View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9133_low_7 (Length: 614)

Name: NF9133_low_7
Description: NF9133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9133_low_7
NF9133_low_7
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (14-596)||(30748531-30749113)
chr5 (14-574)||(29871074-29871634)
chr5 (14-574)||(30339180-30339740)
chr5 (18-570)||(30434714-30435266)
chr5 (14-574)||(30482292-30482852)
chr5 (14-597)||(30677800-30678386)
chr5 (14-574)||(30243027-30243587)
chr5 (18-574)||(30398957-30399513)
chr5 (14-574)||(30059245-30059805)
chr5 (14-569)||(29852187-29852742)
chr5 (150-574)||(30714089-30714513)
chr5 (98-471)||(4380630-4381003)
chr5 (15-569)||(30205399-30205956)
chr5 (339-574)||(17418824-17419059)
chr5 (15-272)||(29709866-29710123)
chr5 (114-572)||(30474363-30474818)
chr5 (23-256)||(30203047-30203280)
chr5 (112-183)||(30429934-30430005)
chr5 (211-360)||(17982005-17982152)
chr5 (528-561)||(30522299-30522332)
chr5 (528-561)||(30562639-30562672)
chr5 (293-347)||(30203318-30203372)
chr5 (531-564)||(30430351-30430384)
chr5 (115-183)||(30396157-30396225)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (17-574)||(20297258-20297818)
chr4 (233-360)||(13615711-13615838)
chr4 (297-344)||(52351128-52351175)
chr4 (15-68)||(20303720-20303773)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-555)||(26706220-26706761)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (47-360)||(7098336-7098649)
chr1 (156-360)||(7582597-7582801)
chr1 (452-576)||(7098738-7098862)
chr1 (515-565)||(7582395-7582445)
chr1 (15-73)||(7582884-7582942)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 596
Target Start/End: Original strand, 30748531 - 30749113
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||| || |||    
T  30748531 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaaggta 30748630  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |    | || ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||  |||   ||    
T  30748631 gagattgacctcagtaactcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatcccagatatcca 30748730  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  || |||   |||| |||| ||||||||||||||    
T  30748731 acttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataatccctctatgtttggtagggattttaagttgagttcctctagagatgggaaaac 30748830  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||       |||||||||||||||||||||    
T  30748831 gctcacctccataccatactcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcataccatataatcttagtttttttagagatggtagtttaccaagt 30748930  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748931 aacggaagccgcacaattttgttgcaaatctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 30749030  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactgaccgtagattccttcttgtat 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  30749031 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagattcctccttgtat 30749113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 574
Target Start/End: Original strand, 29871074 - 29871634
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| | ||||||||||| ||| |||    
T  29871074 cagagatagaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcaccgtcacttagggcaagctgagtaagaccacaaaaggta 29871173  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   ||   ||    
T  29871174 gagattgacctcagtaactcattgttacatggatcggcaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcatttccaaatatcca 29871273  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||  |  | |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  29871274 aactagaaagacaaggaaacatctcccctctttcaactttcaataaaccctctatgtttggtaacttatataatacgagttcctccagagatgggaaaat 29871373  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||       |||||||||||||||||||||    
T  29871374 cctcacctccataccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataattccagtttttttagagatggtagtttaccaagt 29871473  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871474 aacggaagccgcacaatcttgttgcaatcctcaagtttaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 29871573  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  29871574 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctcagcact 29871634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 30339740 - 30339180
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |  || | |||| | |||||||||||| || |||    
T  30339740 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcaccttcatataagataagctgagtaagaccacggaaggta 30339641  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    ||||||||    
T  30339640 gagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcaataggagattgtca 30339541  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  30339540 agttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaggcgttgtaagtagagtacctccagagatgggaaaac 30339441  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| | | ||       |||||||||||||||||||||    
T  30339440 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcatacgatatactctaagattttttagagatggtagtttaccaagt 30339341  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30339340 aactgaagcagcacaattttgttgcaattccaaagattaagagaaattaaattactaagaaggcttatccaacttggtaacgataatccttcatagaaat 30339241  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  30339240 ttactgtcaaggaattgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagcacttgctcagcact 30339180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 570
Target Start/End: Original strand, 30434714 - 30435266
Alignment:
Q  18 gattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagtagaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||| || |||||||    
T  30434714 gattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaaggtagaga 30434813  T
Q  118 ttgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaaatt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |  |||   |||| |    
T  30434814 ttgacctcagtaactcattgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatatccaaact 30434913  T
Q  218 agaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaaccctc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  30434914 agaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaattcgagtacctccaaagatgggaaagccctc 30435013  T
Q  318 acctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaacg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| | | ||       ||||||||||||||||||| |||||    
T  30435014 acctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcataccatatactctaagtttttttagagatggtagtttaccaaataacg 30435113  T
Q  418 gaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttat 517  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  30435114 gaagccgcacaattttgttgcaatccccaagtttaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccgtcatagcaatttat 30435213  T
Q  518 tgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcag 570  Q
       |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  30435214 atccaagcacttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtaattgctcag 30435266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 574
Target Start/End: Original strand, 30482292 - 30482852
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| | |||||||||||| || |||    
T  30482292 cagatattgaagacaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcaccctccattagggtaagctgagtaagaccacggaaggta 30482391  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||| |    ||||  ||    
T  30482392 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtccaagtttatggcaatatgagatttcca 30482491  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||   |||  ||  ||||||| |||||||    
T  30482492 agtaagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtatcgtaaatggagatccatcagagatcggaaaac 30482591  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||       |||||||||||||||||||||    
T  30482592 catcacctccacaccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataattccagtttttttagagatggtagtttaccaagt 30482691  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  30482692 aacggaagccgcacaattttgttgcaattccgaagttcaagagaaattaaattactaagaaggcttatccaacttggtaacgataacccttcattgtaat 30482791  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30482792 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagctcttcaagtacttgctcagcact 30482852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 30678386 - 30677800
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||  ||  ||||| ||| | |||||||||||| || |||    
T  30678386 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccgaaaccgttatatagggaaagctgagtaagaccacggaaggta 30678287  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaat---tttagggca-ttccatgatt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    |  | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||| ||||| |||     
T  30678286 gagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggcagtccaagcagtttagggcaattcca-gata 30678188  T
Q  210 gtcaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatggga 309  Q
      |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    | ||||| ||||  ||||||||||||||    
T  30678187 tccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtagagaatctaataagagtttctccagagatggga 30678088  T
Q  310 aaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttacc 409  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||       |||||||||||||||||    
T  30678087 aaaccctcaccttcataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcatacgagataatctcagtctttttagagatggtagtttacc 30677988  T
Q  410 aagtaacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatag 509  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30677987 acgtaacggaagccgcacaattttgttgcattcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatctttcatag 30677888  T
Q  510 taatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactgaccgtagattccttcttgtatc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  30677887 taatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggtttaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagattcctccttgtatc 30677800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 30243587 - 30243027
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||   | ||||  |||| | |||||||||||| || |||    
T  30243587 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccgaaaccgtgaattagtttaagctgagtaagaccacggaaggta 30243488  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |  |||   ||    
T  30243487 gagattgacctcagtaactcattgttacattcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatatcca 30243388  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  30243387 aactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtagacaagataattggagtacctctagagatgggaaaac 30243288  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||       ||| |||||||||||||||||    
T  30243287 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatttcgaataattccagtttttttagatatggtagtttaccaagt 30243188  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||     
T  30243187 aacggaagccgcacaattttgttgcaattccgaagttcaagagaaattaaattactaagaagaattatccaacttggtaaggataatccctcatagaaac 30243088  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243087 ttattttcaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 30243027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 574
Target Start/End: Original strand, 30398957 - 30399513
Alignment:
Q  18 gattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagtagaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||   |  ||||| ||| |||||||||||||| || |||||||    
T  30398957 gattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattcctctaccgtaatctagggaaagctcagtaagaccacggaaggtagaga 30399056  T
