View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9125_low_3 (Length: 1116)
Name: NF9125_low_3
Description: NF9125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9125_low_3 |
 | |
|
| [»] scaffold0066 (1 HSPs) |
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|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1029; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1029; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1098
Target Start/End: Complemental strand, 7425837 - 7424754
Alignment:
| Q |
18 |
atatcctcttgctaccaaattgaagtaatttaataataaccaccttagctcctatactcacagcaccacaagactccctctgcttccaaacaaaagctcg |
117 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
7425837 |
atatcctcttgctaccaaattgaagtaatttaataataaccaccttagctcctatactcacagcaccacaagactccctctgcttccaaacaaaagctcg |
7425738 |
T |
|
| Q |
118 |
agacattaagagaacatcccctcttcagcagaccgacagaaacaccacagtcagcaacaacaagaaaacaccacagacagacccccacctcagactatga |
217 |
Q |
| |
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|
| T |
7425737 |
agacattaagagaacattccctcttcagcagaccgacagaaacaccacagtcagcaacaacaagaaaacaccacagacagacccccacctcagactatga |
7425638 |
T |
|
| Q |
218 |
atcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacacagcgtaaataatctgtgatgttacagagacatgccctaggacttaaagagctagg |
317 |
Q |
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|
| T |
7425637 |
atcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacacagcataaataatctgtgatgttacagagaaatgccctaggacttaaagagctagg |
7425538 |
T |
|
| Q |
318 |
t-ttaaaaaggtccgccacaattttaatacaagagcctccaatcacctagttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaat |
416 |
Q |
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|
| T |
7425537 |
tgttaaaaaggtccgccacaattttaatacaagagcctccaatcacctagttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaat |
7425438 |
T |
|
| Q |
417 |
acaaaacacaaaagaaaaaccacctgaatcaagcgaaatcattttggttgggcaatgccaatcaatgttgtcaacaccagaagctacaatacataaataa |
516 |
Q |
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| T |
7425437 |
acaaaacacaaaagaaaaaccacctgaatcaagcaaaatcattttggttgggcaatgccaatcaatgttgtcaacacaagaagctacaatacataaataa |
7425338 |
T |
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| Q |
517 |
atgggacagaaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatat |
616 |
Q |
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| T |
7425337 |
atgggacataaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatat |
7425238 |
T |
|
| Q |
617 |
atagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagca |
716 |
Q |
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| T |
7425237 |
atagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagca |
7425138 |
T |
|
| Q |
717 |
gcacctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatg |
816 |
Q |
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| T |
7425137 |
gcacctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatg |
7425038 |
T |
|
| Q |
817 |
acagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaaccaaattcaaccataattcattgttgggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaat |
916 |
Q |
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|
| T |
7425037 |
acagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaaccaaattcaaccataatttattgttgggcatgtcatgacatattgccatgattatcaacatcgaaat |
7424938 |
T |
|
| Q |
917 |
gctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttcc |
1016 |
Q |
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|
|
| T |
7424937 |
gctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttcc |
7424838 |
T |
|
| Q |
1017 |
attcataatgtacatctgcaatgaggaa--aaaatagtcacatgcaacaagacacaacattcacatgatctcctggtttcttac |
1098 |
Q |
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|
| T |
7424837 |
attcataatgtacatgtgcaatgaggaaaaaaaatagtcacatgcaacaagacacaacattcacatgatctcctggtttcttac |
7424754 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 366 - 1079
Target Start/End: Original strand, 11356823 - 11357558
Alignment:
| Q |
366 |
gttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaa-tcaagcgaaatcattttggt |
464 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11356823 |
gttgacataaccaa-aaagaccctgaactaacaacactaggttcaagcaatacaaaacaccaaagaaataccacctaaaataaagcaaaatcattttggt |
11356921 |
T |
|
| Q |
465 |
tgggcaatgccaatcaatgttgtcaacaccagaagctacaatacataaataaatgggaca--gaaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaa |
562 |
Q |
| |
|
||||| || ||| || | || || ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||| |||| || || |||| |
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|
| T |
11356922 |
ggggcattgtcaaccattaatgacagcaccacaatgtacactacgtaaataaatggcacacagagacttcttgttaggtaactccattgatcatgagcat |
11357021 |
T |
|
| Q |
563 |
gggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttg |
662 |
Q |
| |
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| T |
11357022 |
tggaccacgaccttcttaaacttcaacaccttaaattttccatgttcctaatatatagtagcatattccgctttatccatcaaccaaccactcattgttg |
11357121 |
T |
|
| Q |
663 |
caaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcac--------------ctaaagcac----acctaagttaagaaa |
744 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11357122 |
caaaattccaacaccttgagttataaggaagtctctcttatcaacaaataagcagcactaaaaggctggtcaccaaagcacacatacataagttaagaaa |
11357221 |
T |
|
| Q |
745 |
atagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctag |
844 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| | |||||||| |||||| |||||||||| | | |||| |
|
|
| T |
11357222 |
atagtaggcataacgttctcaagagtgactgcattgtttgatattgacaattggagtttgtgtgctgccatgatagaaaatgaccctaga------ctag |
11357315 |
T |
|
| Q |
845 |
tagaacca-aattcaaccataatt-----cattgttgggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatattt |
938 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
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| T |
11357316 |
tagaaccacaattcaaccatcatttctcgtctcgttggccacgtcatgac--attgccatgatcatcaacatcggaatgctccaatcagaaactatattt |
11357413 |
T |
|
| Q |
939 |
caaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaat |
1038 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
11357414 |
caaaaccataactagaatcaaaatatattcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaacttaacatggttaaaatttccattcataatgcacaaatgcaat |
11357513 |
T |
|
| Q |
1039 |
gagg----aaaaaatagtcacatgcaacaagacacaacattcaca |
1079 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11357514 |
aaggaaaaaaaaaatagtcacatgtaacaagacacaacattcaca |
11357558 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 492 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 12490904 - 12490321
Alignment:
| Q |
492 |
accagaagctacaatacataaataaatgggacagaaa--cttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaac |
589 |
Q |
| |
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|
|
| T |
12490904 |
accacaagctacactacatgaataaatgggacataaagacttcttgataggtaactcaattcataataagtagaggaccacgaccttcttaaacttcaac |
12490805 |
T |
|
| Q |
590 |
acctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagg |
689 |
Q |
| |
|
||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12490804 |
accttaaatttgtcatgttcctaatatatagtagcatattcccctttatccatcaaccaaccactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagg |
12490705 |
T |
|
| Q |
690 |
gaagtctctcttattaacaaacaagcagcac--------------ctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccg |
775 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |
|
|
| T |
12490704 |
gaagtctctcttatcaacaaacaagcaacactaaaaggcttgtcaccaaagcacacataagttaagaatatagtaggcataacgttctcaagagtgcctg |
12490605 |
T |
|
| Q |
776 |
cattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaacca-aattcaaccataattcattgtt |
874 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |
|
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| T |
12490604 |
cattgtttgatattgaaaattggactttgtgtgctgccataacagaaaatgaccctaga------ctagtagaaccacaattcaaccatcatttcttgtt |
12490511 |
T |
|
| Q |
875 |
gggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatca |
974 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
12490510 |
gggcacgtcatgac--attgccatgatcatcagcatcggaatgctcctatcagaaactgtatttcaaaaccataactataatcaaaatataatctcatca |
12490413 |
T |
|
| Q |
975 |
acaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaatgagg--aaaaaatagtcacatgcaacaa |
1064 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12490412 |
acaatcaaaatgatacatcaatttaacatggtgaaaatttccattcataaagtacaaatgcaataaggaaaaaaaatagtcacatgtaacaa |
12490321 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0066 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0066
Description:
Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 77 - 263
Target Start/End: Original strand, 17953 - 18139
Alignment:
| Q |
77 |
acagcaccacaagactccctctgcttccaaacaaaagctcgagacattaagagaacatcccctcttcagcagaccgacagaaacaccacagtcagcaaca |
176 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| | |||| || ||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
17953 |
acagcatcataagactccctctgcttccaaccaaaagcaccagaccctatgagaatgtcccctctacagacggccgaccgaaacaccacagccagcagca |
18052 |
T |
|
| Q |
177 |
acaagaaaacaccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacaca |
263 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18053 |
gcaagaaagcaccatagacacaccccctcctcagactatgaatcaaaaaactgccaaactgccgcaacttcggatatttcagacaca |
18139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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