View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9112_low_1 (Length: 1093)

Name: NF9112_low_1
Description: NF9112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9112_low_1
NF9112_low_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-1075)||(32083779-32084838)
chr3 (795-1075)||(32086029-32086303)
chr3 (547-742)||(32085758-32085960)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 936; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 936; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1075
Target Start/End: Original strand, 32083779 - 32084838
Alignment:
Q  12 atggacatcaaagaataaaatggatgggattacctctctgatcatcaatgggttacatgtgggctggagagcatcaaactttgatctcgtaccaagttct 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32083779 atggtcatcaaagaataaaatggatgggattacctctctgatcatcaatgggttacatgtgggctggagagcatcaaactttgatctcgtaccaagttct 32083878  T
Q  112 tgcaaatctattgcgaaacgagctcggtggtggcgcgactgaagaaagatatttaattttaattttattttacgagccttgtgtggtaatcttactataa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32083879 tgcaaatctattgcgaaacgagctcggtggtggcgcgactgaagaaagatgttaaattttaattttattttacgagccttatgtggtaatcttactataa 32083978  T
Q  212 actcgaccctattctctgctgtttaaggcatacgttgttgaaaaagatctactctacttctctgaaaattttaattgtccctatattttaaaactatctc 311  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32083979 actcgaccctattcgctgcggtttaaggcatacattgttgaaaaagatctactctacttctctgaaaattttaattgtccccatgttttaaaactatctc 32084078  T
Q  312 gtccctcgtaaaaaatctactcacgc--aaactttctttctcaaaccattctcattctagaatctctaaaaatgtaacgatttaaaaactcgctataatg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32084079 gtccctcgtaaaaaatctactcacgcgtaaactttctttctcaaaacattctcattctagaatctctaaaaatgtaacgatttaaaaactcactataatg 32084178  T
Q  410 aaaaacaaactatctgattaaaatatgacatcccttaaagtcaactcaaaactttaatcacagcaatttatattcgattttgacttgaatcacaaaactt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32084179 aaaaacaaactatctgattaaaatatgacatcccttaaagtcaactcaaaactttaatcacaataatttatatttgattttgacttgaatcacaaaactt 32084278  T
Q  510 ctcaaaatgcacaccatcaggacaaacacacaacatagcataaaatgttttcataaccaaccttgcttgcacaatcatcatataatcatatctaaaacct 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32084279 ctcaaaatgcacaccatcaggacaaacacacaacatagcataaaatgttttcataaccaatcttgcttgcacaatcatcatataatcatatttaaaacct 32084378  T
Q  610 ttagagtaaccacataacaattgtaattatgtgtgataaaattcaggttcacatcaagttcaaagcctaatggactaaagatgctaagactagttagagc 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32084379 ttagagtaaccacataacaattgtaattatgtctgataaaattcaggttcacatcaagttcaaagcctaatggactaaagatgctaagactagttagagc 32084478  T
Q  710 aaatgaccagggatgttacatagcccactatcaaattcaggttacaacaaattctaagcctaatggcgaggtcactacaagatgctaaaatttcatggta 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32084479 aaatgaccagggatgttacatagcccactatcaaattcaggttacaacaaattctaagcctaatggcgaggtcactacaagatgctaaaatttcatggta 32084578  T
Q  810 catcgagcttcatacattgtgattgtagtttggcaggaggaagggatggatggtggtggaagggaagcagaatcagagggaatgggtatttcaagggagg 909  Q
    |||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  32084579 catcgagcttcatac------attgtagtttggcaggaggaagggatggatggtggtggaagggaagcagaattagagggaatgggtatttcaagggacg 32084672  T
Q  910 caaatttgtggaaaatgtcgtcaattttggaggctgtaagagtttgggtttcaccaagggtggattgattggtagtgagtttgctaacggcttcttccat 1009  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32084673 ctaatttgtggagaatgtcgtcaattttggaggccgtaagagtttgggtttcaccaagggtggattgattggtagtgagtttgctaatggcttcttccat 32084772  T
Q  1010 tttattagcggtggattttgaacgagtagtttccagattagctcgatgaaaataccgaagtattag 1075  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32084773 tttattagcggtggattttgaacgagtagtttccagattagctcgatgaaaataccaaagtattag 32084838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 795 - 1075
Target Start/End: Original strand, 32086029 - 32086303
Alignment:
Q  795 taaaatttcatggtacatcgagcttcatacattgtgattgtagtttggcaggaggaagggatggatggtggtggaagg-gaagcagaatcagagggaatg 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||      |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||| |||||| || ||||| || ||    
T  32086029 taaaatttcatggtacatcgagcttcatgcggtgtg------gtttggtaggaggaggggatggttgatggtggaaggagaagcataa-cagagagagtg 32086121  T
Q  894 ggtatttcaagggaggcaaatttgtggaaaatgtcgtcaattttggaggctgtaagagtttgggtttcaccaagggtggattgattggtagtgagtttgc 993  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||  |||||| |  ||||||||| ||||| |||||||  ||||||  ||| |||||||||    
T  32086122 ggtatgtcaagggaggctaacttgtggagaatgtcatcaattagggaggccgggagagtttggatttcaacaagggtaaattgatcagtaatgagtttgc 32086221  T
Q  994 taacggcttcttccattttattagcggtggattttgaacgagtagtttccagattagctcgatgaaaataccgaagtattag 1075  Q
    ||| |||||||||||||||||  || |||| ||| ||||  |||||||   ||||||| ||||||||| ||| |||| ||||    
T  32086222 taatggcttcttccattttatcggctgtggctttcgaacatgtagtttttggattagcccgatgaaaacaccaaagtgttag 32086303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 547 - 742
Target Start/End: Original strand, 32085758 - 32085960
Alignment:
Q  547 gcataaaatgttttcataaccaaccttgcttgcacaatcatcatataatcatatcta--aaacctttagagtaaccacataacaattgtaattatgtgtg 644  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| | ||| |||||||| ||||||||||||||| |   | || || |||||||||||| ||||||| |||||| ||  |    
T  32085758 gcataaaatatttccataatcaatcatgcctgcacaataatcatataatcatatatttcatactttaagagtaaccacacaacaattataattaagtcag 32085857  T
Q  645 a-----taaaattcaggttcacatcaagttcaaagcctaatggactaaagatgctaagactagttagagcaaatgaccagggatgttacatagcccacta 739  Q
    |     ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||| | |||||||    
T  32085858 aacatataaaattcaggttcacaacaaattcttagcctaatggactaacgatactaagactagctagagctaataatcagggatgttacacaacccacta 32085957  T
Q  740 tca 742  Q
    |||    
T  32085958 tca 32085960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University