View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9083_low_41 (Length: 320)

Name: NF9083_low_41
Description: NF9083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9083_low_41
NF9083_low_41
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-320)||(36403633-36403952)
chr4 (2-319)||(36396701-36397018)
chr4 (1-317)||(36386920-36387235)
chr4 (1-317)||(36372964-36373277)
chr4 (2-319)||(36410951-36411265)
chr4 (2-319)||(36416282-36416596)
chr4 (3-319)||(36425117-36425430)
chr4 (1-319)||(36368346-36368661)
chr4 (2-317)||(36432976-36433288)
chr4 (226-308)||(55676499-55676581)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (194-275)||(34712306-34712387)
chr3 (277-319)||(34712418-34712460)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 36403952 - 36403633
Alignment:
Q  1 agatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403952 agatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatt 36403853  T
Q  101 tcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36403852 tcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggaaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttgtggtgaattactagatt 36403753  T
Q  201 tccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403752 tccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaa 36403653  T
Q  301 attccaacatagcgagaggc 320  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36403652 attccaacatagcgagaggc 36403633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 2 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 36397018 - 36396701
Alignment:
Q  2 gatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataattt 101  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  36397018 gatatggaaggaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccaaatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaatgtttgctttgtctgttaattt 36396919  T
Q  102 cgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagattt 201  Q
     |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  || |||||||| |||||||||||| |||| ||||| | | |||||||     
T  36396918 tgctataacagcactagtgatatttctttgtgatagtgttaatgaaacattagtggaccaaattggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattc 36396819  T
Q  202 ccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaaa 301  Q
    |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |    
T  36396818 ccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatgggagcatctctatttgcaacccaaacaacagtttggatcggcaaattgttgtaccaga 36396719  T
Q  302 ttccaacatagcgagagg 319  Q
    ||||||||||||||||||    
T  36396718 ttccaacatagcgagagg 36396701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36387235 - 36386920
Alignment:
Q  1 agatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||    
T  36387235 agatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttgtttatcatcaaaacaaggtttgctatatccgatagtt 36387136  T
Q  101 tcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatt 200  Q
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||    
T  36387135 gagctataacagcactagtgctatttctttgtgattgcgggaatgaaacattggtagaccaaatgggaatggtgcttaggttgtggtggagtactagatt 36387036  T
Q  201 tccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaa 300  Q
    |||||||||||| || |||||||| || ||||| |  ||||| |||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36387035 tccatttgggtcgat-gataaaattccggaagtattgttgattggactatttctatttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaa 36386937  T
Q  301 attccaacatagcgaga 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  36386936 attccaacatagcgaga 36386920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36373277 - 36372964
Alignment:
Q  1 agatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||    
T  36373277 agatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctacatccgataatt 36373178  T
Q  101 tcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatt 200  Q
      ||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  | |||||||||    
T  36373177 gagctataaccc---tggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctacggttgtggttgagtactagatt 36373081  T
Q  201 tccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaa 300  Q
    | ||||||| || || |||| ||| |||||||| || ||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36373080 ttcatttggatcgattgatagaattccagaagtatcgttgattggactatttctatttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgttgtaccaa 36372981  T
Q  301 attccaacatagcgaga 317  Q
    || ||||||||||||||    
T  36372980 ataccaacatagcgaga 36372964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 36411265 - 36410951
Alignment:
Q  2 gatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataattt 101  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||     
T  36411265 gatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttg 36411166  T
Q  102 cgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagattt 201  Q
     |||||||||   |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||||||     
T  36411165 agctataaca---ttggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattc 36411069  T
Q  202 ccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaaa 301  Q
    |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |    
T  36411068 ccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatgggagcatctctatttgcaacccaaacaacagtttggatcggcaaattgttgtaccaga 36410969  T
Q  302 ttccaacatagcgagagg 319  Q
