View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9061_low_33 (Length: 413)

Name: NF9061_low_33
Description: NF9061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9061_low_33
NF9061_low_33
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (8-413)||(24538279-24538674)
chr1 (17-413)||(25682430-25682838)
chr1 (17-413)||(4394938-4395345)
chr1 (8-413)||(36733463-36733883)
chr1 (8-413)||(51113085-51113502)
chr1 (45-413)||(48949724-48950105)
chr1 (143-412)||(44527157-44527439)
chr1 (151-361)||(48166149-48166372)
chr1 (80-413)||(5609180-5609526)
chr1 (274-413)||(44602800-44602939)
chr1 (184-257)||(52109399-52109472)
chr1 (117-413)||(16816797-16817108)
chr1 (83-138)||(17507302-17507357)
chr1 (325-413)||(2885322-2885410)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (8-413)||(16731703-16732120)
chr7 (8-413)||(17709837-17710254)
chr7 (8-413)||(9328602-9329018)
chr7 (8-413)||(22289011-22289428)
chr7 (8-413)||(29200955-29201366)
chr7 (17-257)||(1581394-1581633)
chr7 (18-115)||(11745952-11746048)
chr7 (171-413)||(30493610-30493864)
chr7 (134-412)||(16098385-16098676)
chr7 (313-413)||(3601739-3601839)
chr7 (81-273)||(17877250-17877442)
chr7 (184-267)||(34578437-34578520)
chr7 (17-98)||(16098262-16098342)
chr7 (274-354)||(1581664-1581744)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (8-413)||(29655666-29656082)
chr4 (8-413)||(49951083-49951500)
chr4 (31-413)||(51734972-51735366)
chr4 (8-413)||(28537787-28538202)
chr4 (8-413)||(2064623-2065040)
chr4 (8-413)||(32577048-32577463)
chr4 (19-413)||(37245852-37246262)
chr4 (20-413)||(18442147-18442549)
chr4 (8-413)||(51259529-51259947)
chr4 (17-413)||(43840306-43840715)
chr4 (8-413)||(55734779-55735196)
chr4 (8-413)||(49119400-49119804)
chr4 (8-355)||(56065399-56065758)
chr4 (8-413)||(28425965-28426370)
chr4 (8-392)||(21321297-21321695)
chr4 (274-413)||(26422602-26422741)
chr4 (111-273)||(41835464-41835626)
chr4 (274-413)||(47226330-47226469)
chr4 (325-413)||(44936082-44936170)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (17-413)||(28106918-28107326)
chr6 (8-273)||(14679929-14680196)
chr6 (8-413)||(15605994-15606418)
chr6 (278-413)||(19690879-19691014)
chr6 (184-412)||(29368057-29368296)
chr6 (8-131)||(30802265-30802387)
chr6 (171-237)||(15053364-15053430)
chr6 (8-122)||(19364249-19364362)
chr6 (219-273)||(11731819-11731873)
chr6 (218-268)||(30802149-30802199)
chr6 (8-56)||(29368406-29368453)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (8-413)||(20204725-20205142)
chr5 (9-362)||(22767308-22767673)
chr5 (17-268)||(30222957-30223207)
chr5 (17-413)||(27532906-27533315)
chr5 (8-413)||(41940737-41941154)
chr5 (17-413)||(8387865-8388273)
chr5 (134-413)||(12660211-12660503)
chr5 (119-413)||(25730688-25730995)
chr5 (14-413)||(15988749-15989160)
chr5 (171-412)||(4268031-4268285)
chr5 (184-413)||(34652254-34652495)
chr5 (108-413)||(26597457-26597775)
chr5 (17-412)||(27292225-27292620)
chr5 (9-154)||(34653864-34654007)
chr5 (194-270)||(37448080-37448156)
chr5 (8-98)||(4267881-4267970)
chr5 (143-273)||(11375666-11375796)
chr5 (274-312)||(37448173-37448211)
chr5 (17-162)||(16074515-16074659)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (19-413)||(42340277-42340682)
chr3 (34-267)||(46007097-46007330)
chr3 (45-413)||(55199317-55199698)
chr3 (143-412)||(53496936-53497218)
chr3 (274-392)||(647184-647302)
chr3 (129-273)||(2615383-2615527)
chr3 (145-240)||(48227319-48227414)
chr3 (278-413)||(24176820-24176957)
chr3 (152-319)||(647305-647485)
chr3 (274-361)||(2121129-2121216)
chr3 (274-413)||(11020180-11020319)
chr3 (170-273)||(27941147-27941250)
chr3 (8-79)||(27747787-27747857)
chr3 (184-237)||(36310729-36310782)
chr3 (341-413)||(2615598-2615670)
chr3 (325-413)||(27608903-27608991)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (17-413)||(88338-88746)
chr2 (20-413)||(12130638-12131043)
chr2 (86-410)||(34695907-34696242)
chr2 (86-410)||(34718319-34718654)
chr2 (274-413)||(14827128-14827267)
chr2 (82-362)||(44017369-44017662)
chr2 (290-413)||(22845600-22845723)
chr2 (276-413)||(13109869-13110006)
chr2 (292-413)||(1417981-1418102)
chr2 (32-269)||(18345643-18345867)
chr2 (325-413)||(26198781-26198869)
chr2 (184-273)||(26198638-26198727)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (17-362)||(478107-478464)
chr8 (17-413)||(8451123-8451531)
chr8 (20-412)||(23853726-23854118)
chr8 (19-413)||(7127004-7127410)
chr8 (17-162)||(40588979-40589123)
chr8 (129-413)||(13414913-13415210)
chr8 (274-413)||(185591-185730)
chr8 (187-413)||(37712027-37712260)
chr8 (278-413)||(3606739-3606874)
chr8 (218-273)||(40588883-40588938)
chr8 (341-413)||(598237-598309)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (81-355)||(28-315)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (292-413)||(264-385)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 24538279 - 24538674
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24538279 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaacataggcagaatagagtgcaaggtaacatct 24538378  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24538379 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttctataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 24538478  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaagggttactcgatgccattcactttgctgatgtgaact 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          ||    
T  24538479 ctcccgtggataatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttggagggttactcgatgccattcactttg----------ct 24538568  T
Q  308 gatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctag 407  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24538569 gatgggaccgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatctgcttcgggtcatagtgattcagaattctacgctattatttctag 24538668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 25682430 - 25682838
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| || |||||||||||| || |||||||| |||| | | ||  |||||||| || || |||||||||||||||| || | |||| |||| |    
T  25682430 tagatgcatggcagcaatggcaagagatt-cataaacaacccttatcgccgattgtgcaacatgggtagaatagagtgcaaggcaagaactcaatttggg 25682528  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    |||||||  ||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||  || | ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25682529 agaaaccgtgtgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactcccgtgg 25682628  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
     ||||||||  ||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||| ||| ||||             |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  25682629 gcaatttatctgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgctaatgtg 25682728  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattattt 403  Q
    ||| ||||||| || | | | ||||||| ||||||  |||||||||| |||| |||||| |||  ||| || |||||||||||||||||  ||||| |||    
T  25682729 aacagatgggaccgggctgtcttcgagtttgactcagctactctagtacaagctctatcgtctccgggccacagtgatttagaattctatactattgttt 25682828  T
Q  404 ctagtattat 413  Q
    ||||||||||    
T  25682829 ctagtattat 25682838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 4394938 - 4395345
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||  ||||| | | ||| || ||||||||||  || | ||||||||| |    
T  4394938 tagatgcatgacaacaatggcaagaggttt-ataaacatccctcgctaccggtaatgcaacacatgcataacagagtgcaagacaacaactcagtttggg 4395036  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    ||||||| || ||||| |||  ||| ||||||||||| ||||||||  || ||||||||||  | | | ||||||  || |||||||||||||| |||||    
T  4395037 agaaaccgagcgagacgtggctgaagtgcaatgtggaagccgcgttccatgaccgtaaccatatcacaacttttgcatgctgtgttagagactctcgtgg 4395136  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtga 304  Q
     |||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||            |||||||| ||| ||||||||||||||| ||    
T  4395137 gcaatttatccgggctcaatcgaaatggcagcgggcaaatatgagagttttgaaggggaggcactagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcga 4395236  T
Q  305 actgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttc 404  Q
    |  ||||||| |  ||| | ||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||| |||   |||||| |||||| |||||||||  ||||| |||     
T  4395237 atagatgggaccaggttatcttcgagtccaactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaaggtcatggtgattcagaattctatcctattgttta 4395336  T
Q  405 tagtattat 413  Q
    |||||||||    
T  4395337 tagtattat 4395345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 36733463 - 36733883
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccc-tcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatc 106  Q
    ||||| || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||| |  | || |||||| |||||||||||| |    
T  36733463 ggacaacactagatgcatggcagcaatggcaagaggtt-cataaacatcccctcactaccggttgtgcaacaaggccaaaatagaatgcaaggtaataac 36733561  T
Q  107 tcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaat--gtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttag 204  Q
    | |||||  |||||||| || ||||| |||| ||| ||||||  ||||||||||||||  || ||  ||||||  ||| | |||||||||||||||||||    
T  36733562 tgagtttcggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatatgtggatgccgcgtttcatgactataaccatcttacaccttttgtgtgttgtgttag 36733661  T
Q  205 agactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcac 291  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || | || ||||| | |||||||| ||||             |||||| |||  ||||||    
T  36733662 agactctcgtggacaatttattcgggctcaaacaaaatgacaacgggtaaatatggcagttttggagggggaggcagtagtcttactcaatgttattcac 36733761  T
Q  292 tttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattct 391  Q
    |||||||||||||||  |||||| || ||| | |||||||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||  ||| |||  ||||| | ||||||    
T  36733762 tttgctgatgtgaacaaatgggaccgggttgtcttcgagtctgactctataactctagtgcaagctatatcgtctccgggccatgatgattcataattct 36733861  T
Q  392 acgctattatttctagtattat 413  Q
    | | |||| |||||||||||||    
T  36733862 atgttattgtttctagtattat 36733883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 51113085 - 51113502
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| || |||||||| |||||| |||||||| |||||| || |  |||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | ||    
T  51113085 ggacagcactagatgcatggcagcaatggcaggaggtt-cataaacagccctcatcatcgattgtgcaacacgggcagaatagagtgcaagctaacaact 51113183  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||| |  ||||||| ||||  || |||||||||||||||| |||  || ||||| | ||  ||| |||||| | |||||||||||||||    
T  51113184 cagtttgggagaaatcgtgtgagacgtggttaaagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagaga 51113283  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| |  |||||||  || |||||| ||||             |||||||||| ||||||||||    
T  51113284 ctcccgtgggcaattcattcggactcaaacgaaatggcaacgagcaaatataaccgttttggagggggaggcagttgccttactcgatgtcattcacttt 51113383  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    | || || |||| ||||||| || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||| ||| |||| ||| ||||||  || || || |    
T  51113384 gttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctctgggccatggtgattcggagttttatg 51113483  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  51113484 ctattgtttctagtattat 51113502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 48950105 - 48949724
Alignment:
Q  45 ttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatg 144  Q
    |||||||||| |||||| || |  |||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | ||||| ||| ||||||||  ||||||| |||| ||| ||    
T  48950105 ttcataaacaaccctcatcatcgattgtgcaacacgggcagaatagagtgcaagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtg 48950006  T
Q  145 caatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattgg 244  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| | ||  ||| |||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  48950005 caatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgttggcaattcattcgggctcaaacgaaatgg 48949906  T
Q  245 cagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagt 331  Q
    || |  ||||||| || ||||||| ||||             ||||||||||| |||||||||| || || |||| ||||||| || ||| | |||||||    
T  48949905 caacgagcaaatatgaaagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagt 48949806  T
Q  332 ctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
       ||||  |||||||||||||||  ||||| |||  ||| ||| ||||||  ||||| || |||||| |||||||||||||    
T  48949805 tcaactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtattat 48949724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 143 - 412
Target Start/End: Original strand, 44527157 - 44527439
Alignment:
Q  143 tgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaatt 242  Q
    ||||||||||| ||||||||  || || |||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || |    
T  44527157 tgcaatgtggacgccgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactcttgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaat 44527256  T
Q  243 ggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcga 329  Q
    |||||| | |||||| |||||||||| ||||             ||||| || ||| |||||||||||||||  ||| ||||||| || ||| | |||||    
T  44527257 ggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggaccgggttgtcttcga 44527356  T
Q  330 gtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtatta 412  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||| |||  ||| ||| ||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  44527357 gtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtatta 44527439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 151 - 361
Target Start/End: Original strand, 48166149 - 48166372
Alignment:
Q  151 ggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcag 250  Q
