View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9119_low_63 (Length: 232)

Name: NF9119_low_63
Description: NF9119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9119_low_63
NF9119_low_63
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-214)||(46706624-46706837)
chr7 (1-214)||(5289333-5289546)
chr7 (1-214)||(5310670-5310883)
chr7 (1-214)||(5315384-5315597)
chr7 (1-214)||(5284581-5284794)
chr7 (1-214)||(5302769-5302982)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-214)||(44128847-44129060)
chr1 (1-214)||(44133052-44133265)
chr1 (1-214)||(44141474-44141687)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-214)||(1478272-1478485)
chr5 (1-214)||(1505250-1505463)
chr5 (1-210)||(1482466-1482675)
chr5 (2-210)||(1492442-1492650)
chr5 (1-214)||(1509397-1509610)
chr5 (1-198)||(1499513-1499710)
chr5 (64-194)||(1487006-1487136)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-198)||(24163442-24163639)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (5-214)||(37863026-37863235)
chr3 (62-214)||(37859000-37859152)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (110-214)||(35251200-35251304)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 46706837 - 46706624
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  46706837 ggttgtttgttctgaagtcactgcagtcacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagtcagagctgct 46706738  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706737 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggacttcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 46706638  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  46706637 ttgatggtcacctt 46706624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5289546 - 5289333
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  5289546 ggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgct 5289447  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5289446 gctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccggatagtgaaggagcca 5289347  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||| ||||||    
T  5289346 ttgatggccacctt 5289333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 5310670 - 5310883
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  5310670 ggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatggagctgct 5310769  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5310770 gctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagcca 5310869  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  5310870 ttgatggtcacctt 5310883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 5315384 - 5315597
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||    
T  5315384 ggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggct 5315483  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5315484 gctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagcca 5315583  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  5315584 ttgatggtcacctt 5315597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 5284581 - 5284794
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||    
T  5284581 ggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccctagcgatactcacttagacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgct 5284680  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    || ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5284681 gctcttattgttggctctgacccaataccagaaattgagagacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagcca 5284780  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  5284781 ttgatggtcacctt 5284794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 5302769 - 5302982
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||| ||||| || ||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||    
T  5302769 ggttgtatgttcagaggtcaccgctgtcacatttcgtggccctagtgatactcacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgct 5302868  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5302869 gctcttattgttggctctgaccccgtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagcca 5302968  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  5302969 ttgatggtcacctt 5302982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 166; Significance: 5e-89; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 44128847 - 44129060
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  || |||||||| |||||||||    
T  44128847 ggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgct 44128946  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128947 gcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 44129046  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  44129047 ttgatggtcacctt 44129060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 44133052 - 44133265
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  || |||||||| |||||||||    
T  44133052 ggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgct 44133151  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133152 gcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 44133251  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  44133252 ttgatggtcacctt 44133265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 44141474 - 44141687
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||    
T  44141474 ggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatggagctgct 44141573  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44141574 gcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggggcca 44141673  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    |||| |||||||||    
T  44141674 ttgacggtcacctt 44141687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 1478272 - 1478485
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||    
T  1478272 ggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggtgctgct 1478371  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  1478372 gcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggagcca 1478471  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  1478472 ttgatggtcacctt 1478485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 1505250 - 1505463
