View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9135_low_1 (Length: 1079)
Name: NF9135_low_1
Description: NF9135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9135_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 491 - 1067
Target Start/End: Complemental strand, 43170799 - 43170224
Alignment:
| Q |
491 |
gcaagtcttaaatcaaaacatgatcaaacataaaacgtggtaaatttgtagggacgaaaagtaaaacaaatatttttagagacttaaacaaaaagttgta |
590 |
Q |
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| T |
43170799 |
gcaagtcttaaatcaaaacatgatcaaacataaaacgtggtaaatttgtagggacgaaaagtaaaacaaatatttttagagacttaaacaaaatgttgta |
43170700 |
T |
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| Q |
591 |
tatttgaagtactacatacaaatttctttattttaatttcaattttgcatgttttttgatgtct--gtgaaaatgattttgcagagttgtgagataactt |
688 |
Q |
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| T |
43170699 |
tatttgaagtactacatacaaattt-tttattttaatttcaattttgcatgttttttgatgtgtttgtgaaaatgattttgcagagttgtgagataactt |
43170601 |
T |
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| Q |
689 |
tgaatgccacagatatcttggaatgtttccccttgaatttattagactggggtagaactggtgtcctttccatagcactcaatgatacagttgttctttg |
788 |
Q |
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| T |
43170600 |
tgaatgccacagatatcttggaatgtttccccttgaatttattagattggggtagaactggtgtcctttccatagcactcaatgatatagttgttctttg |
43170501 |
T |
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| Q |
789 |
tagtgattccgatggtttctatgattctgttgctctccctacaacgctggaagatggtcctatcacaagtgttagctgggagccagatggacacatttaa |
888 |
Q |
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| T |
43170500 |
tagtgattccgatggtttctatgattctgttgctctccctacaacgctggaagatggtcctatcacaagtgttagctggcagccagatggacacatttta |
43170401 |
T |
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| Q |
889 |
gccattggtttcatgaattccattgtccagctctgggatacatctactatgacacgggtaaatgctgctcgtgttctttgtattgtttttaaacttgaaa |
988 |
Q |
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| T |
43170400 |
gccattggtttgatgaattccattgtccagctctgggatacatctactatgacacgggtaaa--ctgcttgtgttctttgtattgtttttaaacttgaaa |
43170303 |
T |
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| Q |
989 |
ttgttctctactctcatgtttgtgtggttttattttggtcactgctgcagattagtacatggagtgtcggacacaggtt |
1067 |
Q |
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|
| T |
43170302 |
tttttctctattctcatgtttgtgtggttttattttggtcactgctgcagattagtacatggagtgtcggacacaggtt |
43170224 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 491 - 1064
Target Start/End: Original strand, 43217537 - 43218109
Alignment:
| Q |
491 |
gcaagtcttaaatcaaaacatgatcaaacataaaacgtggtaaatttgtagggacgaaaagtaaaacaaatatttttagagacttaaacaaaaagttgta |
590 |
Q |
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| T |
43217537 |
gcaagtcttaaatcaaaacatgatcaaacataaaacatggtaaatttgtaaggacgaaaagtaaaacaaatatttttagagacttaaacaaaaagttgtg |
43217636 |
T |
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| Q |
591 |
tatttgaagtactacatacaaatttctttattttaatttcaattttgcatgttttttgatgtct--gtgaaaatgattttgcagagttgtgagataactt |
688 |
Q |
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| T |
43217637 |
tatttgaagtactacatacaaattt-tttattttaatttcaattttgcatgttttttgatgtgtttgtgaaaatgattttgcagagttgtgagataactt |
43217735 |
T |
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| Q |
689 |
tgaatgccacagatatcttggaatgtttccccttgaatttattagactggggtagaactggtgtcctttccatagcactcaatgatacagttgttctttg |
788 |
Q |
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| T |
43217736 |
tgaatgccacagatatcttggaatgtttccccttgaatttattagattggggtagaactggtgtcctttccatagcactcaatgatattgttgttctttg |
43217835 |
T |
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| Q |
789 |
tagtgattccgatggtttctatgattctgttgctctccctacaacgctggaagatggtcctatcacaagtgttagctgggagccagatggacacatttaa |
888 |
Q |
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| T |
43217836 |
tagtgattccgatggtttctatgattctgttgctctccctacaacgctggaagatggtcctatcacaagtgttagctggcagccagatggacacatttta |
43217935 |
T |
|
| Q |
889 |
gccattggtttcatgaattccattgtccagctctgggatacatctactatgacacgggtaaatgctgctcgtgttctttgtattgtttttaaacttgaaa |
988 |
Q |
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|
| T |
43217936 |
gccattggtttgatgaattccattgtccagctctgggatacatctactatgacacgggtaaa--ctgcttgtgttctttgtattgtttttaaacttgaaa |
43218033 |
T |
|
| Q |
989 |
ttgttctctactctcatgtttgtgtggttttattttggtcactgctgcagattagtacatggagtgtcggacacag |
1064 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43218034 |
ttgttctctattctcatgtttgtgtggttttattttggtcactgctgcagattagtacatggagtgtcggacacag |
43218109 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 43171271 - 43170848
Alignment:
| Q |
19 |
agtagatgtattgattgcgtgtgttgtactccaccacccccaggctcttgctgcagcaagtgttgtgcttctccaattcaaactaagaccattgctcaat |
118 |
Q |
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|
| T |
43171271 |
agtagatgtattgattgcgtgtattgtactccaccacccccaggctcttgctgcagcaagtgttgtgcttctccaattcaaactaagaccattgctcaat |
43171172 |
T |
|
| Q |
119 |
ctccatagtagggaaattataacaccatttataaagttcttaattatatcttttagcatttatcttttttagaataagatgattctcttaagtttctgat |
218 |
Q |
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| T |
43171171 |
ctccatagtagggaaattataacaccatatataaagttcttaattatatcttttaggatttatcttttttagaataagatgagtctcttatgtttctgat |
43171072 |
T |
|
| Q |
219 |
gtaatttcatatatgtataagaatgattatcataatgttatcaaagtaattgccacttatatcatcaaggactgaacaataagataattggttctaaaaa |
318 |
Q |
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| T |
43171071 |
gtaatttcatatatgtataagaatgattatcataatgttatcaaagtaattgccacttatatcatcaaggactgaacaataagataattggttctaaaaa |
43170972 |
T |
|
| Q |
319 |
gttataaactggtgaatgaggtgttaatgattcaatttgggtcggttttaattaaggttgaaagtaaggagagcattcagaacccatgatagagtttggt |
418 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43170971 |
gttataaactggtgaatgaggtgttaatgattcaatttgggtcggttttaattaaggttgaaagtaaggagagcattcagaacccatgatagagtttggt |
43170872 |
T |
|
| Q |
419 |
tggtaatgtagtcatcatccaatc |
442 |
Q |
| |
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| T |
43170871 |
tggtaatgtagtcatcatccaatc |
43170848 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 43161111 - 43161017
Alignment:
| Q |
37 |
gtgtgttgtactccaccacccccaggctcttgctgcagcaagtgttgtgcttctccaattcaaactaagaccattgctcaatctccatagtagggaaa |
134 |
Q |
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| T |
43161111 |
gtgtgttgcagtccaccacccctaggctcttgctgca---agtgttgtgcttctccaattcaaactcagaccataggtcaatctccatagtagggaaa |
43161017 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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