View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9092_low_3 (Length: 666)

Name: NF9092_low_3
Description: NF9092
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9092_low_3
NF9092_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-649)||(43033641-43034268)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 649
Target Start/End: Original strand, 43033641 - 43034268
Alignment:
Q  14 cagagagcaacaatgaatccactatgagcataaacaaaccagtacaataaagtttacatggtcccttgctttccattgttgagaaacagcccaacaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43033641 cagagagcaacaatgaatccactatgagcataaacaaaccagtacaataaagtttacatggtcccttgctttccattgttgagaaacagcccaacaaaaa 43033740  T
Q  114 tctctaaatctctttcgacc-tctattttcactcttcctttgatttctcagtctctctaatattcttttgtcatgtagagagtttacatgaattcctcac 212  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43033741 tctctaaatccctttcgaccctctattttcactcttcctttgatttctcagtctctctaatattcttttgtcatgtagagagtttacatgaattcctcac 43033840  T
Q  213 ttcacacctcaaagtgtttcctaagattactccaagattattctccaa-gtctacccacagagatgccctatgattcttacatggacgcgtgaatacaag 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43033841 ttcacacctcaaagtgtttcctaagattactccaagattattctccaaagtctacccacagagatgccctatgattcttacatggacgcatgaatacaag 43033940  T
Q  312 cagccgctcataacataattagtggcaccaactatggttagtaactatgtaacaaagttgtaactgaattaataccctcttcagatgttgcagcacctgg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |    
T  43033941 cagccgctcataacataattagtggcaccaactatggttagtaactatgtaacaaagttgtaactgaattaataccctcttcagatgtt----------g 43034030  T
Q  412 cagcacttatgcttgtacaagtttgtgagacacttcaacattcttgagaagtgtgaaaacgaacttaaccatgaaaatttacatacagttgttttgaaac 511  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43034031 cagcacttacgcttgtacaagtttgtgagacacttcaacattcttgagaagtgtgaaaatgaactaaaccatgaaaatttacatacagttgttttgaaac 43034130  T
Q  512 tattccatggattcagtggaagcaacataaaaagtcacagtctaaacatttgaaataggaaagnnnnnnnnnngacaatgaaatcatcaacatgatttgc 611  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||    
T  43034131 tattccatggattcaatggaagcaacataaaaagtcacagtctaaacatttgaaataggaaagaaaaaaaaaagacaatgaaatcatcaacatgatttgc 43034230  T
Q  612 attcaatctttctgtgcagttcaaatcttctattcaaa 649  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43034231 attcaatctttctgtacagttcaaatcttctattcaaa 43034268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University