View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9049_low_4 (Length: 524)

Name: NF9049_low_4
Description: NF9049
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9049_low_4
NF9049_low_4
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-524)||(1717561-1718084)
chr1 (93-322)||(38483409-38483633)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (4-455)||(26647348-26647799)
chr3 (5-382)||(19951469-19951846)
chr3 (50-461)||(20015518-20015926)
chr3 (63-461)||(26653554-26653949)
chr3 (5-461)||(19818908-19819361)
chr3 (49-449)||(24839303-24839703)
chr3 (63-448)||(19956490-19956872)
chr3 (5-449)||(19838741-19839182)
chr3 (113-455)||(20033657-20033999)
chr3 (63-461)||(19832275-19832671)
chr3 (11-358)||(19858423-19858770)
chr3 (4-456)||(19812630-19813079)
chr3 (50-455)||(20046513-20046915)
chr3 (63-511)||(19989934-19990376)
chr3 (5-461)||(20035920-20036373)
chr3 (49-312)||(19944106-19944369)
chr3 (92-358)||(19853932-19854198)
chr3 (49-487)||(19849388-19849823)
chr3 (4-258)||(17115060-17115311)
chr3 (63-258)||(26652121-26652316)
chr3 (306-357)||(20007693-20007744)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (8-461)||(9815385-9815835)
chr5 (49-455)||(26354250-26354653)
chr5 (199-455)||(38434912-38435168)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (50-312)||(22689139-22689401)
chr8 (106-461)||(22655633-22655985)
chr8 (49-382)||(11544462-11544792)
chr8 (294-382)||(11563819-11563907)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (206-381)||(39191373-39191548)
chr2 (92-188)||(39191598-39191696)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (49-321)||(12579545-12579817)
chr7 (93-307)||(12495462-12495677)
chr7 (93-188)||(12519382-12519478)
chr7 (221-322)||(12581822-12581923)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (53-188)||(6397324-6397461)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 524
Target Start/End: Original strand, 1717561 - 1718084
Alignment:
Q  1 gaccaaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgatttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1717561 gaccaaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgatttt 1717660  T
Q  101 atttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1717661 atttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaa 1717760  T
Q  201 tgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatgga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1717761 tgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatgga 1717860  T
Q  301 tcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttcca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  1717861 tcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgataaaaaaatgtattttcca 1717960  T
Q  401 tcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtatctggcagcaacgattttgttaagaaaagtgcgcagcaga 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1717961 tcgagattttttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtatctggcagcaacgattttgttaagaaaagtgtgcagcaga 1718060  T
Q  501 agagacgtgcatgttcaacgaaac 524  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  1718061 agagatgtgcatgttcaacgaaac 1718084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 93 - 322
Target Start/End: Original strand, 38483409 - 38483633
Alignment:
Q  93 atgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtgga 192  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||  ||||||||| | |||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||   |    
T  38483409 atgattttctttagcgtccatattttagatatgatgataagtgtggtttgttttatcaaaatgatgcacttttggtaccgtttaagaaatatttgg---a 38483505  T
Q  193 tgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaattt 292  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||  |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||    
T  38483506 taaacaaatgctctcatttgttatatgcttgagagtttttgagcttgttagatttgagactatagagcagtatttg--tcatagagttgctatgcaattt 38483603  T
Q  293 ggaatggatcaagatgttccaagtgatgtg 322  Q
    || |||||| |||||||| ||||| |||||    
T  38483604 ggtatggattaagatgttacaagttatgtg 38483633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 4 - 455
Target Start/End: Original strand, 26647348 - 26647799
Alignment:
Q  4 caaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaaga-cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttat 102  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||| || | || |||| ||||||||||||   ||||| || | || |||| || ||| ||||||||||| |    
T  26647348 caaccaaggagaccctttgttgtttaggtggcataag-gttaagatcttgaaaattgacagtgttaagtgggcactagattcggctgttgatgattttct 26647446  T
Q  103 ttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatg 202  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26647447 ttggcgtccttatgttagatatgctgataagtgtgaattgttttatccaaatgatgaaatttcggtaccatttaagaaagatttggttgatgaacaaatg 26647546  T
Q  203 ctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatc 302  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26647547 ctctcatttgttatatgcttgagagtttctgagcttgttggattcgactctatagaacagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatc 26647646  T
Q  303 aagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatc 402  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||       ||||||| |||||    
T  26647647 aagatgttccgagtgatgtgcctcgattcaatgagactaaagacattgcttggaaaaactactgtagacgcatatctgataggagtttgtatttcccatc 26647746  T
