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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9090_low_87 (Length: 203)

Name: NF9090_low_87
Description: NF9090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9090_low_87
NF9090_low_87
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-203)||(27967774-27967975)
chr8 (1-203)||(27979894-27980095)
chr8 (1-203)||(28024760-28024961)
chr8 (1-203)||(28037196-28037397)
chr8 (1-203)||(27885861-27886062)
chr8 (1-137)||(27944583-27944720)
chr8 (1-91)||(27873127-27873223)
chr8 (140-203)||(27872638-27872701)
chr8 (141-182)||(27858499-27858540)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 8e-97; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 27967975 - 27967774
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27967975 atagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattc 27967876  T
Q  101 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27967875 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagatatcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 27967777  T
Q  201 tat 203  Q
    |||    
T  27967776 tat 27967774  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 27980095 - 27979894
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27980095 atagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattc 27979996  T
Q  101 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27979995 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagatatcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 27979897  T
Q  201 tat 203  Q
    |||    
T  27979896 tat 27979894  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28024961 - 28024760
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28024961 atagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattc 28024862  T
Q  101 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28024861 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagatatcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 28024763  T
Q  201 tat 203  Q
    |||    
T  28024762 tat 28024760  T

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Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28037397 - 28037196
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28037397 atagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataggcatatcttattcttgttgatatattc 28037298  T
Q  101 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28037297 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagatatcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 28037199  T
Q  201 tat 203  Q
    |||    
T  28037198 tat 28037196  T

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Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 27886062 - 27885861
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27886062 atagtttttcatgatagtgcatcaattcgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 27885963  T
Q  101 tacagaatatatatggttattaggaggagaactatatagttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27885962 tacagaatatatattgttattaggaggagaactatatagatattatttatgaagatatcattataag-ttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcat 27885864  T
Q  201 tat 203  Q
    |||    
T  27885863 tat 27885861  T

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Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 27944720 - 27944583
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27944720 atagtttttcatgatagtgcatcaattcgcatgaactcaacattgtaaatatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgttgatatattc 27944621  T
Q  101 tac-agaatatatatggttattaggaggagaactatat 137  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27944620 tacgagaatatatatagttattaggaggagaactatat 27944583  T

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Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 27873223 - 27873127
Alignment:
Q  1 atagtttttcatgatagtgcataaatttgcatgaactcaacattgtaa------atatattattaattaaagtttataagcatatcttattcttgtt 91  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27873223 atagtttttcatgatagtgcatcaatttgcatgaacttaacattgtaattgtaaatatattattaattaaagtttataatcatatcttattcttgtt 27873127  T

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Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 140 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 27872701 - 27872638
Alignment:
Q  140 ttattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccatcaggtacaatgccatcattat 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| |||||||    
T  27872701 ttattatttatgaagatatcattataggcttggtgatgaccatgagatacaacgccgtcattat 27872638  T

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Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 27858540 - 27858499
Alignment:
Q  141 tattatttatgaagatatcattataggcttagtgatgaccat 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27858540 tattatttatgaagatatcattatagatttagtgatgaccat 27858499  T

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