View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9104_low_6 (Length: 661)

Name: NF9104_low_6
Description: NF9104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9104_low_6
NF9104_low_6
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-648)||(23118350-23118997)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 23118997 - 23118350
Alignment:
Q  1 ttcggaaaaattgctgaggaaaatcaatattttgagcaatttaatactcctccagatcaccctccggaacaaaatctagatcgatctccgattctttagg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23118997 ttcggaaaaattgctgaggaaaatcaatattttgagcaatttaatactcctccagatcactctccggaacaaaatctagatcgatctccgattctttagg 23118898  T
Q  101 agtatcaacaactgcttgaagactttggaaatcaatatgctgccttttctgctcaagaagccagtgatgtgcttaagagcttaacatcacaccctttcac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23118897 agtatcaacaactgcttgaagactttggaaatcaatatgctgccttttctgctcaaaaagccagtgatgtgcttaagagcttcacatcacaccctttcac 23118798  T
Q  201 aacccaacaggttactaagttgtctcatctattcatctcaccaccaaaacacaacttttctaaattattcaaaccagattcagtgaataagtattttaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23118797 aacccaacaggttactaagttgtctcatctattcatctcaccaccaaaacacaacttttctaaattattcaaaccagattcagtgaataagttttttaat 23118698  T
Q  301 aaaattcaatatgatacttatgtcccaatgagatcttttaggactcttcagtctacttgtccatatatcttttctgatggtgttccacgtcttcctcaat 400  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23118697 caaattcaatatgatacttatgtcccaatgagatcttttaggactcttcagtctacttgttcatatatcttttctgatggtgttccacgtcttcctcaat 23118598  T
Q  401 ccatccctacggatgagataccaccaaaacgttctaaaattgagaagaacacgagcaagactcgggatgacatccgtaagctgtgtgaaaatcaaattgc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23118597 ccatccctacggatgagataccaccaaaacgttctaaaattgagaagaacacgagcaagactcgggatgacatccgtaagctgtgtgaaaatcaaattgc 23118498  T
Q  501 catcatgaaccatctggcctacaatactcttgaattacaaattcagaggaactggcaagcaagcgcgcttaacatccttctcaacatgcctcctctggcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23118497 catcatgaaccatctggcctacaatactcttgaattacaaattcagaggaactggcaagcaagcgcgcttaacatccttctcaacatgcctcctctggcc 23118398  T
Q  601 gcaaatcctctccagccttcggtttttaacatgaatccgcctgatgtc 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23118397 gcaaatcctctccagccttcggtttttaacatgaatccgcctgatgtc 23118350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University