Q  403 gagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaat 455  Q
    |||||| ||||||| | |||||||  | |||||||||||||||||||| ||||    
T  26647747 gagattttttgaggcagatgttactacccgttatgcaaggtggtggaaacaat 26647799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Original strand, 19951469 - 19951846
Alignment:
Q  5 aaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttattt 104  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |  |||   ||||| |||  | |||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  19951469 aaccatggagacccttttttgtttaggtggcataaggttaagcccttgagaatccacgatgttaggttagcattagacgcagctatgggtgattttattt 19951568  T
Q  105 ggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgct 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19951569 ggcgtccatatgttagatatgctgataagtgtggaatgttttatccgaatgaagaaattttggtgccatttaagaaagatttggtggatcaacaaatgtt 19951668  T
Q  205 gtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19951669 gtcatttgttatatgcttgagagtttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttgcaatggatcaa 19951768  T
Q  305 gatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgat 382  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||| |  |||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19951769 gatgttccgagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattgcttggaaaaactactgcaggcccatatctgat 19951846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 50 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 20015926 - 20015518
Alignment:
Q  50 ttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatc 149  Q
    |||||||||||  |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||   |||||||||    
T  20015926 ttgaaaattgacaatgttatggtggcattagactcagctattgatgattttctttggcgtccatatttcagatatgctgataagtgtgatttgttttatc 20015827  T
Q  150 catatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttga 249  Q
    || |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||   || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||    
T  20015826 caaatgatgcattttttgtaccatttaagaaagatttgg---ataaacaaatgctctcatttgttatatgcttaagagtttccgagcttgttggatttga 20015730  T
Q  250 ctctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccatt 349  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  || |    
T  20015729 ctctatagagcagtatttgccacacagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaggtgatgtgcctagattcaatgagactaaaatcact 20015630  T
Q  350 gcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgga 449  Q
    ||||||||| | || || ||||  |||||||||       ||||||||||| | ||| | ||||||| | ||||  || |||||||||||| ||||||||    
T  20015629 gcttggaaatattattgtaggcttatatctgataaaaacttgtattttccaccaagactctttgaggcagatgtagccacacgttatgcaatgtggtgga 20015530  T
Q  450 agcaattggtat 461  Q
    |||||| |||||    
T  20015529 agcaatcggtat 20015518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 63 - 461
Target Start/End: Original strand, 26653554 - 26653949
Alignment:
Q  63 atgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaat 162  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  26653554 atgtgaggttggcattagactcagcaattgatgattttctttggcgtccatatgttagatatcctaacaagtgtggaatgttttatccaaataatgaaat 26653653  T
Q  163 tttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcag 262  Q
    || ||||||||||||||| |||||||   ||  | | ||||| |||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||| ||||| |||||     
T  26653654 ttgggtaccatttaagaaggatttgg---atacaaacatgctctcatttgttatatgcttgagagttgctgagctagttggatttgagtctattgagcaa 26653750  T
Q  263 tatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacact 362  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||| || |||    
T  26653751 tatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgaccaagatgttccaagttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttgggaaaact 26653850  T
Q  363 actgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtat 461  Q
    |||||||||| || ||| ||       ||||||||||| | || |||||||||| | |||| | |   |||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26653851 actgcaggcctatttcttataaaaatttgtattttccaccaaggttgtttgaggcagatgtcatcatgcgttatgcaaagtggtggaagcaactggtat 26653949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 5 - 461
Target Start/End: Original strand, 19818908 - 19819361
Alignment:
Q  5 aaccacggagaccctttttggtttaggtggcgt-atgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatt 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||  | | | |||| |||||||  |||||||| || |||||||||| ||||  ||||| ||| ||    
T  19818908 aaccatggagacccttttttgtttaggtggcatgatgt-tcaggccttggaaattgacaatgttaggatggcattagactcggctaaggatgactttctt 19819006  T
Q  104 tggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgc 203  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||   ||  | |||| |    
T  19819007 tggcgtccatatgttcgatattctgataagtgtgagctgttttatccgaatgatggaattttggtaccatttaagatggatttgg---atacaaaaattc 19819103  T
Q  204 tgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatca 303  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  19819104 tctcatttgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagtttggaattgatca 19819203  T
Q  304 agatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcg 403  Q
    |||||||||  || ||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||       ||||||||||| |     
T  19819204 agatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatctgataaaaacttgtattttccacca 19819303  T
