View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9048_low_11 (Length: 346)

Name: NF9048_low_11
Description: NF9048
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9048_low_11
NF9048_low_11
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-328)||(15327687-15328014)
chr5 (1-328)||(18710745-18711072)
chr5 (2-328)||(725408-725734)
chr5 (1-328)||(5603347-5603674)
chr5 (1-328)||(22454741-22455068)
chr5 (1-328)||(30451504-30451831)
chr5 (19-328)||(24415394-24415703)
chr5 (31-317)||(24297494-24297780)
chr5 (19-141)||(20951029-20951151)
chr5 (219-288)||(20951229-20951298)
chr5 (31-141)||(18382920-18383030)
chr5 (31-141)||(26199376-26199486)
chr5 (31-141)||(27415328-27415438)
chr5 (31-141)||(33942500-33942610)
chr5 (214-284)||(18383103-18383173)
chr5 (214-284)||(26199233-26199303)
chr5 (214-284)||(27415511-27415581)
chr5 (214-284)||(33942683-33942753)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-328)||(14935054-14935381)
chr4 (2-328)||(114898-115224)
chr4 (1-328)||(54696688-54697015)
chr4 (238-328)||(26815275-26815365)
chr4 (43-328)||(18127846-18128131)
chr4 (31-141)||(16268281-16268391)
chr4 (219-288)||(7843362-7843431)
chr4 (31-140)||(7843510-7843619)
chr4 (31-109)||(6695398-6695476)
chr4 (214-284)||(6695581-6695651)
chr4 (19-92)||(26815056-26815129)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (1-328)||(45496138-45496465)
chr8 (197-328)||(19753651-19753782)
chr8 (31-328)||(12918393-12918690)
chr8 (1-299)||(33598828-33599126)
chr8 (31-317)||(18235506-18235792)
chr8 (31-317)||(18244957-18245243)
chr8 (37-328)||(25048278-25048569)
chr8 (31-141)||(14888740-14888850)
chr8 (1-92)||(20737860-20737951)
chr8 (217-288)||(22834104-22834175)
chr8 (214-284)||(14888597-14888667)
chr8 (31-141)||(22833918-22834028)
chr8 (214-284)||(21209878-21209948)
chr8 (31-109)||(21210053-21210131)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (2-328)||(25508274-25508600)
chr3 (2-328)||(19687547-19687873)
chr3 (1-263)||(5147740-5148002)
chr3 (1-328)||(48981450-48981777)
chr3 (238-328)||(28361594-28361684)
chr3 (43-328)||(4363950-4364235)
chr3 (31-141)||(6425488-6425598)
chr3 (19-84)||(40090815-40090880)
chr3 (31-142)||(8976026-8976137)
chr3 (214-284)||(8976209-8976279)
chr3 (214-284)||(9540498-9540568)
chr3 (31-109)||(16404789-16404867)
chr3 (214-284)||(16404972-16405042)
chr3 (35-84)||(2158033-2158082)
chr3 (219-284)||(6425676-6425741)
chr3 (19-92)||(28361830-28361903)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (2-328)||(8997596-8997922)
chr6 (2-328)||(9006779-9007091)
chr6 (2-328)||(27747914-27748240)
chr6 (2-328)||(11376546-11376872)
chr6 (31-317)||(25897274-25897559)
chr6 (57-137)||(17945905-17945984)
chr6 (31-141)||(16901126-16901236)
chr6 (214-284)||(16901309-16901379)
chr6 (31-141)||(18163245-18163355)
chr6 (31-141)||(24929216-24929326)
chr6 (31-141)||(29562600-29562710)
chr6 (214-328)||(29562783-29562897)
chr6 (31-141)||(31359999-31360109)
chr6 (214-284)||(18163428-18163498)
chr6 (214-284)||(24929073-24929143)
chr6 (214-284)||(31360182-31360252)
[»] scaffold0096 (1 HSPs)
scaffold0096 (2-328)||(51765-52091)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (2-328)||(609482-609808)
chr7 (35-328)||(14641682-14641975)
chr7 (196-328)||(15178478-15178610)
chr7 (31-141)||(5388966-5389076)
chr7 (31-141)||(26306736-26306846)
chr7 (31-141)||(26359972-26360082)
chr7 (31-141)||(32101560-32101670)
chr7 (31-141)||(44900479-44900589)
chr7 (31-141)||(46500294-46500404)
chr7 (31-142)||(16139234-16139345)
chr7 (233-323)||(2469526-2469616)
chr7 (214-284)||(5388823-5388893)
chr7 (31-109)||(6537664-6537742)
chr7 (31-141)||(8504229-8504339)
chr7 (214-284)||(8504412-8504482)
chr7 (31-141)||(9542291-9542401)
chr7 (214-284)||(26306919-26306989)
chr7 (214-284)||(26359829-26359899)
chr7 (214-284)||(32101743-32101813)
chr7 (214-284)||(44900662-44900732)
chr7 (214-284)||(46500477-46500547)
chr7 (219-284)||(9542148-9542213)
[»] scaffold0028 (2 HSPs)
scaffold0028 (2-329)||(84572-84899)
scaffold0028 (1-328)||(101202-101529)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (2-328)||(24991803-24992129)
chr2 (1-328)||(1793732-1794059)
chr2 (19-141)||(27167031-27167153)
chr2 (25-141)||(22905319-22905435)
chr2 (219-288)||(22905513-22905582)
chr2 (219-288)||(27166884-27166953)
chr2 (31-141)||(18654398-18654508)
chr2 (31-141)||(45017530-45017640)
chr2 (214-284)||(9510672-9510742)
chr2 (31-109)||(9510847-9510925)
chr2 (214-284)||(18654581-18654651)
chr2 (214-284)||(45017713-45017783)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (2-328)||(166027-166353)
[»] scaffold0049 (3 HSPs)
scaffold0049 (2-328)||(17739-18065)
scaffold0049 (219-288)||(85431-85500)
scaffold0049 (16-141)||(85578-85703)
[»] scaffold0500 (2 HSPs)
scaffold0500 (92-328)||(8783-9019)
scaffold0500 (2-95)||(6602-6695)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (35-328)||(14278960-14279253)
chr1 (31-141)||(16158063-16158173)
[»] scaffold0773 (1 HSPs)
scaffold0773 (31-317)||(5845-6131)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (19-141)||(12725-12847)
scaffold0313 (219-288)||(12925-12994)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (19-141)||(148180-148302)
scaffold0003 (219-288)||(148380-148449)
[»] scaffold0142 (2 HSPs)
scaffold0142 (217-288)||(33805-33876)
scaffold0142 (32-141)||(33952-34061)
[»] scaffold0141 (2 HSPs)
scaffold0141 (219-288)||(29312-29381)
scaffold0141 (19-141)||(29112-29234)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (19-141)||(149843-149965)
[»] scaffold0010 (2 HSPs)
scaffold0010 (219-317)||(259836-259934)
scaffold0010 (31-109)||(259649-259727)
[»] scaffold0058 (2 HSPs)
scaffold0058 (31-141)||(51634-51744)
scaffold0058 (214-284)||(51491-51561)
[»] scaffold0611 (1 HSPs)
scaffold0611 (31-141)||(1224-1334)
[»] scaffold0254 (2 HSPs)
scaffold0254 (214-284)||(4477-4547)
scaffold0254 (31-109)||(4650-4728)
[»] scaffold0163 (1 HSPs)
scaffold0163 (35-84)||(18683-18732)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 15328014 - 15327687
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15328014 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 15327915  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15327914 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 15327815  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15327814 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 15327715  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15327714 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 15327687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 18710745 - 18711072
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18710745 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 18710844  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18710845 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcgggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 18710944  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18710945 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatctcttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 18711044  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18711045 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 18711072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 725734 - 725408
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  725734 ttattggtaagataaattctactaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgatagtggttt 725635  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  725634 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagtcagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 725535  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  725534 ttagatgaactccctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 725435  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  725434 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 725408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 5603347 - 5603674
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |  | ||||| |||||||| ||||| || |||     
T  5603347 attattggtaagaaaaatactgctaaaatcgaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctgctaagcataagtcaattatgtgatagtggtt 5603446  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||| |  || |||||| ||| ||| ||||||| ||||  ||| || |||||||| || ||||| || ||| |||  |||||  | ||||| |||||    
T  5603447 ttgaagtcaattttaaacctaacatatgtgaagtaaaacaaacatcctcgggaaaaattttctttactggttctagaataaaaaacttatatgttttata 5603546  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    | ||||||| || || | ||||||||| |||||     ||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||     
T  5603547 cctagatgatcttccagctgaatcatgttttatgggttttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagagctggacatgtaagtatgaaaactatttca 5603646  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  5603647 aaaatttcccaacttgatctagttagag 5603674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 22455068 - 22454741
