View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9119_low_9 (Length: 574)

Name: NF9119_low_9
Description: NF9119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9119_low_9
NF9119_low_9
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (25-542)||(13271286-13271820)
chr1 (19-368)||(13244473-13244822)
chr1 (19-458)||(13080817-13081259)
chr1 (19-405)||(12963827-12964213)
chr1 (19-401)||(13085965-13086347)
chr1 (19-451)||(19279120-19279552)
chr1 (74-368)||(30368115-30368409)
chr1 (19-368)||(13094290-13094639)
chr1 (19-368)||(13070128-13070477)
chr1 (19-368)||(13129719-13130068)
chr1 (19-368)||(13100892-13101240)
chr1 (73-330)||(13204388-13204645)
chr1 (73-329)||(13007130-13007386)
chr1 (19-368)||(13161412-13161761)
chr1 (19-299)||(13065165-13065445)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (172-269)||(3321652-3321749)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 13271820 - 13271286
Alignment:
Q  25 atatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaata 124  Q
    |||||||||||||| || || | ||||||| |  ||||| | |||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13271820 atatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaaca 13271721  T
Q  125 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcagataaagg 224  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13271720 caaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaagg 13271621  T
Q  225 acaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggtt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271620 acaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggtt 13271521  T
Q  325 gcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaaggccagtgtgttactcctagggtttcgattgttcttcgtgtggaaggccttaaggtca 424  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13271520 gcagcttctgtattatggaagtttcacatacatgtggtggaaggtcagtctgttactcctagggtttcgattgttcttcgtgtggaaggccttaaggtta 13271421  T
Q  425 ttgtcagtaaaaggtgcatttgatataagcattat-----------------gagcttttttgcatgtgtctatatgccctagttaaataagtgtgcccg 507  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||                 || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271420 atgtaagtaaaaggttcatttgatataagtattataacctttgcgaagttaggaacttatttgtatgtgtctatatgccctagttaaataagtgtgcccg 13271321  T
Q  508 ataggacaccatacacttatgaggaagaagtatta 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271320 ataggacaccatacacttatgaggaagaagtatta 13271286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Original strand, 13244473 - 13244822
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  13244473 ggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtc 13244572  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  13244573 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagc 13244672  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
    || ||||   |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  13244673 tagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaa 13244772  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  13244773 atggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaagg 13244822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 458
Target Start/End: Original strand, 13080817 - 13081259
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||| |||    
T  13080817 ggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtc 13080916  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13080917 caaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcaga 13081016  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
    || ||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  13081017 tagaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaa 13081116  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaaggccagtgtgttactcctagggtttcgattgttcttcgtgtggaa---ggcc 415  Q
    |||||||||||| | || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |   | | |||||||||||| ||| | |||||  |||||   |||     
T  13081117 atggttgcagctgcagttttatttaagtttcacattcaggtggtggaaggtcactcaataattcctagggtttctattctccttcgcatggaacatggct 13081216  T
Q  416 ttaaggtcattgtcagtaaaaggtgcatttgatataagcatta 458  Q
    |||||||||   |  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13081217 ttaaggtcaaaattcgtaaaagatgcatttgatataagcatta 13081259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 405
Target Start/End: Original strand, 12963827 - 12964213
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| || |||||| | |||||||| | ||||||| |  ||||| | ||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  12963827 ggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatattacctagtggagaccatgttagtc 12963926  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  12963927 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaa 12964026  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
    || |||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12964027 tagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaa 12964126  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaaggccagtgtgttactcctagggtttcgattgttcttcgt 405  Q
    |||||||| |||  ||| || | ||||||||||||| | ||||||||||| || | ||||||||| |||||| | || |||||||||    
T  12964127 atggttgctgctaatgtgttgtggaagtttcacatagaagtggtggaaggtcactttgttactccaagggttgctatggttcttcgt 12964213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 13086347 - 13085965
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| ||||||||| | || ||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||   |    
T  13086347 ggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgttaaac 13086248  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| | ||| |||| || |||||||| || ||||||||||||||    
T  13086247 caaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcaga 13086148  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  13086147 taaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaa 13086048  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaaggccagtgtgttactcctagggtttcgattgttct 401  Q
    |||||||||||| || | |||| ||||||||||||||| || |||||||| || | ||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  13086047 atggttgcagctgctatgttatggaagtttcacatacaagttgtggaaggtcattctgtaactccaagagtttctattgttct 13085965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 451
Target Start/End: Original strand, 19279120 - 19279552
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| | ||| ||| |  ||||| | |||||||||||  | || || |||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19279120 ggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtc 19279219  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | || |||  |||||| ||||||||||| ||    
T  19279220 taaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcgga 19279319  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||  ||  |||||||||||    
T  19279320 tagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaa 19279419  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaaggccagtgtgttactcctagggtttcgattgttcttcgtgtggaaggcctta 418  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || |||||||| ||   ||||||||| | ||||||  |  |||||||| | |||||| |||    
T  19279420 atggttgcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcgtattgaaggcttta 19279519  T
Q  419 aggtcattgtcagtaaaaggtgcatttgatata 451  Q
     ||||| | | ||||| ||||||| ||||||||    
T  19279520 cggtcaatcttagtaagaggtgcacttgatata 19279552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 74 - 368
Target Start/End: Original strand, 30368115 - 30368409
Alignment:
Q  74 gtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatg 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||    
T  30368115 gtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatg 30368214  T
Q  174 gggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggt 273  Q
    ||| || |||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||     
T  30368215 gggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacagga 30368314  T
Q  274 cctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    |||||||||||| | || |||||| |||| ||  |||||||||| |||||||||||| |  | |||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  30368315 cctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaagg 30368409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13094639 - 13094290
