View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9096_low_1 (Length: 1081)

Name: NF9096_low_1
Description: NF9096
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9096_low_1
NF9096_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (12-1065)||(47001226-47002278)
chr7 (503-582)||(47007342-47007421)
chr7 (16-89)||(47007690-47007763)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1009; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1009; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1065
Target Start/End: Complemental strand, 47002278 - 47001226
Alignment:
Q  12 gataatactacaacagtttggaggagttaacgccattgctttttatgcaagctctatatttgtctctgctggtatgtgtacgttttatttatgcttctat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47002278 gataatactacaacagtttggaggagttaacgccattgctttttatgcaagctctatatttgtctctgctggtatgtgtacgttttatttatgcttctat 47002179  T
Q  112 catatgacctatgcagcattaaaacctcacaatgaaggcgtgtcagatgtcgaataccaacaaaattgaataattttattttctcaaattattactggtt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47002178 catatgacctatgcagcattaaaacctcacaatgaaggcgtgtcagatgtcgaataccaacaaaattgaataattttattttctcaaattattactggtt 47002079  T
Q  212 gactatcagtggcatgtctggtgttggtgcttcatagcatatgacatgtaaagaaggtgattacaataactaacattatatttattacatgattctcatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47002078 gactatcagtggcatgtctggtgttggtgcttcatagcatatgacatgtaaagaaggtgattacaataactaacattatatttattacatgattctcatg 47001979  T
Q  312 aaagggaaaattcttttccatcacagggttttccagaagtattggaacaatagcgatggttgttgttcaggttcttagttctcttcgtataatttattta 411  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001978 aaagggaaaattcttatccatcacagggttttccagaagtattggaacaatagcgatggttgttgttcaggttcttagttctcttcgtataatttattta 47001879  T
Q  412 tttttgtcttcttaatatgatgaataagacgagatagatgtcaattttgatgagtcttcattactgagtcccttcacactgttcagtaatttctgtcttc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001878 tttttgtcttcttaatatgatgaataagacgagatagatgtcaattttgatgagtcttcattactgagtcccttcacactgttcagtaatttctgtcttc 47001779  T
Q  512 gtagatcccaatgacagctttgggagtaattttgatggataaatctggaagacgaccccttttactggtaaaacggttaaacttttgtgccttccttttc 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001778 gtagatcccaatgacagctttgggagtaattttgatggataaatctggaagacgaccccttttactggtaaaacggttaaacttttgtgccttccttttc 47001679  T
Q  612 atgctattctgtaaattctaaatataaaattttacatttatacagatctctgcatcaggaacatgcttaggatgcttccttgtatctctgtcattctatt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001678 atgctattctgtaaattctaaatataaaattttacatttatacagatctctgcatcaggaacatgcttaggatgcttccttgtatctctgtcattctatt 47001579  T
Q  712 tgcaggttctctgaataataagatcttctcttgcttggttgtttttcacattagttatttctaaatcaatagattgtttgcttccaatatgcaggacttg 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001578 tgcaggttctctgaataataagatcttctcttgcttggttgtttttcacattagttatttctaaatcaatagattgtttgcttccaatatgcaggacttg 47001479  T
Q  812 cataaggaattcagtcccattctggcactcgtcggtgtactggtattgattttgtctgattatattgcttctaaactcattcctacaaaaccgaattata 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001478 cataaggaattcagtcccattctggcactcgtcggtgtactggtattgattttgtctgattatattgcttctaaactcattcctacaaaaccgaattata 47001379  T
Q  912 agtcgaggagtgccannnnnnnataaactttctctattttaaatgtggaacttgagtttttcctactaatactttctctgatttttcaccgaccttacat 1011  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001378 agtcgaggagtgccatttttttataaactttctc-attttaaatgtgaaacttgagtttttcctactaatactttctctgatttttcaccgaccttacat 47001280  T
Q  1012 ttgcattcatgaaatagatttggtttaagaataccgcgatggcagtaaagttaa 1065  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47001279 tagcattcatgaaatagatttggtttaagaataccgcgatggtagtaaagttaa 47001226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 503 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 47007421 - 47007342
Alignment:
Q  503 tctgtcttcgtagatcccaatgacagctttgggagtaattttgatggataaatctggaagacgaccccttttactggtaa 582  Q
    ||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47007421 tctgtgtttgtagattccaatgacaactttaggagtatttttgatggataaatctggaagacgaccacttttactggtaa 47007342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 47007763 - 47007690
Alignment:
Q  16 atactacaacagtttggaggagttaacgccattgctttttatgcaagctctatatttgtctctgctggtatgtg 89  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||| || ||||  ||||||||| | || |||||||||||    
T  47007763 atactacaacagtttggagggattaacggcattgttttctacgcaaattctatatttatatcagctggtatgtg 47007690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University