View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9061_low_3 (Length: 992)

Name: NF9061_low_3
Description: NF9061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9061_low_3
NF9061_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-978)||(40093232-40094210)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 978
Target Start/End: Original strand, 40093232 - 40094210
Alignment:
Q  1 aactttgatataacaccaaactcttttaagcacaatatcttactaaaataatcatgaatatataaatacnnnnnnn-aatctttgattctattggaagct 99  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||    
T  40093232 aactttgatataacacgaaactcttttaagcacaatatcttactaaaataatcatgaatatataaatactttttttcaatctttgattctattggaagct 40093331  T
Q  100 aaaaatctttaggaccctacctcttctccaatgatcaacctaaatatgtaataaaacatttcacatatctttaggatgatctgatggagggcatagctca 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40093332 aaaaatctttaggaccctacctcttctccaatgatcaacctaaatatgtaataaaacatttcacatatctttaggatgatctgatgaagggcatagctca 40093431  T
Q  200 taagtcaagagtgctcaagctctgcttagactcacactacatacattcttgataagagaaacaggtataacatataaaagaagccatcaaaagatcttta 299  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093432 taagtcaagagtgctcaagctatgcttagactcacactacatatattcttgataagagaaacaggtataacgtataaaagaagccatcaaaagatcttta 40093531  T
Q  300 atttagtatgcattgactatattcgaagggatatgaatgcagaaagcaacacaagacacaccacataacacattccttttcctgaacatggaaactttct 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093532 atttagtatgcattgactatattcgaagggatatgaatgcagaaagcaacacaagacacaccactcaacacattccttttcctgaacatggaaactttct 40093631  T
Q  400 tacttgaataacacaaatatgtgtgtgtagaggagatgaccatttaatttcagacggatggacaagctataagatactcaaatgtcacataaacacttaa 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093632 tacttgaataacacaaatatgtgtgtgtagaggagatggccatttaatttcagacggatggacaagctataagatactcaaatgtcacataaacacttaa 40093731  T
Q  500 aaatgacacataatattagaatcttcgaaaataaattattttcatgcttaaaatataaatcgtagaaaggaaaatgaaattgactaaattccctttttga 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093732 aaatgacacataatattagaatcttcgaaaataaattattttcatgcttaaaatataaatcgtagaaaggaaaatgaaattgactaaattccctttttga 40093831  T
Q  600 caaaacagtaaatgcaattaactgctattatgggatactctaattccacgttcagaggagtaaataacaaaagaataaattcaattagcatgtattattt 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40093832 caaaacagtaaatgcaattaactgctactatgggatactctaattccacgttcagaggagtaaataacaaaagaataaattcaattagcatgtattattt 40093931  T
Q  700 tgtcaaataccacattaatcagtcttcatcagaaccatcgattcatcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaggttagggtgtataagcctt 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         ||||||||||||||||||||||||    
T  40093932 tgtcaaataccacattaatcagtcttcatcagaaccatcgattcatcaaactatttttctattttttattatatttgaaaggttagggtgtataagcctt 40094031  T
Q  800 atatcaagaccagagaagaaacgactacttacatattataggtaaatgatcagcttgaaaattattagaaagctccagagtattaaaacatgcatgcaca 899  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40094032 atatcaagaccagacaagaaacgactacttgcatattataggtaaatgatcagcttgaaaattattagaaagctccagagtattaaaacatgcatgcaca 40094131  T
Q  900 tgtgagcagtaacggtatagatttagatatttacctcttgtaatatcagagcaaaagaaaacgcatccactttgatgtc 978  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40094132 tgtgagcagtgatggtaaagatttagatttttacctcttgtaatatcagagcaaaagaaaacgcatccactttggtgtc 40094210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University