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| |||||||||    
T  1505250 ggttgtctgttccgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagctctatttggagatggagctgct 1505349  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  1505350 gcactaattgttggttcagatccaataccagaaattgagaaacctatatttgaaatggtttggactgcacaaacaatcgcgcctgatagcgaaggagcca 1505449  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    |||| |||||||||    
T  1505450 ttgacggtcacctt 1505463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 1482466 - 1482675
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||    
T  1482466 ggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatggagctgct 1482565  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  1482566 gcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggcca 1482665  T
Q  201 ttgatggtca 210  Q
    |||| |||||    
T  1482666 ttgacggtca 1482675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Original strand, 1492442 - 1492650
Alignment:
Q  2 gttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgctg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| ||||| ||||    
T  1492442 gttgtttgttctgaagtcactgcagtcacatttcgtggtcccagtgatacacacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagcagctg 1492541  T
Q  102 cacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccat 201  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1492542 cacttattgttgggtctgatccggtaccagaaattgaaaaacctatatttgagatgatttggacagcacaaacaattgctcctgatagtgaaggtgccat 1492641  T
Q  202 tgatggtca 210  Q
    |||||||||    
T  1492642 tgatggtca 1492650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 1509397 - 1509610
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||  | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||| | | |||||||| |||||||||    
T  1509397 ggttgtttgttctaaagtcattgcagtcacattttgtggccctggtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatggagctgct 1509496  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagcca 200  Q
    ||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  1509497 gcactcattgttggtactgaccctgtaccagaaattgagaaatctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaaatagtgaaggtgcca 1509596  T
Q  201 ttgatggtcacctt 214  Q
    |||| |||||||||    
T  1509597 ttgacggtcacctt 1509610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Original strand, 1499513 - 1499710
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  | ||||  | || |||||| |||||||| |  |||  |||||||| |||| | | |||||||| ||||||||     
T  1499513 ggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcattttgtggacctagtaatactcacctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcg 1499612  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagc 198  Q
    ||| | |||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1499613 gcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggactgcacaaacaattgcttctgatagtgaaggagc 1499710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 194
Target Start/End: Original strand, 1487006 - 1487136
Alignment:
Q  64 ccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttgg 163  Q
    ||||||||| |||| | | ||||| || ||||||| || | | |||||||| || |||||  || || |||||||||||||| | |||||| | ||||||    
T  1487006 ccttgttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccgatatcaaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttgg 1487105  T
Q  164 actgcacaaacaattgctccagatagtgaag 194  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  1487106 actgcacaaacaatagctctagatagtgaag 1487136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 24163639 - 24163442
Alignment:
Q  1 ggttgtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgct 100  Q
    |||||||||||||||||| || |||  ||||||  | || || || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||  || |||||||| |||||||||    
T  24163639 ggttgtttgttctgaagttaccgcaatcacattttgtggaccaagcgatactcacttagacaaccttgttggacaagctctatttggagatggagctgct 24163540  T
Q  101 gcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagc 198  Q
    ||| | |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24163539 gcagtcattgttggctctgacccaatacaggaaattgagaaacctctatttgagttagtttggacagcacaaacaatcgctccaaatagtgaaggagc 24163442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 6e-27; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37863235 - 37863026
Alignment:
Q  5 gtttgttctgaagtcactgcagccacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgctgcac 104  Q
    |||||||| ||  |||||||||  || ||||| || ||||||||||||||  | || || ||||| ||||| | | |||||||||| || || || ||      
T  37863235 gtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttggagatggtgcagcagctg 37863136  T
Q  105 ttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattga 204  Q
    | ||||||||||| |||||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  37863135 tgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccagatagtgaaggagctattga 37863036  T
Q  205 tggtcacctt 214  Q
    ||||||||||    
T  37863035 tggtcacctt 37863026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37859152 - 37859000
Alignment:
Q  62 agccttgttgggcaagtactgtttggagacggagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggttt 161  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||| || || || ||  | || || ||||| || ||| ||||| || ||||||||||  | |||||  |||| |    
T  37859152 agccttgtggggcaagcattgtttggagatggtgcagcagctgtgatcgtaggttcagacccattaccacaagttgagaaacccttgtttgaattggtat 37859053  T
Q  162 ggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcacctt 214  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  37859052 ggactgcacaaacgatccttccagatagtgaaggagcaattgacggtcacctt 37859000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 214
Target Start/End: Original strand, 35251200 - 35251304
Alignment:
Q  110 gttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtc 209  Q
    |||||||| |||||| |||| ||  |||||| |||| | |||||| | |  |||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  35251200 gttggttcagatccattacctgaggttgagagacctttgtttgagctagagtggactgcacaaacaatccttcctgatagtcaaggagctattgatggtc 35251299  T
Q  210 acctt 214  Q
    |||||    
T  35251300 acctt 35251304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University