    ||||||| ||||  || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||      
T  48166149 ggatgccacgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggtcaatttattcgggctcaaatgaaatggcagcga 48166248  T
Q  251 gcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgact 337  Q
    ||||||| |||||||||| || |             |||||||||| ||||||||||||| |||||||   ||||||||| ||| | ||||||||||| |    
T  48166249 gcaaatatgacagttttggagtgggagacaatagccttactcgatgtcattcactttgcttatgtgaatatatgggatcgggttgtcttcgagtctgatt 48166348  T
Q  338 cttctactctagtgcaagatctat 361  Q
    |  |||||||| |||||| |||||    
T  48166349 cagctactctattgcaagctctat 48166372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 80 - 413
Target Start/End: Original strand, 5609180 - 5609526
Alignment:
Q  80 aggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaag 179  Q
    ||||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||  || || |||||||      
T  5609180 aggcataatagagtgcaaggcaacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgcgttccatgactgtaaccata 5609279  T
Q  180 ttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------ 273  Q
    ||| | |||| | ||| |||| ||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||    || |||| | |||||| || ||||||||||||          
T  5609280 ttacaactttcgcgtgctgtgctagagactcacacgagcaatttattcgggctcaaactctatgacagcggacaaatatgatagttttgaagggggaggc 5609379  T
Q  274 -------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttct 366  Q
           |||||||| | | ||||||||| || || |||| |||| ||||| ||| | |||||||  ||||| |||||||||||||||  |||||| |||    
T  5609380 agtagccttactcgaggtccttcactttgatgttgcgaacagatgagatcgggttgtcttcgagttcgactcatctactctagtgcaaactctatcgtct 5609479  T
Q  367 ttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
      ||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5609480 cagggtcatggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattat 5609526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 274 - 413
Target Start/End: Original strand, 44602800 - 44602939
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| || || |||   ||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| |||  ||| |    
T  44602800 ttactcgatgtcattcactttactgatgtgaacagatgagaccgggttgccttcgagtctaactccgctactctagtgcaagctctatcatctccgggcc 44602899  T
Q  374 atagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  44602900 atggtgattcaaaattctatgctattgtttctagtattat 44602939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 257
Target Start/End: Original strand, 52109399 - 52109472
Alignment:
Q  184 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaata 257  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  52109399 atcttttgcatgttgtgttagagactcctgtggacaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcgggcaaata 52109472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 16817108 - 16816797
Alignment:
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    ||||||| |||||||  |||| ||| ||||||| ||| ||||||||  ||  | |||||||  ||| ||||||||||| |||| |||||||||| || |     
T  16817108 agaaaccgagtgagatgtggttgaagtgcaatgcggacgccgcgttccatgtctgtaaccatattacatcttttgtgtattgttttagagactctcgcgt 16817009  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtga 304  Q
     ||||||||||| |||||| | || ||||||  |||||||| |||| ||||| ||||            |||||||| ||| |||| ||||||||||  |    
T  16817008 gcaatttattcgagctcaatcaaaatggcagtgggcaaatatgacaattttggaggggaggcagtagccttactcgaggcccttcattttgctgatgcaa 16816909  T
Q  305 actgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcat---agtgatttagaattctacgctattat 401  Q
    || ||||||| || ||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| | |||  | | |||    ||||||  ||||||||||||||| |    
T  16816908 acagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcgtctactctagttcaagttctaccgtctccgagccatggacgtgattcggaattctacgctattgt 16816809  T
Q  402 ttctagtattat 413  Q
    ||||||||||||    
T  16816808 ttctagtattat 16816797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 83 - 138
Target Start/End: Original strand, 17507302 - 17507357
Alignment:
Q  83 cagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtc 138  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  17507302 cagaagagagtgcaaggtaatatctcagtttgggagaaaccgagcgagacatggtc 17507357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 325 - 413
Target Start/End: Original strand, 2885322 - 2885410
Alignment:
Q  325 ttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||| |||| |||  || ||||||  || || || |||||| |||||||||||||    
T  2885322 ttcgagtcagactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggctatggtgattcggagttatatgctattgtttctagtattat 2885410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 16731703 - 16732120
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| | ||    
T  16731703 ggacaacactagaagcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacaacactcaccaccagttgtgcaacacatgcataatagagtgcaaggtaacaact 16731801  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||  || |||| |||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  16731802 cagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgtgttagaga 16731901  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||| ||||             |||||||| |||||||||| |    
T  16731902 ttcccgcgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactct 16732001  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    ||||||| |||| ||||| | |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||  |    
T  16732002 gctgatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattctctg 16732101  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  16732102 ctattgtttctagtattat 16732120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 17709837 - 17710254
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| | ||    
T  17709837 ggacaacactagaagcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacaacactcaccaccagttgtgcaacacatgcataatagagtgcaaggtaacaact 17709935  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||  || |||| |||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  17709936 cagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgtgttagaga 17710035  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||| ||||             |||||||| |||||||||| |    
T  17710036 ttcccgcgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcactct 17710135  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    ||||||| |||| ||||| | |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||  |    
T  17710136 gctgatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcagaattctctg 17710235  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  17710236 ctattgtttctagtattat 17710254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 9329018 - 9328602
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||  ||||||| | |  |  ||||||||||||||||||| | ||    
T  9329018 ggacaacattagatgcatggcagcaatggcaagatgtt-cataaacatccatcactactggttgtgccacacggctagaatagagtgcaaggtaacaact 9328920  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  9328919 cagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcatttgcgtgttgtgttagaga 9328820  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||||| ||| |||||| ||||             ||||||| ||| |||||||||    
T  9328819 ttcccg-ggacaatttattcgagctcaaacgaaatggcaacgggaaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcacttt 9328721  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    |||||||| ||| ||||||| || ||| | || ||||||||||||  |||||||||||||| |||||| ||   ||| ||| || ||| ||||||||| |    
T  9328720 gctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttggagtctgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcagaattctatg 9328621  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    |  || |||||||||||||    
T  9328620 cgtttgtttctagtattat 9328602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 22289011 - 22289428
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| || ||||| || |||||| |||||||| |||||| || | ||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | ||    
T  22289011 ggacaacactagatgcatggcagcaatgacaggaggtt-cataaacaaccctcatcatcggttgtgcaacacgggcagaatagagtgcaagctaacaact 22289109  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| ||||| ||  ||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||  || ||||| | ||  ||| |||||| | |||||||||||||||    
T  22289110 cagtttgggagaagccgcgtgagacgtggtttaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagaga 22289209  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     |||||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||| |  ||||||| |||||||||| ||||             |||||||||||||||||||||    
T  22289210 ttcccgtgggcaattcattcggactcagacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggtggttgccttactcgatgccattcacttt 22289309  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    || | || ||||  |||||| || | | | |||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||| |||  ||| ||| |||||| |||||| || |    
T  22289310 gccgttgggaacaaatgggaccgggctgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcagaattttatg 22289409  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  22289410 ctattgtttctagtattat 22289428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 29201366 - 29200955
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||| |  | || |||| |||||||||||||| ||    
T  29201366 ggacaacactagatgcatgacagcaatgacaagaggtt-cataaacagccctcaccatcggttgtgcaacacggacaaaatacagtgcaaggtaatagct 29201268  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| ||||||||    ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||  ||        |||  ||| ||||||||  |||||| |||||||    
T  29201267 cagtttgggagaaaccgcacgagacgtggttgaagtgcaatgttgatgccgctttccat--------ccatattatatcttttgcatgttgtattagaga 29201176  T
Q  208 ctcccgtg--gacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcact 292  Q
    |||  |||  | || |||||||||||||||||||| || |||| | |||||| |||||||||| ||||             ||||| |||| ||||||||    
T  29201175 ctcatgtgtggccagtttattcgggctcaaacgaaatgacagcggacaaatatgacagttttggagggggaggtagcatgtttacttgatgtcattcact 29201076  T
Q  293 ttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattcta 392  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||| |||||| |||||||||    
T  29201075 ttgctgatgtgaacagatggaaacgggttgtcttcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcagaattcta 29200976  T
Q  393 cgctattatttctagtattat 413  Q
     |||||| |||||||||||||    
T  29200975 tgctattgtttctagtattat 29200955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 257
Target Start/End: Original strand, 1581394 - 1581633
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| |    || | || ||||||| |||| | ||||||||| |    
T  1581394 tagatgcttggcaacaatggcaagaggtt-cataaacatccctcaccatcggttgtacaacacgaacaaagtatagtgcaacgtaacaactcagtttggg 1581492  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    ||||||  || ||||  |||| ||| |||||||||||||| |||||  || ||| ||||||  ||| |||||||| |||||||| |||||||||| | ||    
T  1581493 agaaactgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccataaccatattacatcttttgcgtgttgtgctagagactccagcgg 1581592  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaata 257  Q
    | | ||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  1581593 atagtttatccgggctcaaacgaaatggcagagggcaaata 1581633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 11746048 - 11745952
Alignment:
Q  18 agatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttga 115  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  11746048 agatgcatgacaataatggcaacaggtg-cataaacaaccctcaccaccggttgtgcaacacagacagaatagagtgcaaagtaacaactcagtttga 11745952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 171 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30493864 - 30493610
Alignment:
Q  171 gtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaa 270  Q
    |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| | || | ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||| |    
T  30493864 gtaaccaacttacatattttgcgtgttgtgttagaaattctcatgggcaatttactcaggctcaaacgaaatggcagcagacaagtatgacagttttgga 30493765  T
Q  271 ggg------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatc 358  Q
    |||            ||||| |||| | ||||||| |||||| ||||| |||| || |  ||| | |||||||| |||||   |||||||||||||| ||    
T  30493764 ggggaggcagtagccttacttgatgtcgttcacttagctgatatgaacagatgagaccaggttgtcttcgagtccgactcaattactctagtgcaagctc 30493665  T
Q  359 tatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||| |||| ||| ||| |||||| |||||| || |||||| ||| |||||||||    
T  30493664 tatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgctattgtttatagtattat 30493610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 412
Target Start/End: Original strand, 16098385 - 16098676
Alignment:
Q  134 tggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctc 233  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||  ||||  || ||||||||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||    
T  16098385 tggttgaagtgcaatgtggacgcatcgttccatgaccgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagactcccataggcaatttattcgggctc 16098484  T
Q  234 aaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagt 320  Q
    ||||||| ||| | |   |||||| |||| ||||| ||||             ||||| || ||| |||| ||||||||||  |||  |||||| || ||    
T  16098485 aaacgaaatggaaacgaacaaatatgacaattttggagggagaggtagtagccttactagaggcccttcaatttgctgatgctaacaaatgggaccgggt 16098584  T
Q  321 tcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtatta 412  Q
    | | |||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  16098585 tgtcttcgagtccgactcatctactctagtacaagctccatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgatattgtttctagtatta 16098676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 313 - 413