Q  404 agattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtat 461  Q
    ||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  19819304 agattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtggaaacaactggtat 19819361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 49 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 24839703 - 24839303
Alignment:
Q  49 cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttat 148  Q
    ||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  24839703 cttgaaaattgacaatgtgaggttggcattagactcagtcatcgatgattttatttggcgtccttatgttcaatatgttgataagtgtggagtgttttat 24839604  T
Q  149 ccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttg 248  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  24839603 ccaaaggatgaaactttggtaccatttaagaaagatttggtagtagaacaaatgctctcatttgttatattcttgagagtttctgagctagttggatttg 24839504  T
Q  249 actctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccat 348  Q
    | |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  24839503 agtctatagaacaatatctaccacatagagttgctatgcaattcggatttgatcaagatgttcctggttatgtgtctagactcaatgagactaaagccat 24839404  T
Q  349 tgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgg 448  Q
    |||||||||| | |||| ||| ||| ||||||||       | ||||||||||| ||||  |||||||    | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  24839403 tgcttggaaaaattactccagacccttatctgatacaagtttatattttccatctagatattttgaggctggtattacctcacgttacgcaaagtggtgg 24839304  T
Q  449 a 449  Q
    |    
T  24839303 a 24839303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 63 - 448
Target Start/End: Original strand, 19956490 - 19956872
Alignment:
Q  63 atgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaat 162  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||  ||||  | ||||||||| ||||||||||    
T  19956490 atgttaggatggcattagactcggctatggatgactttctttggcgtccatatgttcgatattctcataaatgtgggctattttatccaaatgatgaaat 19956589  T
Q  163 tttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcag 262  Q
    |||||||||||||||||| |||||||   ||  | ||||  | ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||     
T  19956590 tttggtaccatttaagaaggatttgg---atacaaaaattatctcatttgttatatgcttgagagtttccgagctggttggatttgagtctatagagcaa 19956686  T
Q  263 tatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacact 362  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||  |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  19956687 tatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgttccgggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaact 19956786  T
Q  363 actgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgg 448  Q
    ||||||| ||||||| ||||       ||||||||||| | ||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19956787 actgcagacccatatatgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtgg 19956872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 5 - 449
Target Start/End: Original strand, 19838741 - 19839182
Alignment:
Q  5 aaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttattt 104  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||| ||    ||| | ||||| ||||||  || ||||| || | |||||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  19838741 aaccagggggacccttttttgtttaggtggcataaagttaaggccttgataattgacaatattaggatggctttagactcggctatggatgactttcttt 19838840  T
Q  105 ggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgct 204  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |   ||  | ||||  |    
T  19838841 ggcgtccatatgttcgatattctgataagtgtgaactgttttatccaaatgatgaaattttggtaccatttaagagggatttag---atacaaaaattat 19838937  T
Q  205 gtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaa 304  Q
     ||||||||||||||| | ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19838938 ctcatttgttatatgccttagagtttccgagcttgttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaattcggaatggatcaa 19839037  T
Q  305 gatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcga 404  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||| | |||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||       ||||||||||| | |    
T  19839038 gatgttccaggttatgtggctaggttcaatgtgactaaatacattgcttggaaaaactattgcagacccatatatgataaaaacttgtattttccaccaa 19839137  T
Q  405 gattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgga 449  Q
    |||| ||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  19839138 gattatttgaggcagatgttaccatacgttatgcaaggtggtgga 19839182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 113 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 20033999 - 20033657
Alignment:
Q  113 tatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttg 212  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20033999 tatgttagatatgctgataagtgtagactgttttatccgaatgatgaaatttcagtaccatttaagaatgatttggtggatcaacaaatgctgtcatttg 20033900  T
Q  213 ttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 312  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |  |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20033899 ttatatgcatgagagtgtctgagcaagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 20033800  T
Q  313 aagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgttt 412  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||| |||||   | |||||||| | |||||||  ||||||| ||||||       ||||||||||| | ||||| |||    
T  20033799 aagttatgtgcctaggttcaacgagactaaagagaatgcttggagaaactactgtcggcccatctctgatgaaaatttgtattttccaccaagattattt 20033700  T
