View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9109_low_1 (Length: 659)

Name: NF9109_low_1
Description: NF9109
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9109_low_1
NF9109_low_1
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (16-644)||(4841011-4841639)
chr4 (16-640)||(5173884-5174511)
chr4 (16-640)||(5214782-5215397)
chr4 (16-640)||(4855517-4856132)
chr4 (16-337)||(5196931-5197252)
chr4 (16-339)||(5183530-5183853)
chr4 (16-337)||(5161249-5161570)
chr4 (458-644)||(5183215-5183402)
chr4 (458-640)||(5196625-5196807)
chr4 (16-321)||(7143411-7143716)
chr4 (453-640)||(7143124-7143311)
chr4 (474-644)||(5160974-5161144)
chr4 (506-554)||(5203549-5203597)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 644
Target Start/End: Original strand, 4841011 - 4841639
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841011 cagagaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 4841110  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  4841111 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatt 4841210  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    || |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841211 tgggaagggataacacctgttaaattattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 4841310  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtagatatttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagctttgta 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4841311 taaactccacttcaaattgtagatttttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgttggagctttgta 4841410  T
Q  416 cattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841411 cattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattg 4841510  T
Q  516 agcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaaccc 615  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841511 agcatgttccgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaaccc 4841610  T
Q  616 ttaactctgagagcttatccatccaattg 644  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841611 ttaactctgagagcttatccatccaattg 4841639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 5174511 - 5173884
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5174511 cagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaag 5174412  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  5174411 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatt 5174312  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5174311 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactatacccttgtaagagtattcattgtgctttgttc 5174212  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtag---atatttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagcttt 412  Q
    | ||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  5174211 tgaactccacttcaaattgtagttcttctttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatatctgtaggagctcc 5174112  T
Q  413 gtacattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagca 512  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5174111 gtacattgagaattcaaaaataggaccgtcatcatcatcattatgaacatattgtctcattccaaatgacatattttggaggcaagatggtattgaagca 5174012  T
Q  513 ttgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaa 612  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||  ||| ||||| |    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5174011 ttgagcatgttccgtgatagatccattatgtcgatctttttgaaccaacaaaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaataaaagaa 5173912  T
Q  613 cccttaactctgagagcttatccatcca 640  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5173911 ccctcaactctgagagcttatccatcca 5173884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 5215397 - 5214782
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215397 cagaaaagttgttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 5215298  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||  ||||      
T  5215297 gctctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaacttgttgaaggtgaccaatt 5215198  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5215197 tgagaagggatgagacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttc 5215098  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtagatatt--tcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagctttg 413  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||  | ||  ||     | |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| | || | ||  |  |    
T  5215097 tgaactccacctcaaattgtagatcttcattaaacaa-----actccatggaggttgaatcgacaaactagcattgaaggaaatcgttggaagatatccg 5215003  T
Q  414 tacattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcat 513  Q
     | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||      ||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5215002 gatattgagaattcaaaagtaggaccgtcatcatcatc------aacgtattgcctcattccaaatgacatatttcggaagcaagatggtattgaagcat 5214909  T
Q  514 tgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaac 613  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||   || |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  5214908 tgagcatgttccgtgataggtccattatgtctatcttttttaaccgacacaattgaattggaatatctccttccaatttgttccctcctagtaaaagaac 5214809  T
Q  614 ccttaactctgagagcttatccatcca 640  Q
     | ||||||||| ||||||||||||||    
T  5214808 acgtaactctgatagcttatccatcca 5214782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 16 - 640
Target Start/End: Original strand, 4855517 - 4856132
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855517 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 4855616  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||| ||||  ||||      
T  4855617 gctttctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaactggttgaaggtgaccaatt 4855716  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4855717 tgagaagggatgacacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttc 4855816  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtagatatt--tcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagctttg 413  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||  | ||  ||     | |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| | ||   ||  |  |    
T  4855817 tgaactccacttcaaattgtagatcttcattaaacaa-----actccatggaggttgaatcgacaaactagcattgaaggaaattgttggtagatatccg 4855911  T
Q  414 tacattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcat 513  Q
     | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||      ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4855912 gatattgagaattcaaaagtaggaccgtcatcatcatc------aacgtattgtctcattccaaatgacatatttcggaagcaagatggtattgaagcat 4856005  T
