View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9090_low_2 (Length: 1619)

Name: NF9090_low_2
Description: NF9090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9090_low_2
NF9090_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (85-1603)||(29203366-29204884)
chr5 (1026-1138)||(43585278-43585389)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-1603)||(12646992-12648510)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1026-1138)||(13510904-13511015)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1026-1138)||(24579776-24579887)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1255-1302)||(21486052-21486099)
[»] scaffold0338 (1 HSPs)
scaffold0338 (1196-1281)||(18339-18424)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1441; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 85 - 1603
Target Start/End: Complemental strand, 29204884 - 29203366
Alignment:
Q  85 gccagtatgcttacaacttctgcaatatatacacgagccatatcttcatctaagcaacctaagtttctcaacatagaatagagatctccaccatttaagt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204884 gccagtatgcttacaacttctgcaatatatacacgagccatatcttcatctaagcaacctaagtttctcaacatagaatagagatctccaccatttaagt 29204785  T
Q  185 actccataaccaaatacagattttctttacatgtgaaagaatagtaaaatcggacctgtttgtcacagatacatgaaaattagatttgttaacaacgaac 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204784 actccataaccaaatacagattttctttacatgtgaaagaatagtaaaatcggacctgtttgtcacagatacatgaaaattagatttgttaacaacgaac 29204685  T
Q  285 atcaacttcataaatgaagtaatgaatgacatggtatggcctgcttaccacaaaagggtttcgaacagatataagaatgtctcgctcagccaaaatacct 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204684 atcaacttcataaatgaagtaatgaatgacatggtatggcctgcttaccacaaaagggtttcgaacagatataagaatgtctcgctcagccaaaatacct 29204585  T
Q  385 tcaactgcatttttacgaatcatatctgcctttttcagaacctacaaaaatatcaaagaatagtttaaacgttttctaattattcagttagttaatttga 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204584 tcaactgcatttttacgaatcatatctgcctttttcagaacctacaaaaatatcaaagaatagtttaaacgttttctaattattcagttagttaatttga 29204485  T
Q  485 caagactttctatactaatggtttctataagctataacaccattgctggactgaataatactagttttattttacaacttcaggaatagatacatgcttt 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204484 caagactttctatactaatggtttctataagctataacaccattgctggactgaataatactagttttattttacaacttcaggaatagatacatgcttt 29204385  T
Q  585 ttgtacgcactgtttaataacatagttcgctaaatcaatctctctagctttgtttctgcaaagtaattatttgattcatttcggtttaaggaagcttacc 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204384 ttgtacgcactgtttaataacatagttcgctaaatcaatctctctagctttgtttctgcaaagtaattatttgattcatttcggtttaaggaagcttacc 29204285  T
Q  685 ttaatagcaaataaatcaccagtcgatcttttctgggcaagaaaaactcgtccaaacgcacctctgcttattggttttattatttcaaaatcttcaatag 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204284 ttaatagcaaataaatcaccagtcgatcttttctgggcaagaaaaactcgtccaaacgcacctctgcttattggttttattatttcaaaatcttcaatag 29204185  T
Q  785 aggttctgtccttagaaaaaccattaattgggctagcacgaaggctacggattgtatcatcatccactgaactctcttcatcagccatgctatttgatga 884  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29204184 aggttctgtccttagaaaaaccattaattgggctagcacgaaggctacggattgtatcatcatccactgaactctcttcatcagccatgctatttgatga 29204085  T
Q  885 ttctgccctttcatcgtgtatttgctcacaaagagttaaatatttttctctacatggtgcagaagatttcaagcattattatgatagcagtnnnnnnnnn 984  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  29204084 ttctgccctttcatcgtgtatttgctcacaaagagttaaatatttttctctacatggtgcagaagatttcaagcattattatgatagcagtaaaagaaaa 29203985  T
Q  985 nnnnnnnnnnnnntgggaacacaattttctgtttatactacctaatcagggccggcccaacgtgttaagaggcctaaagcaaatttatgatcaggccttt 1084  Q
                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29203984 aaatctcaaaaaatgggaacacaattttctgtttatactacctaatcagggccggcccaatgtgttaagaggcctaaagcaaatttatgatcaggccttt 29203885  T
Q  1085 taaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaacaataatatcaagtttgaccgagaggatttgaggccttgatcttgcctaactgagctagac 1184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29203884 taaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaacaataatatcaagtttgaccgagaggatttgaggccttgatcttgcctaactgagctagac 29203785  T
Q  1185 aaacatctataattagtttgccatattatatgtttataactatattaaattttttcgaggcattttattagcccaaaattttgaggcctaaagctctgac 1284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29203784 aaacatctataattagtttgccatattatatgtttataactatattaaattttttcgaggcattttattagcccaaaattttgaggcctaaagctctgac 29203685  T