Q  413 gagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaat 455  Q
    |||| | |||||||| | ||||||||||  |||||||||||||    
T  20033699 gaggcagatgttaccacgcgttatgcaaactggtggaagcaat 20033657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 63 - 461
Target Start/End: Original strand, 19832275 - 19832671
Alignment:
Q  63 atgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaat 162  Q
    |||||||| || |||||||||  ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||  |||||| |||    
T  19832275 atgttaggatggcattagacttggctaaggatgactttctttggcgtccatatgttcgatattctgataagtgtgagctgttttatccgaatgatggaat 19832374  T
Q  163 tttggtaccatttaagaaagatttggtggatg-aacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagca 261  Q
    |||||||||||||||||  |||||||   ||  || |||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
T  19832375 tttggtaccatttaagatggatttgg---atacaaaaaattctctcatttgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagca 19832471  T
Q  262 gtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacac 361  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||  || ||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  19832472 atatcttccacatagagttgctatgcagattggaattgatcaagatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaac 19832571  T
Q  362 tactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtat 461  Q
    ||||||||||| |||||||||       ||||||||||| | ||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19832572 tactgcaggccaatatctgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtggaagcaactggtat 19832671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 11 - 358
Target Start/End: Original strand, 19858423 - 19858770
Alignment:
Q  11 ggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtc 110  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||| || |  ||| | ||||||| ||||  |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19858423 ggagaacctttattgtttaggtggcataaggttaaggccttgaaagttgacaatgttaagttggcattagactcggctattgatgattttatttggcgtc 19858522  T
Q  111 catatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatt 210  Q
    | || ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| ||| | ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  19858523 cttacgttagatatgcagataagtgtggactgttttatccaaatgacgaaatttgggtatcatattagaaagatttggtcgataaacaaatgctctcatt 19858622  T
Q  211 tgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgtt 310  Q
    | ||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  19858623 tattatatgtttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctatgcaatttgaatttgatcaagatgtt 19858722  T
Q  311 ccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaa 358  Q
    ||  || ||||| |||||||||||||  || ||  |||||||||||||    
T  19858723 cctggttatgtgtctagattcaatgaatctcaagtcattgcttggaaa 19858770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 456
Target Start/End: Original strand, 19812630 - 19813079
Alignment:
Q  4 caaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatt 103  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||| || |  ||  |||||   ||||||  ||||||||||  | |||||||| ||| | ||||||||| ||    
T  19812630 caaccatggcgacccttttttgtttaggtggcataaggttacggacttatcaattgacaatgttaggttagcgttagactcggctgtggatgattttctt 19812729  T
Q  104 tggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || | |||||| |   || |  ||||||    
T  19812730 tggcgtccatatgttagatatgccgataagtgtgcattgttttatccaaatgatgaaatttcggtaccattcaaaatagatttag---ataacaaaatgc 19812826  T
Q  204 tgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatca 303  Q
    | |||||||||||||||||||||   ||||| || |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19812827 tctcatttgttatatgcttgagatgttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatca 19812926  T
Q  304 agatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcg 403  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||   ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||       ||||||||||| |     
T  19812927 agatgttccaagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattgcatggaaaaactactgcaggctcatatctgataaaaaattgtattttccacca 19813026  T
Q  404 agattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaatt 456  Q
    ||| | ||||||| | |||||||| | | |||||  | |||||||||||||||    
T  19813027 agactttttgaggcagatgttaccacgcattatgtcaagtggtggaagcaatt 19813079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 50 - 455
Target Start/End: Original strand, 20046513 - 20046915
Alignment:
Q  50 ttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatc 149  Q
    |||||||||||  |||||| |||| ||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||    
T  20046513 ttgaaaattgataatgttaagttggcattagactcaactgtcgatgattttctttggcgtccatatgttagatatcctgacaagtgtggaattttttatc 20046612  T
Q  150 catatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttga 249  Q
    || || | ||||||| ||||||||||||||| ||||   ||||| || |||| || ||||||  ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  20046613 caaataacgaaatttgggtaccatttaagaaggatt---tggataaaaaaatactttcattttctatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttga 20046709  T
Q  250 ctctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccatt 349  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||| ||| ||||||| || | |||  |    || || | |    
T  20046710 gtctatagagcagtatcttccacatagagtttctatgcaatttggacttgaccaagatgttccgagttatgtgccaaggtgcaacaatagaaagtctact 20046809  T
