View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9052_high_1 (Length: 752)

Name: NF9052_high_1
Description: NF9052
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9052_high_1
NF9052_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (29-736)||(38252470-38253177)
chr2 (29-736)||(43156365-43157072)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (29-736)||(11473689-11474396)
chr1 (29-736)||(28245655-28246347)
chr1 (260-484)||(50019454-50019678)
chr1 (29-245)||(50019144-50019363)
chr1 (516-722)||(7281970-7282179)
chr1 (516-722)||(10465388-10465597)
chr1 (516-722)||(43735040-43735249)
chr1 (150-207)||(10465011-10465068)
chr1 (150-207)||(43734663-43734720)
chr1 (166-207)||(50673558-50673599)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (29-736)||(19307332-19308039)
chr6 (444-736)||(10124075-10124367)
chr6 (29-225)||(10123882-10124078)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (29-735)||(25381803-25382510)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (34-207)||(48794161-48794334)
chr4 (204-260)||(48794087-48794140)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (575-722)||(25862409-25862556)
chr8 (150-207)||(25862743-25862800)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (511-722)||(5910971-5911184)
chr3 (502-722)||(22981815-22982035)
chr3 (163-202)||(5911504-5911543)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (150-202)||(27979093-27979145)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 736
Target Start/End: Original strand, 38252470 - 38253177
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252470 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 38252569  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 228  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252570 ggctgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 38252669  T
Q  229 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252670 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 38252769  T
Q  329 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252770 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 38252869  T
Q  429 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252870 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 38252969  T
Q  529 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252970 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 38253069  T
Q  629 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253070 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 38253169  T
Q  729 aggaatta 736  Q
    ||||||||    
T  38253170 aggaatta 38253177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 43157072 - 43156365
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43157072 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 43156973  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 228  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156972 ggctgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 43156873  T
Q  229 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156872 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 43156773  T
Q  329 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156772 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 43156673  T
Q  429 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156672 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 43156573  T
Q  529 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156572 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 43156473  T
Q  629 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156472 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 43156373  T
Q  729 aggaatta 736  Q
    ||||||||    
T  43156372 aggaatta 43156365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 11474396 - 11473689
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474396 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttctttatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 11474297  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 228  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474296 ggctgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 11474197  T
Q  229 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474196 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaattaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 11474097  T
Q  329 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474096 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 11473997  T
Q  429 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473996 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 11473897  T
Q  529 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473896 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttcctttggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 11473797  T
Q  629 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473796 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 11473697  T
Q  729 aggaatta 736  Q
    ||||||||    
T  11473696 aggaatta 11473689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 736
Target Start/End: Original strand, 28245655 - 28246347
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245655 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 28245754  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245755 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcaaaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 28245854  T
Q  229 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245855 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 28245954  T
Q  329 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 428  Q
    |||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28245955 taggtggagcg---------------cgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggttgtaccctgaacccctt 28246039  T
Q  429 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246040 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgcccgaagttcaattattttcttgaacatg 28246139  T
Q  529 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 628  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246140 tcctctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 28246239  T
Q  629 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28246240 ttctagacaagttaggatctccttcaatctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttctc 28246339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 260 - 484
Target Start/End: Original strand, 50019454 - 50019678
Alignment:
Q  260 tcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctttaggtggagcgcgcctagatgtagcgcgact 359  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  50019454 tcaccaaaacaagtaaaattaaaacaagtactctaaataccaactcatatacctgtgaacttttttctttacgtggagcgcaactagatgtagcgcgact 50019553  T
Q  360 atgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctttgcttgcataaaatccaaactcacaacttct 459  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||| ||||    
T  50019554 ttgctggttttccagaaaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctttgcttgcagaacatctgaactcacaatttct 50019653  T