Q  1285 ttgggtcgcttgacccttgggctgaccctgtgtctaatattgacattagtggttttagaaaatatctggaaaaatcttatcgatcctaaaaatcaccaaa 1384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29203684 ttgggtcgcttgacccttgggctgaccctgtgtctaatattgacattagtggttttagaaaatatctggaaaaatcttatcgatcctaaaaatcaccaaa 29203585  T
Q  1385 atacatggttgtcctgaaaccagatgaaaaagtgacaaatgcttactgcaaaagtttctctattcgtcgaccgaaagtatccacaataagtgcatcctct 1484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29203584 atacatggttgtcctgaaaccagatgaaaaagtgacaaatgcttactgcaaaagtttctctattcgtcgaccgaaagtatccacaataagtgcatcctct 29203485  T
Q  1485 tttctgttctgaattacgcatctcaggtcttccacgcaatcaacgatatactggaaagcactttcgccacagctgttcgcatttgcaacagcacgagcta 1584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29203484 tttctgttctgaattacgcatctcaggtcttccacgcaatcaacgatatcctggaaagcactttcgtcacagctgttcgcatttgcaacagcacgagcta 29203385  T
Q  1585 tttcaactagcttgtttat 1603  Q
    |||||||||||||||||||    
T  29203384 tttcaactagcttgtttat 29203366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1026 - 1138
Target Start/End: Original strand, 43585278 - 43585389
Alignment:
Q  1026 ctaatcagggccggcccaacgtgttaagaggcctaaagcaaa-tttatgatcaggccttttaaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaac 1124  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||| ||||| || ||| |||||  |||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| |     
T  43585278 ctaatcagggccgacccaacatgtcaagaggcctaaaacaaattttataattaggtcttttggaattaaaaaaaat-aacacaatgcttattaaaagcat 43585376  T
Q  1125 aataatatcaagtt 1138  Q
    ||||| ||||||||    
T  43585377 aataa-atcaagtt 43585389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 1385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 85 - 1603
Target Start/End: Original strand, 12646992 - 12648510
Alignment:
Q  85 gccagtatgcttacaacttctgcaatatatacacgagccatatcttcatctaagcaacctaagtttctcaacatagaatagagatctccaccatttaagt 184  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12646992 gccaatatgcttacaacttctgcaatatatacacgagccatatcttcatctaagcaacctaagtttctcaacatagaatagagatctccaccatttaagt 12647091  T
Q  185 actccataaccaaatacagattttctttacatgtgaaagaatagtaaaatcggacctgtttgtcacagatacatgaaaattagatttgttaacaacgaac 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647092 actccataaccaaatacagattttctttacatgtgaaagaatagtaaaatcggacctgtttgtcacagatacatgaaaattagatttgttaacaacgaac 12647191  T
Q  285 atcaacttcataaatgaagtaatgaatgacatggtatggcctgcttaccacaaaagggtttcgaacagatataagaatgtctcgctcagccaaaatacct 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647192 atcaacttcataaatgaagtaatgaatgacatggtatggcctgcttaccacaaaaggatttcgaacagatataagaatgtctcgctcagccaaaatacct 12647291  T
Q  385 tcaactgcatttttacgaatcatatctgcctttttcagaacctacaaaaatatcaaagaatagtttaaacgttttctaattattcagttagttaatttga 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647292 tcaactgcatttttacgaatcatatctgcctttttcagaacctacaaaaatatcaaggaatagtttaaacgttttctaattattcagttagttaatttga 12647391  T
Q  485 caagactttctatactaatggtttctataagctataacaccattgctggactgaataatactagttttattttacaacttcaggaatagatacatgcttt 584  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12647392 caagactttctattctaatggtttctataagctataacaccgttgctggactgaataatactagttttattttacaacttcaggaatggatacatgcttt 12647491  T
Q  585 ttgtacgcactgtttaataacatagttcgctaaatcaatctctctagctttgtttctgcaaagtaattatttgattcatttcggtttaaggaagcttacc 684  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647492 ttgtatgcactgtttaataacatagtttgctaaatcaatctctctagctttgtttctgcaaagtaattatttgattcatttcggtttaaggaagcttacc 12647591  T
Q  685 ttaatagcaaataaatcaccagtcgatcttttctgggcaagaaaaactcgtccaaacgcacctctgcttattggttttattatttcaaaatcttcaatag 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647592 ttaatagcaaataaatcaccagtcgatcttttctgggcaagaaaaactcgtccaaacgcacctctgcttattggttttattatttcaaaatcttcaatag 12647691  T
Q  785 aggttctgtccttagaaaaaccattaattgggctagcacgaaggctacggattgtatcatcatccactgaactctcttcatcagccatgctatttgatga 884  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647692 aggttctgtccttagaaaaaccattaattgggctagcacgaaggctacggattgtatcatcatccactgaactctcttcatcagccatgctatttgatga 12647791  T
