View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9060_low_15 (Length: 510)

Name: NF9060_low_15
Description: NF9060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9060_low_15
NF9060_low_15
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-492)||(5467076-5467567)
chr2 (345-490)||(5500652-5500797)
chr2 (357-490)||(5484650-5484783)
chr2 (56-438)||(5495669-5496054)
chr2 (40-454)||(5476749-5477163)
chr2 (271-457)||(5489868-5490054)
chr2 (56-456)||(5481820-5482212)
chr2 (209-370)||(5484996-5485156)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 5467567 - 5467076
Alignment:
Q  1 gtgtgaggtcaagaggttgttacaaatgtcaagctgacgcaaactagtaagttttcctaatgaatgaggcaatttcccagttagttgattataattcaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467567 gtgtgaggtcaagaggttgttactaatgtcaagctgacgcaaactagtaagttttcctaatgaatgaggcaatttcccagttagttgattataattcaaa 5467468  T
Q  101 tctagaacctccaggctttggttgctacaagacaaggcctccattacttgagatatatcaatggttagatcattaaatgataggtctagattctgaagat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  5467467 tctagaacctccaggctttggttgctacaagacaaggcctccattacttgagttatatcaatggttagatcattagatgataggtctagatttcgaagat 5467368  T
Q  201 tgtgaagattccatttcccaagcatagaaggaaataaacctcttacagatgaataagaaagaataagttgtgtgagggtactgatgttgaacaaccaggg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467367 tgtgaagattccatttcccaagcatagaaggaaataaacctcttacagatgaataagaaagaataagttgtgtgagggtactgatgttgaacaaccaggg 5467268  T
Q  301 aggtattgatgaatcataaatattcttagagaggtcaagcacataaagtgatgaaatatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaa 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467267 aggtattgaggaatcataaatattcttagagaggtcaagcacataaagtgatgaaatatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaa 5467168  T
Q  401 aaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttattaacagctcgaaacaactcacggggtgagtctgtgatgttaacaaagtccatgtt 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5467167 aaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttattaacagctcgaaacaactcacggggtgagtctgtgatgttaacaaagtccatgtt 5467076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 345 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 5500797 - 5500652
Alignment:
Q  345 aaagtgatgaaatatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaaaaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttattaacagc 444  Q
    |||| |||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  5500797 aaagagatgtaatatttagaaatggtgaagctggagggagtgaagcaagactgcaaaaggacaaatgcaactctaatagagatgacatcttattcacagc 5500698  T
Q  445 tcgaaacaactcacggggtgagtctgtgatgttaacaaagtccatg 490  Q
    |||||||||||||||||  ||||  |||||||| | ||| ||||||    
T  5500697 tcgaaacaactcacgggacgagttggtgatgttgataaaatccatg 5500652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 357 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 5484783 - 5484650
Alignment:
Q  357 tatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaaaaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttattaacagctcgaaacaactc 456  Q
    |||||||||| |||||||| || || || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5484783 tatttaaaaatggtgaagacggtggaagagaagcaagattgcaagaggacaaatgcaactctaatagagatgacatcttattcacagctcgaaacaactc 5484684  T
Q  457 acggggtgagtctgtgatgttaacaaagtccatg 490  Q
    | |||| ||||  |||||||| ||||| ||||||    
T  5484683 atggggcgagttggtgatgttgacaaaatccatg 5484650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 5496054 - 5495669
Alignment:
Q  56 cctaatgaatgaggcaatttcccagttagttgattataattcaaatctagaacctccaggctttggttgctacaagacaaggcctccattacttgagata 155  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | |  ||  ||||||||||||||||||| |||||| ||    | || ||    
T  5496054 cctaaagaatgaggcaatttcccagttagttggttataactcaaatccaacaacatcaaactttggttgctacaagacatggcctcaatggtatcagcta 5495955  T
Q  156 tatcaatggttagatcattaaatgataggtctagattctgaagattgtgaagattccatttcccaagcatagaaggaaataaacctcttacagatgaata 255  Q
    |||||   || | |  |||| ||||||||||||||   ||||| |||  ||| |||||| | || |||||||||||||  | |||  ||| ||||||  |    
T  5495954 tatcaccagtaataaaattagatgataggtctagaacttgaagtttgcaaagcttccatcttcctagcatagaaggaacgagaccgattagagatgatga 5495855  T
Q  256 ---agaaagaataagttgtgtgagggtactgatgttgaacaaccagggaggtattgatgaatcataaatattcttagagaggtcaagcacataaagtgat 352  Q
       ||||||| |||| | ||| |||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||  |||   |||||| ||||||||| ||||||||    
T  5495854 ttcagaaagactaaggtatgtaagggtactaatgttaaacaaccaagaaggtatagatgaattaaaaggatttccagagagatcaagcacagaaagtgat 5495755  T
Q  353 gaaatatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaaaaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttatt 438  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| |||||   ||||||||||||| |    |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  5495754 gtaatatttaaaaatggtgaagatggtgggagaaaagcaagattgcaatacattaaatgcaactctaatagagatggtatcttatt 5495669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 5477163 - 5476749