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||| |  |||||||| || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||| |||||||| |||||||| |||     
T  22455068 attattggtaaaaataattctgctaaaatagaagacgttcaatatgttgaaggattaaaacacaacctactaagcataagtcaattatgtgacagtggtt 22454969  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||| |  || |||||  ||| ||| ||||| | |||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||     
T  22454968 ttgaagtaatctttaaacccaacatatgtgaagtcaaacaagtttctacaggaaacatcttttttactggctctcgaaagaaaaatctttatgttttatt 22454869  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
     ||||||||  | || | |||| | || || || |||  ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||||     
T  22454868 tttagatgatattccagctgaaacctgtttcatgtccaatgacaaagataaatggatttggcataaaagagctggacatgtcagtatgaaaactatttca 22454769  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| | ||  |||||||  |||||||||    
T  22454768 aaattatctcaactagacttagtaagag 22454741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 30451831 - 30451504
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||| | | | |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| ||||| || ||      
T  30451831 attattggtaaaaaagactctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtgatagtggct 30451732  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    |||||||||  ||||||||| | |||||    |||| |||   ||| ||||| || || || |||||||  ||| |||| |||||  | ||||  |||||    
T  30451731 ttgaagttattttcaaacctaatacatgtattgtaaaacatacatcctcaggtaagattttctttaccgcttctagaaagaaaaacctatatgctttata 30451632  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    |||||||||  | || |  ||| |||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||     
T  30451631 cttagatgatattccagcagaaacatgttttatgacacttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggacatataagtatgaaaactatttca 30451532  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||||  | ||||| ||||| |||||||    
T  30451531 aaaatcgccaaactggatcttgtaagag 30451504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 328
Target Start/End: Original strand, 24415394 - 24415703
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| ||||| || ||  | ||||||   |||||||    
T  24415394 tctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtgatagtggcttcgaagttgttttcaaac 24415493  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgt 218  Q
    || | | |||    |||| |||   ||| ||||| || || || |||||||  ||| |||| |||||  | ||||  ||||||||||||||  | || ||    
T  24415494 ctaatatatgtattgtaaaacatacatcctcaggtaagattttctttaccgcttctagaaagaaaaacctatatgctttatacttagatgatattccagt 24415593  T
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagat 318  Q
     ||| |||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| |||    
T  24415594 agaaacatgttttatgacacttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggacatataagtatgaaaactatttcaaaaatctccaaactggat 24415693  T
Q  319 ctagtaagag 328  Q
    || |||||||    
T  24415694 cttgtaagag 24415703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 24297780 - 24297494
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  || | |||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  24297780 gaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacataatctactaagcatcagtcaattatgtgacagtggctttgaagttatttttaaacctaacatatgtg 24297681  T
Q  131 aagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctt 230  Q
    |||| | ||||||  |  ||||||| ||  | || || || |||||||  |||||| | || || ||||   |||||||  | || | |||||| |||||    
T  24297680 aagtcaaacaagtgaccacaggaaatattctcttcactgggtctcgaatgaaaaatctctacgttttatttctagatgacattccagctgaatcttgctt 24297581  T
Q  231 tatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactaga 317  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| | || ||||| ||||| ||| |||||||    
T  24297580 tatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaaagagctggacatgtcagcatgaaaacaatttcaaaaatctcacaactaga 24297494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 20951029 - 20951151
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| ||| ||||    
T  20951029 tctgctaagatagaaaatgttcagtatgtagaaggtttgaaacacaatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatatttaaac 20951128  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
    || ||| ||| ||| ||||||||    
T  20951129 ctaacatatgtgaaataagacaa 20951151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Original strand, 20951229 - 20951298
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  20951229 tgaatcatgttttatttctcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggtcatataagtatg 20951298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 18382920 - 18383030
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  18382920 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 18383019  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  18383020 aagtcagacaa 18383030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 26199486 - 26199376
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  26199486 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 26199387  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  26199386 aagtcagacaa 26199376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 27415328 - 27415438
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  27415328 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 27415427  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  27415428 aagtcagacaa 27415438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 33942500 - 33942610
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  33942500 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 33942599  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  33942600 aagtcagacaa 33942610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 18383103 - 18383173
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  18383103 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 18383173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26199303 - 26199233
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  26199303 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 26199233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 27415511 - 27415581
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27415511 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 27415581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 33942683 - 33942753
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  33942683 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 33942753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 14935054 - 14935381
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14935054 attattggtaagataaattctgcaaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggtttaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 14935153  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14935154 ttgaagttaccttcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgttttata 14935253  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14935254 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 14935353  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14935354 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 14935381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 114898 - 115224
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  114898 ttattggtaagataaattctgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgatagtggttt 114997  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  114998 tgaagtaatattcaaacctcacacatgtgaagtcagacaaatatcttcaggaaaaatcctattttccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 115097  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  115098 ttagatgaactccctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 115197  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  115198 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 115224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 54697015 - 54696688
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||| | | | |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| ||||| || ||      
T  54697015 attattggtaaaaaagactctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtgatagtggct 54696916  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    | ||||||   ||||||||| ||| |||    |||| |||   ||| ||||| || || || |||||||  ||| |||| |||||  | ||||  |||||    
T  54696915 tcgaagttgttttcaaacctaacatatgtattgtaaaacatacatcctcaggtaagattttctttaccgcttctagaaagaaaaacctatatgctttata 54696816  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    |||||||||  | || |  ||| |||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| | ||||||||     
T  54696815 cttagatgatattccagcagaaacatgttttatgacacttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagaactggacatataagtatgaaaactatttca 54696716  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  54696715 aaaatctccaaactggatcttgtaagag 54696688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 238 - 328
Target Start/End: Original strand, 26815275 - 26815365