Target Start/End: Original strand, 3601739 - 3601839
Alignment:
Q  313 gatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtatta 412  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||| ||| |||  ||| |||||| |||||| || |||||| ||||||||||||    
T  3601739 gatcgggttgttttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctttatcgtctctggaccatggtgattcagaattttatgctattgtttctagtatta 3601838  T
Q  413 t 413  Q
    |    
T  3601839 t 3601839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 81 - 273
Target Start/End: Original strand, 17877250 - 17877442
Alignment:
Q  81 ggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagt 180  Q
    |||| ||| ||||||||||||| | |||| |||| |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||  || |  |||||||  |    
T  17877250 ggcataatcgagtgcaaggtaacaactcaatttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaaatgcaatgtggatgtcgcgttccatgattgtaaccatat 17877349  T
Q  181 tagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    || || | ||| |||| | |||| |||||||| |||  | || ||||| ||||||||||| | ||||| || ||||| |||||| ||| ||||    
T  17877350 tacatttgttgcgtgtggcgttatagactcccatgggaagttcattcgtgctcaaacgaaatcgcagcggggaaatatgacagtattggaggg 17877442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 34578520 - 34578437
Alignment:
Q  184 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagtttt 267  Q
    |||||||| |||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |  ||||||| |||||||||    
T  34578520 atcttttgcgtgttgtgttcgaaattcccgtgggcaatttattcgggctcagacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtttt 34578437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 98
Target Start/End: Original strand, 16098262 - 16098342
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaag 98  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||  |||||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||||    
T  16098262 tagatgcatggcatcaatggcaagaggttcc-taaacatcattcaccaccggttgtgcaacacgggcataatagagtgcaag 16098342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 274 - 354
Target Start/End: Original strand, 1581664 - 1581744
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaa 354  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||| || |||||  |||| ||||| ||| |||||    
T  1581664 ttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgggttctattggagtccaactcatctacactaatgcaa 1581744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 29656082 - 29655666
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||| | |||||||| | ||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29656082 ggacaacactagatgcatggcagcaatggaaagaggtt-cataaacattcatcaccaccgggtgtgcaacatgggcataatagaatgcaaggtaatatct 29655984  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||  || | |||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||     
T  29655983 cagtttggaagaaaccgagtgagacatggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgatcgtaaccctcttacatcttttgt-tgttgtgttagagg 29655885  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||             |||||||||| ||||||||||    
T  29655884 ctcccgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgactgttttggagggagaggcagtagccttactcgatgtcattcacttt 29655785  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    |||||||||||| ||||| | || ||| | |||||||||||||   ||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  29655784 gctgatgtgaacagatggaaccgtgttgtcttcgagtctgactacgctactctagtgcaagctctatcatcttcgggccatggtgattcagaattctatg 29655685  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
     |||| |||||||||||||    
T  29655684 ttattgtttctagtattat 29655666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 49951083 - 49951500
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  49951083 ggacaacactagaagcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacaacgctcaccaccagttgtgcaacacaggcataatagagtgcaaggtaacaact 49951181  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||  |||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||  || |||| |||||  ||| ||||||||  || |||||||||||    
T  49951182 cagttttggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcattccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgctgtgttagaga 49951281  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||| ||||             |||||||| ||| ||||||||    
T  49951282 ttctcgcggccaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcacttt 49951381  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    ||||||| |||| ||||| | |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||| |||| ||| | | |||||| ||||||||  |    
T  49951382 gctgatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctttatcatcttcgggccgtggtgattcagaattctctg 49951481  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  49951482 ctattgtttctagtattat 49951500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 51735366 - 51734972
Alignment:
Q  31 caatggcaagaggtttcataaacatccctcacc-accagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtga 129  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || | |  |||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| | |||||| || ||    
T  51735366 caatggcaagaggtt-cataaacatccctcccccatcgattgtgcaacataggcagaatagggtgcaatgtaacatctcagtttgggcgaaaccgagcga 51735268  T
Q  130 gacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgg 229  Q
    ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||  || |  |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  51735267 gacgtggttgaagtgcaacgtggatgccgcgttccatgattgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagacttccgttgacaatttattcgg 51735168  T
Q  230 gctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatc 316  Q
    ||| ||||||| || ||||  ||||||| |||||||||| ||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |    
T  51735167 gcttaaacgaaatgacagcgtgcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgctgatgtgaatagatagga-c 51735069  T
Q  317 gagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| | |||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||  ||| |||||| | ||||||| | |||| |||||||||||||    
T  51735068 gagttgtcttcgagtcaggctcctctactctagtgcaagctctatcgtctctggaccatggtgattcataattctatgatattgtttctagtattat 51734972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 28538202 - 28537787
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||  |||| ||| |  |||| | ||||||||||||||| |  |    
T  28538202 ggacaacactagatgcatgtcaacaatggcaagaggtt-cataaacaccactcaccaccgattgtacaacacgggcacagtagagtgcaaggtaacaatt 28538104  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||| |  ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||  || | ||||||||  ||| || ||||| |||||||||||||||    
T  28538103 cagtttgggagaaaccgaacgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgatcgtaaccatattacatattttgcgtgttgtgttagaga 28538004  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------------ttactcgatgccattcactttg 295  Q
    |||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| || || ||||| |||            |||||||| ||| |||||||||    
T  28538003 ctcccacgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggaaaatatgatag-tttgagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttg 28537905  T
Q  296 ctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgc 395  Q
     ||||| |||| ||||||| || ||| | ||| |||| ||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||| ||| |||||| | ||||||| ||    
T  28537904 ttgatgcgaacagatgggaccgggttgtgttcaagtccgactcatctactttagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcaaaattctatgc 28537805  T
Q  396 tattatttctagtattat 413  Q
    |||| |||||||||||||    
T  28537804 tattgtttctagtattat 28537787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 2064623 - 2065040
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||| | ||||||||| |  | || ||||||||||||||||| | ||    
T  2064623 ggacatctttagatgcatgacaacaatggcaagaggtt-cgtaaacaaccttcaccatcggttgtgcaacacggacaaaatagagtgcaaggtaacaact 2064721  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||  || ||| | |||| ||| ||||||||||| ||| ||||  || ||||||||||  ||| ||| | || |||||||||||||||    
T  2064722 cagtttgggagaaactgagcgagtcgtggttgaagtgcaatgtggacgccacgttccatgaccgtaaccatattacatcctctgcgtgttgtgttagaga 2064821  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| || || |||| |||||||| |||||| ||||||||             |||||||| ||| ||||||||    
T  2064822 ctcccgcggataatttattcgggctcaaacaaaatgacagcgggcaaatatgacagtattgaagggggaggcagtagccttactcgacgcccttcacttt 2064921  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    ||||||| |||| |||||  ||| ||| | || ||||| ||||| ||||||||||  |||| |||||| |||   |||||| ||||||   |||| || |    
T  2064922 gctgatgagaacagatggagtcgggttgtctttgagtcggactcatctactctagcccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaaattatatg 2065021  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  2065022 ctattgtttctagtattat 2065040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 32577463 - 32577048
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||| |  | ||||||| |||||||||||| | ||    
T  32577463 ggacaacattagatgcatggcggcaatggcaagaggtt-cataaacatccgtcactaccgtttgtgcaacacggccagaatatagtgcaaggtaacaact 32577365  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||  || ||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  32577364 cagtttgggagaaaccgag-gagacatggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccttaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagaga 32577266  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||| ||||             ||||||| ||| ||| |||||    
T  32577265 ttcccg-gggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggtactagccttactcgctgctatttacttt 32577167  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    |||||||| |||  ||||||  | ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||   ||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  32577166 gctgatgtaaacatatgggactgggttgtcttcgagtctgactctgctactctagtgcaagctcaatcgtcagcgggacatggtgattcagaattctatg 32577067  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    | ||| ||| |||||||||    
T  32577066 cgattgtttatagtattat 32577048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 37246262 - 37245852
Alignment:
Q  19 gatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggta----atatctcagtttg 114  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||   | |||||| ||||||||||    | | || ||||||    
T  37246262 gatgcatggcagcaatggcatgaggtt-cataaacatccctcactaccggttgtgcaacatgaccggaatagggtgcaaggtacgtaacaacttagtttg 37246164  T
Q  115 agagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgt 214  Q
     |||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||||||| |   ||| ||| | ||  ||||||||||||||||||||     
T  37246163 ggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaatcgtcttacatcctctgcatgttgtgttagagactcccga 37246064  T
Q  215 ggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatg 301  Q
    ||  ||||||||||||| |||||||| ||| | | |||||||| |||||||||| ||||             ||||||||||| |||||||||||| |||    
T  37246063 gggaaatttattcgggcacaaacgaaatggaaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgctattcactttgcttatg 37245964  T
Q  302 tgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattat 401  Q
    ||||| ||||||| || ||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || ||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||| |    
T  37245963 tgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctctgggccatggtgattcagaattctatgctattgt 37245864  T
Q  402 ttctagtattat 413  Q
    ||||||||||||    
T  37245863 ttctagtattat 37245852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 18442549 - 18442147
Alignment:
Q  20 atgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagaga 119  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| || ||| |||| ||||||||| | || || ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||    
T  18442549 atgcatggcaacaatggcaagatgtt-cataaacaacc-tcatcaccggttgtgcaatacagacaaaatagagtgcaaggtaacaactctgtttgggaga 18442452  T
Q  120 aaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggaca 219  Q
    |||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||||| ||||||  || |||| |||||  ||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  18442451 aaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgcggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactcccatgggca 18442352  T
Q  220 atttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaac 306  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||| ||| ||||             |||||||| ||| | |||||||||| || ||||    
T  18442351 atttattcgggctcaaacgaaatggaagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccctacactttgctgttgcgaac 18442252  T
Q  307 tgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttcta 406  Q
     ||||| | || ||| |||||||||  ||||| ||||  |||||||||| | |||| |||||||  ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  18442251 agatggaaccgggttattttcgagtgcgactcatcta--ctagtgcaagctatatcgtctttggcccatggtgattcagaattctatgctattgtttcta 18442154  T
Q  407 gtattat 413  Q
    |||||||    
T  18442153 gtattat 18442147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 51259947 - 51259529
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| || |||||||| |||||| |||||||| |||||| || |  ||| |||| |  |||||||||||||||||| ||| | ||    
T  51259947 ggacaacactagatgcatggcagcaatggcaggaggtt-cataaacaaccctcatcatcgattgcgcaacacgggcagaatagagtgcaagctaacaact 51259849  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||||| | ||  ||| |||||| || ||||||||||||||    
T  51259848 cagtttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaactgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgtatgttgtgttagaga 51259749  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg--------------ttactcgatgccattcactt 293  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||| ||||              |||||||||| |||||||||    