Q  118 ttgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaaatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||  |  ||||| |||| |     
T  30399057 ttgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatggcactccaagtttagggcaagctgtgattctcaactc 30399156  T
Q  218 agaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaaccctc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||   |||| |||||||||||||||||||||||    
T  30399157 agaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaggcatagtaaatggagttcctccagagatgggaaaaccctc 30399256  T
Q  318 acctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaacg 417  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||| ||||||||||||| ||||     
T  30399257 acctccacaccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataattccagtttttttagagacggtagtttaccaattaact 30399356  T
Q  418 gaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttat 517  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  30399357 gaagtcgcacaactttcttgcaattcccaagttcaagagaaactaaattactaagaataattatccaacttggtaatgataatccgtcatagtaatttat 30399456  T
Q  518 tgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  30399457 tttcaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcacttcgagtacttgctgagcact 30399513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 14 - 574
Target Start/End: Original strand, 30059245 - 30059805
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||| | |||||||||||| || |||    
T  30059245 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcacccccatttacgaaaagctgagtaagaccacggaaggta 30059344  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |    |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||   |||   ||    
T  30059345 gagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttacggcattcagagatatcca 30059444  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |  | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30059445 acttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaaccctctatgtttggtaactgatataatacgagttcctccagagatgggaaaac 30059544  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||       | |||||||||| ||||||||    
T  30059545 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataattccaggttttttaaagatggtagtataccaagt 30059644  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||| |||||||||||| ||| || |||  |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||     
T  30059645 aactgaagccgcacaactttcttacaacgcttaagtttaagagaaactaaattactaagaataattatccaacttggcaaggataatccctcatagaaac 30059744  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  30059745 ttattttcaagcagttgagatttgagtgaggttgaagaacttcaagtacttgctcaacact 30059805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 14 - 569
Target Start/End: Original strand, 29852187 - 29852742
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||   |  |||   ||| |  ||||||||||| || |||    
T  29852187 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattctgaaaccgtcatgtagccaaagctttgtaagaccacggaaggta 29852286  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||   ||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |    |||| |||    
T  29852287 gagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatatgagattttca 29852386  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  29852387 aattagaaagacaaggaaatatcttccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggcgttgtaatagaagtatctccagagatgggaaaac 29852486  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||||  ||        ||| |||||||||||| ||||    
T  29852487 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatctaagtatttcagattatccattttgaataataccaacttttttagatatggtagtttacaaagt 29852586  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852587 aacggaagccgcacaattttgttgcaattccgaagttcaagagaaattaaactactaagaaggcttatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 29852686  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctca 569  Q
    ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29852687 ttatgtccaagcacttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctca 29852742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 150 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 30714513 - 30714089
Alignment:
Q  150 acatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccat-gattgtcaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttcc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | || ||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30714513 acatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa-caatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttcc 30714415  T
Q  249 actttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcat 348  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||      |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714414 actttcaataaccccactatgtttcgtagacaagataattcgagtatctccagagaggggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcat 30714315  T
Q  349 ccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaag 448  Q
    ||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    |||    
T  30714314 ccaagtatttcagattattgataccatataatctcagtttttttagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttcttgcaatggagaag 30714215  T
Q  449 ttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttga 548  Q
    |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714214 tacaagagaaactaaattactaagaataattatccaacttggtaatgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttga 30714115  T
Q  549 agcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||    
T  30714114 agctcttcgagtacttgctcagcact 30714089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 98 - 471
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4381003
Alignment:
Q  98 aagaccacgaaaagtagagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttaggg 197  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  198 cattccatgattgtcaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacct 297  Q
