View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9115_2D_low_2 (Length: 1359)

Name: NF9115_2D_low_2
Description: NF9115_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9115_2D_low_2
NF9115_2D_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-1359)||(26217708-26219076)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1160; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1160; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1359
Target Start/End: Complemental strand, 26219076 - 26217708
Alignment:
Q  1 cagtctggtagctcggtcccatttcacctgagcaagttcaatgatgttgcaccaaactttaatgtttcgtttttaccaaatgctccacatcagaatcatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26219076 cagtctggtagctcggtcccatttcacctgagcaagttcaatgatgttgcaccaaactttaatgtttcgtttttaccaaatgctccacatcagaatcatg 26218977  T
Q  101 aaagttgcgggttgtaagccattagaagcctgtatgatagatgctataatatttgggaggtttgtatgttgctgttgatgaagttggatgatatcccaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218976 aaagttgcgggttgtaagccattagaagcctgtatgatagatgctataatatttgggaggtttgtatgttgctgttgatgaagttggatgatatcccaac 26218877  T
Q  201 actcaaaagccttcaaacttgttctgcattgtcgcaccaaaagaaaagatgaagataattatcttcaatctcgcccgcacatagaacacaattgtttgta 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218876 actcaaaagacttcaaacttgttctgcattgtcgcaccataagaaaagatgaag---attatcttcaatctcgcccgcacatagaacacaattgtttgta 26218780  T
Q  301 taagatactcattttttgatttagatgaaatcgagtggggatgcaatttctgcacaaacgccacacaattttattaacttcgggtggta--tttttctcg 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  26218779 taagatactcattttttgatttagatgaaatcgagtggggatgcaatttctgcacaaacgccacacaattttattaacttcgggtggtatttttttctcg 26218680  T
Q  399 ccaaatgaattgccaactcccggagtctggatgttcgagctactagcacccatacaaatacaggaacgatatgtgtttttaacaaagaaatttccatgct 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26218679 ccaaatgaattgccaactcccggagtttggatgttcgagctaccagcacccatacaaatacaggaatgatatgtgtttttaacaaagaaatttccatcct 26218580  T
Q  499 tttcgagcatccatatcaacttgtcctctgtggctttagttgcttaagattatattcgctttaagtaggaagatgtagagtggatccatctgcaatccat 598  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218579 tttcgagcatccgtatcaacttgtcctctgtggctttagttgcttaagattatactcgctttaagtaggaagatgtagagtggatccatctgcaatccat 26218480  T
Q  599 ttagttccctgtaccaatatgcatgttgtgcctacgctccacctatgaccatcacatacaatgaatttattactccttatacttcgccatacatcacagt 698  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218479 ttagttccctgtaccaatatgca---tgtgcctacgctccacctatgaccatcacatacaatgaatttattactccttatacttcgccatacatcacagt 26218383  T
Q  699 agtttccaatctgtttggcaatatggcattactgaaagtggatatgcacttaaatccgaaaccacattcattcttgtgtgtatctaaactatcccaag-- 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  26218382 agtttccaatctgtttggcaatatggcattactgaaagtggatatgcacttaaatccgaaaccacattcattcttgtgtgtatctaaactatcccaagat 26218283  T
Q  797 --------------atctatttgacctcaccaaaataaattcatcatttttgtcaattttgacacaaagattagttggtagtaataatatgctcaacaca 882  Q
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218282 ctatttgacctcacatctatttgacctcaccaaaataaattcatcatttttgtcaattttgacacaaagattagttggtagtaataatatgctcaacaca 26218183  T
Q  883 ttggacgagatcgaatgcaggacatatttaattaagatttctctacctacttgagaaagacattgattacttcatgagttgatcttttttcaaattctat 982  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26218182 ttggacgagatcgaatgcaggacatatttaattaagatttctctacctacttgagaaagacatcgattacttcatgagtt-atcttttttcaaattctat 26218084  T
Q  983 cttagatgaatttgaaggtgnnnnnnnnnctcgaattaccagtaataggagaccaagatattttccactacctaaaacttgtctcatcccaagaatgtaa 1082  Q
    ||||||||||||||||||||         ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26218083 cttagatgaatttgaaggtg-ttttttttctcgacttaccagtaataggagacccagatattttccactacctaaaacttgtctcaccccaagaatgtaa 26217985  T
Q  1083 gaattagaatctttcatcggtgatgtgatattcctactacgctatatttctaacttttgaaaattgattgactggcctgacatgtcttcttaagttttaa 1182  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26217984 gaattagaatctttcaccggtgatgtgatattcctactatgctatatttttaacttttgaaaattgattgactggcctgacatgtcttcttaagttttaa 26217885  T
Q  1183 aaatattttgcatcactcaagcttcaccctatgttgctttnnnnnnnttaaaagtagtaatctacaaatagaagatgagagataattagatcattagtac 1282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26217884 aaatattttgcatcactcaagcttcaccctatgttgctttaaaaaaattaaaagtagtaatctacaaatagaagatgagagataattagatcattagtac 26217785  T
Q  1283 atatttagactccgtgaatttctcctttctaatcagggctgataagccttcatcataaagaaacccataagaaaggg 1359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26217784 atatttagactccgtgaatttctcctttctaatcagggctgataaaccttcatcataaagaaacccataagaaaggg 26217708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University