View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9130_low_8 (Length: 744)
Name: NF9130_low_8
Description: NF9130
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9130_low_8 |
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| [»] chr8 (1 HSPs) |
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| [»] chr4 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 694; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 694; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 44138192 - 44137467
Alignment:
| Q |
16 |
ataaggatatatatccaatgcttatggctatctgtttgtcctcatgcaagtgcatggaatcatattattatagaaagttctcaattcacacattggttat |
115 |
Q |
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| T |
44138192 |
ataaggatatatatccaatgcttatggctatctgtttgtcctcatgcaagtgcatggaatcatattattatagaaagttctcaattcacacattggttat |
44138093 |
T |
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| Q |
116 |
aatgacttgtcataattcataaaagggtcttccatatctctcgctcttttgttggttcaatggaaatagcttcaattgagatttgagggagtaacttttg |
215 |
Q |
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| T |
44138092 |
aatgacttgtcataattcataaaagggtcttccatatctctcgctcttttgttggttcaatggaaatagcttcaattgagatttgagggagtaacttttg |
44137993 |
T |
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| Q |
216 |
tgccgtctgaatgtgtacttccgtacaaaattttagtttttgtcatgttcgaaaatataggggtggacaaagttgtttttcgaatggaaagatattgctt |
315 |
Q |
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| T |
44137992 |
tgccgtctgaatgtgtacttccgtacaaaattttagtttttatcatgttcgaaaatataggggtggacaaagttgtttt-cgaatggaaagatattgctt |
44137894 |
T |
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| Q |
316 |
taattaaagttagacccactagttgcacccaaagaaaaaagctacaccttcttaaggattcatactcaaccaaaaaatgattaacagtgaggtttcataa |
415 |
Q |
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| T |
44137893 |
taattaaagttagacccactagttgcacccaaagaaaaaagctacaccttcttaaggattcatactcaaccaaaaaatgattaacagtgaggtttcataa |
44137794 |
T |
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| Q |
416 |
ttatccctcattcacggagtttaattggcctacccaagatcttgttgttatgataatgacgttcatgtgtagatgaggacgagtcataccaaaccttttc |
515 |
Q |
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| T |
44137793 |
ttatccctcattcacggagtttaattggcctacccaagattttgttgttatgataatgacgttcatgtgtagatgaggacgagtcataccaaaccttttc |
44137694 |
T |
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| Q |
516 |
ttagagatcaacacgaaaaggtttcttcatacttgtctctcccctttacagtgtttggtttctacacaatattttacttcatcttatgacttatattagt |
615 |
Q |
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| T |
44137693 |
ttagagatcaacacgaaaaggtttcttcatacttgtctctcccctttacggtgtttggtttct--acaatattttacttcatcttatgacttatattagt |
44137596 |
T |
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| Q |
616 |
tgcttattgctatccataacagaacttaatcatgtaaatatctattttttattattacgtacaaggtacaatgcactaacaaagatagcaaaagtaaact |
715 |
Q |
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| T |
44137595 |
tgcttattactatccataacagaacttaatcatgtaaatatctattttttattattacgtacaaggtacaatgcactaacaaagatagcaaaagtaaact |
44137496 |
T |
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| Q |
716 |
atcaatcctaaaaagctagttttgaacct |
744 |
Q |
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| T |
44137495 |
atcaatcctaaaaagctagttttgaacct |
44137467 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 216 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 50058227 - 50057698
Alignment:
| Q |
216 |
tgccgtctgaatgtgtacttccgtacaaaattttagtttttgtcatgttcgaaaatataggggtggacaaagttgtttttcgaatggaaagatattgctt |
315 |
Q |
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| T |
50058227 |
tgccgtctggatgtgtacttccgtacaaaattttagtttttgtcatattcgaaaatataggggtggacaaagttgtttt-cgaatggaaagatattactt |
50058129 |
T |
|
| Q |
316 |
taattaaagttagacccactagttgcacccaaagaaaaaagctacaccttcttaaggattcatactcaaccaaaaaatgattaacagtgaggtttcataa |
415 |
Q |
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| T |
50058128 |
taattaaagttagacccattagttggacccaaagaaaaaagctagaccttcttaaggactcatactcaaccaaaaaatgagtaacagtgaggttttgtaa |
50058029 |
T |
|
| Q |
416 |
ttatccctcattcacggagtttaattggcctacccaagatcttgttgttatgataatgacgttcatgtgtagatgaggacgagtcataccaaaccttttc |
515 |
Q |
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| T |
50058028 |
ttatccctcattcacggagtttaattggcctacccaagatcttgttgttttgataatgacgttcatgtgttgatgaggacgagtcataccaaacctttta |
50057929 |
T |
|
| Q |
516 |
ttagagatcaacacgaaaaggtttcttcatacttgtctctcccctttacagtgtttggtttctacacaatattttacttcatcttatgactta------t |
609 |
Q |
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| T |
50057928 |
ttagagatcaacacgaaaaggtttctccatacttgtctctcccctttacagcgtttggttgatacaatattttttacttcatcttat--cttaattgctt |
50057831 |
T |
|
| Q |
610 |
attagttgcttattgctatccataacagaacttaatcatgtaaatatctattttttattattacgtacaaggtacaatgcactaacaaagatagcaaaag |
709 |
Q |
| |
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|||| || || || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
50057830 |
attatttcattctt--tatccatgacagaacctaatcatgtaaatatctattttttattattacgtacaaggtacaatgcactaacaaagatagcaaaag |
50057733 |
T |
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| Q |
710 |
taaactatcaatcctaaaaagctagttttgaacct |
744 |
Q |
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| T |
50057732 |
taaactatcaaccctgaaaagctagttttaaacct |
50057698 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 50058461 - 50058272
Alignment:
| Q |
22 |
atatatatccaatgcttatggctatctgtttgtcctcatgcaagtgcatggaatcatattattatagaaagttctcaattcacacattggttataatgac |
121 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
50058461 |
atatatatccaatgcttatggctatctgtttgtcctcatgcaagtgcatggaatcgtattattatagcagcttctcaattcaca--ttggttataatgac |
50058364 |
T |
|
| Q |
122 |
ttgtcataattcataaaagggtcttccatatctctcgctcttttgttggttcaatggaaatagcttcaattgagatttgagggagtaactttt |
214 |
Q |
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| T |
50058363 |
ttgtcataactcataaaagg-tcttccatatctctcgctcttttgttggttaaatggaaatagcttcaattgagatttgagggagtaactttt |
50058272 |
T |
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