View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9119_low_16 (Length: 452)

Name: NF9119_low_16
Description: NF9119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9119_low_16
NF9119_low_16
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-436)||(29729062-29729497)
chr7 (1-353)||(38513004-38513356)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (158-407)||(16849847-16850096)
chr1 (1-162)||(16838537-16838698)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (3-375)||(45285353-45285722)
[»] scaffold0376 (1 HSPs)
scaffold0376 (5-348)||(3590-3936)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-430)||(20477441-20477875)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-353)||(24005408-24005742)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Original strand, 29729062 - 29729497
Alignment:
Q  1 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29729062 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgacctggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctat 29729161  T
Q  101 ggtttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29729162 ggtttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgata 29729261  T
Q  201 atgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29729262 atgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcga 29729361  T
Q  301 aaaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccctcccccttcaagagtgctgaactatgaccaatttaagctaggggttca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29729362 aaaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccctcccccttcaagagtgctgaactatgaccaatttaagctaggggttca 29729461  T
Q  401 agatgaggagacagatgtcgaaaaaattgttcatgg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29729462 agatgaggagacagatgtcgaaaaaattgttcatgg 29729497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38513356 - 38513004
Alignment:
Q  1 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  38513356 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctacaggagcacaagatgacttggagaaagtcaccaagatgacatatgctcaagtagccgtctat 38513257  T
Q  101 ggtttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgata 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  38513256 ggtttcagcgaaaaagtgggcctcctctctttccctcaaaaagaggactcgttagagatgtctaaaccatacagcaacaaaactggtgcaatcattgata 38513157  T
Q  201 atgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcga 300  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||| |||  | || ||||||||  |||  ||||  ||||||||| || |||||||||| || || ||    
T  38513156 atgaagtgcgagaatgggtggacaaagcatatgaacgtactgtgcagcttatagagaaacagaaggagaaagtagctcaacttgcagagttgcttcttga 38513057  T
Q  301 aaaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccct 353  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||  ||||||||    
T  38513056 aaaagaagttcttcaccaagatgacttgcttccaatcttgggtgtgcgaccct 38513004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 158 - 407
Target Start/End: Original strand, 16849847 - 16850096
Alignment:
Q  158 acgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgataatgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaag 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16849847 acgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgataatgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaag 16849946  T
Q  258 aacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcgaaaaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccctcccc 357  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16849947 aacacaagggaaaagtagctgaaattgcagagttattgctcgaaaaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccctcccc 16850046  T
Q  358 cttcaagagtgctgaactatgaccaatttaagctaggggttcaagatgag 407  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16850047 cttcaagaatgctgaactatgatcaatttaagctaggggttcaagatgag 16850096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 16838537 - 16838698
Alignment:
Q  1 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16838537 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacagtctctaccggagcacaaaatgacttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtatccatctat 16838636  T
Q  101 ggtttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtc 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838637 ggtttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtc 16838698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 3 - 375
Target Start/End: Original strand, 45285353 - 45285722
Alignment:
Q  3 gggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctatgg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||    
T  45285353 gggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctacaggagcacaagatgacttggagaaagtcaccaagatgatatatgctcaagtagctgtctatgg 45285452  T
