View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9090_low_28 (Length: 488)

Name: NF9090_low_28
Description: NF9090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9090_low_28
NF9090_low_28
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (12-395)||(17004014-17004397)
chr8 (65-472)||(17107249-17107656)
chr8 (71-472)||(17117174-17117575)
chr8 (71-472)||(17956260-17956661)
chr8 (84-472)||(17986422-17986810)
chr8 (84-458)||(17945276-17945650)
chr8 (240-472)||(17999209-17999441)
chr8 (12-57)||(17003897-17003942)
[»] scaffold1444 (1 HSPs)
scaffold1444 (396-472)||(1-77)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (169-458)||(17258034-17258323)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (236-339)||(34241423-34241526)
chr2 (236-296)||(34315590-34315650)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 395
Target Start/End: Original strand, 17004014 - 17004397
Alignment:
Q  12 agagagacaacctattacaactcagatgtgggatgaaaaagagagagaagggcttgacaactattgtagaagcccatcagctataggagaagataagtat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17004014 agagagacaacctattacaactcacatgtgggatgaaaaagagagacaagggcttgacaactattgtagaagcccatcagctataggagaagataagtat 17004113  T
Q  112 tgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggaccaacattaaggtgatttcaagttcttttgccaaaaataaggaccaat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17004114 tgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggaccaacattaaggtgatttcaagttcctttgccaaaaataaggaccaat 17004213  T
Q  212 atgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaatttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaac 311  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17004214 atgtggtggatgaagtgaaaaaaattggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaatttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagttaatgcaac 17004313  T
Q  312 tacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaactgtctgccaccatgatacaagaggtgt 395  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17004314 tacaacttacatggtgccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaactgtctgccaccatgatacaagaggtgt 17004397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 65 - 472
Target Start/End: Original strand, 17107249 - 17107656
Alignment:
Q  65 ttgacaactattgtagaagcccatcagctataggagaagataagtattgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggac 164  Q
    ||||||||||||||| | | ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||  |||||||| |  |||||||||| ||||||||||| ||    
T  17107249 ttgacaactattgtatacgtccatctgctataggggaagagaagtattgtgcattatcccttaaatcaatgatgaattttgccatatcaaagcttggaac 17107348  T
Q  165 caacattaaggtgatttcaagttcttttgccaaaaataaggaccaatatgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcataga 264  Q
     || |||||||||||||||||||| |||||| ||||  | || ||||||  |||||||||||||       ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  17107349 taatattaaggtgatttcaagttcctttgcccaaaaccaagatcaatataaggtggatgaagtgaagaaaattggagacaaagcagtgatgtgtcataga 17107448  T
Q  265 ttaaatttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcac 364  Q
    || ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||| | |||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  17107449 ttgaatttcaaagacatggtattttattgccaccaagttaatgcaacaacagtttacatggtgctattggtggcttctgatggaactaaagctaaggcac 17107548  T
Q  365 taactgtctgccaccatgatacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattttgttgg 464  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||  || |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  17107549 taactatttgtcaccatgatacaagaggaatgaatcctgatgttctttatgaacttctcaaagtcaagcctggaaccatccctatttgccattttgttgg 17107648  T
Q  465 taacaagg 472  Q
     |||||||    
T  17107649 caacaagg 17107656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 71 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 17117575 - 17117174
Alignment:
Q  71 actattgtagaagcccatcagctataggagaagataagtattgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggaccaacat 170  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||||||||||| || || ||    
T  17117575 actattgtggacacccatcagctataggagaagataagtattgtgcactatccctaaaatcaatgatgaattttgccatatcaaagcttggaacaaatat 17117476  T
Q  171 taaggtgatttcaagttcttttgccaaaaataaggaccaatatgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaat 270  Q
    |||||| ||| |||| || |||||| ||||  | || ||||||  |||||| ||||||       |||||||||| | |||| |||||||| || | |||    
T  17117475 taaggtaattacaagctcctttgcccaaaaccaagatcaatatagggtggacgaagtgaagaaaattggagacaacgcggtgttgtgtcatcgaatgaat 17117376  T
