View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9125_low_1 (Length: 1183)
Name: NF9125_low_1
Description: NF9125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9125_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0066 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1088; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1088; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1165
Target Start/End: Complemental strand, 7425904 - 7424754
Alignment:
| Q |
18 |
acagactcctgcacctgttacagaaaaggcactctcaaatgccaaaaattacaaccctgctaaagccatatcctcttgctaccaaattgaagtaatttaa |
117 |
Q |
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|
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| T |
7425904 |
acagacgcctgcacctgttacagaaaaggcactctcaaatgccaaaaattataaccctgctaaagccatatcctcttgctaccaaattgaagtaatttaa |
7425805 |
T |
|
| Q |
118 |
taataaccaccttagctcctatactcacagcaccacaagactccctctgcttccaaacaaaagctcgagacattaagagaacatcccctcttcagcagac |
217 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7425804 |
taataaccaccttagctcctatactcacagcaccacaagactccctctgcttccaaacaaaagctcgagacattaagagaacattccctcttcagcagac |
7425705 |
T |
|
| Q |
218 |
cgacagaaacaccacagtcagcaacaacaagaaaacaccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcgga |
317 |
Q |
| |
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|
| T |
7425704 |
cgacagaaacaccacagtcagcaacaacaagaaaacaccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcgga |
7425605 |
T |
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| Q |
318 |
tatttcagacacagcgtaaataatctgtgatgttacagagacatgccctaggacttaaagagctaggt-ttaaaaaggtccgccacaattttaatacaag |
416 |
Q |
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|
| T |
7425604 |
tatttcagacacagcataaataatctgtgatgttacagagaaatgccctaggacttaaagagctaggtgttaaaaaggtccgccacaattttaatacaag |
7425505 |
T |
|
| Q |
417 |
agcctccaatcacctagttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaatcaag |
516 |
Q |
| |
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|
| T |
7425504 |
agcctccaatcacctagttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaatcaag |
7425405 |
T |
|
| Q |
517 |
cgaaatcattttggttgggcaatgccaatcaatgttgtcaacaccagaagctacaatacataaataaatgggacagaaacttcttaataggtaactacat |
616 |
Q |
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|
| T |
7425404 |
caaaatcattttggttgggcaatgccaatcaatgttgtcaacacaagaagctacaatacataaataaatgggacataaacttcttaataggtaactacat |
7425305 |
T |
|
| Q |
617 |
tcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaa |
716 |
Q |
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|
| T |
7425304 |
tcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaa |
7425205 |
T |
|
| Q |
717 |
tcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcacctaaagcacacctaagttaagaaaatagt |
816 |
Q |
| |
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| T |
7425204 |
tcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcacctaaagcacacctaagttaagaaaatagt |
7425105 |
T |
|
| Q |
817 |
aggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaa |
916 |
Q |
| |
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| T |
7425104 |
aggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaa |
7425005 |
T |
|
| Q |
917 |
ccaaattcaaccataattcattgttgggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataa |
1016 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7425004 |
ccaaattcaaccataatttattgttgggcatgtcatgacatattgccatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataa |
7424905 |
T |
|
| Q |
1017 |
ctagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaatgaggaa--aaa |
1114 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7424904 |
ctagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatgtgcaatgaggaaaaaaa |
7424805 |
T |
|
| Q |
1115 |
atagtcacatgcaacaagacacaacattcacatgatctcctggtttcttac |
1165 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7424804 |
atagtcacatgcaacaagacacaacattcacatgatctcctggtttcttac |
7424754 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 433 - 1146
Target Start/End: Original strand, 11356823 - 11357558
Alignment:
| Q |
433 |
gttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaa-tcaagcgaaatcattttggt |
531 |
Q |
| |
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|||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11356823 |
gttgacataaccaa-aaagaccctgaactaacaacactaggttcaagcaatacaaaacaccaaagaaataccacctaaaataaagcaaaatcattttggt |
11356921 |
T |
|
| Q |
532 |
tgggcaatgccaatcaatgttgtcaacaccagaagctacaatacataaataaatgggaca--gaaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaa |
629 |
Q |
| |
|
||||| || ||| || | || || ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||| |||| || || |||| |
|
|
| T |