Q  885 ttctgccctttcatcgtgtatttgctcacaaagagttaaatatttttctctacatggtgcagaagatttcaagcattattatgatagcagtnnnnnnnnn 984  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  12647792 ttctgccctttcatcgtgtatttgctcacaaagagttaaatatttttctctatatggtgcagaagatttcaagcattattatgatagcagtaaaagaaaa 12647891  T
Q  985 nnnnnnnnnnnnntgggaacacaattttctgtttatactacctaatcagggccggcccaacgtgttaagaggcctaaagcaaatttatgatcaggccttt 1084  Q
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647892 aaatctcaaaaaatgggaacacaattttctgtttatactacctaatcagggccggcccaacgtgttaagaggcctaaagcaaatttatgatcaggccttt 12647991  T
Q  1085 taaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaacaataatatcaagtttgaccgagaggatttgaggccttgatcttgcctaactgagctagac 1184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647992 taaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaacaataatatcaagtttgaccgagaggatttgaggccttgatcttgcctaactgagctagac 12648091  T
Q  1185 aaacatctataattagtttgccatattatatgtttataactatattaaattttttcgaggcattttattagcccaaaattttgaggcctaaagctctgac 1284  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12648092 aaacatctataattagtttgtcatattatatgtttataactatattaaattttttcgaggcattttttcagcccaaaattttgaggcctaaagctctgac 12648191  T
Q  1285 ttgggtcgcttgacccttgggctgaccctgtgtctaatattgacattagtggttttagaaaatatctggaaaaatcttatcgatcctaaaaatcaccaaa 1384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12648192 ttgggtcgcttgacccttgggctgaccctgtgtctaatattgacattagcggttttagaaaatatctggaaaaatcttatcgatcataaaaatcaccaaa 12648291  T
Q  1385 atacatggttgtcctgaaaccagatgaaaaagtgacaaatgcttactgcaaaagtttctctattcgtcgaccgaaagtatccacaataagtgcatcctct 1484  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12648292 atacatggttgtcctgaaacctgatgaaaaagtgacaaatgcttactgcaaaagtttctctattcgtcgaccgaaagtatccacaataagtgcatcctct 12648391  T
Q  1485 tttctgttctgaattacgcatctcaggtcttccacgcaatcaacgatatactggaaagcactttcgccacagctgttcgcatttgcaacagcacgagcta 1584  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12648392 tttctgttctgaattacacatctcaggtcttccacgcaatcaacgatatactggaaagcactttcgtcacagctgttcgcatttgcaacagcacgagcta 12648491  T
Q  1585 tttcaactagcttgtttat 1603  Q
    |||||||||||||||||||    
T  12648492 tttcaactagcttgtttat 12648510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1026 - 1138
Target Start/End: Original strand, 13510904 - 13511015
Alignment:
Q  1026 ctaatcagggccggcccaacgtgttaagaggcctaaagcaaa-tttatgatcaggccttttaaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaac 1124  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||  |||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| |     
T  13510904 ctaatcagggccgacccaacatgtcaagaggcctaaagcaaattttatgattaggtcttttggaattaaaaaaaat-aacacaatgcttattaaaagcat 13511002  T
Q  1125 aataatatcaagtt 1138  Q
    ||||| ||||||||    
T  13511003 aataa-atcaagtt 13511015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1026 - 1138
Target Start/End: Original strand, 24579776 - 24579887
Alignment:
Q  1026 ctaatcagggccggcccaacgtgttaagaggcctaaagcaaa-tttatgatcaggccttttaaaatttaaataaataaacacaatgcttataaaaagaac 1124  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||  || ||||| |||| |||||||||||||| ||||| |     
T  24579776 ctaatcagggccgacccaacatgtcaagaggcttaaagcaaattttataattaggtcttttggaa-ttaaaaaaattaacacaatgcttattaaaagcat 24579874  T
Q  1125 aataatatcaagtt 1138  Q
    ||||| ||||||||    
T  24579875 aataa-atcaagtt 24579887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1255 - 1302
Target Start/End: Original strand, 21486052 - 21486099
Alignment:
Q  1255 gcccaaaattttgaggcctaaagctctgacttgggtcgcttgaccctt 1302  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||    
T  21486052 gcccaaaattttgaggcctaaagcccttacttgagttgcttgaccctt 21486099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0338 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0338
Description:

Target: scaffold0338; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 1196 - 1281
Target Start/End: Original strand, 18339 - 18424
Alignment:
Q  1196 attagtttgccatattatatgtttataactatattaaattttttcgaggcattttattagcccaaaattttgaggcctaaagctct 1281  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||| ||| | || ||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  18339 attagtatgtcatattatatatttatagctaaattgacttattttgaggccttttcttaacccaaaatcttgaggcctaaaactct 18424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University