Alignment:
Q  238 cttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  26815275 cttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggacatataagtatgaaaactatttcaaaaatctccaaactggatcttgtaagag 26815365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 18128131 - 18127846
Alignment:
Q  43 tatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaag 142  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| || || || ||| |||||||||  || |||||| ||| ||| ||||||| || |     
T  18128131 tatgttgaagggttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgcgatagtggttttgaagttatttttaaacctaacatatgtgaagtaaaaccac 18128032  T
Q  143 tatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttga 242  Q
     ||  |||||||||   || || || || ||| |||| |||||| | ||| | ||||||||||||||  | || | ||||||||| |||||  |  ||||    
T  18128031 catgctcaggaaaagaattcttcactggttctagaaagaaaaatctatatcttttatacttagatgatattccaggtgaatcatgttttatgactattga 18127932  T
Q  243 aaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| || |||| ||||| ||| ||||| |||| |||| |||||| | | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  18127931 aaaagacaaatcgatttagcacaaaagagctgaacatgtaagtacgaaaactatttaaaaaatttccaaactagatctagtaagag 18127846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 16268281 - 16268391
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||  ||| |||||| ||| ||| |    
T  16268281 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtatttaaacctaacatatgtg 16268380  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||||||||||    
T  16268381 aagtaagacaa 16268391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 7843431 - 7843362
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    |||||| |||||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  7843431 tgaatcctgctttatgtctattgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataagtatg 7843362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 7843619 - 7843510
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |||||| ||| ||| |    
T  7843619 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaacctaacatatgtg 7843520  T
Q  131 aagtaagaca 140  Q
    ||||||||||    
T  7843519 aagtaagaca 7843510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Original strand, 6695398 - 6695476
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  6695398 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagtta 6695476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 6695581 - 6695651
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  6695581 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 6695651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 92
Target Start/End: Original strand, 26815056 - 26815129
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtga 92  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| |||||    
T  26815056 tctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtga 26815129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 45496465 - 45496138
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496465 attattggtaagataaattctgcaaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggtttaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 45496366  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45496365 ttgaagttaccttcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgttttata 45496266  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  45496265 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggttggacatataagtatgtatactatttcc 45496166  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496165 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 45496138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 197 - 328
Target Start/End: Original strand, 19753651 - 19753782
Alignment:
Q  197 tatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactat 296  Q
    ||||| |||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||    
T  19753651 tatacctagatgaattctctgtcgaatcatgttttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaaaggctggccatataagtatggaaacaat 19753750  T
Q  297 ttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| | ||| |||||||| |||||||||||||    
T  19753751 ttctagaatatcaaaacttgatctagtaagag 19753782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 328
Target Start/End: Original strand, 12918393 - 12918690
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |  || |||||  ||| ||| |    
T  12918393 gaaaatgttcaatatgttgaaggattaaaacataacctactaagcataagtcaattatgcgacagtggttttgaagtaatctttaaacccaacatatgtg 12918492  T
Q  131 aagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctt 230  Q
    |||| | |||||| ||| | |||||||  || || || || ||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||  | || | |||| | |||||    
T  12918493 aagtcaaacaagtctctactggaaaaaatttcttcactggctctagaaagaaaaatctttatgttttattcttagatgacattccagctgaaacttgctt 12918592  T
Q  231 tatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||| | || ||| | |||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||    
T  12918593 tatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaacgagctggacatgttagcatgaaaactatttcaaaaatttcacaactagacttagtaagag 12918690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 33599126 - 33598828
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||| |  || ||||| || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||| |||||||| |||||||| |||     
T  33599126 attattggtaaaaacaactctgctaaaatagaagacgttcaatatgttgaaggattaaaacacaacctactaagcataagtcaattatgtgacagtggtt 33599027  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||| |  || |||||  ||| ||| ||| | | |||||| ||| | ||||| ||||| || || || |||||||| |||||| ||||||| ||||     
T  33599026 ttgaagtaatctttaaacccaacatatgtgaaatcaaacaagtttctacgggaaacatctttttcactggctctcgaaagaaaaatctttatgtattatt 33598927  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttc 299  Q
     ||||||||  | || |  ||| |||| || || ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||||    
T  33598926 tttagatgatattccagccgaaacatgtttcatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaaagagctggacatgtcagtatgaaaactatttc 33598828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Original strand, 18235506 - 18235792
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  || | |||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  18235506 gaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacataatctactaagcatcagtcaattatgtgacagtggctttgaagttatttttaaacctaacatatgtg 18235605  T
Q  131 aagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctt 230  Q
    |||| | ||||||  |  ||||||| ||  | || || || |||||||  |||||| | || || ||||   |||||||  | || | |||||| |||||    
T  18235606 aagtcaaacaagtgaccacaggaaatattctcttcactgggtctcgaatgaaaaatctctacgttttatttctagatgacattccagctgaatcttgctt 18235705  T
Q  231 tatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactaga 317  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| | || ||||| ||||| ||| |||||||    
T  18235706 tatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaaagagctggacatgtcagcatgaaaacaatttcaaaaatctcacaactaga 18235792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Original strand, 18244957 - 18245243
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  || | |||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  18244957 gaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacataatctactaagcatcagtcaattatgtgacagtggctttgaagttatttttaaacctaacatatgtg 18245056  T
Q  131 aagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctt 230  Q
    |||| | ||||||  |  ||||||| ||  | || || || |||||||  |||||| | || || ||||   |||||||  | || | |||||| |||||    
T  18245057 aagtcaaacaagtgaccacaggaaatattctcttcactgggtctcgaatgaaaaatctctacgttttatttctagatgacattccagctgaatcttgctt 18245156  T
Q  231 tatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactaga 317  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| | || ||||| ||||| ||| |||||||    
T  18245157 tatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaaagagctggacatgtcagcatgaaaacaatttcaaaaatctcacaactaga 18245243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 25048569 - 25048278
Alignment:
Q  37 gttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaa 136  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| || ||| | ||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| ||||| |    
T  25048569 gttcaatatgttgaaggtttgaaacataatttactaagcattagtcaattatgtgacagtggctttgaagttatttttaaacctaacatatgtgaagtca 25048470  T
Q  137 gacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatc 236  Q
      |||||  |  | ||||| || |  || || || |||||||  |||||| ||||||| ||||  ||||||||  | || | |||||| ||||||||  |    
T  25048469 agcaagtgaccacgggaaatatttccttcactggctctcgaatgaaaaatctttatgttttatttttagatgacattccagctgaatcttgctttatgcc 25048370  T
Q  237 ccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    | |||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || ||||| ||||| ||| |||||||  |||||||||    