Q  271 ttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaactg 370  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | |||     
T  17117375 ttcaaaaatattatattttcttgtcaccaagttaatgcaacaacagtttacatggtgccattggtggcttctgatggaactaaagctaaggcagtgacta 17117276  T
Q  371 tctgccaccatgatacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattttgttggtaacaa 470  Q
    | || |||||||||||||||||| || ||||||||   |||||| |  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  17117275 tttgtcaccatgatacaagaggtatgaatcctgatcatctctataaggttctcaaagtcaagccaggaactgtccctatttgccattttattggcaacaa 17117176  T
Q  471 gg 472  Q
    ||    
T  17117175 gg 17117174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 71 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 17956661 - 17956260
Alignment:
Q  71 actattgtagaagcccatcagctataggagaagataagtattgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggaccaacat 170  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |  || ||    
T  17956661 actattgtgggagaccatcagcaataggggaagacaaacattgtgcaccatcactagaatcaatgatggattttgcaatttcaaagcttggaaagaatat 17956562  T
Q  171 taaggtgatttcaagttcttttgccaaaaataaggaccaatatgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaat 270  Q
     || ||||| |||||||| ||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||||||       | |||||||| |  |||||||| |||||||| |||    
T  17956561 caaagtgatgtcaagttccttttctaaaaatcatgaccaatatgtggtggaagaagtgaataaaataggagacaacgcagtgatgtgccatagattgaat 17956462  T
Q  271 ttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaactg 370  Q
    || ||||| ||| |||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||      
T  17956461 tttaaaaaagttctattctattgccaccaagtcaatgcgacaacaacttacatggttccattggtggcatccgatggaaccaaatctaaggcactaacaa 17956362  T
Q  371 tctgccaccatgatacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattttgttggtaacaa 470  Q
    |||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||||| || ||  |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  17956361 tctgtcaccatgatactcgaggtatggatcctaatgtgctttacgatgttctcaaagttaagcctggaactgtccctgtttgccattttattggcaacaa 17956262  T
Q  471 gg 472  Q
    ||    
T  17956261 gg 17956260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 84 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 17986810 - 17986422
Alignment:
Q  84 cccatcagctataggagaagataagtattgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggaccaacattaaggtgatttca 183  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||| |||  | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||| ||||||||    
T  17986810 cccagcagctataggagaacacaagtattgcgcatcaaccctagaatcaatgatagatttcgccatttcaaagcttggaaaaaatattaagttgatttca 17986711  T
Q  184 agttcttttgccaaaaataaggaccaatatgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaatttcaaaaatgttg 283  Q
    ||||| |||||  ||||  | ||||||||| | ||  | ||||||       ||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||| |  | ||||    
T  17986710 agttcctttgcacaaaaccaagaccaatatatagtacaggaagtgaagaaaattggagacaaagccgtgatgtgtcataaactaaatttcgatcaagttg 17986611  T
Q  284 tattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaactgtctgccaccatga 383  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||| |  |||||||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||    
T  17986610 tattttattgccaccaagtcaatgcaacatcaacatacatagttcctttagtggcctctgatggaactaaagcgaaggcactaacaatatgccaccatga 17986511  T
Q  384 tacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattttgttggtaacaagg 472  Q
     || |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | || || || ||||||||| | |||||||    
T  17986510 cacgagaggtatggatcctgatgtgctttatgaagttctcaaagtcaagcctggaacaattccaatatgtcattttgttagcaacaagg 17986422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 84 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 17945650 - 17945276
Alignment:
Q  84 cccatcagctataggagaagataagtattgtgcactatccctagaatcaatggtagattttgccatttcaaagcttgggaccaacattaaggtgatttca 183  Q
    |||||| |||||||||||||| ||  | ||||||   || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |  || ||||| ||||| |||    
T  17945650 cccatcggctataggagaagagaaacactgtgcatattcactagaatcaatgatggatttcgccatttcaaagcttggaaagaatattaaagtgatgtca 17945551  T
Q  184 agttcttttgccaaaaataaggaccaatatgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaatttcaaaaatgttg 283  Q
    ||||| ||| |  |||   | ||||||||| ||||||| ||||||       | |||||||| |  ||||||||||||||| | ||| | ||||| ||||    
T  17945550 agttcattttctcaaagccaagaccaatatatggtggaggaagtgagaaaaataggagacaacgcagtgatgtgtcatagaatgaatcttaaaaaggttg 17945451  T
