View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9138_low_1 (Length: 905)

Name: NF9138_low_1
Description: NF9138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9138_low_1
NF9138_low_1
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (13-887)||(32183256-32184123)
chr2 (308-887)||(32158955-32159534)
chr2 (298-887)||(32175238-32175821)
chr2 (298-756)||(32178495-32178959)
chr2 (349-887)||(32111549-32112090)
chr2 (413-887)||(32119592-32120066)
chr2 (378-887)||(32205095-32205604)
chr2 (533-887)||(32210971-32211325)
chr2 (349-557)||(32534486-32534696)
chr2 (144-256)||(4880582-4880690)
chr2 (99-145)||(21659131-21659177)
chr2 (141-208)||(20262616-20262682)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (143-256)||(51702290-51702405)
chr4 (163-256)||(8069743-8069837)
chr4 (143-231)||(26070895-26070981)
chr4 (143-256)||(42912555-42912664)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (159-252)||(2199653-2199747)
chr8 (143-273)||(26130272-26130401)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (145-256)||(26285876-26285986)
chr7 (108-146)||(32864408-32864446)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (46-145)||(12658554-12658654)
chr5 (99-145)||(35247748-35247794)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (159-244)||(51925708-51925793)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (143-243)||(24886774-24886873)
chr1 (167-256)||(27292133-27292223)
chr1 (95-137)||(32839149-32839191)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 32184123 - 32183256
Alignment:
Q  13 attatactctacggagttcctggaccttggatcgt------gttggcagatgattcatatgcctacttgatactctgaacacccactttgtgttttttgc 106  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  32184123 attatactttacggagttgctggaccttggatcgtttctgtgttgacagatgattcatatgcctacttgatactctgaacactcactctgcgttttttgc 32184024  T
Q  107 gattcggtttcgcatccatacgtgggtgcgctgaattgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  32184023 gattcggtttcgcatccatacgtgggtgcgctgaattgttgtttagagttgctttttattt--cacttgtgtaccgatttgatgtatcacccgttagggt 32183926  T
Q  206 ttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcccccagtcttgtacttcttattttatttgaatttttctttagttttnnnnnnnnnn---cttcatt 302  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||             |||||||    
T  32183925 ttcagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcccccattcttgtacttcttattttatttgaatttttctttagctttaaaaaaaaaaaaacttcatt 32183826  T
Q  303 gcagccaataatttttgcagaatatatcagtcagctgatctagaaattcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgataccaa 402  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32183825 gcagccaataacttttgcagaatatatcagtcagctgatctagaaattcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgataccaa 32183726  T
Q  403 gctacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggacttcac 502  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||    
T  32183725 gccacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctc---------------ctacaattttttcaagctggacttcac 32183641  T
Q  503 catctttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagcctatctag 602  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32183640 catctttttcgccaatcctccgcacagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagcctatctag 32183541  T
Q  603 ggactaaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtgagtga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32183540 ggactaaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtgagtga 32183441  T
Q  703 tgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgtcagaa 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32183440 tgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgtcagaa 32183341  T
Q  803 ataagatcctatgagctgacttttcacaagaaacacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 887  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32183340 ataagatcctatgagctgacttttcacaagaagcacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 32183256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 308 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 32159534 - 32158955
Alignment:
Q  308 caataatttttgcagaatatatcagtcagctgatctagaaattcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgataccaagctac 407  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32159534 caataatttttgcagactatatcagtcagctgatctagaattccaaccgtctgtccttcatcaacgatcgagatctcaacaatgttcgataccaagccac 32159435  T
Q  408 ttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggacttcaccatct 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32159434 ttgtgtctgcaatggcctcaattgtgttcatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggaattcaccatct 32159335  T
Q  508 ttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagcctatctagggact 607  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  32159334 ttttcgccaatcctccgcacaattcaccatactcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgaggctgcacaagcctatctaggaact 32159235  T
Q  608 aaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtgagtgatgttt 707  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32159234 aaagcaactgtctcagcagacagagttaaggtaagcaaatctgaggatcataaagagcttgcattcaatattgatagaaatgaagaagtgagtgatgttt 32159135  T
Q  708 tcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgtcagaaataag 807  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||  | ||| ||  ||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||    
T  32159134 ttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgtcagaaataag 32159035  T