T  51259748 ctctcgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggaggggggaggcagttgccttactcgatgtcattcactt 51259649  T
Q  294 tgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctac 393  Q
    ||||| || || | | | ||| |  ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||| |||| ||| ||| |||||| |||||| ||     
T  51259648 tgctgttgggatcagttcggaccaggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttat 51259549  T
Q  394 gctattatttctagtattat 413  Q
    | |||| |||||||||||||    
T  51259548 gttattgtttctagtattat 51259529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 43840715 - 43840306
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || |||||| | |||||||||||  || ||||| |   ||| |||||||||||||  || | || |||||| |    
T  43840715 tagatgcatgacaacaatgacaagagatt-cataaaaagccctcaccaccgattatgcaacactagcataatagagtgcaagacaacaacttagtttggg 43840617  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    ||| |||    ||||| |||| ||| | ||| |||||||||||||| ||| | | ||||||  ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  43840616 agagaccgcacgagacgtggttgaagttcaacgtggatgccgcgttctatgagcataaccatcttacatcttttgcgttttgtgttagagactcccgtgg 43840517  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg--------------ttactcgatgccattcactttgctgatgt 302  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||| |||||| ||| ||||              |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43840516 acaatttattcggggtcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagtgttggagggggagacaacaacctttactcgatgccattcactttgctgatgt 43840417  T
Q  303 gaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatt 402  Q
    ||||  ||| || ||  || | |||||||  |||||  |||||||| |||||| |||||| |||| ||  ||| ||||||  |||||||| |||||| ||    
T  43840416 gaacaaatgagaccggtttgtcttcgagttcgactcagctactctaatgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcggaattctatgctattgtt 43840317  T
Q  403 tctagtattat 413  Q
    |||||||||||    
T  43840316 tctagtattat 43840306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 55734779 - 55735196
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||| || ||| || | ||||||||| | || || ||||||||||||||||| | ||    
T  55734779 ggacaacactagatgtatggcaacaatggcaagatgtt-cataaacaaccatcatcatcggttgtgcaatacagacaaaatagagtgcaaggtaacaact 55734877  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    | ||||| |||||||| || ||||  |||| ||| ||||||||||||| |||| |  || | |  |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  55734878 cggtttgggagaaaccgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgcgctccatgatctcaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagaga 55734977  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    ||||| ||  |||||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||||| |||||| ||| ||||             |||||||| ||| ||||||||    
T  55734978 ctcccatgagcaatttgttcgggctcaaacgaaatggaagcgagcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcacttt 55735077  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    | || || ||||  |||| | || ||| |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| |||| ||  ||| |||||| ||||||||| |    
T  55735078 gttgttgcgaacacatggaaccgggttattttcgagtccgattcatctactctagtgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcagaattctatg 55735177  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  55735178 ctattgtttctagtattat 55735196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 49119804 - 49119400
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |   ||||||| | |  | |||||||||||| ||||||| | |     
T  49119804 ggacagcattagatgcatggcagcaatggcaagaggtt-cataaacatccatcactattggttgtgccacacggccagaatagagtgtaaggtaacaacc 49119706  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49119705 cagtttgggataaaccaagcgagacatggctgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagaga 49119606  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
     |||             |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||| ||||             ||||||| ||| |||||||||    
T  49119605 ttcc-------------ttcgggctcaaacgaaatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcacttt 49119519  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    |||||||| ||| ||||||| || ||| | ||| |||||||||||  ||||||||||| || |||||| ||   ||| ||| || |||||||||| || |    
T  49119518 gctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtctgactctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatatg 49119419  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    | ||| |||||||||||||    
T  49119418 cgattgtttctagtattat 49119400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 355
Target Start/End: Original strand, 56065399 - 56065758
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| || |||||||| |||||| |||||||| |||||  || |  |||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | ||    
T  56065399 ggacaacactagatgcatggcagcaatggcaggaggtt-cataaacaaccctcgtcatcgattgtgcaacacgggcagaatagagtgcaagctaacaact 56065497  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||   ||||||| |||| ||| ||||||||||||| || |||  || ||||| | ||  ||| |||||| | ||||||| |||||||    
T  56065498 cagtttgggagaaactgtgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtgttgttttagaga 56065597  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |  ||||||| |||||||||| ||||             |||||||||||||||||||||    
T  56065598 ctcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcacttt 56065697  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaag 355  Q
    |||| || |||   |||||| || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  56065698 gctgttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaag 56065758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 28425965 - 28426370
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |   ||||||| | |  | |||||||||||| ||||||| | |     
T  28425965 ggacagcattagatgcatggcagcaatggcaagaggtt-cataaacatccatcactattggttgtgccacacggccagaatagagtgtaaggtaacaacc 28426063  T
Q  108 c-agtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagag 206  Q
    | |||||| || |||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  28426064 ccagtttgggataaaccaagcgagacatggctgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagag 28426163  T
Q  207 actcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactt 293  Q
    | |||             |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||| ||||             ||||||| ||| ||||||||    
T  28426164 attcc-------------ttcgggctcaaacgaaatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactt 28426250  T
Q  294 tgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctac 393  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || ||| | ||| |||||||||||  ||||||||||| || |||||| ||   ||| ||| || |||||||||| ||     
T  28426251 tgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtctgactctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatat 28426350  T
Q  394 gctattatttctagtattat 413  Q
    || ||| |||||||||||||    
T  28426351 gcgattgtttctagtattat 28426370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 392
Target Start/End: Original strand, 21321297 - 21321695
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || ||||||| || || ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||| |   ||| |||||||||||||| || | |     
T  21321297 ggacagcactagatgcttggcagcaatggcaagatgtt-cataaacatccctcactaccggttgtacaacacgagcataatagagtgcaaggcaacaaca 21321395  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||| | || || || |||| ||| |||||||||||||  |||||  || ||||||||||  ||| | ||||||  |||||| |||||||    
T  21321396 cagtttgggagaaatcgagcgaaacgtggttgaagtgcaatgtggatgttgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtattagaga 21321495  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    ||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||             |||||||| ||| ||||||||    
T  21321496 ctctcgcgggaaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcgaggcccttcacttt 21321595  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaa--gatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattcta 392  Q
     ||||||  ||| ||||||| || ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||  | |||||  |||  ||||||| |||||| |||||||||    
T  21321596 tctgatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaattgctctattgtctcagggtcatggtgattcagaattcta 21321695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 274 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 26422741 - 26422602
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| ||   ||| |    
T  26422741 ttactcgatgctatttactttgctgatgtaaacagatgggatcgggttgtcttcgagtctgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggac 26422642  T
Q  374 atagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||| ||| |||||||||    
T  26422641 atagtgattcagaattctatgcgattgtttttagtattat 26422602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 111 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 41835626 - 41835464
Alignment:
Q  111 tttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactc 210  Q
    |||| |||||| | || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||   | | ||||||||  ||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  41835626 tttgggagaaatcgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccacgttccttgaacgtaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactc 41835527  T
Q  211 ccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
     ||  |||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  41835526 tcgcagacaatttattcgggctcaaacaaaatgacagctggcaaatatgacagttttggaggg 41835464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 274 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 47226469 - 47226330
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||| ||| ||||| |||||| ||||  || |    
T  47226469 ttactcgaggcttttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgagttgtgttcgagtccgactcatctactttagagcaagctctatcgtcttcaggcc 47226370  T
Q  374 atagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    || |||||| ||| || || |||||| |||||||||||||    
T  47226369 atggtgattcagatttatatgctattgtttctagtattat 47226330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 325 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 44936170 - 44936082
Alignment:
Q  325 ttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||  |||||| | || ||| ||  |||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  44936170 ttcgagtccgactcatttactctagtgcaaactctatcgttttcgggccacggtgatttagaattctatgttattgtttctattattat 44936082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 28106918 - 28107326
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||   ||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  28106918 tagatgcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacatctttcaccattggttgtgcaacacatgcaaaatagagtgcaaggtaacatctcagtttggg 28107016  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    |||||||||  ||||| |||| ||| ||||| | ||| ||| ||||  || | ||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28107017 agaaaccaaacgagacgtggttgaagtgcaacgaggaagccacgttccatgatcgtaaccatcttacatctttcgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 28107116  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||||| ||||             ||||| |||||||||||||||||  || ||    
T  28107117 acaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcggacagatatgacagttttggagggggaggcagtagccttacttgatgccattcactttgcaaatatg 28107216  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattattt 403  Q
    ||  |||||||||  ||| | ||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||| | |||| |||    
T  28107217 aatagatgggatcacgttgtcttcgagtctaactccgctactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgttattgttt 28107316  T
Q  404 ctagtattat 413  Q
    ||||||||||    
T  28107317 ctagtattat 28107326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 273
Target Start/End: Original strand, 14679929 - 14680196
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||| |   ||| ||||||||||||||||| | ||    
T  14679929 ggacaacactagatgcatggccacaatggaaagaggtt-cataaacaactctcaccactagttgtgcaacacgagcataatagagtgcaaggtaacaact 14680027  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||  || |||| |||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  14680028 cagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggataccgcgttccatgaccgcaaccacattacatcttttgcatgttgtgttagaga 14680127  T
Q  208 ctccc---gtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    |||||   | || |||||||||  |||||||| ||| ||||||| || ||||| |||||| ||| ||||    
T  14680128 ctcccgcggcgggcaatttattatggctcaaatgaaatggcagcgggaaaatatgacagtattggaggg 14680196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 15606418 - 15605994
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||| | | ||||| |  || |  |||||||||||||||| | ||    
T  15606418 ggacatcactagattcatggcaacaatggcaggaggtt-cataaacaacactcaccaccggctatgcaacacgggaaacatagagtgcaaggtaacaact 15606320  T
Q  108 -------cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtg 200  Q
           ||||||| ||||||||    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||  |  | ||||||||  ||| |||||||  ||||||||    
T  15606319 aacaactcagtttgggagaaaccgcacgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcatttcacgatcgtaaccatattacatctttttcgtgttgtg 15606220  T
Q  201 ttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccat 287  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| || ||| | |||||||||| ||||             ||||||||||||||    
T  15606219 ttagagactcccatgggcaacttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggaaaacatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccat 15606120  T
