View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9043_low_2 (Length: 462)

Name: NF9043_low_2
Description: NF9043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9043_low_2
NF9043_low_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-447)||(4137950-4138396)
chr1 (5-447)||(4129239-4129680)
chr1 (21-447)||(4118062-4118488)
chr1 (7-408)||(4142696-4143097)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 4137950 - 4138396
Alignment:
Q  1 taatagtcatgacgtctacgtagatagcttatcttcaagacacgtctaacacttgaattttccatagttgtatcaactccatttgtgttattgatataca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4137950 taatagtcatgacgtctacgtagatagcttatcttcaagacatgtctaacacttgaattttccatagttgtatcaactccatttgtgttattgatataca 4138049  T
Q  101 caggnnnnnnntctggacattcacaaactccggtatcatctgttgcaaagaaaggtataggatccactatccacttaacaaaatcctcacttttgtaaag 200  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4138050 caggaaaaaaatctggacattcacaaactccggtatcatctgttgcaaagaaaggtataggatccactatccacttaacaaaatcctcacttttgtaaag 4138149  T
Q  201 aataatttttccttcatctccattttgagcaccaatgattaccctccattttccatcctttccttgccatgcagttgaaggatctcggaattcaccgact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4138150 aataatttttccttcatctccattttgagcaccaataattaccctccattttccatcctttccttgccatgcagttgaaggatctcggaattcaccgact 4138249  T
Q  301 tcaactccactaggtggagtcatcaaaggattttgaggatgtttttcccattcccttaagtaaggatcagacagattctttggcatggctaagttttgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4138250 tcaactccactaggtggagtcatcaaaggattttgaggatgtttttcccattcccttaagtaaggatcagacagattctttggcatggctaaattttgaa 4138349  T
Q  401 cttggtgtctattttgatcaattcctgtatacaacatagcaggtttt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4138350 cttggtgtctattttgatcaattcctgtatacaacatagcaggtttt 4138396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 447
Target Start/End: Original strand, 4129239 - 4129680
Alignment:
Q  5 agtcatgacgtctacgtagatagcttatcttcaagacacgtctaacacttgaattttccatagttgtatcaactccatttgtgttattgatatacacagg 104  Q
    ||||| || ||||||| | ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||     
T  4129239 agtcaagatgtctacggaaatagcttatttt-aagacatgtctaacacttgaattttccatagttgtatccaccccatttgtactattgatatacacagt 4129337  T
Q  105 nnnnnnntctggacattcacaaactccggtatcatctgttgcaaagaaaggtataggatccactatccacttaacaaaatcctcacttttgtaaagaata 204  Q
           || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4129338 aaaaaaatccggacattcacaaactccggtatcatctgttgcaaagaaaggtataggatccactatccacttaacaaaatcctcacttttgtaaagaata 4129437  T
Q  205 atttttccttcatctccattttgagcaccaatgattaccctccattttccatcctttccttgccatgcagttgaaggatctcggaattcaccgacttcaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4129438 atttttccttcatctccattttgagcaccaataattaccctccattttccatcctttccttgccatgcagttgaaggatctcggaattcaccgacttcaa 4129537  T
Q  305 ctccactaggtggagtcatcaaaggattttgaggatgtttttcccattcccttaagtaaggatcagacagattctttggcatggctaagttttgaacttg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4129538 ctccactaggtggagtcatcaaaggattttgaggatgtttttcccattcccttaagtaaggatcagacagattctttggcatggctaaattttgaacttg 4129637  T
Q  405 gtgtctattttgatcaattcctgtatacaacatagcaggtttt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4129638 gtgtctattttgatcaattcctgtatacaacatagcaggtttt 4129680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 447
Target Start/End: Original strand, 4118062 - 4118488
Alignment:
Q  21 tagatagcttatcttcaagacacgtctaacacttgaattttccatagttgtatcaactccatttgtgttattgatatacacaggnnnnnnntctggacat 120  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||| || |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||       |||||||||    
T  4118062 tagatagcttatcttcaaaacatgcctaacacttgaattatccacagatgtatccaccccatttgtactattgatatacacaggaaaaaagtctggacat 4118161  T
Q  121 tcacaaactccggtatcatctgttgcaaagaaaggtataggatccactatccacttaacaaaatcctcacttttgtaaagaataatttttccttcatctc 220  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| || ||  | |||| |||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||| |    
T  4118162 tcacaaactccagtattatctgttgcaaaaaatggatttggattcactgtccaattaacgaaatcctcactttggtaaagaatggttttcccttcatcac 4118261  T
Q  221 cattttgagcaccaatgattaccctccattttccatcctttccttgccatgcagttgaaggatctcggaattcaccgacttcaactccactaggtggagt 320  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  || | | |  ||||||||||| ||||||||||    
T  4118262 cattttgagcaccgacaattaccctccattttccatcttttccatgccatgcagttgaagggtctctaaagttatcctcttcaactccagtaggtggagt 4118361  T
Q  321 catcaaaggattttgaggatgtttttcccattcccttaagtaaggatcagacagattctttggcatggctaagttttgaacttggtgtctattttgatca 420  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||  |   |||  ||||||    
T  4118362 catcacaggattttgagggtgtttttcccattcccttaagaaagcgtctgttagattctttggtatagctaagttctgaacttcattcttatagtgatca 4118461  T
Q  421 attcctgtatacaacatagcaggtttt 447  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  4118462 attcctgtgtacaaaatagcaggtttt 4118488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 408
Target Start/End: Original strand, 4142696 - 4143097
Alignment:
Q  7 tcatgacgtctacgtagatagcttatcttcaagacacgtctaacacttgaattttccatagttgtatcaactccatttgtgttattgatatacacaggnn 106  Q
    ||||||| |||  ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| || ||||| ||  ||||||||||||||||      
T  4142696 tcatgacatcttagtagataacttatcttaaagacatgtctaacacttgaattttccacagatgtatccaccccattagtactattgatatacacaggaa 4142795  T
Q  107 nnnnntctggacattcacaaactccggtatcatctgttgcaaagaaaggtataggatccactatccacttaacaaaatcctcacttttgtaaagaataat 206  Q
         || |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||      
T  4142796 aaaaatccggacattcacaaacaccggtaccatctgttgcatagaatggattaggatctacaatccaattaacaaaatcctcacttctgtaaagaatagc 4142895  T
Q  207 ttttccttcatctccattttgagcaccaatgattaccctccattttccatcctttccttgccatgcagttgaaggatctcggaattcaccgacttcaact 306  Q
    ||||||||  || |||||| ||||||| || | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||| |||||||||    
T  4142896 ttttccttgttcgccatttcgagcacctatcagtactctccattttccatcttttccttgccatgcagttgaagggtctctaaactcacctacttcaact 4142995  T
Q  307 ccactaggtggagtcatcaaaggattttgaggatgtttttcccattcccttaagtaaggatcagacagattctttggcatggctaagttttgaacttggt 406  Q
    ||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||||  ||||||  |||| | ||| || || |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  4142996 ccattaggtgcagccatcaaaggattttgagggtgttttatccattctattaacttagggtctgatagatccttcggcatagctaagtattgaacttggt 4143095  T
Q  407 gt 408  Q
    ||    
T  4143096 gt 4143097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University