View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9074_low_1 (Length: 1400)

Name: NF9074_low_1
Description: NF9074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9074_low_1
NF9074_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-1391)||(49911034-49912408)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1244; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1244; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1391
Target Start/End: Complemental strand, 49912408 - 49911034
Alignment:
Q  18 atgactccccctctttctgttgcgtttctatctattttctttgctaaatcacttttaccaaacacagtgtttatgagtgttgtatcactggataaatatt 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49912408 atgactctccctctttctgttgcgtttctatctattttctttgctaaatcacttttaccaaacacagtgtttatgagtgttgtatcactggataaatatt 49912309  T
Q  118 ttgttctatcagtgtagttgacaaatttgtttgccttgtatttacggtgatggttactgttagcttgacttatgttttttagctcatattttgcttagtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49912308 ttgttctatcagtgtagttgacaaatttgtttgcctggtatttacggtgatggttactgttagcttgacttatgttttttagctcatattttgcttagtt 49912209  T
Q  218 tcaagtcgtctcaggccatttgcttgttgatagcatacaatcaagcatgaacaaagaatggtttgaaagcaagctcttatgataagctagcgtgtcttaa 317  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49912208 tcaagtcgtctcaggcgatttacttgttgatagcatacaatcaagcatgaacaaagaatggtttgaaagcaagctcttatgataagctagcgtgtcttaa 49912109  T
Q  318 aaacattaacagaacataggaacgagaacaagttagtatcaagtagaaaagtaaatgtgttgtaccaataaataaa-taaataagagattgtgaaattgc 416  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  49912108 aaacattaacaggacataggaacgagaacaagttagtatcaagtagaaaagtaaatgtgtagtaccaataaataaaataaataagagattgtgaagttgc 49912009  T
Q  417 tcaagccttctggggtaatcgtattcagtctgataaattgagcaaaatcttcaatttaggtctctactctttgcttgattgcaacttatctaatgatgat 516  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49912008 tcaagccttccgggataatcgtattcagtctgataaatggagcaaaatcttcaatttaggtctctactctttgcttgattgcaacttatctaatgatgat 49911909  T
Q  517 ttgggaatgaactctaccaacaggtctatcttatttggtggtgttgttagatatttagaaccaaatcaaaatcattcaactataaattttaaccgattcg 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49911908 ttgggaatgaactctaccaacaggtctatcttatttggtggtgttgttagatatttagaaccaagtcaaaatcattcaactataaattttaaccgattcg 49911809  T
Q  617 aacataatctagcgtggctttgaaattcaattaatgatttttacattaaaataaacaaggtatcaatatcaaacaacatgaatatccatgagggattaca 716  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49911808 aacataatctagcgtggcttcgaaattcaattaacgatttttacattaaaataaacaaggtatcaatatcaaacaacatgaatatccacgagggattaca 49911709  T
Q  717 tttactagtcttcttggtcaagctgaggattttgcgtatctaatttttgggtgtgtaaagttgacttggtattgtatgaagctttggagattatgggaga 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49911708 tttactagtcttcttggtcaagctgaggattttgcgtatctaatttttgggtgcgtaaagttgacttggtattgtatgacgctttggagattatgggaga 49911609  T
Q  817 aaagatatacgctttcggaaggtgcaacttaagtctgaagaataatctcagcctcagggtggaagatataagctttgtttgatgatgtgcacgacgaaat 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49911608 aaagatatacgctttcggaaggtgcaacttaagtctgaagaataatctcagcctcagggtggaagatataagctttgtttgatgatgtgcacgacgaaat 49911509  T
Q  917 ctgataactcagaatatggttatattttttccatttatagggccctattatcattgaaaggtaactttcaagttgtttttatcatacaaaggggt-aagt 1015  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  49911508 ctgataattcagaatatggttatattttttccatttatagggccctgttatcattgaaaggtaactttcaagttgtttttattatacaaaggggtaaagt 49911409  T
Q  1016 gacagacagtgtccatactctcgcaaagaaagagattttaccatttatgttatttccgacgtttttaacttcttttgttttcctttgattaatctcctgg 1115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49911408 gacagacagtgtccatactctcgcaaagaaagaga-tttaccatttatgttatttccgacgtttttaacttcttttgttttcctttgattaatctcctgg 49911310  T
Q  1116 aagtaatctcattcaaccatgtattaactaagttgaggaagtctaaaaccttctgctatggtctccatgaattaactctcctcagtgtatttggagcatg 1215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49911309 aagtaatctcattcaaccatgtattaactaagttgaggaagtctaaaaccttctgctatggtctccatgaattaactctcctcagtgtatttggagcatg 49911210  T
Q  1216 nnnnnnnnctcatgaaactccttgttttggcttgcgtcaaaaaaggaggtgagagagaagatgagtgctagcttttccatcttttagctcccaaactcac 1315  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49911209 ttttttctctcatgaaactccttgttttggcttgcgtcaaaaaaggaggtgagagagaaggtgagtgctagcttttccatcttttagctcccaaactcac 49911110  T
Q  1316 caaaagattaaaaacccattggttcattcaacacataattaaaaccttcaattttcgcttttagccaacaccaaac 1391  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49911109 caaaagattaaaaccccattggttcattcaacacataattaaaaccttcaattttcgcttttagccaacaccaaac 49911034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University