Q  460 ggacgagcaccattatcaccgttat 484  Q
    | |||| ||||||||||||||||||    
T  50019654 gaacgaccaccattatcaccgttat 50019678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 29 - 245
Target Start/End: Original strand, 50019144 - 50019363
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  50019144 tattgcctacattaataacaacttaaaaattagaatcacgatacttgttaaatgtatgaatagttccttatgaatttgcttttgaaattaccattagcat 50019243  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtagg---cgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaa 225  Q
    |    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  50019244 gacaatgtaattgacttgatcctcatgtgcttgtgggggctcataagttggaggcgacgcagaacaagatactccatcaaactaaaatgattatgtaaaa 50019343  T
Q  226 ttattaagctaagatacatg 245  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  50019344 ttattaagctaagatacatg 50019363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 516 - 722
Target Start/End: Original strand, 7281970 - 7282179
Alignment:
Q  516 tttcttgaacatgtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttc-ct-tggg-tgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaact 612  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| |||| | |||||| || || | || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7281970 tttcttgaacatttcatctacacttttatcaacaaacatgagactttcttcactatgcgatgctgctacagttgccgctctaatgaacttagagacaact 7282069  T
Q  613 tgtctgaacattcgatttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccaccttt 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||     
T  7282070 tgtctgaacattcgatttctagacaacttaggatcttgttcaacctcttttcccctaaaatcttgcacaatgccacaacgggcttctcttgtccaccttc 7282169  T
Q  713 ttaaaatata 722  Q
    ||||||||||    
T  7282170 ttaaaatata 7282179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 516 - 722
Target Start/End: Original strand, 10465388 - 10465597
Alignment:
Q  516 tttcttgaacatgtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttc-ct-tggg-tgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaact 612  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| |||| | |||||| || || | || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10465388 tttcttgaacatttcatctacacttttatcaacaaacatgagactttcttcactatgcgatgctgctacagttgccgctctaatgaacttagagacaact 10465487  T
Q  613 tgtctgaacattcgatttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccaccttt 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||     
T  10465488 tgtctgaacattcgatttctagacaacttaggatcttgttcaacctcttttcccctaaaatcttgcacaatgccacaacgggcttctcttgtccaccttc 10465587  T
Q  713 ttaaaatata 722  Q
    ||||||||||    
T  10465588 ttaaaatata 10465597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 516 - 722
Target Start/End: Original strand, 43735040 - 43735249
Alignment:
Q  516 tttcttgaacatgtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttc-ct-tggg-tgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaact 612  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| |||| | |||||| || || | || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43735040 tttcttgaacatttcatctacacttttatcaacaaacatgagactttcttcactatgcgatgctgctacagttgccgctctaatgaacttagagacaact 43735139  T
Q  613 tgtctgaacattcgatttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccaccttt 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||     
T  43735140 tgtctgaacattcgatttctagacaacttaggatcttgttcaacctcttttcccctaaaatcttgcacaatgccacaacgggcttctcttgtccaccttc 43735239  T
Q  713 ttaaaatata 722  Q
    ||||||||||    
T  43735240 ttaaaatata 43735249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 150 - 207
Target Start/End: Original strand, 10465011 - 10465068
Alignment:
Q  150 ctcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacc 207  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  10465011 ctcacgtgctagcgggggctcataagttggaggcgcggaacaagatactccatcaacc 10465068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 150 - 207
Target Start/End: Original strand, 43734663 - 43734720
Alignment:
Q  150 ctcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacc 207  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  43734663 ctcacgtgctagcgggggctcataagttggaggcgcggaacaagatactccatcaacc 43734720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 207
Target Start/End: Original strand, 50673558 - 50673599
Alignment:
Q  166 ggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacc 207  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  50673558 ggctcataagttggaggcgcggaacaagatactccatcaacc 50673599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 736
Target Start/End: Original strand, 19307332 - 19308039
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307332 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 19307431  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 228  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307432 ggctgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcaaaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatta 19307531  T
Q  229 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307532 ttaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaaataaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttctt 19307631  T
Q  329 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307632 taggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccaaacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccctt 19307731  T
Q  429 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacatg 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||    
T  19307732 tgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgcccgaagttcaattattttcttgaaaatg 19307831  T
Q  529 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 628  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307832 tcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttcctcgggtgatgcttcagttgctgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgat 19307931  T
Q  629 ttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtc 728  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19307932 ttctagacaacttgggatctccttcaacctcctttcgcctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttctc 19308031  T
Q  729 aggaatta 736  Q
    ||||||||    
T  19308032 aggaatta 19308039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 444 - 736
Target Start/End: Original strand, 10124075 - 10124367
Alignment:
Q  444 caaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacatgtcatctacaccatta 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10124075 caaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgcccgaagttcaattattttcttgaagatgtcatctacaccatta 10124174  T
Q  544 tcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgatttctagacaagttag 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124175 tcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgatttctagacaagttag 10124274  T
Q  644 gatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgtcaggaatta 736  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10124275 gatctccttcaacctcatttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttctcaggaatta 10124367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 29 - 225