    || | |  |||   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    | |||| |||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttccactttcaataacccctttatgtttggtagacaatataattcgagtacct 4380829  T
Q  298 ccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagaga 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| ||        |||||    
T  4380830 ccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcaaattcatcatcatccaagtatttcagattatccgtacgaaataattccaatttttttagaga 4380929  T
Q  398 tggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaa 471  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||    
T  4380930 tgttagtttaccaagtgacggaagccgcacaactttgttgcaaacacaaagtttaagagaaattaaattactaa 4381003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 569
Target Start/End: Original strand, 30205399 - 30205956
Alignment:
Q  15 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagtag 114  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| || ||| | |   ||||||||     ||||||||| |||  |||    
T  30205399 agagcttgaagacaagtaaggtttttgaacatcccgtccgggaaggatgttattcttttacctccagcgagggtaaggctgttaagaccacaaaagctag 30205498  T
Q  115 agattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaa 214  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||  |||| ||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||      ||| || ||    
T  30205499 agattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggtttttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagggcaaaaggagatggttaa 30205598  T
Q  215 attagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaacc 314  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  30205599 acgagaaagacaaggaaacatctcacctctttccactttcaataacccttctaagtttggtaggatttctaatatgagtacctccagagatgggaaaatc 30205698  T
Q  315 ctcacctccataccatcctcaga---ttcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaa 411  Q
    ||| || | |||||||| | |||   ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |   ||    ||       | |||| ||||||||||||    
T  30205699 ctcgccacaataccatcttgagattcttcatcatcatccaagtatttcaaatcattcatattatgcaaagcgagttttttcaaagattgtagtttaccaa 30205798  T
Q  412 gtaacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagta 511  Q
     | ||||||||||||||  ||| |  |||||| |||||  ||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||  | |||||     
T  30205799 atgacggaagccgcacacatttctcacaattccaaagtacaagagcaactaaattactgagaatacttatccaacttggtaagaataatctgttatagtg 30205898  T
Q  512 atttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctca 569  Q
    |   ||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  30205899 acaaattatcaacctcttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaaatagttgctca 30205956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 339 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 17419059 - 17418824
Alignment:
Q  339 tcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttgttgc 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||| |||       |||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||   || |  |    
T  17419059 tcatcatcatccaagtatttcagatttttcatgtaagataattccagtaattttagagattgtagtttaccaaatgacgaaagccgcacacagttctcac 17418960  T
Q  439 aattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttga 538  Q
    ||||   ||||  || |  || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  17418959 aattactaagtgcaacattaactaaattactaagaatacttatccaacttggtaacaatattccatcatagtaagttattttcaagcacttgagatttga 17418860  T
Q  539 gtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17418859 gtgaggttgaagcacttcaagtagttgctcagcact 17418824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 29710123 - 29709866
Alignment:
Q  15 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagtag 114  Q
    |||| ||||||| | ||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||| ||  | ||| | |   |||||||| |  ||||||||||   | ||||    
T  29710123 agagtttgaagacaggtaaggtttctgaacatcctctctaggaaggatgttactctattacctccatcaagggtaagtttggtaagaccacatgaggtag 29710024  T
Q  115 agattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaa 214  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||    |||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||| | |       ||| ||||    
T  29710023 agattgatctcagtaactcattgttacatcccgaaacatcgaggtctataagagacggaagacatgacagttcaagtttagtgaagagggcaattttcaa 29709924  T
Q  215 attagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgttt 272  Q
    | ||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  29709923 aatagaaggacaaggaaacacctcctctctttccacattcactaacccctctaagttt 29709866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 572
Target Start/End: Original strand, 30474363 - 30474818
Alignment:
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||| |||||||| |||||||   ||| ||||||||| || || || ||||    
T  30474363 gagattgatctcagtaactcattgttacatccaaatacaatgaggtctttaagggatggaaggcatggcaacacaagtttagggcaatcaataatggtca 30474462  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    |||||||||||  | | ||||| || | | ||| ||||||||| || | ||||| |||||||||  ||  || ||  | |   ||||  ||||| ||| |    
T  30474463 aattagaaagaagaaggaacatatctcttatttgcactttcaacaaacgctctaagtttcgtagtcctgctagtaacaatttttccaaggatggaaaagc 30474562  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    ||||||||| | |||||| | | ||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||| |  ||||||  ||       ||||||||||||||||| |||    
T  30474563 cctcacctctacaccatcatgatattcagcatcatccatgtattgcatattattcataccccataattcaagcttttttagagatggtagtttacctagt 30474662  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
     | | |||   |||||  || ||||||| |  ||||||||||  || |||| || ||||||     |||||  |||| ||  ||||||| |||||||||     
T  30474663 gatgaaag-aacacaa--ttattgcaatactgaagttgaagatcaactaaactattaagaaatccaatccattttggcaagcataatccgtcatagtaaa 30474759  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagca 572  Q