Q  808 atcctatgagctgacttttcacaagaaacacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 887  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32159034 atcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 32158955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 298 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 32175821 - 32175238
Alignment:
Q  298 tcattgcagccaataatttttgcagaatatatcagtcagctgatctagaaattcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgat 397  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    |||||||| ||| |||||||||    
T  32175821 tcattgtagccaataattttttcagaccatatcagtcagctgatctagaatttcaaacatctgatcttcatcaac---cgagatcttaacgatgttcgat 32175725  T
Q  398 accaagctacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggac 497  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  32175724 accaagccacttgtgtctgcaatggcctcaattgtgctaatgcgaaccatcacaaatgagcttattcctcatgagctcctacacatttttcaagctggac 32175625  T
Q  498 ttcaccatctttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagccta 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32175624 ttcaccatctttttcgccaatcctccgcacaattcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgaggctgcacaagccta 32175525  T
Q  598 tctagggactaaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtg 697  Q
    |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32175524 tctagggactaaagcaactgtcgcagcagaaagagttaaggtaggcaaatctgaggatcataaagagattgcattcaatattgatagaaatgaagaagtg 32175425  T
Q  698 agtgatgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgt 797  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    || | ||    
T  32175424 agtgatgtttttggaggtgttagtgtaaagtggaaactaatttgcatacaagtggactcttcgcggattcgaagttatgataatgactca---gccgagt 32175328  T
Q  798 cagaaataagatcctatgagctgacttttcacaagaaacacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 887  Q
    ||||| ||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32175327 cagaattaagatcatatgagctaagttttcacaataaacacaaaaacaagatcattgattcatattttccttatgtgatggagatagcta 32175238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 298 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 32178959 - 32178495
Alignment:
Q  298 tcattgcagccaataatttttgcagaatatatcagtcagctgatctagaaattcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgat 397  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32178959 tcatttcagccaataatttttgcagaccatatcagtcagctgatctagaatttcaaccgtctgatcttcatcaacgatcgagatctcaacaatgttcgat 32178860  T
Q  398 accaagctacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggac 497  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32178859 acgaagccacttgtgtctgcaatggcctcaattgtactaatacgaaccatcatgaatgagctcattcctcatgagctcctacacttttttcaagctggac 32178760  T
Q  498 ttcaccatctttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagccta 597  Q
    || | |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  32178759 ttgatcatctttttcgccaatcctccgcgcaattcaccatagtcattgaagaatatcgaggaatggcaagaaaccaagtttttgaggctgcacaagctta 32178660  T
Q  598 tc-------tagggactaaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatga 690  Q
    ||       ||||||||||||||| |||| | | ||  |||||||| ||| ||||||||| ||| | |||||||  | |||||||||| |||||||||||    
T  32178659 tctagggagtagggactaaagcaaatgtcgcagcag--agagttaaggtacgcaaatctgaggatcataaagagagtgcattcaatattgatagaaatga 32178562  T
Q  691 agaagtgagtgatg-ttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactc 756  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  32178561 agaagtgagtgatgttttttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactc 32178495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 349 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 32112090 - 32111549
Alignment:
Q  349 ttcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgatacca---agctacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaacc 445  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| ||   ||| | || | |||||| |||||||||||  ||||||||||||     
T  32112090 ttcaatcgtctgatcttcatcaatgacagtgatctcaacaatgtttgatagcagcaagccagttttatctgcagtggcctcaattgcgctaatgcgaact 32111991  T
Q  446 atcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggacttcaccatctttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattg 545  Q
     |||||||||| |||||||||| |||  ||||| | ||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| |  |||| | ||||||||| ||||||    
T  32111990 gtcacgaatgaactcattcctcgtgaagtcctaaactttgttcaatcgggacttcaccatgtttttcgccaattcaacgcacaattcaccatagtcattg 32111891  T
Q  546 aagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagcctatctagggactaaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaa 645  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||    
T  32111890 aagaatttcaagggatgacaagaaaccaagtttttgaggcagcagaagcctatctaggaactaaagcaactgtctcagcagaaagagttaaagcaaccaa 32111791  T
Q  646 atctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtgagtgatgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcata 745  Q
    ||||  ||| | |||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32111790 atctatggaacataaaaagctctcattcaatctagatagagatgaagaagtgagtgatgtttttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgcata 32111691  T
Q  746 gaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgtcagaaataagatcctatgagctgacttttcacaagaaacacaaagaca 845  Q
     |||| ||||| ||  |  |||||  ||  |||   | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  32111690 caagtcgactcatcaagagttcgacattttgataggggctcctcgcctgtgtcagaaataagatcatatgagctaacttttcacaagaaacacaaaaaca 32111591  T