Q  288 tcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaa 387  Q
    |||||||| ||||| ||||  |||||| || ||| | ||| |||| |||||  ||||||||||||||| |||||| ||| | |||||| |||||| ||||    
T  15606119 tcactttgttgatgggaacaaatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgattcagaa 15606020  T
Q  388 ttctacgctattatttctagtattat 413  Q
      ||| |||||| |||||||||||||    
T  15606019 cactatgctattgtttctagtattat 15605994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 278 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 19691014 - 19690879
Alignment:
Q  278 tcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatag 377  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||| || ||||| |    
T  19691014 tcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttgtcttcgagtctgactcagctactttagtgcaagctctatcgtctctgagtcatgg 19690915  T
Q  378 tgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||| |||||||| |  ||| |||||||||||||    
T  19690914 tgatttggaattctatgtcattgtttctagtattat 19690879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 184 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 29368296 - 29368057
Alignment:
Q  184 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg---------- 273  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||| |  ||||| |||||||||| ||||              
T  29368296 atcttttgcgtgttgtgtttgagactctcgtggacaatttattcg--ctcaaaagaaatggcagcggataaatatgacagttttggagggggaggcaata 29368199  T
Q  274 ---ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgg 370  Q
       |||||||| ||| |||||||||||||||  ||  ||||||| | |  | |||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||| |||  ||    
T  29368198 tccttactcgaggcccttcactttgctgatgctaatagatgggacctaactgttttcgagtccgactcatctactatagtgcaagctctatcgtctccgg 29368099  T
Q  371 gtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtatta 412  Q
    ||||||||||||   ||||||| ||||||  |||||||||||    
T  29368098 gtcatagtgattcgtaattctatgctattgcttctagtatta 29368057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 30802387 - 30802265
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| ||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||||||||  | ||    
T  30802387 ggacaacactagatgcatgacaacaatggtaagacatt-cataaacagccctcaccaacggttgtggaacacaggcagaatagagtgcaaggtaccaact 30802289  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgaga 131  Q
    ||||||| || |||| ||| ||||    
T  30802288 cagtttgggaaaaactaagcgaga 30802265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15053430 - 15053364
Alignment:
Q  171 gtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaac 237  Q
    |||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  15053430 gtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagacttcagtggacaatttattcgggctcaaac 15053364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 19364362 - 19364249
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |   ||||||| |   ||| ||| ||||||||||||| | ||    
T  19364362 ggacaacactagatgcatgacaacaatggcgagagg-ttcataaacaaccctcaccaacgcatgtgcaacacgagcaaaatcgagtgcaaggtaacaact 19364264  T
Q  108 cagtttgagagaaac 122  Q
    ||||||| |||||||    
T  19364263 cagtttgggagaaac 19364249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 219 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 11731873 - 11731819
Alignment:
Q  219 aatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  11731873 aatttatccgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggaggg 11731819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 218 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 30802199 - 30802149
Alignment:
Q  218 caatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttg 268  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  30802199 caatttattcgggcttaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttg 30802149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 29368453 - 29368406
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatc 56  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  29368453 ggacaacactagatgcatgacagcaatggcaagagg-ttcataaacatc 29368406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 20204725 - 20205142
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    ||||||||| | | ||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  20204725 ggacagcactagatgcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacaaccctcacccttggttgtgcaacacaagcaaaatagagtgtaaggtaataact 20204823  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||| ||||||  ||| |||||||   | ||||| ||||||    
T  20204824 cagtttgggagaaaccaaatgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccataaccatattacatcttttacattttgtgctagaga 20204923  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    |||||| ||  ||||||| | |||||||||||| ||||| | |||||||| |||||| ||| ||||             |||||||| ||||||||||||    
T  20204924 ctcccgcgggaaatttatccaggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattcacttt 20205023  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    | || || |||| ||||| | |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| |||||| | ||||||| |    
T  20205024 gttgttgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcctctccgggtcatggtgattcaaaattctatg 20205123  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  20205124 ctattgtttctagtattat 20205142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 22767673 - 22767308
Alignment:
Q  9 gacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctc 108  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||||| | |  | || ||||||||||||||||| | |||    
T  22767673 gacaacattagatgcatggcagcaatggcaagaggtt-cataaacatccatcactactggttgtgccacacggccaaaatagagtgcaaggtaacaactc 22767575  T
Q  109 agtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagac 208  Q
    |||||| |||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  || || |||| ||  ||| |||||||| |||||||||||||||     
T  22767574 agtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgacagtaatcatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagat 22767475  T
Q  209 tcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttg 295  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||| ||||             ||||||| ||| ||||||||||    
T  22767474 tcccgggggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttg 22767375  T
Q  296 ctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatc 362  Q
    ||||||| ||| ||||||| || ||| | ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  22767374 ctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcgagtttgactctgatactctagtgcaagctctatc 22767308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 30223207 - 30222957
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |    
T  30223207 tagatgcatgacaacaatgacaagaggtt-cataaacagccctcaccaacagttgtgcaacacgggcagaatagagtgcaaggtaacaactctgtttggg 30223109  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    |||||||  | ||||| ||||| || |||||  |||| | ||||||  || || |||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  30223108 agaaaccgtgcgagacgtggtcaaagtgcaacatggacgtcgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagacttccatgg 30223009  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttg 268  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||  ||||||||||    
T  30223008 gcaatttattcgggctcaaacgaatttgcagcaagcgaatttgacagttttg 30222957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 27533315 - 27532906
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||  | |||||| |    
T  27533315 tagatgcatggcaacaatgacaagaggtt-cataaacatccctcaccaccggttgtgcaacacagacagaatatagtgcaaggtaatagtttagtttggg 27533217  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatctttt-gtgtgttgtgttagagactcccgtg 215  Q
    ||||| |  | |||||  |   ||| || |||||||||| ||||||  || | ||||||||  ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27533216 agaaatcgcgcgagacgcgactgaagtgtaatgtggatgtcgcgttccatgatcgtaaccagtttacatctttttgcgtgttgtgttagagactcccgtg 27533117  T
Q  216 gacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgt 302  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||  ||||||||| ||||             ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  27533116 ggcaatttattcgggctcaaacgaaatggtagcaggaaaatataacagttttggagggggaggcaatagctttattcgatgtcattcactttgctgatgt 27533017  T
Q  303 gaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatt 402  Q
    |||  ||||||| || ||| |||||||||| |||| | || || |||||||   | |||| |||  ||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||    
T  27533016 gaatagatgggaccgggttgttttcgagtccgactttgcttctttagtgcagactttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattctttgctattgtt 27532917  T
Q  403 tctagtattat 413  Q
    || ||||||||    
T  27532916 tcaagtattat 27532906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 41941154 - 41940737
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatct 107  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||  | |     
T  41941154 ggacaacactagatacatgacaataatggcaagaggtt-cataaacaaccctcgccaccggttgtgcaacacgggcagaatagagtgcaaggtatcaacc 41941056  T
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    || |||| |||||||| || ||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||  || |||||||| |  ||| ||||||||||||| |||||| |||    
T  41941055 caatttgggagaaaccgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaactatcttacatcttttgtgtgtagtgttaaaga 41940956  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggca-gcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactt 293  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||||||| || ||   ||  ||||| |||||||||| ||||             |||||| ||| |||||||||    
T  41940955 ctcccgtgggaaatttattcgagctcaaacgaaatgacatatagaaaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcaatgtcattcactt 41940856  T
Q  294 tgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctac 393  Q
    |||| ||||||||  |  ||| || ||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||  |||||| ||| |||  ||| |||||| |||||||||     
T  41940855 tgctcatgtgaac-aactggaccgggttgtcttcgagtccgactcaactactctagtgcaaactctatcgtctctggaccattgtgattcagaattctat 41940757  T
Q  394 gctattatttctagtattat 413  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  41940756 gctattgtttctagtattat 41940737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 8387865 - 8388273
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| || ||||| || |||||| |||||||| |||||| || |  |||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | |||||| || |    
T  8387865 tagatgcatggcagcaatgacaggaggtt-cataaacaaccctcatcatcgattgtgcaacacgggcagaatagagtgcaagctaacaactcagtctggg 8387963  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    |||||||  ||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||  || ||||| |  |  ||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  8387964 agaaaccgcgtgagacgtggttgaagtacaatgtggatgccgcgtttcatgaccgttaaaatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactctcgtgg 8388063  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
     ||||| |||| |||||||||||| ||||| |   |||||| |||||||||| ||||             ||||||||||||||||||||||| | || |    
T  8388064 gcaattcattcaggctcaaacgaaatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcggttggg 8388163  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattattt 403  Q
    ||| ||||||| || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||| |||   || ||| |||||| |||||| || |||||| |||    
T  8388164 aacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccaggccatggtgattcagaattttatgctattgttt 8388263  T
Q  404 ctagtattat 413  Q
    | ||||||||    
T  8388264 ccagtattat 8388273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 134 - 413
Target Start/End: Original strand, 12660211 - 12660503
Alignment:
Q  134 tggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctc 233  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  || | ||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  12660211 tggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactttcatggacaatttattcgggctc 12660310  T
Q  234 aaacgaattggcagcaggcaaatacgacagtttt-------------gaagggttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagt 320  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||             | ||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||| || || ||    
T  12660311 aaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagtgttagagcgggaggcagtagtcttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacaaatgagaccgtgt 12660410  T
Q  321 tcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    | |  |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||  |||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  12660411 tatcgtcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccacggtgattcagaattctatgatattgtttctagtattat 12660503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 119 - 413
Target Start/End: Original strand, 25730688 - 25730995
Alignment:
Q  119 aaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggac 218  Q
    ||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||  ||| |  |||   |||||||||||||| ||| || ||      
T  25730688 aaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggattccgcgttccatgaccgtaaccatattacaattttcacgtgttgtgttagagtctcacgcggga 25730787  T
Q  219 aatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaa 305  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||||             |||||||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  25730788 aatttattcgagctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaa 25730887  T
Q  306 ctgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttct 405  Q
    | |||||||  ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| |||||| ||||||||| | |||| |||||    
