View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9060_low_17 (Length: 482)

Name: NF9060_low_17
Description: NF9060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9060_low_17
NF9060_low_17
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (18-468)||(39457352-39457802)
chr5 (26-356)||(39469929-39470258)
chr5 (18-468)||(39463614-39464064)
chr5 (18-468)||(39487131-39487581)
chr5 (18-468)||(39451669-39452116)
chr5 (88-440)||(39476248-39476600)
chr5 (69-463)||(39483980-39484374)
chr5 (19-468)||(39460917-39461369)
chr5 (18-444)||(39472696-39473122)
chr5 (18-468)||(39455296-39455744)
chr5 (68-468)||(43311587-43311987)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 39457802 - 39457352
Alignment:
Q  18 atatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39457802 atatccggtaggaccaatattaaaccccaagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcg 39457703  T
Q  118 gtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 217  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457702 gaagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcccttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 39457603  T
Q  218 ctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457602 ctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatgaatgcgccatctgattacactctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttagataggac 39457503  T
Q  318 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457502 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagcccacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 39457403  T
Q  418 ctcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgct 468  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39457402 ctcgagaacatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctttgct 39457352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 26 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 39470258 - 39469929
Alignment:
Q  26 taggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagtttt 125  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  39470258 taggacccatattaaacctagagcccaaaaccaagggcaccgttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcagcctccttcctcggtagtttt 39470159  T
Q  126 cctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggtctctacgt 225  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  39470158 cctctgcttcgggagcagggt-tttttcgatgaggatcaggttaaggggatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgtattgtgtggtctctacgt 39470060  T
Q  226 aaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagcagaga 325  Q
    ||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39470059 aaaccaccacctaagggcaccatggttgcgccatctgattaccctctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagaagaga 39469960  T
Q  326 ttggaagggttattggatgggccccacagac 356  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39469959 ttggaagggttattggatgggctccacagac 39469929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 39464064 - 39463614
Alignment:
Q  18 atatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcc 117  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39464064 atatcctgtgggacccatattaaacccagagcccaaaaccaaggaccccattgattatgatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctccttcctca 39463965  T
Q  118 gtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  || ||||| ||||    
T  39463964 gtagttttcctctgcttcgggagcagaggttctttcgatgaagatcaggttaaggagattgcacttgctattgagaatagtggggctcgctttgtttggt 39463865  T
Q  218 ctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggac 317  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| | |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| || ||||    
T  39463864 ctctacgtaaacccccaccaaagggcgccatgattgcgccatctgattaccctctttctgatttaggttccgttttacccgaaggattcttatatcggac 39463765  T
Q  318 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 417  Q
     | ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  39463764 tgtagagattggaagggtgattggttgggctccacaggcccaaatactagcccacccggccacgggaggatttgtctcacattgtggctggaattcgaca 39463665  T
Q  418 ctcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgct 468  Q
    || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||| ||| ||||    
T  39463664 ctggagagcatatattttggtgttccacttgccacttggccgatctttgct 39463614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 39487131 - 39487581
Alignment:
Q  18 atatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcc 117  Q
    |||||| || |||||  |||||||||||||||||||||| ||| || ||  ||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39487131 atatccagtgggacccttattaaaccccgagcccaaaactaagggcaccgatgagtctgatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcg 39487230  T
Q  118 gtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||  ||| | ||| ||||||||||    
T  39487231 gtagttttcctctgcttcgggagcaggggctctttcgatgaggatcaggttaaagagattgcacatgctattgagaattgtggagcccgttttgtgtggt 39487330  T
Q  218 ctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggac 317  Q
    |||| ||||||||  |||||||||  | |||   | | || ||||||||| |||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  39487331 ctctgcgtaaaccctcaccgaagggaatcatggtttcaccctctgattaccctctttctgatttggaatcggttttacctgaaggattcttagatcgaac 39487430  T
Q  318 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 417  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  39487431 aacagggattggaagggtaattggatgggcccaacaggcccaaatactagctcatccagccactggaggatttgtttcgcattgtggttggaattcaaca 39487530  T