Q  350 gcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgga 449  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||||       ||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||   ||||||| || ||||||||    
T  20046810 gcttggaacaactactgcaggcccatgtctgataaaaatttgtattttccaccaagattgtttgaggcagatgttaccatgcgttatgtaaagtggtgga 20046909  T
Q  450 agcaat 455  Q
    ||||||    
T  20046910 agcaat 20046915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 63 - 511
Target Start/End: Original strand, 19989934 - 19990376
Alignment:
Q  63 atgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaat 162  Q
    |||||||||||  |||| ||||||| |   || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||| ||     
T  19989934 atgttaggttggaattaaactcagcaaagaatcattttctttggcgtccatatgttagatttgctgagaagtgtgaactgttttatccaaatgatggaac 19990033  T
Q  163 tttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcag 262  Q
    || ||||   |||||||  |||||||   ||||   ||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||| ||||||||| |||||| | |||  ||     
T  19990034 ttgggta---tttaagactgatttgg---atgacacaatgctgtcatttgttagatgtatgagagtttctgagcttgttggaattgactttgtagttcaa 19990127  T
Q  263 tatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacact 362  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||| || |||    
T  19990128 tatctcccacatagagttgctttgcaatttggaatggatcaagatattccaagttacgtgcctaggttcaatgagactgaatctgttgcttgggaaaact 19990227  T
Q  363 actgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtatc 462  Q
    ||  ||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| | |||||||||  |||||||||| |||| ||| |    
T  19990228 acaacaggcccatatctgatgaacatgtgtattttccatcgaggttgtttgaggcagatgttaccactcgttatgcagagtggtggaagaaatttgtacc 19990327  T
Q  463 tggcagcaacgattttgttaagaaaagtgcgcagcagaagagacgtgca 511  Q
    |    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  19990328 taattgcaacaattttgttaagaaaactgtgcagcagaagagaagtgca 19990376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 5 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 20036373 - 20035920
Alignment:
Q  5 aaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttattt 104  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||| || |  |||   |||||  |||||  |||||||| || |||||||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  20036373 aaccatggggacccttttttgtttaggtggcataaggttaagcccttgatgattgacaatgttaggatggcattagactcggctatggatgactttcttt 20036274  T
Q  105 ggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgct 204  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||  || | || |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||   ||  | ||||  |    
T  20036273 ggcgtccatatgttcgatattctgataagtttgaactgctttatccaaatgatgaaactttggtaccatttacgaagtatttgg---atacaaaaattat 20036177  T
Q  205 gtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaa 304  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20036176 ctcatttgttatatgcttgagggtttctgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaa 20036077  T
Q  305 gatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcga 404  Q
    |||||||| ||| | ||| |||| | |||| |  |||||   |||||||||| | |||||||||||| ||||||||||       ||||||||||| | |    
T  20036076 gatgttccgagttacgtggctaggtgcaataaaactaaagtgattgcttggagaaactactgcaggctcatatctgataaaaaattgtattttccaccaa 20035977  T
Q  405 gattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtat 461  Q
    || | ||||||| | |||||||| || ||||||  | || |||||||||||| ||||    
T  20035976 gactttttgaggcagatgttaccacatgttatgtcaagtagtggaagcaatttgtat 20035920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 312
Target Start/End: Original strand, 19944106 - 19944369
Alignment:
Q  49 cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttat 148  Q
    ||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| | | ||||    
T  19944106 cttgaaaattgacaatgtggggttggcattagattcagctatcaatgattttatttgccgtccttatgttcaatatgctgataagtgtggagtatattat 19944205  T
Q  149 ccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttg 248  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || || ||||||||||    
T  19944206 ccaaatgatgaaactttggtaccatttaaaaaagatttggtagtagaacaaatgctctcatttgttatattcttgagagtttccgagctagttggatttg 19944305  T
Q  249 actctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 312  Q
    | |||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  19944306 agtctatagaacaatatctaccatatagagttgctatgcaattcggatttgatcaagatgttcc 19944369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 92 - 358
Target Start/End: Original strand, 19853932 - 19854198
Alignment:
Q  92 gatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtgg 191  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  19853932 gatgattttatttggcgtccttatgttagctatgctcataagtgtggaatgttttacccgaatgatgaaattcgggtaccatttaagaacgatttggtgg 19854031  T
Q  192 atgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatt 291  Q
    || |||||||||| | |||||| | |||||||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  19854032 ataaacaaatgctcttatttgtcacatgcttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcaatt 19854131  T
Q  292 tggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaa 358  Q
    |||| | ||||||||||||||  || ||||| | ||| |||||||| || ||  |||||| ||||||    
T  19854132 tggatttgatcaagatgttcctggttatgtgtccagactcaatgagactcaagtcattgcatggaaa 19854198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 49 - 487