T  25730888 cagatgggactgagttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcagggtcatggtgattaagaattctatgttattgtttct 25730987  T
Q  406 agtattat 413  Q
    ||||||||    
T  25730988 agtattat 25730995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 15989160 - 15988749
Alignment:
Q  14 cattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagttt 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||| | | ||||||||| |   ||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  15989160 cattagatgcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacaaccttcactagcggttgtgcaacacgagcataatagagtgcaaggtaacaactcagttt 15989062  T
Q  114 gagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccg 213  Q
    | |||||||| || ||||| | || ||| || ||| |||||| ||||||  || |||| |||||  ||| | |||||| ||||| ||| |||||||  ||    
T  15989061 gggagaaaccgagcgagacgttgttgaagtgaaatatggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttatgtcagagactttcg 15988962  T
Q  214 tggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgat 300  Q
     |  ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| ||||             |||||||| ||| || |||||||||||    
T  15988961 cgagcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtaaccttactcgaggccctttactttgctgat 15988862  T
Q  301 gtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctatta 400  Q
    | ||||  |||||| || ||| | ||| |||| | |||  ||||||||||||||  |||||| ||||  || ||| ||||||  |||||||| | ||||     
T  15988861 gcgaacatatgggaccgggttgtcttcaagtccgtctcagctactctagtgcaatctctatcgtcttcaggccatggtgattcggaattctatgttattg 15988762  T
Q  401 tttctagtattat 413  Q
    |||||||||||||    
T  15988761 tttctagtattat 15988749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 171 - 412
Target Start/End: Original strand, 4268031 - 4268285
Alignment:
Q  171 gtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaa 270  Q
    |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  4268031 gtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgtgggcaatttattcaggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttgga 4268130  T
Q  271 ggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagat 357  Q
    |||             ||||| || ||| |||||||||||||||  ||| | ||||| || ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  4268131 gggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacaggtgggaccgggttttcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagct 4268230  T
Q  358 ctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtatta 412  Q
    ||||| |||  ||| ||| ||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4268231 ctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtatta 4268285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 184 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 34652495 - 34652254
Alignment:
Q  184 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttg-aaggg--------- 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||  ||||||  ||||||| |||||| ||| |||||             
T  34652495 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttatccggtctcaaacaaaa-ggcagcgagcaaatatgacagtgttgtaaggggagataata 34652397  T
Q  274 ---ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgg 370  Q
       ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | |||||| | |||||  ||||||||||||||| |||| | ||| |||    
T  34652396 accttactcgatgccattcactttgccgatgtgaacagatgggatcgggttgtcttcgagcccgactcgactactctagtgcaagctctaccgtctctgg 34652297  T
Q  371 gtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    | ||| |||||| |||||| || | |||| |||||||||||||    
T  34652296 gccatggtgattcagaattatatgttattgtttctagtattat 34652254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 26597775 - 26597457
Alignment:
Q  108 cagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagaga 207  Q
    ||||||| |||||| |  || |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  || | | | | ||  ||| |||||| | |||||||||||||||    
T  26597775 cagtttgggagaaatcgtgtaagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgatcatcaacatattacatctttcgcgtgttgtgttagaga 26597676  T
Q  208 ctcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcacttt 294  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||| ||||| ||||             |||||||||||||||||||||    
T  26597675 ctcccgtggacaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacaattttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcacttt 26597576  T
Q  295 gctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacg 394  Q
    || | || |||  |||| || || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||| |||  ||| ||| ||||||  ||||| || |    
T  26597575 gcagttgggaatagatgagaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatg 26597476  T
Q  395 ctattatttctagtattat 413  Q
     |||| |||||||||||||    
T  26597475 ttattgtttctagtattat 26597457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 412
Target Start/End: Original strand, 27292225 - 27292620
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||   ||||||  |||||||||| | ||| ||||||| |||||||            |||| |    
T  27292225 tagatgcatgtcaacaatggcaagaggtt-cataaacattgttcaccattagttgtgcaacacaggtagaatagcgtgcaag------------tttggg 27292311  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    ||||||| |  ||| | |||| ||| ||||||||||||| | ||||  || |  |||||||  ||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  27292312 agaaaccgaacgagtcatggttgaagtgcaatgtggatgtcacgttccatgatagtaaccatattacatattttgcatgttgtgttagagactctcgtgg 27292411  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||  |  |||||||||||             ||||| |||||| |||||||||||||||      
T  27292412 gcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcggacaaatattattgttttgaagggggaggcaatagccttactagatgcccttcactttgctgatgat 27292511  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattattt 403  Q
    ||| ||||||| || ||| | |||||||  ||||| ||| |||||||||||  |||||| |||   || ||| ||||||| ||||| || |||||| |||    
T  27292512 aacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgactcatctgctctagtgcaaactctatcgtctccaggccatggtgatttggaattttatgctattgttt 27292611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 34654007 - 34653864
Alignment:
Q  9 gacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctc 108  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| || || |||||||| |||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||| ||| || | ||     
T  34654007 gacatcactagatgcatggcaacaatggcaaaagatt-cataaacaaccctcaacaccagttgtgcaacacgtgcagaatagagtgc-aggcaacaacta 34653910  T
Q  109 agtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggat 154  Q
    |||||| ||||||||    ||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  34653909 agtttgggagaaaccgcacgagacgtggttgaagtgcaatgtggat 34653864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 270
Target Start/End: Original strand, 37448080 - 37448156
Alignment:
Q  194 tgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaa 270  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||  ||||| | |||||| |||||    
T  37448080 tgttgtgttagagactctcgtggacaatgtattcggactcaaacaaaatggcagcgtgcaaacatgacagtgttgaa 37448156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 98
Target Start/End: Original strand, 4267881 - 4267970
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaag 98  Q
    ||||| || |||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||  |||||| | ||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  4267881 ggacagcactagatgcatggcagcaatggcaagagg-ttcataaaaatcgttcaccatcggttgtgcaacacgggcagaatagagtgcaag 4267970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 11375796 - 11375666
Alignment:
Q  143 tgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaatt 242  Q
    |||||||||||||| |||||  || | ||||||||  ||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||  |   |||||||||| |||||||||| |    
T  11375796 tgcaatgtggatgctgcgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactctcgcaggtgatttattcggactcaaacgaaat 11375697  T
Q  243 ggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    ||||||  | ||||| |||||||||| ||||    
T  11375696 ggcagcgagtaaatatgacagttttggaggg 11375666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 274 - 312
Target Start/End: Original strand, 37448173 - 37448211
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgg 312  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  37448173 ttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgg 37448211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Original strand, 16074515 - 16074659
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| || ||||||||  | | ||||| || | |||||||| ||||||||| || ||||  ||| | || |||||  |    
T  16074515 tagatgcttggcaacaatgacaagagatt-cataaacaagcattaccactagctttgcaaaatgggcagaatatagggcaatataacaacttagtttagg 16074613  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgtt 162  Q
    |||||||  | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  16074614 agaaaccgtgcgagacgtggtcaaagtgcaatgtggatgccgcgtt 16074659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 42340682 - 42340277
Alignment:
Q  19 gatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||  |||| || | |||||||||||||    
T  42340682 gatgcatgacaacaatggcaagagatt-cataaacagccctcaccaccggttgtgcaacacgtgcagaatagagtctaaggcaacaactcagtttgagag 42340584  T
Q  119 aaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggac 218  Q
    |||||  | ||||| |||| ||| |||||||||||||  | ||| |||  | | |||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  42340583 aaaccgtgcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgttg-gttctatgtcggcaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgtggac 42340485  T
Q  219 aatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaa 305  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||| ||| ||||              ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  42340484 aatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcagatatgacagtgttggagggggaggcaatagccctactcgatgtcattcactttgcagatgtgaa 42340385  T
Q  306 ctgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttct 405  Q
    | ||||||| |||||| | |||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||| || |||  ||| ||| |||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  42340384 cagatgggaccgagttgtcttcgagtcagactcagctactttagtgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttct 42340285  T
Q  406 agtattat 413  Q
    | ||||||    
T  42340284 aatattat 42340277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 267
Target Start/End: Original strand, 46007097 - 46007330
Alignment:
Q  34 tggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacc 133  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||| | |||| |||||| | ||| | ||||||||| || |||| ||| |||||     
T  46007097 tggcaataggttt-ataaacagccctcaccaccggttgtgcagcacaggtaaaataaagtgcaggataacaactcagtttgggaaaaacaaagcgagacg 46007195  T
Q  134 tggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgtt-agagactcccgtggacaatttattcgggct 232  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| |||  || |  |||||||  ||| |||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  46007196 tggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccattattgtaaccatcttatatcttttgcgtgttttgtttagagactctcgtggaaaatttattcgggct 46007295  T
Q  233 caaacgaattggcagcaggcaaatacgacagtttt 267  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  46007296 caaacgaaatggcagcgggcaaatacgacaatttt 46007330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 45 - 413
Target Start/End: Original strand, 55199317 - 55199698
Alignment:
Q  45 ttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatg 144  Q
    |||||||||| |||||| || |  |||||||| | | |||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||  ||||||  |||| ||  ||    
T  55199317 ttcataaacagccctcatcatcgattgtgcaacacatgcagaataaagtgcaagctaacaactcagtttgggagaaaccgcgtgagatgtggttgacgtg 55199416  T
Q  145 caatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattgg 244  Q
    ||||||||||||| ||||  || ||||| |  |  ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||     
T  55199417 caatgtggatgccacgtttcatgaccgtcaatatattacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatga 55199516  T
Q  245 cagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagt 331  Q
    |||| |  ||||| |||||||||| ||||             |||||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||| || ||| | ||| |||    
T  55199517 cagctgataaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgttgttggaaacagatgggaccgggttgtcttcaagt 55199616  T
Q  332 ctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    | |||||  ||||||| |||||||  ||||| |||  ||||||| ||||||  ||||| || |||||| |||||||||||||    
T  55199617 ccgactcagctactctggtgcaagcgctatcgtctacgggtcatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtattat 55199698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 143 - 412
Target Start/End: Original strand, 53496936 - 53497218
Alignment:
Q  143 tgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaatt 242  Q
    ||||||||||| ||||||||  || ||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || |    
T  53496936 tgcaatgtggacgccgcgttccatgaccgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactcttgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaat 53497035  T
Q  243 ggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcga 329  Q
    | |||| | |||||  |||||||||  ||||             ||||| || ||| |||||||||||||||  ||| ||||||| || ||| | |||||    
T  53497036 gacagcggacaaatgtgacagtttttgagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctgatgctaacagatgggaccgggttgtcttcga 53497135  T
Q  330 gtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtatta 412  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||| |||  ||| ||| ||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  53497136 gtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcggaattctatgctattgtttctagtatta 53497218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 274 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 647302 - 647184
