View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9059_low_34 (Length: 293)

Name: NF9059_low_34
Description: NF9059
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9059_low_34
NF9059_low_34
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (14-292)||(33264195-33264473)
chr6 (14-293)||(33402159-33402438)
chr6 (14-293)||(33411498-33411777)
chr6 (14-293)||(31561065-31561344)
chr6 (14-293)||(33389617-33389896)
chr6 (17-293)||(33306031-33306307)
chr6 (16-287)||(33059114-33059385)
chr6 (18-293)||(33287087-33287362)
chr6 (14-293)||(33273337-33273616)
chr6 (14-293)||(9168316-9168598)
chr6 (14-277)||(33642858-33643121)
chr6 (14-62)||(31567384-31567432)
chr6 (214-277)||(28869227-28869290)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-293)||(17439084-17439363)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (14-293)||(8305-8584)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (14-284)||(31149896-31150163)
chr4 (17-146)||(31158932-31159061)
chr4 (40-156)||(31489957-31490073)
chr4 (17-140)||(31497186-31497309)
chr4 (47-146)||(31019483-31019582)
chr4 (47-146)||(31029364-31029463)
chr4 (17-140)||(31477233-31477356)
chr4 (50-140)||(31502392-31502481)
chr4 (250-293)||(31158788-31158831)
chr4 (250-293)||(31019339-31019382)
chr4 (250-293)||(31477463-31477506)
chr4 (250-287)||(31161201-31161238)
chr4 (256-293)||(31497422-31497459)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 33264473 - 33264195
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33264473 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatattgaaaga 33264374  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
     |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  33264373 atataaagtggatgtagtttacaaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagctgagaaaattattatg 33264274  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcat 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33264273 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcat 33264195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33402438 - 33402159
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  33402438 atcaagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggtgcgggtagtagaattattatcatttctagagatgaacatatattgaaaga 33402339  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||| | |||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  33402338 gtatgaagtggacgtagtttacaaagttcaacttttgaattggaccgaatctcataagttattttgtcgaaaagctttcaaagctgagaaaattattatg 33402239  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  33402238 agtaattatcaaaatttggcaaataagatattgaattatgctagtggtctaccacttgcaattaaagtattgggctcatt 33402159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33411777 - 33411498
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33411777 atcaagttgaacaattggaaaaaatagctgtgcatcgtgaatggttaggtgcgggtagtagaatcgttatcatttctagagatgagcatatattgaaaga 33411678  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |  | ||  || || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  33411677 gtacggagtggatgtagtttacaaagttccacttatgaatagtacagattcttacgagttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatg 33411578  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgaga-tatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33411577 agtgattatcaaaatttggcaaatgagatact-agattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcatt 33411498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Original strand, 31561065 - 31561344
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31561065 atcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaaga 31561164  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  ||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  31561165 gtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatg 31561264  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||  |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  31561265 agtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctcatt 31561344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33389896 - 33389617
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33389896 atcaaggtgaacaatcggaaaaaatagctgtgcatcgtgagtggttaggtgcaggtagtagaataattatcatttctagagatgagcatatattgaaaga 33389797  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  33389796 gtatggagtggacgtagtttacaaagttccacttttgaatcggaccgattctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaacatgagaaaattattatg 33389697  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    |||| |||  |||||||||    ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33389696 agtagttaccaaaatttggattttgagatactgagttatgctaatggtcttccactagcaattaaagtattgggctcatt 33389617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33306307 - 33306031
Alignment:
Q  17 aagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagta 116  Q
    |||||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  33306307 aagttgaacaattggaaaaaattgcagtgcatcgcgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttgtcatttctagagatgagcatatattgaaggagta 33306208  T
Q  117 tggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattataagt 216  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||  |||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||  |  ||    
T  33306207 tggagtggatgtattttacaaagttccactcttgaatatggccgaatctcacaagttattttgtcgaaaagctttcaaacttgagaacattatattgggt 33306108  T
Q  217 aattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||    
T  33306107 aattatcaaaatttggcagatgagatattgagttatgctaatggtctacccctagcaattacaatattgggctcatt 33306031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 33059385 - 33059114
Alignment:
Q  16 caagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagt 115  Q
    ||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||    
T  33059385 caagttgaacaattggagaaaatagcggtgcatcgtgaatggttaggtccaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcatgtattgaaagcgt 33059286  T