Target Start/End: Original strand, 19849388 - 19849823
Alignment:
Q  49 cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttat 148  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||   |||||||||||||    
T  19849388 cttgaaaattgacaatgttaggttggcattagactcggctatggatgattttctttggcgtccatatgctagatatgctcataattatggaatgttttat 19849487  T
Q  149 ccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttg 248  Q
    ||| |||||| ||||| |||    ||| |||||||||  |   || || |||| || |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||  |||||||||    
T  19849488 ccaaatgatggaatttgggtgttgtttgagaaagattcag---ataaagaaatactttcatttgttacatgtttgagagtttctgagctcattggatttg 19849584  T
Q  249 actctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccat 348  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||  |||||  |||    
T  19849585 agtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcggaatggatcaagatgttccaagttatgtgccgaggttaaatgatactaaagacat 19849684  T
Q  349 tgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgg 448  Q
    ||||||| || |||| ||||| ||| |   ||||       ||||||||||| ||||  | || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  19849685 tgcttggcaaaactattgcagacccgtccatgataaacgtttgtattttccaccgaggcttttcgaggctgatgttaccgtacgttatgcaaagtggtgg 19849784  T
Q  449 aagcaattggtatctggcagcaacgattttgttaagaaa 487  Q
    ||||| | |||||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  19849785 aagcactcggtattgggttgcaatgattttgttaagaaa 19849823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 258
Target Start/End: Original strand, 17115060 - 17115311
Alignment:
Q  4 caaccacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||| || |  | | | | ||||||||||  |||||| | |  ||||||||| |||| | ||||||||| ||    
T  17115060 caaccatggagaccctttattgtttaggtggcatagggttcaggccgtgaaaattgacaatgttaagctagcattagacttagctgtcgatgattttctt 17115159  T
Q  104 tggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgc 203  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||| || |||||     
T  17115160 tggcgtccatacattagatatgctgataagtgtggaatgttttatccaaatgatgaaattttggtaccattcaaaaaagatt---tggataaaaaaatgt 17115256  T
Q  204 tgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctataga 258  Q
    |||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| |||||| |||||||    
T  17115257 tgtcatttgttatatgtttcagagtttccgagcttgttgggtttgacactataga 17115311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 63 - 258
Target Start/End: Original strand, 26652121 - 26652316
Alignment:
Q  63 atgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaat 162  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||| ||| | ||||||||||| |||| | ||     
T  26652121 atgtgaggttggcattagattcagctatcaatgattttatttggcgtccttatgttcggtatgcagataagtgtgaagtgttttatccaaatgacggaac 26652220  T
Q  163 tttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctataga 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||  ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  26652221 tttggtaccatttaagaaagatttggtggatatacaaatgctctcatttgttaaatgctaaagagtttctgagctagttggatttgagtctataga 26652316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 306 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20007744 - 20007693
Alignment:
Q  306 atgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaa 357  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20007744 atgttccaactaatgtgcctaggttcaatgagactaaattcattgcttggaa 20007693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 8 - 461
Target Start/End: Original strand, 9815385 - 9815835
Alignment:
Q  8 cacggagaccctttttggtttaggtggcgtatgagtaaagacttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggc 107  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| | || |  | | | ||||||||||||  |||||| | || |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  9815385 cacggagaccctttattgtttaggtgacataaggttcaggccttgaaaattgacaatgttaagctggcattagactcggctatggatgattttctttggc 9815484  T
Q  108 gtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtc 207  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  | ||  ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||   || | | |||||| ||    
T  9815485 gtccatattttagatatgctgataactgcggtgtgttttatccaaatgatgcgcttttggtaccatttaagaaagatttgg---ataagctaatgctctc 9815581  T
Q  208 atttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagat 307  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9815582 atttgttatatgcttgagagtttccgagcttgttggattcgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttgaaatggatcaagat 9815681  T
Q  308 gttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagat 407  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||| |||| || ||||  |||||||||       ||||||||||| | |||     
T  9815682 gttccaacttatgtgcctagattcaatgagactaaactcatggcttggaaaaactattgtaggcttatatctgatcaaaatttgtattttccaccaagac 9815781  T
Q  408 tgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtat 461  Q
    | ||||||| | |||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  9815782 tttttgaggcagatgttaccacacgatatacaatgtggtggaagcaatcggtat 9815835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 49 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26354653 - 26354250
Alignment:
Q  49 cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttat 148  Q
    ||||||||||||  |||||| | ||  ||||||||  |||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |  ||||  | ||||||    
