||| ||| |||| |||     
T  131173 agagcgctgaaaatcactataaatatccacatagatccaaaacttttgtagattgtataagtccaaatccttgattaaaacttcagtccctctaactttt 131074  T
Q  703 atctctaacaacctttagctgatgagatannnnnnncaactcgttgagcgcaacttcatttcttttccaaggaaaattgtctattctatagtaaagttct 802  Q
    ||||| ||  ||||||||||||| |||||        ||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||  | |||||||||    
T  131073 atctc-aaagacctttagctgataagatatcttttttaactcgttgattgcaacctcatttcctttccaaggaaaattgtccatccttaaataaagttct 130975  T
Q  803 tccaaccgagacaatcttatcaagatattatcagaaatga 842  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||    
T  130974 tccaatcgagacagtcttatcaagacattactagaaatga 130935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 135019 - 134648
Alignment:
Q  21 acattgtggcatctcaagatagcaaggaaaagagctttgactgaaacatttgaggctaggaagcttctatagtataatacgccccaatgatgggaattta 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||  |||   |   |||   |||||||||    
T  135019 acattgtggcatctcaatatagcaagggaaagagctttgaccgaaacatttgaggctaggaagcttctgcagttcaatcttcattaatttcgggaattta 134920  T
Q  121 atcttagctttctgctgtacacaattaataggattgcaattattctcaacgatctcagtcatcttcttgcattcagacacaaaaaataattccaaatttg 220  Q
    || ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||||  || |||   ||||||||    
T  134919 attttagctttctgttgtacacaatcagtaggattgcaattattcccaatgatctccttcatcttctggcattcatacacaccaattaaccacaaatttg 134820  T
Q  221 gaaggcttgtgaccacggaaacatccggaagcacatattccaaatcattgcactgattgatgattatctcttgtaaacactcaaatcctataatctgacc 320  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| || ||||||      ||||     
T  134819 gaatgcttgtgagcacggaaacatccggaagaacatattccaaatcattgcactcatagatgattatcaattgtaaacaatcgaatcct------tgaca 134726  T
Q  321 atgatttttccagatgtgcttcaattttggaagacaatacaaatttaataatcttagttcacactgcaacatgctatc 398  Q
    ||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||  ||| ||||| ||   ||| || |||||||||||||||||    
T  134725 atggtttttccaaatgtgcttcagttttggaagagaaagcaattttaagaacactagctcccactgcaacatgctatc 134648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 157411 - 157161
Alignment:
Q  147 aataggattgcaattattctcaacgatctcagtcatcttcttgcattcagacacaaaaaataattccaaatttggaaggcttgtgaccacggaaacatcc 246  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||||   |  ||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  157411 aataggattgtaattattcccaatgatctccttcatcttctggcattcatacacaccgataaaccacaaatttggaatgcttgtgagcacggaaacatcc 157312  T
Q  247 ggaagcacatattccaaatcattgcactgattgatgattatctcttgtaaacactcaaatcctataatctgaccatgatttttccagatgtgcttcaatt 346  Q
     |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| |  || ||||||||| ||||||  |   | |  |||||||||||| |||||||||| ||    
T  157311 agaagaacatattccaaatcattgcagtccttgatgattaacaattctaaacactcgaatccttgacaatta--atgatttttccaaatgtgcttcagtt 157214  T
Q  347 ttggaagacaatacaaatttaataatcttagttcacactgcaacatgctatcg 399  Q
    |||||||| || |||| ||||| ||   ||| || ||||||||||||| ||||    
T  157213 ttggaagagaaaacaattttaagaacaatagctcccactgcaacatgcgatcg 157161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University