Q  418 ctcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgct 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||    
T  39487531 ctcgagagcatatattttggtgtgcctattgccgcgtggccactctatgct 39487581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 39451669 - 39452116
Alignment:
Q  18 atatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcc 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||  ||   ||| ||||||   |||  |||| ||||||||||||||||||| ||| ||     
T  39451669 atatccggtaggacctatattaagtcctgagcccaaaaccaaggacgttgttggttctga---tatcatcaactggcttgatgatcaacctctttcttct 39451765  T
Q  118 gtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 217  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| | ||||||| ||||| ||  || || ||||    
T  39451766 gttgttttcctctgctttgggagcaggggttgtttcgatgaggaccaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggt 39451865  T
Q  218 ctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggac 317  Q
    |||| ||||||||| |||| |||| | ||||   ||| || ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  39451866 ctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaac 39451965  T
Q  318 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 417  Q
     | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | || |||||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39451966 ggaagagattggaagggtgattggttgggccccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccaca 39452065  T
Q  418 ctcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgct 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||| ||||    
T  39452066 ctcgagagcatatattttggtgtgcccattgcaacatggccgctctttgct 39452116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 88 - 440
Target Start/End: Original strand, 39476248 - 39476600
Alignment:
Q  88 aagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctg 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  39476248 aagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagttttcctctgcttcgggagtaggggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgctg 39476347  T
Q  188 tagagaatactggggtccgatttgtgtggtctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttc 287  Q
    | ||||||| |||||  || || ||||||||||| |||||||| ||| | |||| ||| ||   ||| || || |||||| |||||| ||||||  ||      
T  39476348 ttgagaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctccagcaaagggcactatggctgcaccctcggattaccctctttatgatttgggtct 39476447  T
Q  288 ggttttaccagaaggattcttagataggacagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggagga 387  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||| |  |||||||||||| |||| | || |||||||| ||||||||||  ||||||    
T  39476448 ggttttacctgaaggattcttagatagaactgctgagattggaaggatagttggatgggcccaacaggcccaaatactagcccacccagccataggagga 39476547  T
Q  388 tttgtttctcattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgt 440  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39476548 tttgtttcacattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgt 39476600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 69 - 463
Target Start/End: Original strand, 39483980 - 39484374
Alignment:
Q  69 tgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggtt 168  Q
    ||||||||| |||||  | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| |||||||||    
T  39483980 tgattctgatgatataatgaagtggcttcataatcaacctccttcctccgtagttttcctctgctttgggagtaggggttattttgatgaagatcaggtt 39484079  T
Q  169 aaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggtctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattaca 268  Q
    |||||||| |||| || ||| ||||||| |||||  || || ||||||||||| |||||||| | |   |||| ||||||   ||| || |||||||||     
T  39484080 aaggagatcgcacatgttgttgagaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctctagtaaagggcaccatggctgcaccctctgattact 39484179  T
Q  269 ctctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagc 368  Q
    |||||| ||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | || || |||||||||||| | ||| ||||||||| |||  | || ||||||||    
T  39484180 ctctttatgatttgggtccggttttacctgaaggattcttagatcgaactgccgagattggaaggataattagatgggcccaacaagcccaaatactagc 39484279  T
Q  369 tcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctct 463  Q
     ||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  39484280 ccacccagccataggaggatttgtttcacattatggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctattgccgcatggccactct 39484374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 39460917 - 39461369
Alignment:
Q  19 tatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctccg 118  Q
    ||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |  |  ||| ||| || |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39460917 tatccggcaggacccattataaaccctgagcccaaaaccaagggaacagttggttcagatgatatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctccg 39461016  T
Q  119 tagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggtc 218  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||    ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||  | ||| ||| ||| ||||  ||  | |||||    
T  39461017 tagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgccattgaggatagtggcgtccatttcatatggtc 39461116  T
Q  219 tctacgtaaaccaccaccgaagga---caccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagatagg 315  Q
    ||| ||||||||   ||||||||    | ||||   ||| || ||||||||| ||||| |||| ||  | | ||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  39461117 tcttcgtaaacccaaaccgaagggtgtcgccatggttgcaccctctgattactctcttactgaattgggcttggttttacccgaagggttcttagatcgg 39461216  T