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||  ||| |    
T  647302 ttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttatcttcgagtctgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctccgggcc 647203  T
Q  374 atagtgatttagaattcta 392  Q
    || ||||||  ||||||||    
T  647202 atggtgattcggaattcta 647184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 273
Target Start/End: Original strand, 2615383 - 2615527
Alignment:
Q  129 agacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcg 228  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||||||  || | | ||||||  ||| || ||||||| |||||||||||| ||   |||| ||||| |||||    
T  2615383 agacgtggttgaaatgcaatgtggataccgcgtttcatgatcataaccatattacattttttgtgcgttgtgttagaggcttttgtgggcaattcattcg 2615482  T
Q  229 ggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||    
T  2615483 ggctcaaacgaattggcagcgggcaaatatgatagttttggaggg 2615527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 240
Target Start/End: Original strand, 48227319 - 48227414
Alignment:
Q  145 caatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaa 240  Q
    ||||||||||||||| ||  || |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||    
T  48227319 caatgtggatgccgcatttcattaccgtaaccatgttacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgcgggcaatttattcgggcttaaacgaa 48227414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 278 - 413
Target Start/End: Original strand, 24176820 - 24176957
Alignment:
Q  278 tcgatgccattcac--tttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcat 375  Q
    |||||| |||||||  |||| |||| ||||| |||| ||| | ||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||    
T  24176820 tcgatgtcattcacaatttgttgatttgaacagatgagattgggttgtcttcgagtctgacacaactactctagtgcaagctctatcgtctctgggtcat 24176919  T
Q  376 agtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
     ||||||  |||||||| |||||| | |||||||||||    
T  24176920 ggtgattcggaattctaagctattgtatctagtattat 24176957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 647485 - 647305
Alignment:
Q  152 gatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcagg 251  Q
    |||||||||||  || | ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| |  | | |||||| | |||||||||||||| ||||||| ||    
T  647485 gatgccgcgttccatgagcgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagacttctctaggcaatttttccgggctcaaacgaaatggcagcggg 647386  T
Q  252 caaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgag 319  Q
    | |||| ||||||| || ||||             |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  647385 ctaatatgacagttatggagggggaggcagcagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgggaccgag 647305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 274 - 361
Target Start/End: Original strand, 2121129 - 2121216
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctat 361  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||| |||| ||||| ||||   |||||||| |||||| |||||    
T  2121129 ttactcgatgtcattcactttgctgatatgaatagatgggatcgtgttgtttttgagtccgacttaactactctaatgcaagctctat 2121216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 274 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 11020319 - 11020180
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||  |||| |  | ||| | |||||||||||||   |||||| |||| ||| |||||| |||  ||| |    
T  11020319 ttactcgatgctatttactttgctgatgggaacaaatggaactgggttgtcttcgagtctgacttaactactccagtgtaaggtctatcgtctccgggcc 11020220  T
Q  374 atagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    || |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  11020219 atggtgattcagaattctgtgctattgtttctagtattat 11020180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 27941250 - 27941147
Alignment:
Q  170 cgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttga 269  Q
    ||||||||  ||| || ||||| ||||||| ||||||| || || ||||||||||||||| ||||||| || ||||||| | |||||| || |||||||     
T  27941250 cgtaaccatattatattttttgcgtgttgtattagagattctcgaggacaatttattcggactcaaacaaaatggcagcggacaaatatgatagttttgg 27941151  T
Q  270 aggg 273  Q
    ||||    
T  27941150 aggg 27941147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 27747857 - 27747787
Alignment:
Q  8 ggacatcattagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaat 79  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| | | ||||||||| ||||||||||||    
T  27747857 ggacaacactagatgcatggcaacaatgacaagaggtt-cataaaaagcactcaccaccggttgtgcaaaat 27747787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 36310782 - 36310729
Alignment:
Q  184 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaac 237  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |  |||||||||||||||| ||||||||    
T  36310782 atcttttgcgtgttgtgttagagaagcatgtggacaatttattcgagctcaaac 36310729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 341 - 413
Target Start/End: Original strand, 2615598 - 2615670
Alignment:
Q  341 ctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||| | ||| |||||| ||||||||| | |||| ||| |||||||||    
T  2615598 ctactctagtgcgagctctatcgtctttgtgccatggtgattcagaattctatgatattgtttttagtattat 2615670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 325 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 27608991 - 27608903
Alignment:
Q  325 ttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||| |||  ||| ||| ||||||  ||||| || |||||| |||||||||||||    
T  27608991 ttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctagtattat 27608903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 88338 - 88746
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||| |   ||| |||||||||||||| || | | ||||||| |    
T  88338 tagatgcatgacaacaatggcaagatgtt-cataaacatccctcactaccggttgtacaacacgagcataatagagtgcaaggcaacaacacagtttggg 88436  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    ||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||  || ||||||||||  ||| | ||||||  ||||||||||||||||| || ||    
T  88437 agaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactctcgcgg 88536  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
     ||||||||||||||||||| ||| |||||   |||||||| |||||||||| ||||             |||||||| ||| ||||||||| |||||      
T  88537 gcaatttattcgggctcaaatgaaatggcaatgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgttgatgct 88636  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattattt 403  Q
    ||| ||||||| || ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||   | |||| |||||| ||||||||| |||||| |||    
T  88637 aacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaagatcatggtgattcagaattctatgctattgttt 88736  T
Q  404 ctagtattat 413  Q
    | ||||||||    
T  88737 ccagtattat 88746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 12131043 - 12130638
Alignment:
Q  20 atgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagaga 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| |  ||   || |||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  12131043 atgcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacaaccatcaccaccggttgtgcaacacgggacaaacagagtgcaaggtaacaactcaatttgggaga 12130945  T
Q  120 aaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggaca 219  Q
    || | || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||  || ||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  12130944 aatcgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgtgttagagactcccgcgggca 12130845  T
Q  220 atttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaac 306  Q
    | ||||||||||||||||||| || ||||  ||||||| || ||| ||| ||||             ||||| || ||  |||||||||||||||  ||     
T  12130844 aattattcgggctcaaacgaaatgacagcgagcaaatatgatagtgttggagggggaggcagtagccttacttgaggctcttcactttgctgatgcaaat 12130745  T
Q  307 tgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttcta 406  Q
     ||||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  12130744 agatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcagaattctatgctattatttcta 12130645  T
Q  407 gtattat 413  Q
    |||||||    
T  12130644 gtattat 12130638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 34696242 - 34695907
Alignment:
Q  86 aatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagat 185  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||   | ||| | |||| ||| | ||| ||||||||| | ||  || ||| ||| ||  ||| ||    
T  34696242 aatagaatgcaaggtaacaactcagtttgggagaaactgcgcgagtcgtggttgaagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacat 34696143  T
Q  186 cttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------------ 273  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||| |||||||||| ||||                
T  34696142 cttttgcgtgttgcgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaatcga--tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagc 34696045  T
Q  274 -ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggt 372  Q
     |||||| | |||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||   |||| |||  ||||    
T  34696044 cttactcaaggccattcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtcttcgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggt 34695945  T
Q  373 catagtgatttagaattctacgctattatttctagtat 410  Q
    ||| |||||| |||||| || |||||| ||||||||||    
T  34695944 catggtgattcagaattttatgctattgtttctagtat 34695907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 34718654 - 34718319
Alignment:
Q  86 aatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagat 185  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||   | ||| | |||| ||| | ||| ||||||||| | ||  || ||| ||| ||  ||| ||    
T  34718654 aatagaatgcaaggtaacaactcagtttgggagaaactgcgcgagtcgtggttgaagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacat 34718555  T
Q  186 cttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------------ 273  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||| |||||||||| ||||                
T  34718554 cttttgcgtgttgcgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaatcga--tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagc 34718457  T
Q  274 -ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggt 372  Q
     |||||| | |||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||   |||| |||  ||||    
T  34718456 cttactcaaggccattcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtcttcgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggt 34718357  T
Q  373 catagtgatttagaattctacgctattatttctagtat 410  Q
    ||| |||||| |||||| || |||||| ||||||||||    
T  34718356 catggtgattcagaattttatgctattgtttctagtat 34718319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 274 - 413
Target Start/End: Original strand, 14827128 - 14827267
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||| | || || |||||||   ||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  14827128 ttactcgatgtcattcactttactgatatgaatagatgagatcgagttgtctttgaatctgacttagctactctagtgcaagctctatcgtgtttgggtc 14827227  T
Q  374 atagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    || ||||||   ||||||| |||||||||| || ||||||    
T  14827228 atggtgattcgaaattctatgctattatttataatattat 14827267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 82 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 44017662 - 44017369
Alignment:
Q  82 gcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagtt 181  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||   |||| || || ||||| |||| ||| ||||||| | || ||||||| | | | | | ||||  ||    
T  44017662 gcagaataaagtgcaaggtaacagctaagttttgaagaagccgagcgagacatggttgaagtgcaatgcgaattccgcgttctgtgatcatgaccatctt 44017563  T
Q  182 agatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------- 273  Q
    | |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || || || |  ||||||| |||||||||| ||||            
T  44017562 acatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaaataaaatgacaccgtgcaaatatgacagttttggagggggagacaa 44017463  T
Q  274 -----ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatc 362  Q
         |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||| || | |||| | ||||||||||||||   |||| ||||||||| ||||||    
T  44017462 caaccttactcgatgccattcacgttgctaatgtgaacatatgagaccaagttgtcttcgagtctgactccgttactttagtgcaagctctatc 44017369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 290 - 413
Target Start/End: Original strand, 22845600 - 22845723
Alignment:
Q  290 actttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaatt 389  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| || ||| | ||||||||  |||  |||||||||||||||| |||||| |||   | |||| |||||| ||||||    
T  22845600 actttgctgatgcgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccaactaatctactctagtgcaagctctatcgtctccagatcatggtgattcagaatt 22845699  T
Q  390 ctacgctattatttctagtattat 413  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  22845700 ctaggctattgtttctagtattat 22845723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 13110006 - 13109869
Alignment:
Q  276 actcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcat 375  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||| || | |||||||    ||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||| |||    
T  13110006 actcgaggcccttcacttagctgatgcgatcagatgggacatggttgtcttcgagtccgactcttctactctagtggaagctctatcgtcttcgggccat 13109907  T
Q  376 agtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
     ||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||    
T  13109906 ggtgatttggaattataagctattgtttccagtattat 13109869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 1418102 - 1417981
Alignment:
Q  292 tttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattct 391  Q