11356922 |
ggggcattgtcaaccattaatgacagcaccacaatgtacactacgtaaataaatggcacacagagacttcttgttaggtaactccattgatcatgagcat |
11357021 |
T |
|
| Q |
630 |
gggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttg |
729 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11357022 |
tggaccacgaccttcttaaacttcaacaccttaaattttccatgttcctaatatatagtagcatattccgctttatccatcaaccaaccactcattgttg |
11357121 |
T |
|
| Q |
730 |
caaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcac--------------ctaaagcac----acctaagttaagaaa |
811 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
11357122 |
caaaattccaacaccttgagttataaggaagtctctcttatcaacaaataagcagcactaaaaggctggtcaccaaagcacacatacataagttaagaaa |
11357221 |
T |
|
| Q |
812 |
atagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctag |
911 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| | |||||||| |||||| |||||||||| | | |||| |
|
|
| T |
11357222 |
atagtaggcataacgttctcaagagtgactgcattgtttgatattgacaattggagtttgtgtgctgccatgatagaaaatgaccctaga------ctag |
11357315 |
T |
|
| Q |
912 |
tagaacca-aattcaaccataatt-----cattgttgggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatattt |
1005 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11357316 |
tagaaccacaattcaaccatcatttctcgtctcgttggccacgtcatgac--attgccatgatcatcaacatcggaatgctccaatcagaaactatattt |
11357413 |
T |
|
| Q |
1006 |
caaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaat |
1105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
11357414 |
caaaaccataactagaatcaaaatatattcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaacttaacatggttaaaatttccattcataatgcacaaatgcaat |
11357513 |
T |
|
| Q |
1106 |
gagg----aaaaaatagtcacatgcaacaagacacaacattcaca |
1146 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11357514 |
aaggaaaaaaaaaatagtcacatgtaacaagacacaacattcaca |
11357558 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 559 - 1131
Target Start/End: Complemental strand, 12490904 - 12490321
Alignment:
| Q |
559 |
accagaagctacaatacataaataaatgggacagaaa--cttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaac |
656 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
12490904 |
accacaagctacactacatgaataaatgggacataaagacttcttgataggtaactcaattcataataagtagaggaccacgaccttcttaaacttcaac |
12490805 |
T |
|
| Q |
657 |
acctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagg |
756 |
Q |
| |
|
||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12490804 |
accttaaatttgtcatgttcctaatatatagtagcatattcccctttatccatcaaccaaccactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagg |
12490705 |
T |
|
| Q |
757 |
gaagtctctcttattaacaaacaagcagcac--------------ctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccg |
842 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |
|
|
| T |
12490704 |
gaagtctctcttatcaacaaacaagcaacactaaaaggcttgtcaccaaagcacacataagttaagaatatagtaggcataacgttctcaagagtgcctg |
12490605 |
T |
|
| Q |
843 |
cattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaacca-aattcaaccataattcattgtt |
941 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
12490604 |
cattgtttgatattgaaaattggactttgtgtgctgccataacagaaaatgaccctaga------ctagtagaaccacaattcaaccatcatttcttgtt |
12490511 |
T |
|
| Q |
942 |
gggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatca |
1041 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12490510 |
gggcacgtcatgac--attgccatgatcatcagcatcggaatgctcctatcagaaactgtatttcaaaaccataactataatcaaaatataatctcatca |
12490413 |
T |
|
| Q |
1042 |
acaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaatgagg--aaaaaatagtcacatgcaacaa |
1131 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12490412 |
acaatcaaaatgatacatcaatttaacatggtgaaaatttccattcataaagtacaaatgcaataaggaaaaaaaatagtcacatgtaacaa |
12490321 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0066 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0066
Description:
Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 144 - 330
Target Start/End: Original strand, 17953 - 18139
Alignment:
| Q |
144 |
acagcaccacaagactccctctgcttccaaacaaaagctcgagacattaagagaacatcccctcttcagcagaccgacagaaacaccacagtcagcaaca |
243 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| | |||| || ||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
17953 |
acagcatcataagactccctctgcttccaaccaaaagcaccagaccctatgagaatgtcccctctacagacggccgaccgaaacaccacagccagcagca |
18052 |
T |
|
| Q |
244 |
acaagaaaacaccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacaca |
330 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18053 |
gcaagaaagcaccatagacacaccccctcctcagactatgaatcaaaaaactgccaaactgccgcaacttcggatatttcagacaca |
18139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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