T  26354653 cttgaaaattgacaatgttaagctggaattagacttggctatcaatgattttctttggcgtccatattttagatatgcagatgaatgtggtgtattttat 26354554  T
Q  149 ccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttg 248  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  26354553 ccaaatgatgcaatttcggtaccatttaagaaagatttgg---ataaacaaatgctctcatttgttatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttg 26354457  T
Q  249 actctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccat 348  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||    
T  26354456 actctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagatttaatgagactaaattcat 26354357  T
Q  349 tgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtgg 448  Q
    |||||||||| |||| || ||||  |||| ||||       ||||||| ||| | ||| | | ||||| | |||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  26354356 tgcttggaaaaactattgtaggcttatatttgatacagatttgtatttcccaccaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtgg 26354257  T
Q  449 aagcaat 455  Q
    | |||||    
T  26354256 aggcaat 26354250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 199 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 38435168 - 38434912
Alignment:
Q  199 aatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatg 298  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||  | ||  |||||||||||||||| || || ||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||     
T  38435168 aatgatgttatttgttacatgcttgagagtttcctagctaattggatttgactctattgaacaatatctaccacatagagatgctatgtaatttagaatt 38435069  T
Q  299 gatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttc 398  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| |||| | ||||| ||||       |||||||||    
T  38435068 gatcaagatgttccaagttatgtgcttaggttaaatgagactaaatcaattgcttagaaaaactaccgcagtctcatatttgataaaaatttgtattttc 38434969  T
Q  399 catcgagattgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaat 455  Q
    || | ||||| ||||||| | ||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  38434968 caccaagattatttgaggcagatgttaccaagcgttatgcaaggtggtggaagcaat 38434912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 50 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 22689401 - 22689139
Alignment:
Q  50 ttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatc 149  Q
    |||||||||||  |||| |||||||| || || ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  22689401 ttgaaaattgacaatgtgaggttgacgttggattcaactgttgataattttatttggcgtccttatgttagatatgctgataagtgtggagtgttttatc 22689302  T
Q  150 catatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttga 249  Q
    || | ||||||||||  || || |  | ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  22689301 caaaggatgaaatttgtgtgccgtcgatgaaagatttggcggataaacaaatgttgtcatttgttatatgcttgagagtttctgagctagttggatttga 22689202  T
Q  250 ctctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 312  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  22689201 gtctatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcagtttggaatggatcaagatgttcc 22689139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 106 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 22655985 - 22655633
Alignment:
Q  106 gcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctg 205  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| | |   ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||  | |||| ||     
T  22655985 gcgtccatatgttcgatattctgataagtgcgagctgttttatcctaatgatgaaattttggtaccatttaagaaggatttgg---atacaaaaattctc 22655889  T
Q  206 tcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaag 305  Q
    ||||||||| |||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22655888 tcatttgttgtatgtttgagggtttctgagcttgttggatttgagtctatagaaaaatatcttccacgtagagtttctatgcaatttggaattgatcaag 22655789  T
Q  306 atgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgatnnnnnnntgtattttccatcgag 405  Q
    |||||||  || ||||  |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||       ||||||||||| | ||    
T  22655788 atgttccgggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatatctgataaaaacttgtattttccaccaag 22655689  T
Q  406 attgtttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaattggtat 461  Q
    ||| ||||||  | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22655688 attatttgagatagatgttaccacacattatgcaaggtggtggaagcaactggtat 22655633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 49 - 382
Target Start/End: Original strand, 11544462 - 11544792
Alignment:
Q  49 cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgttttat 148  Q
    ||||||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| ||||||  || ||||||||||    
T  11544462 cttgaaaattgataatgtgaggttggcattagattcagctaaggatgattttctttggcgcccatatgttcaatatgccgataagtttgaaatgttttat 11544561  T
Q  149 ccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttg 248  Q
    ||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||   || || |||  || ||||||||||| |  |||||||| || || || ||||| ||||    
T  11544562 ccaaatgatgaaactttggtaccgcttaagaaggatttgg---ataaaaaaaatctctcatttgttatgtcattgagagtttccgagctagttggttttg 11544658  T
Q  249 actctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccat 348  Q
    | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||  | || ||||    
T  11544659 agtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccat 11544758  T
Q  349 tgcttggaaacactactgcaggcccatatctgat 382  Q
    |||||||||| | |||||||| ||| ||||||||    
