View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9107_low_2 (Length: 848)
Name: NF9107_low_2
Description: NF9107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9107_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 390 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 1273356 - 1272982
Alignment:
| Q |
390 |
gataaatcaacatagaggtcaaaatatgttataaaattataatgattataactatatatcaaccaagaatgatcaatgtctctttcgttacctatattct |
489 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1273356 |
gataaatcaacatagaggtcaaaatatgttataaaattatgatgattataactatatatcaaccaagaatgatcaatgtctctttcgttacctatattct |
1273257 |
T |
|
| Q |
490 |
acatgtatggataa-tagtatatacaattctataaaattctctaatgaagtaaaataaatagaatatagaaattcttttaggaatataacagtgtatata |
588 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1273256 |
acatgtatggataaatagtatatacaattctataaaattctctaataaagtaaaataaatagaatatacaaattcttttaggaatataacagtgtatata |
1273157 |
T |
|
| Q |
589 |
ctatggttgcatgaagtaaaggttggactacatatgatatgaaagttggtgcatctatcacttgcacacacactacactacactccaatccaaaatcctc |
688 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1273156 |
ctatggttgcatgaagtaaaggttggactacatatgatatgaaagttggtgcatctatcacttgcacacacacta-----cactccaatccaaaatcctc |
1273062 |
T |
|
| Q |
689 |
caacacttttttgaggtttgattattttcactttgttgtcatgtttatgtaacacgtgtttgttacactgacaacagcaa |
768 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1273061 |
caacacttttttgaggtttgattattttcactttgttgtcatgtttatgtaacacgtgtttgttacactgacaacagcaa |
1272982 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 134 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 1273683 - 1273498
Alignment:
| Q |
134 |
ttttgttggatacgtatgagatattttacggatatacacaaacacttattttaagattgatggatgacacgaaaaaaggcatgatatgattgtagtatat |
233 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1273683 |
ttttattggatacgtatgagatactttacggatatacacaaacacttattttaagattgatggatgacacaaaaaaaggcaagatatgattgtagtatat |
1273584 |
T |
|
| Q |
234 |
caatggatatgtataagattcgactcaggattatgttgaactttttaaattgacatttgtcacttaaccaaatttagaaattgcgg |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
1273583 |
caatggatatgtataagagccgactcaggattatgttggacttcttaatttgagatttgtcacttaaccaaatttaaaaattgcgg |
1273498 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University