T  25048369 cattgataaagacaaatgaatttggcataaaagagctggacatgttagtatgaaaacaatttcaaaaatctcacaactagacttagtaagag 25048278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 14888850 - 14888740
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |||||| ||| ||| |    
T  14888850 gaaaatgttcagtatgtagaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaacctaacatatgtg 14888751  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||||||||||    
T  14888750 aagtaagacaa 14888740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Original strand, 20737860 - 20737951
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtga 92  Q
    ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| |||||    
T  20737860 attattggtaagaaagactctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtga 20737951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 288
Target Start/End: Original strand, 22834104 - 22834175
Alignment:
Q  217 gttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    |||||||| || ||||| || |||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  22834104 gttgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatagatttggcacaaaagggctggtcatataagtatg 22834175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 14888667 - 14888597
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| |||||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  14888667 cctgctgaatcctgctttatgtctattgaaaaagacaaatggatctggcataaaagggctggtcatataag 14888597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 22833918 - 22834028
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |||||| ||| ||| |    
T  22833918 gaaaatgttcagtatgtagaaggttcaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaacctaacatatgtg 22834017  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||||||||||    
T  22834018 aagtaagacaa 22834028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 21209948 - 21209878
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21209948 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 21209878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 21210131 - 21210053
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  21210131 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagtta 21210053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 25508600 - 25508274
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||| |    
T  25508600 ttattggtaagataaattctgcaaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggtttaaaacacaacttgatcatcatcagtcaattgtgtgacagtggttt 25508501  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||    
T  25508500 tgaagtgacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagaatcttcaggaaaaatcttatttaccggatcaagaaataaaaatgtttatgttttatac 25508401  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |    
T  25508400 ttagatgaactccctgttgaatcctgtttaatatctcttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggctggacatataagtattgaaaccatttcaa 25508301  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||    
T  25508300 aaatatcaaaacttgatctagtaagag 25508274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 19687547 - 19687873
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  19687547 ttattggtaagataaattctgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgacagtggttt 19687646  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  19687647 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 19687746  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  19687747 ttagatgaactctctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggatagatggatttggcacaaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 19687846  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||  ||| |||||||||    
T  19687847 gaatatcaaaacatgatttagtaagag 19687873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 5148002 - 5147740
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||     
T  5148002 attattgttaaaataaattctgcaaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggtttaaaacataacttgattagcatcagtcaattgtgtgatagtggtt 5147903  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| |||||    
T  5147902 ttgaagtaacattcaaacctcacacatgagaagtaagacaagaatcttcaggaaatatcttgtttaccggatcaaagaacaaaaatgtttatgttttata 5147803  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggca 263  Q
    |||||||||||||||| | ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5147802 cttagatgaactccctatcgaatcttgttttatatctcttgaaaaagataaatggatttggca 5147740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 48981450 - 48981777
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |  | ||||| |||||||| ||||| || |||     
T  48981450 attattggtaagaaaaatactgctaaaatcgaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctgctaagcataagtcaattatgtgatagtggtt 48981549  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||| |  || |||||| ||| ||| ||||||| ||||  ||| || |||||||| || ||||| || ||| |||  |||||  | ||||| |||||    
T  48981550 ttgaagtcaattttaaacctaacatatgtgaagtaaaacaaacatcctcgggaaaaattttctttactggttctagaataaaaaacttatatgttttata 48981649  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    | ||||||| || || | ||||||||| |||||     ||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||     
T  48981650 cctagatgatcttccagctgaatcatgttttatgggttttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagagctggacatgtaagtatgaaaactatttca 48981749  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  48981750 aaaatttcccaacttgatctagttagag 48981777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 238 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 28361684 - 28361594
Alignment:
Q  238 cttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  28361684 cttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggacatataagtatgaaaactatttcaaaaatctccaaactggatctcgtaagag 28361594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4364235 - 4363950
Alignment:
Q  43 tatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaag 142  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| || || || ||| |||||||||  || |||||| ||| ||| ||||||| || |     
T  4364235 tatgttgaagggttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgcgatagtggttttgaagttatttttaaacctaacatatgtgaagtaaaaccac 4364136  T
Q  143 tatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttga 242  Q
     ||  |||||||||   || || || || ||| |||| |||||| | ||| | ||||||||||||||  | || | ||||||||| |||||  |  ||||    
T  4364135 catgctcaggaaaagaattcttcactggttctagaaagaaaaatctatatcttttatacttagatgatattccaggtgaatcatgttttatgactattga 4364036  T
Q  243 aaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| || |||| ||||| ||| ||||| |||| |||| |||||| | | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4364035 aaaagacaaatcgatttagcacaaaagagctgaacatgtaagtacgaaaactatttaaaaaatttccaaactagatctagtaagag 4363950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 6425488 - 6425598
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  6425488 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 6425587  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  6425588 aagtcagacaa 6425598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 40090880 - 40090815
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaa 84  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  40090880 tctgctaagattaagaatgttcaatatgtagaaggtttaaaacataacttgctaagcatcagtcaa 40090815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 142
Target Start/End: Original strand, 8976026 - 8976137
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||| ||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  8976026 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattatgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 8976125  T
Q  131 aagtaagacaag 142  Q
    |||| |||||||    
T  8976126 aagtcagacaag 8976137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 8976209 - 8976279
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8976209 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 8976279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 9540498 - 9540568
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9540498 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 9540568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Original strand, 16404789 - 16404867
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  16404789 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagtta 16404867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 16404972 - 16405042
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16404972 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 16405042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 84
Target Start/End: Original strand, 2158033 - 2158082
Alignment:
Q  35 atgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaa 84  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  2158033 atgttcaatatgtagaaggtttaaaacataacttgctaagcatcagtcaa 2158082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 284
Target Start/End: Original strand, 6425676 - 6425741
