View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9072_low_6 (Length: 731)

Name: NF9072_low_6
Description: NF9072
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9072_low_6
NF9072_low_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-714)||(43033575-43034268)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 714
Target Start/End: Original strand, 43033575 - 43034268
Alignment:
Q  13 agacaagagaataagatgaacacaaattttttatgtggttcagctttaaagacatactccaccgaacagagagcaacaatgaatccactatgagcataaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43033575 agacaagagaataagatgaacacaaattttttatgtggttcagctttaaagacatactccaccggacagagagcaacaatgaatccactatgagcataaa 43033674  T
Q  113 caaaccagtacaataaagtttacatggtcccttgctttccattgttgagaaacagcccaacaaaaatctctaaatctctttcga-cctctattttcactc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  43033675 caaaccagtacaataaagtttacatggtcccttgctttccattgttgagaaacagcccaacaaaaatctctaaatccctttcgaccctctattttcactc 43033774  T
Q  212 ttcctttgatttctcagtctctctaatattcttttgtcatgtagagagtttacatgaattcctcacttcacacctcaaagtgtttcctaagattactcca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43033775 ttcctttgatttctcagtctctctaatattcttttgtcatgtagagagtttacatgaattcctcacttcacacctcaaagtgtttcctaagattactcca 43033874  T
Q  312 agattattctcc-aagtctacccacagagatgccctatgattcttacatggacgcgtgaatacaagcagccgctcataacataattagtggcaccaacta 410  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43033875 agattattctccaaagtctacccacagagatgccctatgattcttacatggacgcatgaatacaagcagccgctcataacataattagtggcaccaacta 43033974  T
Q  411 tggttagtaactatgtaacaaagttgtaactgaattaataccctcttcagatgttgcagcacctggcagcacttatgcttgtacaagtttgtgagacact 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43033975 tggttagtaactatgtaacaaagttgtaactgaattaataccctcttcagatgtt----------gcagcacttacgcttgtacaagtttgtgagacact 43034064  T
Q  511 tcaacattcttgagaagtgtgaaaacgaacttaaccatgaaaatttacatacagttgttttgaaactattccatggattcagtggaagcaacataaaaag 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43034065 tcaacattcttgagaagtgtgaaaatgaactaaaccatgaaaatttacatacagttgttttgaaactattccatggattcaatggaagcaacataaaaag 43034164  T
Q  611 tcacagtctaaacatttgaaataggaaagnnnnnnnnnngacaatgaaatcatcaacatgatttgcattcaatctttctgtgcagttcaaatcttctatt 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43034165 tcacagtctaaacatttgaaataggaaagaaaaaaaaaagacaatgaaatcatcaacatgatttgcattcaatctttctgtacagttcaaatcttctatt 43034264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University