Alignment:
Q  40 caaactagtaagttttcctaatgaatgaggcaatttcccagttagttgattataattcaaatctagaacctccaggctttggttgctacaagacaaggcc 139  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5477163 caaactagtaaatttccctaatgaatgaggcaatttcccagttagttgattaaaccttaaatctaaaaactctaggctttggttgctacaagacaatgcc 5477064  T
Q  140 tccattacttgagatatatcaatggttagatcattaaatgataggtctagattctgaagattgtgaagattccatttcccaagcatagaaggaaataaac 239  Q
    || || | ||  | |||||||    |||||||||| ||    ||| |||||| |||||  | |   ||||||||| | |||| |||||||||||    ||    
T  5477063 tctatcagttcggttatatcaccaattagatcatttaaaccgaggactagatactgaatctggcagagattccatcttccaaacatagaaggaataggac 5476964  T
Q  240 ctcttacagatgaataagaaagaataagttgtgtgagggtactgatgttgaacaaccagggaggtattgatgaatcataaatattcttagagaggtcaag 339  Q
    || ||| ||||||     ||||| | |||| ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||| ||||| | ||   ||  |||   |||||| |||||    
T  5476963 ctattagagatgatgcgtaaagattgagttctgtaagggtactcatgttgaacagccaagaaggcattgaggtatttaaaggatttccagagagatcaag 5476864  T
Q  340 cacataaagtgatgaaatatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaaaaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttatta 439  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| || |||| ||||||||| | || ||    |||| | | ||||||||||||||||||||| | |||||| ||     
T  5476863 cacagaaagtggtgtaatatttaaaaatggcgaagttggagggagagaagaaattccgcaagaagccaaatgcaactctaacagagaagacatctttttc 5476764  T
Q  440 acagctcgaaacaac 454  Q
    |||||||||||||||    
T  5476763 acagctcgaaacaac 5476749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 5490054 - 5489868
Alignment:
Q  271 tgtgagggtactgatgttgaacaaccagggaggtattgatgaatcataaatattcttagagaggtcaagcacataaagtgatgaaatatttaaaaagggt 370  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||| | ||||||||| |||| | ||  |||   |||||| ||||||||| ||||||||| |  ||||||||| |||    
T  5490054 tgtgagggtgctcatgttgaacatccaagaaggtattgaggaattaaaatgatttccagagagatcaagcacagaaagtgatgtagaatttaaaaatggt 5489955  T
Q  371 gaagatggagggagtgcagcaagattgcaaaaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttattaacagctcgaaacaactca 457  Q
    || ||||||||||| ||  ||||||||||| | | ||||||||| ||||||| | ||| ||||||||| ||| || | |||||||||    
T  5489954 gacgatggagggagagcgccaagattgcaagaagccaaatgcaattctaacaaatatgacatcttattcacaacttggaacaactca 5489868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 56 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 5482212 - 5481820
Alignment:
Q  56 cctaatgaatgaggcaatttcccagttagttgattataattcaaatctagaacctccaggctttggttgctacaagacaaggcctccattacttgagata 155  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||| || || || |||||||||||| | ||||||||||||||| ||   || || |     
T  5482212 cctaaagaatgaggcaatttcccagttagttgattactacccaaatttaaaaacttcaggctttggtttccacaagacaaggcctcaatcgtttcagttg 5482113  T
Q  156 tatcaatggttagatcattaaatgataggtctagattctgaagattgtgaagattccatttcccaagcatagaaggaaataaacctcttacagatgaata 255  Q
    |||||   ||||||| |||| |||| |||||||| | ||| || ||||  ||||||||| | | |||||||| | ||     |||| ||| ||||||||     
T  5482112 tatcacctgttagataattatatgacaggtctagttgctggagcttgtagagattccatctactaagcataggaagagcctgacctattagagatgaatt 5482013  T
Q  256 agaaagaataagttgtgtgagggtactgatgttgaacaaccagggaggtattgatgaatcataaatattcttagagaggtcaagcacataaagtgatgaa 355  Q
    | |||||   |||| | ||||  | || |||||||| | ||| | ||||||||| |||| | ||  |||    ||||| ||||| ||| |||||||||      
T  5482012 acaaagatctagttctatgagactgctcatgttgaatatccaagaaggtattgaggaatgaaaaggatttcctgagagatcaaggacagaaagtgatgtc 5481913  T
Q  356 atatttaaaaagggtgaagatggagggagtgcagcaagattgcaaaaggacaaatgcaactctaacagagatggcatcttattaacagctcgaaacaact 455  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||        ||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||||||    
T  5481912 atatttaaaaacggtgaagatgaagggagagcaacaag--------aggacaagtgcaactctaacatagaagacatcttattcacagatcgaaacaact 5481821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 209 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 5485156 - 5484996
Alignment:
Q  209 ttccatttcccaagcatagaaggaaataaacctcttacagatgaataagaaagaataagttgtgtgagggtactgatgttgaacaaccagggaggtattg 308  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||  | |||| ||| ||||||||  ||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||| ||    
T  5485156 ttccatcttccaagaatagaaggaatgatacctattagagatgaatcggaaagacgaagttttgtaagggtactcatgttgaacatccaagaaggtaatg 5485057  T
Q  309 atgaatcataaatattcttagagaggtcaagcacataaagtgatgaaatatttaaaaagggt 370  Q
    | |||| | ||  |||   |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5485056 aggaattaaaaggatttccagagagatcaa-cacataaagtgatgtaatatttaaaaagggt 5484996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University