     |||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30474760 gtattttcaacctcttgagatttgagtgaggttgaagcatttcaagtacttgctcagca 30474818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 256
Target Start/End: Original strand, 30203047 - 30203280
Alignment:
Q  23 aagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggt-aagatcagtaagaccacgaaaagtagagattga 121  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||  || || | ||| |||   ||||||||||   ||  ||||||| ||    
T  30203047 aagacaagtaaggtttctaaacatcccctttgggaaggaggttattccttcacttct-ctcaaggtcaagggaagtaagaccatagaagctagagatcga 30203145  T
Q  122 cctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaaattagaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| ||||| | |||||||||||| ||||| || ||||||| |      |||   ||| | | ||    
T  30203146 cctcagtaactcattgttacattcatttacataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagtttagggtaaaaggcgatatccaattgaaaa 30203245  T
Q  222 agacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 256  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30203246 agacaaggaaacatctcctctctttccactttcaa 30203280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 112 - 183
Target Start/End: Original strand, 30429934 - 30430005
Alignment:
Q  112 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggca 183  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||| ||| |||||||    
T  30429934 tagagattgactccagtaactcattgttacatccatctacaatgagttctttaaaagatgaaaggcatggca 30430005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 360
Target Start/End: Original strand, 17982005 - 17982152
Alignment:
Q  211 tcaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaa 310  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| |  ||||||| ||||  ||  |  | ||||  ||||| |||||||||||||||    
T  17982005 tcaaaatagaaagacaagga--catttctcctctttccactttcaacagaccctctaagtttgataaattatttaatgtgagtatctccagagatgggaa 17982102  T
Q  311 aaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttca 360  Q
    |    ||| ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17982103 atttatcatctccacaccattttcaaattcatcatcatccaagtatttca 17982152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 528 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 30522332 - 30522299
Alignment:
Q  528 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30522332 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 30522299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 528 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 30562672 - 30562639
Alignment:
Q  528 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30562672 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 30562639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 347
Target Start/End: Original strand, 30203318 - 30203372
Alignment:
Q  293 tacctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatca 347  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  30203318 tacctccaaatatgggaaaatcctcacctccataccattgtgagattcatcatca 30203372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 564
Target Start/End: Original strand, 30430351 - 30430384
Alignment:
Q  531 agatttgagtgaggttgaagcacttcaagtactt 564  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30430351 agatttgagtgagattgaagcacttcaagtactt 30430384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 115 - 183
Target Start/End: Original strand, 30396157 - 30396225
Alignment:
Q  115 agattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggca 183  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||| |||| |  || |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  30396157 agattgacatcagtgactcatagttacgtccaactgcaaagaggtctttaacagatggaagagatggca 30396225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 20297818 - 20297258
Alignment:
Q  17 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccct---acttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  |||  | ||   |  ||||| ||| | |||||||||||| ||||||    
T  20297818 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccatctgggaaggatgttattatttcttcactgtcaagtagggaaagctgagtaagaccacggaaagta 20297719  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    |||| |||    
T  20297718 gagattgatctcagtaactcattgttacatggatcgacatcgagggatttaagagatggaagacatggcattccaagtttagggcatttggagattttca 20297619  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  20297618 acttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgttttgtagacaaaataagtcgagtacctccagagatgggaaaac 20297519  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||       ||||||||||||||||||| |    
T  20297518 cctcacctccctaccatcccgagattcatcatcatccaagtatttcagattatacataccagatattgtcagtttttttagagatggtagtttaccaatt 20297419  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
T  20297418 aacggaagctgcacaatttcgttgcaattctcaagttcaaaagaaactaaattactaagaataattatccaacttggtaaccacaatccatcatagcaat 20297319  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 574  Q
    |||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  20297318 ttatttccaagcacttgagatttgactgaggttgaagcacttcgagtactttctcagcact 20297258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 233 - 360
Target Start/End: Original strand, 13615711 - 13615838
Alignment:
Q  233 catctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcc 332  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||  |||| |||| ||| ||||| || ||  ||| ||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||      
T  13615711 catctcctctctttccacttttaacaacctatctaagtttggtaagtcttctattattagttcctccagagatgggaaaattctcatctccacaccattt 13615810  T
Q  333 tcagattcatcatcatccaagtatttca 360  Q
    ||| ||||||| |||| ||||| |||||    
T  13615811 tcaaattcatcctcattcaagtgtttca 13615838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 344
