View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9081_low_2 (Length: 983)

Name: NF9081_low_2
Description: NF9081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9081_low_2
NF9081_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (21-974)||(42217051-42218006)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 899; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 899; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 974
Target Start/End: Original strand, 42217051 - 42218006
Alignment:
Q  21 tgagtgccatggccctgatcatcaaccggacttgggttctcgatggttggaccagatgggtcgaggttgaagtattttgctcctatcaccttgctgcaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217051 tgagtgccatggccctgatcatccaccggacttgggttctcgatggttggaccagatgggtcgaggttgaagtattttgctcctatcaccttgctgcaca 42217150  T
Q  121 agaaaacaagtttaaatcaaatcaaccttgcatttgtatgcactatgcagtgcaatatctctctactttgggttagtctgctaataatgacatttaaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217151 agaaaacaagtttaaatcaaatcaaccttgcatttgtatgcactatgcagtgcaatatctctctactttgggttagtctgctaataatgacatttaaata 42217250  T
Q  221 tatatagtttcaatcagcatcactttttagtgaacactcttacggcttagagtcttgttggtatgataaccgacatccaatcattcaatgtcttgtcatt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217251 tatatagtttcaatcagcatcactttttagtgaacactcttacggcttagagtcttgttggtatgataaccgacatccaatcattcaatgtcttgtcatt 42217350  T
Q  321 ttcttactttcaattattttgaagtgaactgaaaaccaatttatatgtataaacaaattatactttatannnnnnng-ttgaaagaattaagttatactt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||    
T  42217351 ttcttactttcaattattttgaagtgaactgaaaaccaatttatatgtataaacaaattatactttattttttatttattgaaagaattaagttatactt 42217450  T
Q  420 atattatttgtatggtgttgggattatgagtgaaggcatataggagtagaagaatacttgttgcagcctgtgaagttgcctccctgtacacacttgcctt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217451 atattatttgtatggtgttgggattatgagtgaatgcatataggagtagaagaatacttgttgcagcctgtgaagttgcctccctgtacacacttgcctt 42217550  T
Q  520 tccatctacgtgggggaggtccaaacccctcatcattgaaactggggcaatcaacccaaatacctgtttacatatttcatcatttatttattatactata 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217551 tccatctacgtgggggaggtccaaacccctcatcattgaaactggggcaatcaacccaaatacctgtttacatatttcatcatttatttattatactata 42217650  T
Q  620 caatacatttttgttatacttatccgagaaatgtatattttcttattaatctatatatacatatacctgtgtctaacacgcctataatgatgtgactttc 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217651 caatacatttttgttatacttatccgagaaatgtatattttcttattaatctatatatacatatacctgtgtctaacacgcctataatgatgtgactttc 42217750  T
Q  720 tatgttgggatttctcttcacctttaggggcattcctaagaaatcccatgaccttgttgtgtgtagtttatggtatgtatttggaaacacagataccaca 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217751 tatgttgggatttctcttcacctttaggggcattcctaagaaatcccatgaccttgttgtgtgtagtttatggtatgtatttggaaacacagataccaca 42217850  T
Q  820 ttctcctcctctgcattcaattaaattccacaatattggatat-atgcataatcataattattattggagaattaatttgtcccttcatgtcagaaatgt 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217851 ttctcctcctctgcattcaattaaattccacaatattggatataatgcataatcataattattattggagaattaatttgtcccttcatgtcagaaatgt 42217950  T
Q  919 cacctttttaagcctagcaaaattagcgttcatgtaccttgcagtttctctgcttc 974  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217951 cacctttttaagcctagcaaaattagtgttcatgtaccttgcagtttctctgcttc 42218006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University