Q  116 atggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattataag 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||  || |||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33059285 atggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaattattatgag 33059186  T
Q  216 taattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattggg 287  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| |    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33059185 taattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattggg 33059114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33287362 - 33287087
Alignment:
Q  18 agttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagtat 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  33287362 agttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggcgtaggtagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattggaagagtat 33287263  T
Q  118 ggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattataagta 217  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||  || |||||   |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  33287262 ggagtggatgtagtctacaaagttccactcttggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagaagagaaaattattatgagaa 33287163  T
Q  218 attataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||| ||| ||||| | |||||||| ||   |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  33287162 attatgaaagtttggtatatgagatactggattatgctaatggtctaccgttagcaattaaagtattgggctcatt 33287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33273616 - 33273337
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  33273616 atcaagttgcacagttggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaattataatcatttctagagatgagcatatattgaaata 33273517  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||| | ||  |||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| |||||||     
T  33273516 ctatggagtggatgcagtttacaaagttccacttttgaattggacagattctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaatttgagaaagttattatg 33273417  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgaga-tatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||||||| |||| || ||  ||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  33273416 agtaattatgaaaacttagcgtatgagat-tctagattatgctaatggtctaccactagcaattatagtattgggctcatt 33273337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9168598 - 9168316
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||| | ||  ||||||||||||||||||||||    
T  9168598 atcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcgtgaatggttaggtgtgggtagtagaattattatcgtatcttgagatgagcatatattgaaaga 9168499  T
Q  114 gtatggag---tggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattatt 210  Q
    ||||||||   ||||||||||||| ||||| |||||  |||||  | | ||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  9168498 gtatggagtactggatgtagtttacaaagttccactcttgaatcagactgaatctcactagttattttatcgaaaagctttcaaacttgagaaaactatt 9168399  T
Q  211 ataagtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| | |  ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  9168398 agcagtaattatcaaaatttggcatatgagatacttaattatgcgaaaggtctaccattagcaattaaagtattgggctcatt 9168316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 277
Target Start/End: Original strand, 33642858 - 33643121
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  33642858 atcaagttgaacaatttgaaaaaataggtgtgcgtcgtgaatggttaggtgcaggtagtatagttattatcatttctagagatgagcatatattgaaagt 33642957  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  | | ||| ||  |||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||     
T  33642958 gtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcagacagaatcttgcaagttgttttgtcgaaaagctttcaaacttgagaaaactattatg 33643057  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaatta 277  Q
    |||||||||  ||| ||||||  |||  || |  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33643058 agtaattatcgaaagttggcatctgatgtactacgttatgctaatggtctaccactagcaatta 33643121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 62
Target Start/End: Original strand, 31567384 - 31567432
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttagg 62  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  31567384 atcaagttgaacaaatggaaaaaatagttgtgcgtcgtgaatggttagg 31567432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 214 - 277
Target Start/End: Original strand, 28869227 - 28869290
Alignment:
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaatta 277  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||   |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28869227 agtaattatcaaaatttggcaaatgtgatactggattatgctaaaggtctaccgctagcaatta 28869290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Original strand, 17439084 - 17439363
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  17439084 atcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcttgaatggttaggtgcaggtagtagaatcattatcatttctagagatgagcatatattgaaaaa 17439183  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||   ||  || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||     
T  17439184 gtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaattggagagattcttacaagttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaacattattatg 17439283  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  17439284 agtaattatcaaaatttggcaaatgagatactgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtaatgggctcatt 17439363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 8584 - 8305
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8584 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatattgaaaga 8485  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
     |||  ||||||||||||||| ||||| |||||  || ||||| ||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||| ||     