Target Start/End: Original strand, 10123882 - 10124078
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10123882 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcaatatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 10123981  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaa 225  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10123982 ggctgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcataacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaa 10124078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 25382510 - 25381803
Alignment:
Q  29 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382510 tatttcctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttccttatgaatttgtttttgaaattaccattagcat 25382411  T
Q  129 ggttgtgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggc-tcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatt 227  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382410 ggctgtgtaattgacttgagacttatgtgcttgtggggggatcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacctaaaatgattatgtcaaatt 25382311  T
Q  228 attaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaactaaaacaagtactttaaataacaactcatatacctgtgaacttttttct 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382310 attaagctaagatacatgtaaaattatggcagtcaccaaaacaagtaaaattaaaacaagtactttaaataccaactcatatacctgtgaacttttttct 25382211  T
Q  328 ttaggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccctgaacccct 427  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25382210 ttaggtggagcgcggctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccttgaacccct 25382111  T
Q  428 ttgcttgcataaaatccaaactcacaacttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcatgcgtccgaagttcaattattttcttgaacat 527  Q
    |||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  25382110 ttgcttgcataacattcgaactcacaatttctggacgagcaccattatcaccgttattgtccatagcttgtgcccgaaattcaattattttcttgaacat 25382011  T
Q  528 gtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcga 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382010 gtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttcctcgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcga 25381911  T
Q  628 tttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttgt 727  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25381910 tttctagacaagttaggttctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatatagttct 25381811  T
Q  728 caggaatt 735  Q
    ||||||||    
T  25381810 caggaatt 25381803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 34 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 48794334 - 48794161
Alignment:
Q  34 cctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacttgttgaatgtatgaatagttcattatgaatttgtttttgaaattaccattagcatggttg 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  48794334 cctacattaataacaacttaaaaattagcatcacgatacatgttaaatgtatgtatagttccttatgaatttgtttttgaaattaccatcagcatggctg 48794235  T
Q  134 tgtaattgacttgagactcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacc 207  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48794234 tgtaattgaattgatcctcatgtgcttgtgggggcgcataagttggaggtgcagaacaagatactccatcaacc 48794161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 204 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 48794140 - 48794087
Alignment:
Q  204 aacctaaaatgattatgtcaaattattaagctaagatacatgtaaaattatggcagt 260  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  48794140 aacctaaaatgattatgtaaaatta---aactaagatacatgtaaaatcatggcagt 48794087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 575 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 25862556 - 25862409
Alignment:
Q  575 atgcttcagttgccgctttaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgatttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatc 674  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  25862556 atgctacagttgccgctctaatgaacttagagacaacttgtctgaacattcgatttctagacaacttaggatcttgttcaacctcttttcccctaaaatc 25862457  T
Q  675 ttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccacctttttaaaatata 722  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25862456 ttgcacaatgccacaacgggcttctcttgtccaccttcttaaaatata 25862409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 150 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25862800 - 25862743
Alignment:
Q  150 ctcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccatcaacc 207  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  25862800 ctcacgtgctagcgggggctcataagttggaggcgcggaacaagatactccatcaacc 25862743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 511 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 5911184 - 5910971
Alignment:
Q  511 attattttcttgaacatgtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttc-ct-tgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaacttagagac 608  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| |||| | |||||| || | | || |||| ||||||||||| |||||||||||||||     
T  5911184 attactttcttgaacatttcatctacacttttatcaacaaacatgagactttcttcactatcgatgctgctacagttgccgctctaatgaacttagagaa 5911085  T
Q  609 aacttgtctgaacattcgatttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctcttgtccac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  5911084 aacttgtctgaacattcgatttctagacaacttaggatcttgttcaacctcttttcccctaaaatcttgcacaatgccacaacgggcttctcttgtccat 5910985  T
Q  709 ctttttaaaatata 722  Q
    ||| ||||||||||    
T  5910984 cttcttaaaatata 5910971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 502 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 22982035 - 22981815
Alignment:
Q  502 cgaagttcaattattttcttgaacatgtcatctacaccattatcaagaaacttgagccattcttccttgggtgatgcttcagttgccgctttaatgaact 601  Q
    |||| ||| |||||||||| || |||||||||||||  |||||||| || ||  || ||||||||  | ||  || ||| |||||||||| |||||||||    
T  22982035 cgaaattccattattttctggagcatgtcatctacaatattatcaacaagctcaaggcattcttcactaggaaatccttgagttgccgctctaatgaact 22981936  T
Q  602 tagagacaacttgtctgaacattcgatttctagacaagttaggatctccttcaacctcctttcccctaaaatcttgcacaacgccataacgggcttctct 701  Q
    |||||||| ||||||| || |||| |||| ||||||| || ||||||  ||||| ||  |||| ||||||| | || ||||  ||| |||||||||||||    
T  22981935 tagagacagcttgtctaaatattcaatttatagacaactttggatcttattcaagctattttctcctaaaaccgtgtacaattccacaacgggcttctct 22981836  T
Q  702 tgtccacctttttaaaatata 722  Q
    | |||||||| ||||||||||    
T  22981835 tatccaccttcttaaaatata 22981815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 5911543 - 5911504
Alignment:
Q  163 gggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccat 202  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  5911543 gggggctcataagttggaggcgcggaacaagatactccat 5911504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 27979145 - 27979093
Alignment:
Q  150 ctcatgtgcttgtgggggctcataagttgtaggcgcagaacaagatactccat 202  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  27979145 ctcacgtgctagcgggggctcataagttggaggcgcggaacaagatactccat 27979093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University