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  6425676 tgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 6425741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 28361903 - 28361830
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtga 92  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| |||||    
T  28361903 tctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtga 28361830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 8997596 - 8997922
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  8997596 ttattggtaagataaattctgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgacagtggttt 8997695  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  8997696 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagtcagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 8997795  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  8997796 ttagatgaactccctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 8997895  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  8997896 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 8997922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 9006779 - 9007091
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  9006779 ttattggtaagataaattccgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggactgaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgacagtggttt 9006878  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||              ||||||||||||| | |||||||||||  |||| |||||||| ||    ||||||    
T  9006879 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaa--------------ttcaggaaaaatcctttttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactttatac 9006964  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  9006965 ttagatgaactccctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggcaggtcatataagtatggaaacaatttcca 9007064  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  9007065 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 9007091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27748240 - 27747914
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||  | |||    
T  27748240 ttattggtaagataaactctgaaaaaattgaaaatgttcaatatgtggaaggtttaaaacataacttgatcagcataagtcaattatgtgacaatgatct 27748141  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| |  |||||| | || ||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||      
T  27748140 tgaagtaattttcaaaacccatacatgtgaagttaaacaagtatcctcaggaaaaatcttgtttaccggatcaagaaacaaaaatgtttatgttttattt 27748041  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||||| || || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  27748040 ttagatgaactccctattgaatcctgttttatttctctcgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggctggacatataagtatggaaactatttcaa 27747941  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||    
T  27747940 aaatatcaagacttgatctagtaagag 27747914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 11376546 - 11376872
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| || | ||| |||||||| | |||||  |||||    
T  11376546 ttattggtaagataaattctgcaaaaattgaaaaagtttaatatgtggaaggtttaaaacataacttgatcaacataagtcaattatttgacaatggtct 11376645  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||  ||||||||||||| |||||     
T  11376646 tgaagtaactttcaaaactcacacatgcgaagttagacaagaatcctcaggaaaaatcttgtttactggatcaagaaattaaaatgtttatgttttatat 11376745  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || || |    
T  11376746 ttagatgaactccctgttgaatcccgttttatatctcttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggctggacatataagtctggaaacaatctcaa 11376845  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||| |||| ||| | |||||||||||    
T  11376846 aaatatcaagacttgttctagtaagag 11376872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Original strand, 25897274 - 25897559
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  || | ||||||| |||||| |||||||| ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  25897274 gaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacataatctactaagcatcattcaattatgtgacagtggctttgaagttatttt-aaacctaacatatgtg 25897372  T
Q  131 aagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctt 230  Q
    |||| | ||||||  |  ||||||| ||  | || || || |||||||  |||||| | || || ||||   |||||||  | || | |||||| |||||    
T  25897373 aagtcaaacaagtgaccacaggaaatattctcttcactgggtctcgaatgaaaaatctctacgttttatttctagatgacattccagctgaatcttgctt 25897472  T
Q  231 tatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactaga 317  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| | || ||||| ||||| ||| |||||||    
T  25897473 tatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaaagagctggacatgtcagcatgaaaacaatttcaaaaatctcacaactaga 25897559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 57 - 137
Target Start/End: Original strand, 17945905 - 17945984
Alignment:
Q  57 aaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaag 137  Q
    |||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||  ||| || |||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17945905 aaaacacaacttgatcaacatcaatcaattgtgtgacat-ggttttaaagtaaccttcaaacctcacacatgcgaagtaag 17945984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 16901126 - 16901236
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  16901126 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatttttaaacctaacatatgtg 16901225  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  16901226 aagtcagacaa 16901236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 16901309 - 16901379
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16901309 cctgctgaatcttgttttatatctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 16901379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 18163245 - 18163355
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  18163245 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 18163344  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  18163345 aagtcagacaa 18163355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 24929326 - 24929216
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  24929326 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 24929227  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  24929226 aagtcagacaa 24929216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 29562600 - 29562710
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |||||| ||| ||| |    
T  29562600 gaaaatgttcagtatgtagaaggttaaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaacctaacatatgtg 29562699  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||||||||||    
T  29562700 aagtaagacaa 29562710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 328
Target Start/End: Original strand, 29562783 - 29562897
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaac 313  Q
    ||||||||||| || ||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| | || ||| ||||| ||||  |||    
T  29562783 cctgttgaatcttgttttatgtctattgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataagcatgaaaaccattgccaaactttctcaac 29562882  T
Q  314 tagatctagtaagag 328  Q
    | |||||||| ||||    
T  29562883 ttgatctagttagag 29562897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 31359999 - 31360109
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  31359999 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 31360098  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  31360099 aagtcagacaa 31360109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 18163428 - 18163498
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  18163428 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 18163498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24929143 - 24929073
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24929143 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 24929073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 31360182 - 31360252
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  31360182 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 31360252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0096 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0096
Description:

Target: scaffold0096; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 51765 - 52091
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  51765 ttattggtaagataaattctgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgatagtggttt 51864  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  51865 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagtcagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 51964  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  51965 ttagatgaactccctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 52064  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  52065 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 52091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 609482 - 609808