    ||||||||||  ||| |||||||  | ||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||| |||   || |||||| ||||||||    
T  1418102 tttgctgatgcaaacagatgggactgggttgtcttcgagtctgactcatctactctagttcaagctctattgtctctggactatggtgattcagaattct 1418003  T
Q  392 acgctattatttctagtattat 413  Q
    | |||||| |||||||||||||    
T  1418002 atgctattgtttctagtattat 1417981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 18345867 - 18345643
Alignment:
Q  32 aatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgaga 131  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||            ||||||  ||||||| |  ||||    
T  18345867 aatggcaagaggtt-cataaacatcattcaccaccggttgtgcaacacgggcagaatagagtgca------------agtttggaagaaaccgaacgaga 18345781  T
Q  132 cctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggc 231  Q
    | |||| ||| ||||||||||| ||  ||||  || | ||||||||  |||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |  |    
T  18345780 catggttgaagtgcaatgtggacgcaacgttccatgagcgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagacttccgtgggtaatttatttgaac 18345681  T
Q  232 tcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttga 269  Q
    ||||||||| ||| | | | |||||| |||||||||||    
T  18345680 tcaaacgaaatggtaacggacaaatatgacagttttga 18345643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 413
Target Start/End: Original strand, 26198781 - 26198869
Alignment:
Q  325 ttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||| ||| | |||||| |||| ||  ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  26198781 ttcgagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgaattgaaattctatgctattgtttctagtattat 26198869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 273
Target Start/End: Original strand, 26198638 - 26198727
Alignment:
Q  184 atcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||  || ||| |||   |||||| |||||||||| ||||    
T  26198638 atcttttgtgtgctgtgttagagactcatgtgggcaatttattcgagctcaaataaaatggtagcgaacaaatatgacagttttggaggg 26198727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 478464 - 478107
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||| |||| |    
T  478464 tagatgcatggcagcaatggcaagaggtt-cataaacatccatcaccagtggttgtgcaacacaggcaaaatagagtccaaggtaacatctcaatttggg 478366  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    |||||||||| ||||  |||| ||| || |||||||||||  ||||  || |||  |||||  | | |||||||||||||||||||||||| | || |||    
T  478365 agaaaccaagcgagatgtggttgaagtgtaatgtggatgcaacgttccatgaccacaaccatctaacatcttttgtgtgttgtgttagagatttccatgg 478266  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
     |||||||| ||||||||||| || ||||| | |||||||| |||||||||| ||||             |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  478265 tcaatttatccgggctcaaacaaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgctaatgtg 478166  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatc 362  Q
    ||  ||||||| || ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  478165 aatagatgggaccgggttatcttcgaatctgactctactactctagtgcaagctctatc 478107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 8451531 - 8451123
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||||| |   ||| ||||||||||||||| |||  ||| |||| |    
T  8451531 tagaggcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacagccatcaccacaggttgtgcaacaccagcaaaatagagtgcaaggtcatagttcaatttggg 8451433  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgg 216  Q
    |||||||  | ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| ||||||||  |||||||||||||||||  ||||    
T  8451432 agaaaccgtgcgagacgtggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccattttacatcttttggatgttgtgttagagactcttgtgg 8451333  T
Q  217 acaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtg 303  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  || ||| |||||||| |||||| ||| ||||             ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  8451332 acaatttattcgggctcaaacaaaaaggaagcgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagctttactcgattccattcacttcgctgatgtg 8451233  T
Q  304 aactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattattt 403  Q
    ||| ||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||| |||   |||||| ||||||  ||||| || | |||| | |    
T  8451232 aacggatgggaccgggttgtcttcgagtctgactcatctactttagtgcaagctttatcgtctccaggtcatggtgattcggaattttatgttattgtgt 8451133  T
Q  404 ctagtattat 413  Q
    ||||||||||    
T  8451132 ctagtattat 8451123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Original strand, 23853726 - 23854118
Alignment:
Q  20 atgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagaga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||  ||||||||| | ||||| |||||||||||||            |||| ||||    
T  23853726 atgcatgacaacaatggcaagaggtt-cataaacattattcaccacaggttgtgcaacacaggcataatagagtgcaag------------tttgggaga 23853812  T
Q  120 aaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggaca 219  Q
    |||| |  ||||| |||| ||| ||| ||||||| ||||||||  || |||||||| |  ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  23853813 aaccgaacgagacgtggttgaagtgcgatgtggacgccgcgttccatgaccgtaactatattacatcttttgcgtgttatgttagagactcccgtgggca 23853912  T
Q  220 atttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaac 306  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||| |  ||||| |||||||||| ||||             ||||| || ||||||||||||| |||||  |||    
T  23853913 atttattcgggttcaaacgaaatgacagcggaaaaatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgaggccattcactttgttgatgctaac 23854012  T
Q  307 tgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttcta 406  Q
     |||| ||  ||||| | |||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  23854013 agatgagactgagttgtcttcgagtccgactcatcaactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgctattgtttcta 23854112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Original strand, 7127004 - 7127410
Alignment:
Q  19 gatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagag 118  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | || |||||||| | ||||||||| | || |||||| |||    
T  7127004 gatgcatggcagcaatggcatgaggtt-cataaacatccctcactaccggttgtgcaacacagccagaatagggggcaaggtaacaacttagtttgggag 7127102  T
Q  119 aaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggac 218  Q
    || || || ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||  || | |||||||   ||| ||| | ||  ||||||||||||||||| || ||      
T  7127103 aagccgagcgagacatggttgaagtggaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccgtcttacatcctctgcatgttgtgttagagactctcggggga 7127202  T
Q  219 aatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaa 305  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||| | | |||||||| || ||||||| ||||             ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7127203 aatttattcgtgcacaaatgaaatggaaacgggcaaatatgaaagttttggagggggaggtagtagccttactcgatgctattcactttgctgatgtgaa 7127302  T
Q  306 ctgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttct 405  Q
    | ||||||| || |||   ||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||| || |||  ||| ||| ||||||||| |||||| | |||| ||||     
T  7127303 cagatgggaccgggttgccttcgagtctgactatgctactttagtgcaagctctttcgtctccgggccatggtgatttagtattctatgttattgtttca 7127402  T
Q  406 agtattat 413  Q
    ||||||||    
T  7127403 agtattat 7127410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 40589123 - 40588979
Alignment:
Q  17 tagatgcatgacaacaatggcaagaggtttcataaacatccctcaccaccagttgtgcaaaataggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgag 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |  |||| || |||||||||||||| | ||||||||| |    
T  40589123 tagatgcatggcaacaatggcaagaggtt-cataaacagccctcaccaccggttgtgcaacacgggcataacagagtgcaaggtaacaactcagtttggg 40589025  T
Q  117 agaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgtt 162  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  40589024 agaaaccgagtgagacgtggttgaagtgcaacgtggatgccgcgtt 40588979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 129 - 413
Target Start/End: Original strand, 13414913 - 13415210
Alignment:
Q  129 agacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcg 228  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||| || |||  || | ||||||||  ||| | |||||||||||| | |||||||||  || || |||||||||||    
T  13414913 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgtgtgtttttttagagactttcgcgggcaatttattcg 13415012  T
Q  229 ggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg-------------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggat 315  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| ||||             |||||||| ||| |||  ||||| ||||  ||| ||||||||    
T  13415013 ggctcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttccttttgcggatgcaaacagatgggat 13415112  T
Q  316 cgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||| | |||| ||   ||| ||| ||||||  ||||| || |||||| ||| |||||||||    
T  13415113 cgagttgtctttgagtccgattcttctactctagtgcaaggtatatcgtccccgggccatggtgattctgaattttatgctattgtttttagtattat 13415210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 274 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 185730 - 185591
Alignment:
Q  274 ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtc 373  Q
    ||||||||| | |||||||||| |||||||||  ||||| | || ||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||  ||  |    
T  185730 ttactcgatactattcactttgttgatgtgaatagatggaaccgggttgtctacgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctccggacc 185631  T
Q  374 atagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    || |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  185630 atggtgattcagaattctatgctattgtttctagtattat 185591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 413
Target Start/End: Original strand, 37712027 - 37712260
Alignment:
Q  187 ttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaagggt---tactcg--- 280  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| | ||| ||||||| || |||| || ||||| |||||||||||||||    || | |       
T  37712027 ttttgcgtgttgtgttagaaactcgtgtgggcaatttatttgagctaaaacgaaatgacagcgggaaaatatgacagttttgaaggggaggtagtagctt 37712126  T
Q  281 --atgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagt 378  Q
      ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||  ||| | ||| ||| |||| || ||||||||||| ||| |||||  || || || ||| ||    
T  37712127 taatgccattcactttgttgatgtgaacagatgagatcaggttatcttctagtttgaccctgctactctagtgtaagctctattgtc-ttcggacatggt 37712225  T
Q  379 gatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    |||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  37712226 gattcagaatactatgctattgtttctagtattat 37712260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 278 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 3606874 - 3606739
Alignment:
Q  278 tcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatag 377  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||| | | |||| ||||| |||| |||||  | ||| |||| |||  |||||| |||  ||||||| |    
T  3606874 tcgatgccattcaatttcttgatgtgaacagatggaaccaagttgttttcaagtccgactcaacaactttagtacaaactctatcgtctcagggtcatgg 3606775  T
Q  378 tgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    ||| || |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  3606774 tgacttggaattctatgctattgtttctagtattat 3606739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 218 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 40588938 - 40588883
Alignment:
Q  218 caatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| ||||    
T  40588938 caatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatataacagttttggaggg 40588883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 341 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 598309 - 598237
Alignment:
Q  341 ctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattctacgctattatttctagtattat 413  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||   | ||||| |||||| |||||||||||||    
T  598309 ctactctagtgcaagctctatcgtcttcaggtcatggtgattcgaagttctatgctattgtttctagtattat 598237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 355
Target Start/End: Original strand, 28 - 315
Alignment:
Q  81 ggcagaatagagtgcaaggtaatatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttgtataaccgtaaccaagt 180  Q
    ||||||| ||| |||||| ||| | ||||||||| |||||||   ||||||| |||| ||| ||||||||||||| || |||  || ||||| | ||  |    
T  28 ggcagaacagactgcaagctaacaactcagtttgggagaaactgtgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatat 127  T
Q  181 tagatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggacaatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttgaaggg------- 273  Q
       |||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |  ||||||| |||||||| | ||||           
T  128 acnatctttcgcgtgttgttttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtttgggagggggaggca 227  T
Q  274 ------ttactcgatgccattcactttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaag 355  Q
          ||||||||||||||||||||||||| || |||   |||||| || ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  228 gttgccttactcgatgccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaag 315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 292 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 385 - 264
Alignment:
Q  292 tttgctgatgtgaactgatgggatcgagttcttttcgagtctgactcttctactctagtgcaagatctatcttctttgggtcatagtgatttagaattct 391  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| | || |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||   |||||| || ||| ||||||||    
T  385 tttgctgatgcaaacaaatgggatccaattattttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccaggtcatggtaattcagaattct 286  T
Q  392 acgctattatttctagtattat 413  Q
    | |||||| |||||||||||||    
T  285 atgctattgtttctagtattat 264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University