View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9090_low_5 (Length: 969)

Name: NF9090_low_5
Description: NF9090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9090_low_5
NF9090_low_5
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-662)||(45590965-45591626)
chr3 (721-955)||(45591685-45591920)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 662
Target Start/End: Original strand, 45590965 - 45591626
Alignment:
Q  1 agggaaaattagaaccatctgaacgccaaacactaattgaacaaggtcattgctcttgccacgatttctaaccatttgtttgtttgtgtttgcatgcacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45590965 agggaaaattagaaccatctgaacgccaaacactaattgaacaaggtcattgctcttgccacgatttctaaccatttgtttgtttgtgtttgcatgcacg 45591064  T
Q  101 tgtttttatgtaaattctttaaaactgtcacattatgaatgcagggaagaatttgaaggagggacttactgctttggaagaagacctggcgaagcttaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591065 tgtttttatgtaaattctttaaaaccgtcacattatgaatgcagggaagaatttgaaggagggacttactgctttggaagaagacctggcgaagcttaat 45591164  T
Q  201 gatgagcttcaacgggaagcgcagtgtataccaaacatgactcatccagatgttccaataggaggggaggattcttccacgataaggaagacggtatttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591165 gatgagcttcaacgggaagcgcagtgtataccaaacatgacacatccagatgttccaataggaggggaggattcttccacgataaggaagacggtatttt 45591264  T
Q  301 caattattaccaattccattcannnnnnncttctctgagtgaaaaggttgcctgttggtcttgctcaggtatcaatttcgtatctctcaagtattaatga 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591265 caattattaccaatttcattcatttttttcttctctgagtgaaaaggttgcctgttggtcttgctcaggtatcaatttcgtatctctcaagtattaatga 45591364  T
Q  401 tgtattttgggatttttgtaggttggcagctctcctaaatttagttttcctgtcaaggatcatctccaacttggaaaggaacttgatctttttgattttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591365 tgtattttgggatttttgtaggttggcagctctcctaaatttagttttcctgtcaaggatcatctccaacttggaaaggaacttgatctttttgattttg 45591464  T
Q  501 atgctgctgcagaggtatagtatgaataatttaacgcttaaagcattgtttattcaaagtatggctatttatagtgtaaatttgaggtgtaggttaatga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591465 atgctgctgcagaggtatagtatgaataatttaacgcttaaagcattgtttattcaaagtatggctatttatagtgtaaatttgaggtgtaggttaatga 45591564  T
Q  601 catataacatattagcaacaggtaaaggtgaaacaattcattgtcaacgtgattctcttgga 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591565 catataacatattagcaacaggtaaaggtgaaacaattcattgtcaacgtgattctcttgga 45591626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 721 - 955
Target Start/End: Original strand, 45591685 - 45591920
Alignment:
Q  721 aggaaacacaatagtgtcttaggtgcaacgtcttgcttgaaaagtatatgatatttgattgaataaaccttcaacttttcataattaaatgtttatatcc 820  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591685 aggaaacacaatagtgtcttaggtgcaacgtcttgcttgaaaagtatatgatatttgattgaataaaccttcaacttttcataattaaatgtttatatcc 45591784  T
Q  821 atgaccgttcttgtgtatgatgttg-tggattggaagactttatcttaagcgttaacttgatggtaacttattccttgttttttattttaatgattatgt 919  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591785 atgaccgttcctgtgtatgatgttgttggattggaagactttatcttaagcgttaacttgatggtaacttattccttgttttttattttaatgattatgt 45591884  T
Q  920 tgaagtttggatcttcaaaagaaataacatgatgtc 955  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45591885 tgaagtttggatcttcaaaagaaataacatgatgtc 45591920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University