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  609482 ttattggtaagataaattctgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgatagtggttt 609581  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  609582 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagtcagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 609681  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  609682 ttagatgaactccctgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 609781  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  609782 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 609808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 14641975 - 14641682
Alignment:
Q  35 atgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagt 134  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |  || ||| |  ||| ||| |||||    
T  14641975 atgttcaatatgttgaaggattaaaacataacctactaagcataagtcaattatgcgacagtggttttgaagtaatctttaaatccaacatatgtgaagt 14641876  T
Q  135 aagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttata 234  Q
     | |||||| ||| | |||||||| || || || || ||| || | |||||| ||||||| |||| |||||||||  | || | |||| | ||||||||     
T  14641875 caaacaagtctctactggaaaaattttcttcactggttctagacagaaaaatctttatgttttattcttagatgacattccagctgaaacttgctttatg 14641776  T
Q  235 tcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| || | || ||||| ||||||||||||||| | ||||||||| | || ||| | || ||||| ||||||||| |||||||  |||||||||    
T  14641775 tccattaacaaagataagtggatttggcataaacgagctggacatgtgagcatgaaaacgatttcaaaaatttcacaactagacttagtaagag 14641682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 196 - 328
Target Start/End: Original strand, 15178478 - 15178610
Alignment:
Q  196 ttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatacta 295  Q
    ||||||||||||||  | || | |||| |||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  15178478 ttatacttagatgatattccagctgaaacatgttttatgacgcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggacatataagtatgaaaacta 15178577  T
Q  296 tttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  15178578 tttcaaaaatctccaaactggatcttgtaagag 15178610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 5389076 - 5388966
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  5389076 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 5388977  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  5388976 aagtcagacaa 5388966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 26306736 - 26306846
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  26306736 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 26306835  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  26306836 aagtcagacaa 26306846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 26360082 - 26359972
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  26360082 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 26359983  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  26359982 aagtcagacaa 26359972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 32101560 - 32101670
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  32101560 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 32101659  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  32101660 aagtcagacaa 32101670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 44900479 - 44900589
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  44900479 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 44900578  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  44900579 aagtcagacaa 44900589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 46500294 - 46500404
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  46500294 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 46500393  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  46500394 aagtcagacaa 46500404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 16139345 - 16139234
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||| ||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  16139345 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattatgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 16139246  T
Q  131 aagtaagacaag 142  Q
    |||| |||||||    
T  16139245 aagtcagacaag 16139234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 323
Target Start/End: Original strand, 2469526 - 2469616
Alignment:
Q  233 tatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagt 323  Q
    |||| ||||||||  |||| |||||||||||||||| || ||| | | | || |||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||    
T  2469526 tatctcttgaaaaaaataagtggatttggcataaaaaggatggtcctgtcagaatggatactatttccaagctttcaaaatttgatctagt 2469616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 5388893 - 5388823
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  5388893 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 5388823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Original strand, 6537664 - 6537742
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  6537664 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagtta 6537742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 8504229 - 8504339
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| ||  |  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  8504229 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtagatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 8504328  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  8504329 aagtcagacaa 8504339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 8504412 - 8504482
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8504412 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 8504482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 9542401 - 9542291
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |||||| ||| ||| |    
T  9542401 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaacctaacatatgtg 9542302  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  9542301 aagtcagacaa 9542291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 26306919 - 26306989
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  26306919 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 26306989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26359899 - 26359829
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  26359899 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 26359829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 32101743 - 32101813
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32101743 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 32101813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 44900662 - 44900732
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  44900662 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 44900732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 46500477 - 46500547
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  46500477 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 46500547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9542213 - 9542148
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9542213 tgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 9542148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 2 - 329
Target Start/End: Original strand, 84572 - 84899
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  84572 ttattggtaagataaactctacaaaaattgaaaatgttcaataggtagaaggattaaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgacagtgatct 84671  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  84672 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcaaagtaagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 84771  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  84772 ttagatgaactccttgtcgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatgcatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 84871  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagagt 329  Q
     ||| |||||||| ||| ||||| ||||    
T  84872 gaatatcaaaacttgatttagtaggagt 84899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 101529 - 101202
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||| | | | |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| ||||| || ||      
T  101529 attattggtaaaaaagactctgcaaaaattgaggatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctactaagcataagtcaattatgtgatagtggct 101430  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    | ||||||   ||||||||| ||| |||    |||| |||   ||| ||||| || || || |||||||  ||| |||| |||||  | ||||  |||||    
T  101429 tcgaagttgttttcaaacctaacatatgtattgtaaaacatacatcctcaggtaagattttctttaccgcttctagaaagaaaaacctatatgctttata 101330  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    |||||||||  | || |  ||| |||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||     
T  101329 cttagatgatattccagcagaaacatgttttatgacacttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggacatataagtatgaaaactatttca 101230  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  101229 aaaatctccaaactggatcttgtaagag 101202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 24991803 - 24992129
