View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9092_low_2 (Length: 668)

Name: NF9092_low_2
Description: NF9092
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9092_low_2
NF9092_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-653)||(45569802-45570442)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 653
Target Start/End: Original strand, 45569802 - 45570442
Alignment:
Q  15 cgtgttgcatgtgcaagactttgtaaaacaattatgtaatgagtaaataaaaaattgttatcatatcacaattttgtagattaaagattaaaacattaga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45569802 cgtgttgcatgtgcaagactttgtaaaacaattatgtaatgagtaaataaaaaattgttatcatatcacaattttgtagattaaagattaaaacattaga 45569901  T
Q  115 ggatcaaaactccattcgtatattttctaatgtgcacaaatacatcgcttttgcatcatacataagtatattttctacca--ttaggtcaataaagattt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  45569902 ggatcaaaactccattcgtatattttctaatgtgcacaaatacatcgcttttgcatcatacataagtatattttctaccacattaggtcaataaagattt 45570001  T
Q  213 tatttaatttgatggtgaaccttattgaaccaattattgaaataattataagcatgacacaagatatatcttccttgtgtatcatagactttgtattgat 312  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45570002 tatttaattttatggtgaaccttattgaaccaattattgaaataactataagcatgacacaagatatatcttccttgtgtatcttagactttgtattgat 45570101  T
Q  313 tatgaacaacctagaaagttttattcaaatgtacttcgagatatttgtcgtgaacaaacttgttgagttggccctccctatgtgctgggtgcccttgctt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45570102 tatgaacaacctagaaagttttattcaaatgtacttcgagatatttgtcgtgaacaaacttgttgagttggccctccctatgtgctgggtgcccttgctt 45570201  T
Q  413 tctgggactgtgatcccaccttagatgcattacattacatttactaggcaaatgattgataaacggcaataagaaatatcttttgttaaaggtcattggc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45570202 tctgggactgtgatcccaccttagatgcattacattacatttactaggcaaatgattaataaacggcaataagaaatatcttttgttaaaggtcattggt 45570301  T
Q  513 aatgtttctttcttgaattaactctgcttccaagtcttttgactgagaaataagaaagcaacttatatatattatttgtttatgcgtgttaaaggttgca 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45570302 aatgtttctttcttgaattaactctccttccaagtcttttgactgagaaataagaaagcaacttatatatattatttgtttatgcgtgttaaaggttgca 45570401  T
Q  613 agagcgtaggaatctcagatatgccactgattatgcttttt 653  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45570402 agagcgtaggaatctcagatatgccactgattatgcttttt 45570442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University