Q  103 tttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgataat 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  45285453 tttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctccaagtgaggactcttttgagacgtccaaaccatacagcagcaaaactagtgcaatcattgataat 45285552  T
Q  203 gaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcgaaa 302  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||  |||||| ||| | |||||||||||| || |  |||||||||    
T  45285553 gaagtgcgagatagggtgaacaaagcatacaaacataccatacagcttatagaggaatacaaggggaaattggctgaaattgcaaagctgttgctcgaaa 45285652  T
Q  303 aagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccctcccccttcaagagtgctgaact 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||     ||||||||||||||||||||    
T  45285653 aagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtgcgtgac---tacccttcaagagtgctgaact 45285722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0376 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0376
Description:

Target: scaffold0376; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 5 - 348
Target Start/End: Original strand, 3590 - 3936
Alignment:
Q  5 gctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctatggtt 104  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3590 gctgccgaacaggttctcattgggactatctctacaggagcacaagatgacttggagaaagtcaccaagatgacatatgctcaagtagccgtctatggtt 3689  T
Q  105 tcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaa---agagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgataa 201  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||    | |||||| || | ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  3690 ttagcgaacaagttggcctcctctctttccctcatcataaagaggattcgtttgagatgtccaaaccatacagcagcgaaactggtgcaatcattgataa 3789  T
Q  202 tgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcgaa 301  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3790 ggaagtacgagaatgggtgaacaaagcattcaaacatactatacaactaatagaggaacacaagggaaaagtagctgaaattgcagagttgctgctcgaa 3889  T
Q  302 aaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcg 348  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3890 aaagaagtactataccaagacgacttgctccaagtcttgggtgcgcg 3936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 20477875 - 20477441
Alignment:
Q  1 tcgggctgccgagcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||    
T  20477875 tcgggctgccgagcaggttctaattgggagaatctctacaggagcacaaaatgacttggagaaagtcaccaagatgacatatgctcaagtaaccgtatat 20477776  T
Q  101 ggtttcagcgaaaaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||| ||||    
T  20477775 ggtttcagcgaaaaagttggccttctctctttcccttcaattgaggactcttttgagacgtccaaaccatacagcagcgaaactagtgcgatcattgata 20477676  T
Q  201 atgaagtacgagaatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcga 300  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  20477675 acgaagtgcgagattgggtgaagaaagcatacaaacataccatagagcttatagaggaatacaaggggaaagtagctgaagttgcagagttgctgctcga 20477576  T
Q  301 aaaagaagtacttcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccctcccccttcaagagtgctgaac--------tatgaccaatttaagcta 392  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||  |||||     |||||||||||||||||||        ||||| ||  ||||||||    
T  20477575 aaaagaagtacttcaccaagatgaattgcttaaagtcttgggtgtgcgac---tacccttcaagagtgctgaacatgataattatgatcagattaagcta 20477479  T
Q  393 ggggttcaagatgaggagacagatgtcgaaaaaattgt 430  Q
    ||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||||    
T  20477478 gggattcaagatgaggcgaaagatgtagaaataattgt 20477441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 353
Target Start/End: Original strand, 24005408 - 24005742
Alignment:
Q  13 gcaggttctcattgggacaatctctaccggagcacaaaatgatttggagaaagtcaccaaaatgacatatgctcaagtagccatctatggtttcagcgaa 112  Q
    |||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  24005408 gcaggttctcattggagcaatctccactggagcacaaaatgacttggagaaagtaaccaagatgacatatgcccaagtagccatctatggtttcagtgaa 24005507  T
Q  113 aaagttggcctcctctctttccctcaaagagaggactcttctgagacgtccaaaccatacagcagtaaaactggtgcaatcatcgataatgaagtacgag 212  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||  |||||    | || |      |||||||||||  |  | ||||||   ||||| ||| | ||||| ||||    
T  24005508 aaagtgggtctcctctctttccctcaaaatgaggatcagtttggg------aaaccatacagtggcgatactggtaacatcattgatcaggaagtgcgag 24005601  T
Q  213 aatgggtgaacaaagcatacaaacataccattcaacttatagaagaacgcaagggaaaagtagctgaaattgcagagttactgctcgaaaaagaagtact 312  Q
    | ||||||||| | |||||  ||| |||| | || ||||||||||||| |||||  ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24005602 attgggtgaaccatgcatatgaacgtaccgtacagcttatagaagaacacaaggagaaactagctcaaattgcagagttacttctcgaaaaagaagtact 24005701  T
Q  313 tcaccaagatgacttgctccaagtcttgggtccgcgaccct 353  Q
    ||||||||| |||||| | | | ||||||||  ||||||||    
T  24005702 tcaccaagaggacttggttcgaatcttgggtgagcgaccct 24005742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University