T  11544759 tgcttggaaaaattactgcagacccttatctgat 11544792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 294 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 11563907 - 11563819
Alignment:
Q  294 gaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgat 382  Q
    ||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||  | || |||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||    
T  11563907 gaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctgat 11563819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 206 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 39191548 - 39191373
Alignment:
Q  206 tcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaag 305  Q
    ||||||||||| |  |||||||| || || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39191548 tcatttgttatgtcattgagagtttcggagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaag 39191449  T
Q  306 atgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctga 381  Q
    ||||||||  |  ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||    
T  39191448 atgttccagattgtgtgcctagattcaatgagactgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctga 39191373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 92 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 39191696 - 39191598
Alignment:
Q  92 gatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgat-aagcgt-ggaatgttttatccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttgg 188  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||| || | ||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||||||| |||||||    
T  39191696 gatgattttctttggcgtccatatgttcaatatgctgataaagtgtagaaatgttttatccaaaggatgaaactttggtaccgcttaagaaggatttgg 39191598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 12579817 - 12579545
Alignment:
Q  49 cttgaaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgt--ttt 146  Q
    |||| |||||||  |||||| |||  |||||||||||  | || |||||||| |||| |||||||||| ||||||| || | ||| ||||||| |  |||    
T  12579817 cttgcaaattgacaatgttaagtttgcattagactcaagtgttaatgattttctttgacgtccatatgctagatatcctaagaagtgtggaatttctttt 12579718  T
Q  147 atccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttggtggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatt 246  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||   |  || |||| || | ||||  ||||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  12579717 atccaaataatgaaatttgggtaccatttaagaaggatttggataa--aaaaaatactttgattttctatatgcttgagagattttgagcttgttggatt 12579620  T
Q  247 tgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatgt 321  Q
    | |  |||||||||| ||||| | |||||||||  |||| ||||||||||| || |||||| || ||||| ||||    
T  12579619 taagcctatagagcaatatcttcgacatagagtgtctatacaatttggaattgaccaagatatttcaagttatgt 12579545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 93 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12495677 - 12495462
Alignment:
Q  93 atgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgtttt----atccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttgg 188  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||||    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  12495677 atgattttctttggcgtccatatgctagatatcctgagaagtgtggaattttttttttatccaaataatgaaatttgggtaccatttaagaaggatttgg 12495578  T
Q  189 tggatgaacaaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgca 288  Q
       || || |||| || | ||||  ||||||||||||||  | ||| |||||||||||| |   ||||||||| ||||| | |||||||||  |||| ||    
T  12495577 ---ataaaaaaatactttgattttctatatgcttgagagattttgagcttgttggatttaagcgtatagagcaatatcttctacatagagtgtctataca 12495481  T
Q  289 atttggaatggatcaagat 307  Q
    ||||||||| || ||||||    
T  12495480 atttggaattgaccaagat 12495462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 93 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 12519478 - 12519382
Alignment:
Q  93 atgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaatgtttt--atccatatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttgg 188  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||||  ||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  12519478 atgattttctttg-cgtccatatgctagatatcctgagaagtgtggaattttttttatccaaataatgaaatttgggtaccatttaagaaggatttgg 12519382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 221 - 322
Target Start/End: Original strand, 12581822 - 12581923
Alignment:
Q  221 ttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagtgatg 320  Q
    |||||||| ||| | ||| |||||||||| | ||||||||  | ||| | ||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  12581822 ttgagagtttctaagcttattggatttgagtatatagagctatgtcttcgacatacagtttttatgcaatttggaattgatcaagatgtttcaagttatg 12581921  T
Q  321 tg 322  Q
    ||    
T  12581922 tg 12581923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 6397461 - 6397324
Alignment:
Q  53 aaaattgaagatgttaggttgacattagactcagctattgatgattttatttggcgtccatatgttagatatgctgataagcgtggaat--gttttatcc 150  Q
    ||||||||  || ||| |||| ||| ||||||| || | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||   ||||||||    
T  6397461 aaaattgacaatattaagttggcatgagactcaactgtcgataattttctttggcgtccatatgttagatatcctgagaagtgtggaattctttttatcc 6397362  T
Q  151 atatgatgaaattttggtaccatttaagaaagatttgg 188  Q
    | || | ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6397361 aaataacgaaatcttggtaccatttaagaaggatttgg 6397324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University