View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9133_low_3 (Length: 924)

Name: NF9133_low_3
Description: NF9133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9133_low_3
NF9133_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-841)||(51784489-51785348)
chr4 (838-916)||(51783501-51783579)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 613; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 613; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 51785348 - 51784489
Alignment:
Q  18 acatcaagtatcaatctcttttgtgtgtactgtaggttccaaatctttcttttaaaagggcttatctttgtttatttggctatggtaataatgatcaa-- 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  51785348 acatcaagtatcaatctctttt-tgtgt---gtaggttccaaatctttcttttaaaagggcttatctt-gtttatttggctatggtaataatgatcaaag 51785254  T
Q  116 --------------tacatgtcatgcatgattgattctcaatctaatattagactaaagtacatatacaatcaatacaacctaacatacttgaaatatac 201  Q
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785253 aaaacgataaaatgtacatgtcatgcatgattgattctcaatctaatattagactaaagtacata--caatcaatacaacctaacatacttgaaatatac 51785156  T
Q  202 atgcccttctcaattataattgacaatgaaaagatcatggttgttaggccttcaacctcaaattatttgttcataccctttacaaatc-tctctagctaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  51785155 atgcccttctcaattataattgacaatgaaaagatcatggttgttaggccttcaacctcaaattatttgttcataccctttacaaatgatctctagctaa 51785056  T
Q  301 ttatgcactcaaattaagtgctttcgtcagttcgaacatattcatctacatatcagcaagagatctatatgccaatatatgaatgaataatatgcaacac 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785055 ttatgcactcaacttaagtgctttcgtcagttcgaacatattcatctacatatcagcaagagatctatatgccaatatatgaatgaataatatgcaacac 51784956  T
Q  401 ttaagtattcattttaccatgtattaataaagcacaatttgacatataagaatgtgagaatgtattgtactctgaatagatagtttgact---------- 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  51784955 ttaagtattcattttaccatgtattaataaagcacaatttgacatataagaacgtgagaatgtattgtactctgaatagatagtttgactaacgtctatc 51784856  T
Q  491 ------aacgattagtttgactaacatttattttaaagaataaatataacattatc-----ttcnnnnnnnnnnaaggaaaatataacattatcttaaat 579  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||           ||||||||||||||||||||||||||    
T  51784855 gtgaataacgattagtttgactaacatttattttaaagaataaatataacattatctttttttttttttttttgaaggaaaatataacattatcttaaat 51784756  T
Q  580 agtatatgatg----atttaaatatacaacattttatcttgg-aaaaaattcatggttatcattaagcttgtaaagaaaacttcatgacttctagttggc 674  Q
    |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51784755 agtatatgatgacttatttaaatatacaacattttatcttggaaaaaaattcatggttatcattaagcttgtaaaaaaaacttcatgacttctagttggc 51784656  T
Q  675 tctcgctcataatggatgtttctttcataatcaactttaattcctacagttccatctcatccttctttatgctcaaagttgtgccaattttccaaggtta 774  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51784655 tctcactcataatggatgtttctttcataatcaactttaattcctacagttccatctcatccttctttatgctcaaagttgtgccaattttccaaggtta 51784556  T
Q  775 cttattttttatccattgtatgttgcacaacattgtaagatttcattcccattaaacattctattag 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51784555 cttattttttatccattgtatgttgcacaacattgtaagatttcattcccattaaacattctattag 51784489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 838 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 51783579 - 51783501
Alignment:
Q  838 ttagtgatgttgaataaatatttgaacgacgccattatttaatggtattgttggatcatttccttccaatctttctctg 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51783579 ttagtgatgttgaataaatatttgaacgacgccattatttaatggtattgttggatcatttccttccgatctttctctg 51783501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University