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  24991803 ttattggtaagataaattctgctaaaattgaaaatgttcaatatgtagaaggatttaaacataacctaattagcatcagtcaattgtgtgatagtggttt 24991902  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||     |||||    
T  24991903 tgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagttagacaaatatcttcaggaaaaatcctatttaccggatcaagaaataaaaatgtctacactctatac 24992002  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  24992003 ttagatgaaatccatgtcgaatcatgttttatatcccttgaaagggataaatggatttggcataaaagggcaggccatataagtatggaaacaatttcca 24992102  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
     ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  24992103 gaatatcaaaacttgatttagtaagag 24992129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 1793732 - 1794059
Alignment:
Q  1 attattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtc 100  Q
    ||||||||||||| |||| |||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |  | ||||| |||||||| ||||| || |||     
T  1793732 attattggtaagaaaaatactgctaaaatcgaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacacaatctgctaagcataagtcaattatgtgatagtggtt 1793831  T
Q  101 ttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttata 200  Q
    ||||||| |  || |||||| ||| ||| ||||||| ||||  ||| || |||||||| || ||||| || ||| |||  |||||  | ||||| |||||    
T  1793832 ttgaagtcaattttaaacctaacatatgtgaagtaaaacaaacatcctcgggaaaaattttctttactggttctagaataaaaaacttatatgttttata 1793931  T
Q  201 cttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcc 300  Q
    | ||||||| || || | ||||||||| |||||     ||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||     
T  1793932 cctagatgatcttccagctgaatcatgttttatgggttttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagagctggacatgtaagtatgaaaactatttca 1794031  T
Q  301 aaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  1794032 aaaatttcccaacttgatctagttagag 1794059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 27167153 - 27167031
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| ||| ||||    
T  27167153 tctgctaagatagaaaatgttcagtatgtagaaggtttgaaacacaatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatatttaaac 27167054  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
    || ||| ||| ||| ||||||||    
T  27167053 ctaacatatgtgaaataagacaa 27167031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 25 - 141
Target Start/End: Original strand, 22905319 - 22905435
Alignment:
Q  25 aagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcaca 124  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| ||| |||||  |||    
T  22905319 aagatagaaaatgttcagtatgtagaaggttttaaacacaatctacttagcattagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatatttaaaccaaaca 22905418  T
Q  125 catgcgaagtaagacaa 141  Q
     ||| ||||||||||||    
T  22905419 tatgtgaagtaagacaa 22905435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Original strand, 22905513 - 22905582
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  22905513 tgaatcatgttttatttctcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggtcatataagtatg 22905582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27166953 - 27166884
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  27166953 tgaatcatgttttatttctcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggtcatataagtatg 27166884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 18654398 - 18654508
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  18654398 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 18654497  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  18654498 aagtcagacaa 18654508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 45017530 - 45017640
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  45017530 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttatttttaaacctaacatatgtg 45017629  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  45017630 aagtcagacaa 45017640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9510742 - 9510672
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9510742 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 9510672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 9510925 - 9510847
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  9510925 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagtta 9510847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 18654581 - 18654651
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  18654581 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 18654651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 45017713 - 45017783
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  45017713 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 45017783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 171; Significance: 9e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 166027 - 166353
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  166027 ttattggtaagataaattctgcaaaaattgaaaatgttcaatatgtggaaggtttaaaacataacttgatcagcataagtcaattatgtgacagtggtct 166126  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||     
T  166127 tgaagtaactttcaaaactcacacatgcgaagttaaacaagaatcctcaggaaaaatcttgtttaccggatcaagaaataaaaatgtttatgttttatat 166226  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    |||||| |||||||| ||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || |    
T  166227 ttagattaactccctattgaatcctgttttatatctctagaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggctggacatataagtatggaaacaatctcga 166326  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||| |||| ||| ||| |||||||||    
T  166327 aaatatcaagacttgatatagtaagag 166353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 3)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 328
Target Start/End: Original strand, 17739 - 18065
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtct 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||  |||||    
T  17739 ttattggtaagataaattttgcaaaaattgaaaatgttcaatatgtggaaggtttaaaacataacttgatcagcataagtcaattatgtgacaatggtct 17838  T
Q  102 tgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatac 201  Q
    || ||| |  |||||| | |||||||| ||||| | ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||     
T  17839 tgtagtaattttcaaaacccacacatgtgaagttaaacaagaatcctcaggaaaaatcttgtttaccggatcaagaaacaaaaatgtttatgttttatat 17938  T
Q  202 ttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttcca 301  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |    
T  17939 ttagatgaactccttgttgaatcctgttttatatctctcgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggttggacatataagtatggaaacaatttcaa 18038  T
Q  302 aaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||    
T  18039 aaatatcaagacttgatctagtaagag 18065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 85500 - 85431
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  85500 tgaatcttgctttatgtctcttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggctggtcatataagtatg 85431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 85703 - 85578
Alignment:
Q  16 aattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattca 115  Q
    |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |    
T  85703 aattctgctaatatagaaaatgttcagtatgttgaaggtttaaaatataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtcttta 85604  T
Q  116 aacctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  85603 aacctaacatatgtgaagtaagacaa 85578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 2)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 92 - 328
Target Start/End: Original strand, 8783 - 9019
Alignment:
Q  92 acagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgttta 191  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  8783 acagtggtcttgaagtaatattcaaacctcacacatgcgaagtaagacaaatatcttcaggaaaaatcttatttaccggatcaagaaataaaaatgttta 8882  T
Q  192 tgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggat 291  Q
         |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  8883 cactctatagtcagatgaactccctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggatggccatataagtatggaa 8982  T
Q  292 actatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    || ||||| | ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  8983 acaatttctagaatatcaaaacttgatttagtaagag 9019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 95
Target Start/End: Original strand, 6602 - 6695
Alignment:
Q  2 ttattggtaagataaattctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacag 95  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6602 ttattggtaagataaattcagctaaaattaaaaatgttcaatacgtagaaggattaaaacataatttaattagcatcagtcaattgtgtgacag 6695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 14279253 - 14278960
Alignment:
Q  35 atgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcgaagt 134  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |  || |||||  ||| ||| |||||    
T  14279253 atgttcaatatgttgaaggattaaaacacaacctactaagcataagtcaattatgtgacagtggttttgaagtaatctttaaacccaacatatgtgaagt 14279154  T