    ||||||||||||||||||    
T  36410968 ttccaacatagcgagagg 36410951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 36416596 - 36416282
Alignment:
Q  2 gatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataattt 101  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||     
T  36416596 gatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttg 36416497  T
Q  102 cgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagattt 201  Q
     |||||||||   |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||||||     
T  36416496 agctataaca---ttggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattc 36416400  T
Q  202 ccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaaa 301  Q
    |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |    
T  36416399 ccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatgggagcatctctatttgcaacccaaacaacagtttggatcggcaaattgttgtaccaga 36416300  T
Q  302 ttccaacatagcgagagg 319  Q
    ||||||||||||||||||    
T  36416299 ttccaacatagcgagagg 36416282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 3 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 36425430 - 36425117
Alignment:
Q  3 atatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttc 102  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||      
T  36425430 atatggaagcattgtgtctgtgggatgatccaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttga 36425331  T
Q  103 gctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttc 202  Q
    |||||||||   |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| | | ||||||| |    
T  36425330 gctataaca---ttggtgttatttctttgtgaatgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcc 36425234  T
Q  203 catttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaaat 302  Q
    |||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  36425233 catttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattgatgggagcatcactatttgcaacccaaacaacagtttggaaaagcaaatagtagtaccaaat 36425134  T
Q  303 tccaacatagcgagagg 319  Q
    |||||||||||||||||    
T  36425133 tccaacatagcgagagg 36425117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 36368661 - 36368346
Alignment:
Q  1 agatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | | |||| ||||| |||||||||| |||| || |||| ||    
T  36368661 agatatggaagcaaggtatctgtaggatgatcaaaactttcccatatgacagttttggagctttttagcatcaaaacaaggtttcctatatccgatagtt 36368562  T
Q  101 tcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatt 200  Q
      ||||||||    |||||||||||| | ||||| ||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |  ||||||||    
T  36368561 gagctataacg---ttggtgctatttatctgtgactgcagtagtgaaacagcggtagaccaaatgggaatgttgctaaggttgtggttgagaactagatt 36368465  T
Q  201 tccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaa 300  Q
    ||||||| | || || |||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  36368464 tccatttcgatcgattgatagaattccagaagtgtcattgattggagtatctctatttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgttgtaccag 36368365  T
Q  301 attccaacatagcgagagg 319  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  36368364 attccaacgtagcgagagg 36368346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36433288 - 36432976
Alignment:
Q  2 gatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataattt 101  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||  |||||| ||||| ||||| |||| |||| || |||| ||     
T  36433288 gatatggaagccaagtgtccgtgggataatcaaagctatcccatatgacagttttggttctgtttaacatcaaaacaaagtttcctatatcagatagttg 36433189  T
Q  102 cgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctatggttatggtgaattactagattt 201  Q
     ||||||||  |   |||||||||| | ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||  |  |||||||||    
T  36433188 agctataacgtc---ggtgctatttatctgtgattgctggagtgaaacatcggtagaccaaatgggaatggtgctaaggttgttgttgagaactagattt 36433092  T
Q  202 ccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaaa 301  Q
    ||||||||||  || |||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36433091 ccatttgggttgattgatagaattccagaagtgtcattgattggagtatctctatttgcaacccaaacaacagtttggattgacaaattgtagtaccaaa 36432992  T
Q  302 ttccaacatagcgaga 317  Q
    |||| |||||||||||    
T  36432991 ttcctacatagcgaga 36432976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 226 - 308
Target Start/End: Original strand, 55676499 - 55676581
Alignment:
Q  226 ccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagtttggattggcaaattgtagtaccaaattccaac 308  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  55676499 ccagaagtgtcattgattggagcatctctatttgcaacccaaacaacagtgtgtattggcaaattgttgtaccagattccaac 55676581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 194 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 34712387 - 34712306
Alignment:
Q  194 ctagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatgggagcatctctgtttgcaacccaaacaacagt 275  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  34712387 ctagatttccattttggtcaattgatagaattccagaagtgtcattgattggagtatctctatttgcaacccaaacaacagt 34712306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 277 - 319
Target Start/End: Original strand, 34712418 - 34712460
Alignment:
Q  277 tggattggcaaattgtagtaccaaattccaacatagcgagagg 319  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  34712418 tggattggcaaattgttgtaccagattccaacgtagcgagagg 34712460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University