Q  316 acagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattcca 415  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  39461217 acagcagggattggaagggtcattggatgggctccgcagactcaaatattggcccacccagccacgggaggattcgtttcccattgtggctggaattcaa 39461316  T
Q  416 cactcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgct 468  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  39461317 tactcgagagcatgtattttggtgtgcccattgccacgtggccgctctttgct 39461369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 444
Target Start/End: Original strand, 39472696 - 39473122
Alignment:
Q  18 atatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcc 117  Q
    |||||||||||| || ||| | ||||  ||||||||||||||| || || ||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||||| | |||||     
T  39472696 atatccggtagggcccatactgaacctggagcccaaaaccaagggcaccgttgattccgatgacatcatcaagtggcttgatgatcaacctgcatcctca 39472795  T
Q  118 gtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 217  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||| | |||||| ||||||||||||| | ||||||||   ||| | ||||||| ||||| ||| ||  | ||||    
T  39472796 gtagttttcctctgcttcggaagtatgggttctttcgacgaggatcaggttacgcagattgcatgcgctattgagaatagtggggcccggttcatatggt 39472895  T
Q  218 ctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggac 317  Q
    |||| |||||||| |||||| ||| ||||||     |||| ||||||||| |||||| ||||||  ||||   |||||| |||||||| |||||  ||||    
T  39472896 ctcttcgtaaacctccaccggagggcaccatggcctcgccctctgattaccctctttttgatttgggttcaagtttacccgaaggatttttagagcggac 39472995  T
Q  318 agcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccaca 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    || |||||||| ||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||||||||   |    
T  39472996 agcagagattggaagggttgttggatgggccccacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagta 39473095  T
Q  418 ctcgagagcatatattttggtgtgcct 444  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  39473096 ctcgagagcatttattttggtgtgcct 39473122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 39455296 - 39455744
Alignment:
Q  18 atatccggtaggaccaatattaaaccccgagcccaaaaccaagagcgccattgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcc 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||  |    ||| ||||||   |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39455296 atatccggtaggacctatattaagtcctgagcccaaaaccaaggacattgttggttctga---tatcatcaagtggcttgatgatcaacctctttcctcc 39455392  T
Q  118 gtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggttaaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggt 217  Q
    || |||||||| |||||||| ||||  || | ||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| | ||||||| |  |  ||  ||  | ||||    
T  39455393 gtcgttttcctttgcttcggaagcaaaggttgttttgatgaggatcaggttaaggagatcgcatgtgctattgagaatagtaagtcccacttcatatggt 39455492  T
Q  218 ctctacgtaaaccaccaccgaagga-caccatcaatgcgccatctgattacactctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagatagga 316  Q
    |||| ||||||||   ||||||||  | |||    ||| || |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |    
T  39455493 ctctccgtaaacctgtaccgaaggggcgccagggctgcaccttctgattacactctttctgatttgtgttcgattttacccgaaggattcttagatcgta 39455592  T
Q  317 cagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactagctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccac 416  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  39455593 cggcagagattggaagggtgattggttgggctccacaaacccaaatactagcccatccagccacaggaggatttgtttcacattgtggttggaattccac 39455692  T
Q  417 actcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgct 468  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||| ||||    
T  39455693 actcgagggcatatactttggtgtgcccattgcaacatggccgctctttgct 39455744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 68 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 43311987 - 43311587
Alignment:
Q  68 ttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctccgtagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggt 167  Q
    |||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||  || ||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||  |    
T  43311987 ttgattctgatgacattgttaattggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaat 43311888  T
Q  168 taaggagattgcacttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggtctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatcaatgcgccatctgattac 267  Q
    || |||||||||   |||| | ||||| | || ||  || ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||  |||||   || | |||||||||||    
T  43311887 tagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattac 43311788  T
Q  268 actctttctgattttagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactag 367  Q
     |||||||||||||     | |||||||| ||||| ||||||||| | |||||   || ||||||||| ||||||||||| || |||   ||  |||| |    
T  43311787 tctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcg 43311688  T
Q  368 ctcacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctctgc 467  Q
    |||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| |||    
T  43311687 ctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgtggttggaattcgactctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgc 43311588  T
Q  468 t 468  Q
    |    
T  43311587 t 43311587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University