Q  284 tattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaactgtctgccaccatga 383  Q
     ||| ||||| |||||  | || || || || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||    
T  17945450 gattctattgccaccagatcaacgcgacaacgacttacatggttccattggtggcctctgatggaactaaatccaaggcactaactatctgccaccatga 17945351  T
Q  384 tacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattt 458  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  17945350 tacaagaggtatggatcctaatatgctctatgaagttctccaagtcaagcctggaactgtccctgtttgccattt 17945276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 240 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 17999441 - 17999209
Alignment:
Q  240 agacaaagtggtgatgtgtcatagattaaatttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggct 339  Q
    ||||||||  || ||||||||| || | |||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||| ||||     
T  17999441 agacaaaggagtaatgtgtcatcgaatgaatttcgagaaagttgtattttattgtcaccaagtgaatgcatcaacaacttacatggtccctttgttggcc 17999342  T
Q  340 ttagatggaaccaaagctaaggcactaactgtctgccaccatgatacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaa 439  Q
    |  |||||||  |||| ||| ||| |  |||  || |||||||| ||||||||| || ||||  || ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  17999341 tctgatggaagtaaagttaatgcattggctgcttgtcaccatgacacaagaggtatgaatccgaatttgctcgatgaagttctcaaagtcaagccaggaa 17999242  T
Q  440 cagtccctatttgccattttgttggtaacaagg 472  Q
    |  ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  17999241 ctatccctgtctgccattttgttggtaacaagg 17999209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 57
Target Start/End: Original strand, 17003897 - 17003942
Alignment:
Q  12 agagagacaacctattacaactcagatgtgggatgaaaaagagaga 57  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  17003897 agagagacaacctcttacaactcgcatgtggggtgaaaaagagaga 17003942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1444 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold1444
Description:

Target: scaffold1444; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 396 - 472
Target Start/End: Original strand, 1 - 77
Alignment:
Q  396 ggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattttgttggtaacaagg 472  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 ggatcctgatgtgctctacgaaattctcaaagtcaagcctggaactgtccctatttgccattttgttggtaacaagg 77  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 17258323 - 17258034
Alignment:
Q  169 attaaggtgatttcaagttcttttgccaaaaataaggaccaatatgtggtggatgaagtgnnnnnnnttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaa 268  Q
    ||||||| |||||||||| | |||| |  |||  ||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||| |  ||||||||||||||||| |    
T  17258323 attaaggcgatttcaagtacctttggcgtaaaccaggaccaatatgtggtggaggaagtgaaaaaagttggagacaatgcagtgatgtgtcatagattga 17258224  T
Q  269 atttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattggtggctttagatggaaccaaagctaaggcactaac 368  Q
    ||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||  | ||||| ||  ||||  ||||  ||||||| ||    ||||||   |||||||||||  ||||    
T  17258223 atttcgaaaaagttgtattcaattgccaccaagtgcaagcaacaactgcttatgtggtatcattggtagcccccgatggaggtaaagctaaggccttaac 17258124  T
Q  369 tgtctgccaccatgatacaagaggtgtggatcctgatgtgctctatgaaattctcaaagtcaagcctggaacagtccctatttgccattt 458  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||  || || ||||  |||| ||||||  ||| |||||| | ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  17258123 tgtttgccaccatgacacaagaggcatgaatgctgagttgctttatgaagctctaaaagtcgaacctggtaccatcccaatttgccattt 17258034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 339
Target Start/End: Original strand, 34241423 - 34241526
Alignment:
Q  236 ttggagacaaagtggtgatgtgtcatagatt-aaatttcaaaaatgttgtattttattgtcaccaagtaaatgcaactacaacttacatggttccattgg 334  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||| ||| ||| |||  | |||||||||||    
T  34241423 ttggagacaaagcagtgatgtgtcataggttgaactttcaaaaa-gttgtattttattgtcatgaagttcatggaacaacagcttttaaggttccattgg 34241521  T
Q  335 tggct 339  Q
    |||||    
T  34241522 tggct 34241526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 236 - 296
Target Start/End: Original strand, 34315590 - 34315650
Alignment:
Q  236 ttggagacaaagtggtgatgtgtcatagattaaatttcaaaaatgttgtattttattgtca 296  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| || || |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  34315590 ttggagataaaggggtgatgtgtcacaggttgaatttccaaaaggttgtatattattgtca 34315650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University