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |  | ||| |||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  13094639 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttactc 13094540  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    |||||||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  13094539 caaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13094440  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
     |  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| || |||| |||| | || ||||||||||| || |||||||||||     
T  13094439 gaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaag 13094340  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    ||||| |||||| || | |||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13094339 atggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggtggtggaagg 13094290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Original strand, 13070128 - 13070477
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||| || || | ||||||| |  | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | |||| |||    
T  13070128 ggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtc 13070227  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    ||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||| || || ||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  13070228 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 13070327  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
     | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| | || |||||| |||| || |||||||||||     
T  13070328 gacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13070427  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    ||||| |||||| || | |||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13070428 atggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggtggtggaagg 13070477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13130068 - 13129719
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| |  | ||| |||| |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  13130068 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtc 13129969  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    |||||||||  ||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  13129968 caaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13129869  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
     |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||| || |||| |||| | || |||||| |||| || |||||||||||     
T  13129868 gaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13129769  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    ||||| |||||| || | |||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13129768 atggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggtggtggaagg 13129719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13101240 - 13100892
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| |  | ||| |||| |  ||| | |||||||| |||||||| ||||||||| | | | || |||    
T  13101240 ggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatacttcctagtggagagcgttttagtc 13101141  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    ||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||| || || ||| |||| ||||||||||| |||||| | |||||    
T  13101140 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcaga 13101041  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
     | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| | || || ||||||||||| |||||||||||     
T  13101040 gagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaag 13100942  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    ||||| |||||| || | |||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13100941 atggtcgcagctgctttgttaccgaagtttcacatacaggtggtggaagg 13100892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 73 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 13204645 - 13204388
Alignment:
Q  73 tgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtat 172  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||  |||    
T  13204645 tgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatat 13204546  T
Q  173 ggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcagg 272  Q
    |||| || || ||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  13204545 ggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacagg 13204446  T
Q  273 tcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagct 330  Q
    ||||||||||||| | || |||||| |||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  13204445 tcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagct 13204388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 73 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 13007386 - 13007130
Alignment:
Q  73 tgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtat 172  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||  |||    
T  13007386 tgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatat 13007287  T
Q  173 ggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcagg 272  Q
    |||| || || ||| |||| ||||||||||| |||||| | ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  13007286 ggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacagg 13007187  T
Q  273 tcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagc 329  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  13007186 tcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagc 13007130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13161761 - 13161412
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| |  | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | | || |||    
T  13161761 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagaacgtattagtc 13161662  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    |||||||||  || || || ||| ||||| | ||||| |||||||||||  ||||||| || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  13161661 caaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13161562  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaa 318  Q
     |  ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  |||| || |||| |||| | || |||||| |||| || |||||||||||     
T  13161561 gaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13161462  T
Q  319 atggttgcagcttctgtattattgaagtttcacatacatgtggtggaagg 368  Q
    ||||| |||||| || | |||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13161461 atggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggtggtggaagg 13161412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Original strand, 13065165 - 13065445
Alignment:
Q  19 ggagccatatgtgaaaccttaaggctatttcctcctctggcatttcagcacaagtgtgctatcaaatctgatatactacctagtggacaccatgttggtc 118  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||| |  |  |  |||| |||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||  ||||||  |||    
T  13065165 ggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtccatgtaagtc 13065264  T
Q  119 caaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacatgtatggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcaga 218  Q
    ||||||||| | |  |||| | ||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||| || || ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  13065265 caaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaa 13065364  T
Q  219 taaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtcttgggaaagatat 299  Q
     |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||    
T  13065365 aagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatat 13065445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 269
Target Start/End: Original strand, 3321652 - 3321749
Alignment:
Q  172 tggggtgatgattgcttggagtttaagcctgaaagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgc 269  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||| ||  | |||||| |||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||    
T  3321652 tggggagaagattgcttggagtttaaaccagagaggtggatttctaagaaaggagaaataattcatgtaccttcttacaagtttattgctttcaatgc 3321749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University