Q  135 aagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctttata 234  Q
     | |||||| ||| | |||||||  || || || |  ||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||  | || | |||| | ||||||||     
T  14279153 caaacaagtctctactggaaaaaatttcttcactgcctctagaaagaaaaatctttatgttttattcttagatgacattccagctgaaacttgctttatg 14279054  T
Q  235 tcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactagatctagtaagag 328  Q
    ||| |||| || |||||||||||||| |||||| | ||||||||| | || ||| | |||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||    
T  14279053 tccattgacaaagataaatggatttgacataaacgagctggacatgttagcatgaaaactatttcaaaaatttcacaactagacttagtaagag 14278960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 16158063 - 16158173
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| ||||||||||| || || ||  |||||||||  || |||||| ||| ||| |    
T  16158063 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgcgatagtggatttgaagttatctttaaacctaacatatgtg 16158162  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||| ||||||    
T  16158163 aagtcagacaa 16158173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0773 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0773
Description:

Target: scaffold0773; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 31 - 317
Target Start/End: Original strand, 5845 - 6131
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || | ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |  || |||||  ||| ||| |    
T  5845 gaaaatgttcaatatattgaaggattaaaacataacctactaagcataagtcaattatgcgacagtggttttgaagtaatctttaaacccaacatatgtg 5944  T
Q  131 aagtaagacaagtatcttcaggaaaaatcttatttaccggatctcgaaacaaaaatgtttatgtcttatacttagatgaactccctgttgaatcatgctt 230  Q
    |||| | |||||| ||| | |||||||  || || || |  ||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||  | || | |||| | |||||    
T  5945 aagtcaaacaagtctctactggaaaaaatttcttcactgactctagaaagaaaaatctttatgttttattcttagatgacattccagctgaaacttgctt 6044  T
Q  231 tatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactaga 317  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||| | || ||| | |||||||| ||||||||| |||||||    
T  6045 tatgtccattgacaaagataaatggatttggcataaacgagctggacatgttagcatgaaaactatttcaaaaatttcacaactaga 6131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 12725 - 12847
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  || ||||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||||| ||| ||||    
T  12725 tctgctaagatagaaaatgttcagtatgtagaaggtttaaaacacaatctacttagcataagtcaattatgtgatagtggatttgaagttatatttaaac 12824  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
    || ||| ||| ||| ||||||||    
T  12825 ctaacatatgtgaaataagacaa 12847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Original strand, 12925 - 12994
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    ||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  12925 tgaatcatgtttcatctctcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggtcatataagtatg 12994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 148180 - 148302
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  || |||| || |||||||||||||| |  ||  ||||||||| ||| ||||    
T  148180 tctgctaagatagaaaatgttcagtatgtagaaggtttaaaacacaatctacttagtataagtcaattgtgtgataatggatttgaagttatatttaaac 148279  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
    || ||| ||| ||||||||||||    
T  148280 ctaacatatgtgaagtaagacaa 148302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Original strand, 148380 - 148449
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    ||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  148380 tgaatcatgtttcatctctcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagagctggtcatataagtatg 148449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0142
Description:

Target: scaffold0142; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 217 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 33876 - 33805
Alignment:
Q  217 gttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  33876 gttgaatcatgttttatgtctcttgaaaaagataaatggatttggcacaaaagggttggtcatataagtatg 33805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 34061 - 33952
Alignment:
Q  32 aaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcga 131  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||  || ||||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||||  ||| |||||| ||| ||| ||    
T  34061 aaaatgttcagtatgtagaaggtttgaaacataatctacttagcataagtcaattatgtgatagtggatttgaagttgtatttaaacctaacatatgtga 33962  T
Q  132 agtaagacaa 141  Q
    | ||||||||    
T  33961 aataagacaa 33952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 2)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 288
Target Start/End: Original strand, 29312 - 29381
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatg 288  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  29312 tgaatcttgctttatgtctcttgaaaaagacaaatggatttggcacaaaagggctggtcatataagtatg 29381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 29112 - 29234
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || ||||    
T  29112 tctgctaagatagaaaatgttcagtatgtagaaggtttaaaaaataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaac 29211  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
    || ||| ||| ||||||||||||    
T  29212 ctaacatatgtgaagtaagacaa 29234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 149843 - 149965
Alignment:
Q  19 tctgcaaagattgaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaac 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || ||||    
T  149843 tctgctaagatagaaaatgttcagtatgtagaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaac 149942  T
Q  119 ctcacacatgcgaagtaagacaa 141  Q
     | ||| ||| ||||||||||||    
T  149943 gtaacatatgtgaagtaagacaa 149965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 219 - 317
Target Start/End: Original strand, 259836 - 259934
Alignment:
Q  219 tgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataagtatggatactatttccaaaatttcaaaactaga 317  Q
    |||||| |||||||| ||| |||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || ||||| ||||| ||| |||||||    
T  259836 tgaatcttgctttatgtccattgataaagataaattgatttggcataaaagagctggacatgtcagtatgaaaacaatttcaaaaatctcacaactaga 259934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Original strand, 259649 - 259727
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  || | ||||||| |||||| |||||||| ||  |||||||||    
T  259649 gaaaatgttcaatatgttgaaggtttaaaacataatctactaagcatcactcaattatgtgacagtggctttgaagtta 259727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 51744 - 51634
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||   || |||||| ||| ||| |    
T  51744 gaaaatgttcagtatgttgaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtctttaaacctaacatatgtg 51645  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||||||||||    
T  51644 aagtaagacaa 51634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 51561 - 51491
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| |||||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  51561 cctgctgaatcctgctttatgtctattgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 51491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0611 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0611
Description:

Target: scaffold0611; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 141
Target Start/End: Original strand, 1224 - 1334
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagttacattcaaacctcacacatgcg 130  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||    | |||||| ||| ||| |    
T  1224 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagttgtccttaaacctaacatatgtg 1323  T
Q  131 aagtaagacaa 141  Q
    |||||||||||    
T  1324 aagtaagacaa 1334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4547 - 4477
Alignment:
Q  214 cctgttgaatcatgctttatatcccttgaaaaggataaatggatttggcataaaagggctggacatataag 284  Q
    |||| |||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4547 cctgctgaatcttgttttatgtctcttgaaaaagacaaatggatctggcacaaaagggctggtcatataag 4477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 4728 - 4650
Alignment:
Q  31 gaaaatgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaattgtgtgacagcggtcttgaagtta 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  || ||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  4728 gaaaatgttcagtatgtggaaggtttaaaacataatctacttagcataagtcaattgtgtgatagtggatttgaagtta 4650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0163 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0163
Description:

Target: scaffold0163; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 84
Target Start/End: Original strand, 18683 - 18732
Alignment:
Q  35 atgttcaatatgtagaaggattaaaacacaacttaattagcatcagtcaa 84  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  18683 atgttcaatatgtagaaggtttaaaacataacttgctaagcatcagtcaa 18732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University