Q  514 tgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaac 613  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  4856006 tgagcatgttccgtgataggtccattatgtcgatcttttttaaccgacacaattgaattggaatatctccttccaagttgttccctcctagtaaaagaac 4856105  T
Q  614 ccttaactctgagagcttatccatcca 640  Q
     | ||||||||| || |||||||||||    
T  4856106 acgtaactctgataggttatccatcca 4856132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 16 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5197252 - 5196931
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5197252 cagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaag 5197153  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  5197152 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatt 5197053  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5197052 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttc 5196953  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtag 337  Q
    | ||||||||||| || |||||    
T  5196952 tgaactccacttccaaatgtag 5196931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 16 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5183853 - 5183530
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| || |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183853 cagaaaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 5183754  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5183753 gctctctatttgggtaagttttgaaaaagttattggaataggaccagacaagtaattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaatt 5183654  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  5183653 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatgatctttagaactatacccttgtaaaagtaatcatagtgctttgttc 5183554  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtagat 339  Q
    |||||| ||||||||||| |||||    
T  5183553 taaactgcacttcaaattctagat 5183530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5161570 - 5161249
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161570 cagaaaggttgttgtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 5161471  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||| ||||  ||||      
T  5161470 gctctctatttcggtaagatttgaaaacgtaattggaataggacccgacaagtgattatgtgataggttcaaggctaaaacttgttgcaggtgcccaatt 5161371  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5161370 tgagaagggatagtacctgttagcttgttgcatgataaatccaatccagtcattttctctaggactttacctttgtaaaagtaatcattgtgctttgttc 5161271  T
Q  316 taaactccacttcaaattgtag 337  Q
    | ||||||||||| || |||||    
T  5161270 tgaactccacttccaagtgtag 5161249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 458 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 5183402 - 5183215
Alignment:
Q  458 aacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttag- 556  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  5183402 aacatattgtctcattccaaatgacatattttgaaagcaagatggtattgaagcattgagcatgttccgtgataagtccattatgttgatcttttttaga 5183303  T
Q  557 atgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatccaattg 644  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183302 aggacacaattgaattggaatatctccttcaaaattgttccctcctaatagaaggacccttaactctgagagcttatccatccaattg 5183215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 458 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 5196807 - 5196625
Alignment:
Q  458 aacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttaga 557  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||      
T  5196807 aacatattgtctcattccaaataacatatttcgaaagcaagatggtatggaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatgttgatcttttttaac 5196708  T
Q  558 tgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatcca 640  Q
     ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5196707 cgacacaactgcattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaataaaaggacccttaattctgagaacttatccatcca 5196625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7143716 - 7143411
Alignment:
Q  16 cagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaag 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |   || |||| |||| ||  |||||| | ||| || ||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  7143716 cagaaaggttgttgtaagacacattgaagatatctataaaggtcaagtgacttagttgagaagctaccttaccattcaagttactctatgataagtcaag 7143617  T
Q  116 actctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacg 215  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |   | ||| | ||||||||      
T  7143616 actctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaataggacctgacaagtgattatgttatagattcaagactcgatggttttgcatgtctccaagt 7143517  T
Q  216 tgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttc 315  Q
    | |||||| ||||| |  ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | | ||||||||| |||| || ||||||||    
T  7143516 tcagaaggtatgactctagttacgatattgcatgataaatccaatccagtcatcatctctaggattttagcgtcgtaaaagtactcatagttctttgttc 7143417  T
Q  316 taaact 321  Q
    ||||||    
T  7143416 taaact 7143411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 453 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 7143311 - 7143124
Alignment:
Q  453 ttatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatatttt 552  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||  ||| ||||    
T  7143311 ttatcaacatattgtatcattccaaatgacatattttggaagcaaggtggtattgaagcattgagcatgttttctgataggtctattttgtcgatctttt 7143212  T
Q  553 ttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatcca 640  Q
    |||   ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  7143211 ttaaccgacacaattgaattggaatatctccttccaaattgttccttcctaataaaagaacacgtaactctgatagcttatccatcca 7143124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 474 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 5161144 - 5160974
Alignment:
Q  474 ccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattg 573  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||| ||| |||| |||||||   |||||||||||||||    
T  5161144 ccaaatgtcaaattttggaagcaagatggtattgaagcattgaacatgttccgcgataggtccatcatgttgatcttttttaatcgacacaattgaattg 5161045  T
Q  574 gaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatccaattg 644  Q
    |||| |||||||| || || |||| ||||| || |||||| |  ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  5161044 gaatatctccttccaagttattccatcctagtaaaagaacacgcaactctgagagattatcaatccaattg 5160974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 506 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 5203597 - 5203549
Alignment:
Q  506 tgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatatttttt 554  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| |||||    
T  5203597 tgaagcattgagcatgttccgtgataggtccatcatgttgataattttt 5203549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University