View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9060_low_3 (Length: 696)
Name: NF9060_low_3
Description: NF9060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9060_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 31014972 - 31014297
Alignment:
| Q |
13 |
acaagttggttttgtaggagttgagttaggcccaacttgaattctaagaccgtttgtgatatctttgtatgatttgatttaattctattctgcagattca |
112 |
Q |
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| T |
31014972 |
acaagttggttttgtaggagttgagttaggcccaacttgaattctaagaccgtttgtgatatctttgtatgatttgatttaattctattttgcagattca |
31014873 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
31014872 |
gatctttgttacctaggagtgtgactgtgtgttcttgtttaggttggttttgaagttagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttatt |
31014773 |
T |
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| Q |
213 |
agagattgtgacttctgtgtgttcttgtttaagttctttctgttatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatcggcagaaga |
312 |
Q |
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| T |
31014772 |
agagattgtgacttctgtgtgttcttgtttaagttctttctgttatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatgggcagaaga |
31014673 |
T |
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| Q |
313 |
caaagtaaaatgcataccgggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttatgtcaacaccttttcattttcattttatgttcaaaactattactgca |
412 |
Q |
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| T |
31014672 |
caaagtaaaatgcataccgggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttatgtcaacaccttttcattttcattttatgttcaaaactattactgca |
31014573 |
T |
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| Q |
413 |
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512 |
Q |
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| T |
31014572 |
gaaaatatacgcaaacttcaagtacgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaactacactgcagaaactatttcttaaatacatatagcac |
31014473 |
T |
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| Q |
513 |
agtggatataatgttattttcttgaaggatatggcgtagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgcct |
612 |
Q |
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| T |
31014472 |
agtggatataatgttattttcttgaaggatatgtcatagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgcct |
31014373 |
T |
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| Q |
613 |
atggatctatacttatgtatgttgatagagtgttgttttatgacatcatggaataatataatgattgttctctgct |
688 |
Q |
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| T |
31014372 |
atggatctatacttatgtatgttgatagagtgttgttttatgacatcatgaaataatttaatgattgttctttgct |
31014297 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 512; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 31193227 - 31192550
Alignment:
| Q |
15 |
aagttggttttgtaggagttgagttaggcccaacttgaattctaagaccgtttgtgatatctttgtatgatttgatttaattctattctgcagattcaga |
114 |
Q |
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| T |
31193227 |
aagttggttttttaggggttgagttaggcccagcctgaattccaagactgtatatgatatctttgtatgatttgatttaattctattttgcagattcaga |
31193128 |
T |
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| Q |
115 |
tctttgttacctaggagtgtaactgtgtgttcttgtttagattggttttgaagttagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttattag |
214 |
Q |
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| T |
31193127 |
tctttgttacctaggagtgtaactgtgtgttcttgtttaggttggttttgaaattagctgatttgtaaccattgcatgtagatattttatgatttatttg |
31193028 |
T |
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| Q |
215 |
agattgtgacttctgtgtgttcttgtttaagttctttctgttatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatcggcagaagaca |
314 |
Q |
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| T |
31193027 |
agattgtgacttctgtgtgttcttgtttaagttcattctgttatgtactcctgctggtccgactgagatgctcatctgaactgatgatgggcagaagaca |
31192928 |
T |
|
| Q |
315 |
aagtaaaatgcataccgggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttatgtcaacaccttttcattttcattttatgttcaaaactattactgcaga |
414 |
Q |
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| T |
31192927 |
aagtaaaattcataccgggaacaataatcactgcaaaataacattgtcttttgtcaacaccttttcattttcatgttgtgttcaaaactattgctgcaga |
31192828 |
T |
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| Q |
415 |
aaatatacgcaaacttcaagt---acgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaactacactgcagaaactatttcttaaata-catatagc |
510 |
Q |
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| T |
31192827 |
aaatttacgcaaacttcaagtgcggcgtccctgcacatcaaatgcctataacattgatataaacctcattgcagaaactatttcttaaaaaccatatagc |
31192728 |
T |
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| Q |
511 |
acagtggatataatgttattttcttgaaggatatggcgtagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgc |
610 |
Q |
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| T |
31192727 |
acagtggatataatgttattttctggaaggatattgcatagtccctacaaaagataattcaagcacagaaatttgaccctcttttgctcttttgttgtgc |
31192628 |
T |
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| Q |
611 |
ctatggatctatacttatgtatgttgatagagtgttgttttatgacatcatggaataatataatgattgttctctgct |
688 |
Q |
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| T |
31192627 |
ctatggatctacacttatgtatgtttatagagtgttgttttatgaaatcatggaacaatatgtagattgttctttgct |
31192550 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 43433741 - 43433695
Alignment:
| Q |
15 |
aagttggttttgtaggagttgagttaggcccaacttgaattctaaga |
61 |
Q |
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| T |
43433741 |
aagttggttttgtaggggttgagttaggcccaacccaaattctaaga |
43433695 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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