View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9059_low_5 (Length: 679)
Name: NF9059_low_5
Description: NF9059
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9059_low_5 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 2215494 - 2214848
Alignment:
| Q |
13 |
atactcctattggatatcaatactcccttggggtcaccagtagttccgctagtatacattattgtacaaatatcgcttcttttctttacaggtaaatcaa |
112 |
Q |
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| T |
2215494 |
atactcctattggatatcaatactcccttggggtcaccagtagttccgctagtatacattattgtacaaatatcgcttcttttctttacaggtaaatcaa |
2215395 |
T |
|
| Q |
113 |
aactctgactttcaccctgtagcaagtattaaaagtcaaattaggaatggaaaccacaatatgtttatagaagtagcaaaagagacattaatttctgcta |
212 |
Q |
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| T |
2215394 |
aactctgactttcaccctgtggcaagtattaaaagtcaaattaggaatggaaaccacaatatgtttatagaagtagcaaaagagacattaatttctgcta |
2215295 |
T |
|
| Q |
213 |
gccatacttgtaatgaggtttagaaaaataacttctaatgcatatgtatctacaaaaattgacccaagtcaactattcaaacaatacattagtttccatt |
312 |
Q |
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| T |
2215294 |
gccatacttgtaatgaggtttagaaaaataacttctaatgcatatgtatctacaaaaattgacccaagtcaactattcaaacaatgcattagtttccatt |
2215195 |
T |
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| Q |
313 |
gacctgatatcatccttatttttcttacttgaattgcgtaacaactaacaattatgttaacttatttctttccacacattccgctattacttagactaac |
412 |
Q |
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| T |
2215194 |
gacctgatatcatccttatttttcttacttgaattgcgtaacaactaacaattatgttaacttatttctttccacacattccgctattacttagactaac |
2215095 |
T |
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| Q |
413 |
tgctggtggaccaagatagggatacaactcaaccaactatttatgctgcaaaggggactcagcaattgcaggcaatgccaattgattatacatggagcag |
512 |
Q |
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| T |
2215094 |
tgccggtggaccaagatagtgatacaactcaaccaactatttatgctgcaaagggg-ctcagcaattgcaggcaatgccaattgattatacatggagcag |
2214996 |
T |
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| Q |
513 |
ctttcatgtccaattttcaagtaagagtagaacgagtaataatacatgaaatgaataactcaccaattgtaaaaattcagtccatgaatatattgcccgt |
612 |
Q |
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| T |
2214995 |
ctttcatgtccaattttcaagtaagagtagaacgagtaataatacatgaaatgaataactcaccaattgtaaaaattcagtccatgaatatattgcccgt |
2214896 |
T |
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| Q |
613 |
ccgaacttttcaacttcttgcttttgttcaggggtaacctttccgaag |
660 |
Q |
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| T |
2214895 |
ccgaacttttcaacttcttgcttttgttcaggggtaacctttccgaag |
2214848 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 2202889 - 2202253
Alignment:
| Q |
21 |
attggatatcaatactcccttggggtcaccagtagttccgctagtatacattattgtacaaatatcgcttcttttctttacaggtaaatcaaaactctga |
120 |
Q |
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| T |
2202889 |
attggatatcaatacccccttggggtcaccagtagttccgctagtatacattattgtacagatatcgcttcttttctttacaggtaaatcaaaactatga |
2202790 |
T |
|
| Q |
121 |
ctttcaccctgtagcaagtattaaaagtcaaattaggaatggaaaccacaatatgtttatagaagtagcaaaagagacattaatttctgctagccatact |
220 |
Q |
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| T |
2202789 |
cttttaccctgtggcaagtattaaaaatcaaataaggaatagaaaccacaatatgtctacagaagtagcaaaagagacattaatttctgcaagccatact |
2202690 |
T |
|
| Q |
221 |
tgtaatgaggtttagaaaaataacttctaatgcatatgtatctacaaaaattgacccaagtcaactattcaaacaatacattagtttccattgacctgat |
320 |
Q |
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| T |
2202689 |
tgtaatgaggtttagaaaaataacttttaatgcatatgtatctataaaaattgacccaagtcaactaaccaatcaatgcataagtttccattgacctgat |
2202590 |
T |
|
| Q |
321 |
atcatccttatttttcttacttgaattgcgtaacaactaacaattatgttaacttatttctttccacacattccgctattacttagactaactgctggtg |
420 |
Q |
| |
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| T |
2202589 |
atcatccttatttttcttacttgaattgc-------ataacaagtatgttaacttatttctttccacacattccactagtacttaggctaactgccagag |
2202497 |
T |
|
| Q |
421 |
gaccaagatagggatacaactcaaccaactatttatgctgcaaaggggactc--agcaattgcaggcaatgccaattgattatacatggagcagctttca |
518 |
Q |
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| T |
2202496 |
gaccgagatagtgatacaactcaaccaactatttatgctgcataggggactcagagaaattgcaggcaatgccaattaattatacaaggagcagctttca |
2202397 |
T |
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| Q |
519 |
tgtccaattttcaagtaagagtagaacgagta--ataatacatgaaatgaataactcaccaattgtaaaaattcagtccatgaatatattgcccgtccga |
616 |
Q |
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| T |
2202396 |
tgtccaatttacaagtaagagtagaaagagtaatataacacatgaaatgaataactcaccaattgtaaaaattcagtccatgaatatattgccaatccaa |
2202297 |
T |
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| Q |
617 |
acttttcaacttcttgcttttgttcaggggtaacctttccgaag |
660 |
Q |
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| T |
2202296 |
acttttcaacttcttgcttttgttcaggggtaacctttccgaag |
2202253 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 114
Target Start/End: Original strand, 41931345 - 41931437
Alignment:
| Q |
22 |
ttggatatcaatactcccttggggtcaccagtagttccgctagtatacattattgtacaaatatcgcttcttttctttacaggtaaatcaaaa |
114 |
Q |
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| T |
41931345 |
ttggatatcaatactcccttgggatcaccggttgttccacttgtgtacattattgtacatatgtcgcttttcttttttacaggaagatcaaaa |
41931437 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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