T  8484 atataaagtggatgtagtttacaaagttccactgttggattggaccgagtctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaacttgagaaaattatcatg 8385  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    |  |||||| ||||||||||| |||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  8384 aaaaattatcaaaatttggcatatgagatactgaattacgctaatggtctaccactagcaattacagtattgggctcatt 8305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 31150163 - 31149896
Alignment:
Q  14 atcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaaga 113  Q
    |||||||||||||| | || | | |||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  31150163 atcaagttgaacaactcgagaaattagccgtgaatcgtgaatggttaggtgcggggagtagaatcattataatttctagagacgagcatatcttgaaaga 31150064  T
Q  114 gtatggagtggatgtagtttataaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagatgagaaaattattata 213  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| || | ||  |||   | |||||| || ||||||||||||||  |||  |   ||||||     
T  31150063 gtatggagtggatgttgtttacaaagttccactcctgaatcggactgactctcttcaattatttagtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattatg 31149967  T
Q  214 agtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtatt 284  Q
    |||| |||| | || ||||||  ||||||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  31149966 agtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaattaaagtatt 31149896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 31159061 - 31158932
Alignment:
Q  17 aagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagta 116  Q
    ||||||||||| | || | | ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  31159061 aagttgaacaacttgataaattagctgtgaatcgtgaatgcttaggtgcagggagtagaatcgttataatttctagagatgaacatatcttgaaagagta 31158962  T
Q  117 tggagtggatgtagtttataaagtcccact 146  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  31158961 tggagttgatgtagtttacaaagttccact 31158932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 40 - 156
Target Start/End: Original strand, 31489957 - 31490073
Alignment:
Q  40 ggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttataaag 139  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||    
T  31489957 ggtgtgaatcgtgaatggttaggtgcagggagtagaatcattataatttctggagatgaacatatcttgaaagagtatggagttgatgtagtttacagag 31490056  T
Q  140 tcccacttctgaattgg 156  Q
    | |||||  ||||||||    
T  31490057 ttccactcttgaattgg 31490073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 140
Target Start/End: Original strand, 31497186 - 31497309
Alignment:
Q  17 aagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagta 116  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||||| ||||||| ||  ||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  31497186 aagttgaacaattagaaaaaatagttgttcgtcgtgattggttagatgtgggtagtaaaatcattatcatttctagagacgagcatatactgaaagagta 31497285  T
Q  117 tggagtggatgtagtttataaagt 140  Q
    |||||||||||  ||||| |||||    
T  31497286 tggagtggatgaggtttacaaagt 31497309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 47 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 31019582 - 31019483
Alignment:
Q  47 atcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttataaagtcccact 146  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||    
T  31019582 atcgtgaatgtttaggtgtagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccact 31019483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 47 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 31029463 - 31029364
Alignment:
Q  47 atcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttataaagtcccact 146  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||    
T  31029463 atcgtgaatatttaggtgcagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccact 31029364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 140
Target Start/End: Original strand, 31477233 - 31477356
Alignment:
Q  17 aagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagta 116  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||   |||||||||| ||||||  || |||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||  | ||    
T  31477233 aagttgaacaactggaaaaaataggtgtttgtcgtgaatggctaggtgagggaagtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaagaatta 31477332  T
Q  117 tggagtggatgtagtttataaagt 140  Q
    |||||| |||| |||||| |||||    
T  31477333 tggagtagatgaagtttacaaagt 31477356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 140
Target Start/End: Original strand, 31502392 - 31502481
Alignment:
Q  50 gtgaatggttaggtgcaggtagtagaatcgttatcatttcaagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttataaagt 140  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||   | ||||||||||| |||||| |||||    
T  31502392 gtgaatggttaggtgg-ggtagtaaaatcattataatttctagagatgagcatatattgaaattttttggagtggatgaagtttacaaagt 31502481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 250 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 31158831 - 31158788
Alignment:
Q  250 tatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  31158831 tatgctaatggtctaccgctagcaattaaagtattgggatcatt 31158788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 31019382 - 31019339
Alignment:
Q  250 tatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31019382 tatgccaatggcctaccactagcaattaaagtattgggctcatt 31019339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 293
Target Start/End: Original strand, 31477463 - 31477506
Alignment:
Q  250 tatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31477463 tatgccaatggcctaccacttgcaattaaagtattgggttcatt 31477506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 250 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 31161238 - 31161201
Alignment:
Q  250 tatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattggg 287  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  31161238 tatgctaatggcttaccactagcaattaaagtattggg 31161201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 293
Target Start/End: Original strand, 31497422 - 31497459
Alignment:
Q  256 aatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatt 293  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31497422 aatggcctaccactggcaattaaagtattgggttcatt 31497459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University