Target Start/End: Original strand, 52351128 - 52351175
Alignment:
Q  297 tccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatca 344  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||    
T  52351128 tccagagatgggaaaaccctcacccccacaccatcgtgagattcatca 52351175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 20303773 - 20303720
Alignment:
Q  15 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttatt 68  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  20303773 agagtttgaagacaagtaaggtttatgaacatccccttttggaaggatgttatt 20303720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 14 - 555
Target Start/End: Original strand, 26706220 - 26706761
Alignment:
Q  14 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  26706220 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttattccttcgccgttatatagggtaagctcagtaagaccacgaaaggta 26706319  T
Q  114 gagattgacctcagtaactcattgttacatccatcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtca 213  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||| |     |||||||    
T  26706320 gggattgacctcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcctagcttagggcaatagtatattgtca 26706419  T
Q  214 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaac 313  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || | |||   |||||||| |||||||||||||||    
T  26706420 aacgagaaagacaaggaaacacctttcctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaactcatataagtggagtaccttcagagatgggaaaac 26706519  T
Q  314 cctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataatttcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagt 413  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||       |||||||||||||||||||||    
T  26706520 cctcacctccatgccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattaaccatagaagataattccagtttttctagagatggtagtttaccaagt 26706619  T
Q  414 aacggaagccgcacaattttgttgcaattcgaaagttgaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaat 513  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| || ||||| |    
T  26706620 aacggaagccgcacaaatttcttgcaatccccaagttcaagagaaactaaattactaagaatacttacccaacttggtaatgataatccgtcgtagtact 26706719  T
Q  514 ttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcactt 555  Q
    |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706720 ttatttccaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcactt 26706761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 47 - 360
Target Start/End: Original strand, 7098336 - 7098649
Alignment:
Q  47 ctcctctgggaaggatgttattccttcacccctacttagggtaagatcagtaagaccacgaaaagtagagattgacctcagtaactcattgttacatcca 146  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||    |||||||||  |||  ||||||||||| |||| | || ||| |||||| ||    
T  7098336 ctcctttgggaaggatgttattccttcacctctataaagggtaagggtggtaagaccataaaagctagagattgacttcagcatcttattattacattca 7098435  T
Q  147 tcgacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaaattagaaagacaaggaaacatctcccctcttt 246  Q
    || |||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||| |    ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  7098436 tctacatagaggtctctaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttccaaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctcttt 7098535  T
Q  247 ccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatc 346  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||| | |   |  |||| | ||||  ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||  | | |||||| |||    
T  7098536 ccactttcaacagtccctctaagtttggcatcccgcgtaacaagagtgtctctagagatgggaaaatccttacctccataccattgtgaaattcattatc 7098635  T
Q  347 atccaagtatttca 360  Q
    ||||||||||||||    
T  7098636 atccaagtatttca 7098649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 156 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 7582801 - 7582597
Alignment:
Q  156 aggtctttaagagatggaagacatggcagttcaattttagggcattccatgattgtcaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttca 255  Q
    |||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||| |   ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  7582801 aggtctttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcctttttttccactttca 7582702  T
Q  256 ataacccctctatgtttcgtaggtcttgtaatacgagtacctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagta 355  Q
    | |||||||||| |||| ||| ||| |  | ||  |||||||| |||||||||||||  ||||| |||| |||||  | | |||||||||||||||||||    
T  7582701 acaacccctctaagtttggtaagtcatcaattataagtacctcaagagatgggaaaattctcacttccaaaccattgtgaaattcatcatcatccaagta 7582602  T
Q  356 tttca 360  Q
    |||||    
T  7582601 tttca 7582597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 452 - 576
Target Start/End: Original strand, 7098738 - 7098862
Alignment:
Q  452 aagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagc 551  Q
    ||||| || ||||||||||||| |  | ||||||||||| ||  |||||||||  ||  ||| |||| ||||||  ||||||||||  ||||||||||||    
T  7098738 aagagtaactaaattactaagagttctgatccaacttggaaagcataatccttggtaagaatgtattttcaagctcttgagatttgtatgaggttgaagc 7098837  T
Q  552 acttcaagtacttgctcagcactga 576  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||    
T  7098838 acttcaattacttgatcatcactga 7098862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 515 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 7582445 - 7582395
Alignment:
Q  515 tattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttg 565  Q
    |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7582445 tattttcaagctcttgagatttgtgtgaggttgaagcacttcaagtacttg 7582395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 7582942 - 7582884
Alignment:
Q  15 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattccttc 73  Q
    |||||||| ||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7582942 agagattggagacaagtaaggtttccaaacatctcctttgggaaggatgttattccttc 7582884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University