Q  846 agatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32111590 agatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 32111549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 413 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 32120066 - 32119592
Alignment:
Q  413 tctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggacttcaccatctttttc 512  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||| ||||| | ||||||  ||||||||||     
T  32120066 tctgcagtggcctcaattatgctaatgcaaacggtcgcgaatgaactcattcctcgtgaactcctaaactttgttcaatcgggacttagccatctttttt 32119967  T
Q  513 gccaatcctccgcatagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagcctatctagggactaaagc 612  Q
    |||||||| || ||   |||||| || || ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  32119966 gccaatcccccacacgattcaccgtagtcgttgaagaatttcaagggatgagaagaaaccatgtttttgaggctgcagaagcctatctaggaactaaagc 32119867  T
Q  613 aactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtgagtgatgttttcgaa 712  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||  || | |||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32119866 aactgtctcagtagaaagagttaaagcaggcaaatctgaagatcataaaaagcttgaattcaatattgatagaaatgaagaagtgagtgatgtttttgaa 32119767  T
Q  713 ggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgtcagaaataagatcct 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   ||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  32119766 ggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatacaggtagacaagtcgcggattcgaagttacagtgatgactcctcagccgtgtcagaaataagatcct 32119667  T
Q  813 atgagctgacttttcacaagaaacacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 887  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32119666 atgagctaacttttcacaagaaacacaagaacaagattttcgattcatatttgccttatgtgattgagatagcta 32119592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 378 - 887
Target Start/End: Original strand, 32205095 - 32205604
Alignment:
Q  378 agatctcaacaatgttcgataccaagctacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaaccatcacgaatgagctcattcctcatgagctcct 477  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||  |||| | || ||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||| |||||  |||||||||||||  ||||    
T  32205095 agatcgcaacaatgtttgatagcaagacacttttatcggcaatggcctctattgtgctagtgcgaaacatcacaaatgaagtcattcctcatgaaatcct 32205194  T
Q  478 acaattttttcaagctggacttcaccatctttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtt 577  Q
    | | ||| | ||| | |||||||||||| ||| |||||||| ||| ||  | || |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32205195 aaactttgtacaatcgggacttcaccatttttgtcgccaattctcagcgcaatttaccatagttattgaagaatttcaagggatggcaaaaaaccaagtt 32205294  T
Q  578 tttgatgctgcacaagcctatctagggactaaagcaactgtctcggtagaaagagttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaata 677  Q
    ||||| |||||  || |||||||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||   || | |||| |||||||||||||||    
T  32205295 tttgaggctgctgaaacctatctaggaactaaagcaacagtctcaacagaaagagttaaagtaagcaaatctcatgatcataaaaagctttcattcaata 32205394  T
Q  678 tagatagaaatgaagaagtgagtgatgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacga 777  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||  ||    || || ||||||  | | ||    
T  32205395 ttgatagaggtgaagaagtgagtgatgattttgaaggtattagagtaaagtggaaattaatatgcatacaagaagatggatcacgaattcgacataatga 32205494  T
Q  778 tgatg-actcctcggctgtgtcagaaataagatcctatgagctgacttttcacaagaaacacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgat 876  Q
    | ||| || ||||  |  |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32205495 t-atgtacgcctcatccatgtcagaaattagatcctatgaactaacttttcacaagaaacacaagaacaagatcatcgattcatatttgccttatgtgat 32205593  T
Q  877 ggagatagcta 887  Q
    |||||| ||||    
T  32205594 ggagatggcta 32205604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 533 - 887
Target Start/End: Original strand, 32210971 - 32211325
Alignment:
Q  533 accataatcattgaagaatttcaagggatggcaagaaaccaagtttttgatgctgcacaagcctatctagggactaaagcaactgtctcggtagaaagag 632  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||  || |||||||||| ||||||||||| |||||   ||||||||    
T  32210971 accatagtcattgaagaatttcaagggatggcaaaaaaccaagtatttgaggctgctgaaacctatctaggaactaaagcaacagtctcaacagaaagag 32211070  T
Q  633 ttaaagtaagcaaatctggggaccgtaaagagctttcattcaatatagatagaaatgaagaagtgagtgatgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaa 732  Q
    |||||| ||||||||||   || |  ||  | |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||    
T  32211071 ttaaagcaagcaaatctcatgatcacaagaaactttcattcaatattgatagaggtgaagaagtgagtgatgattttgaaggtattacagtaaagtggaa 32211170  T
Q  733 actaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatg-actcctcggctgtgtcagaaataagatcctatgagctgacttttcacaa 831  Q
    | |||| |||||| |||  ||    || || ||||||  | | ||| ||| || ||||  | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  32211171 attaatatgcatacaagaagatggatcacgaattcgacataatgat-atgtacacctcatccgtgtcagaaattagatcctatgaactaacttttcacaa 32211269  T
Q  832 gaaacacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagcta 887  Q
    |||||||||  ||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32211270 gaaacacaagaacacgatcttcgattcatatttcccttatgtgatggagatagcta 32211325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 349 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 32534696 - 32534486
Alignment:
Q  349 ttcaaacgtctgatcttcatcaatgatcgagatctcaacaatgttcgatacca---agctacttgtgtctgcaatggcctcaattatgctaatgcgaacc 445  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||| |||| ||   ||| |||| | |||||| | ||||||||| ||||||||  ||||    
T  32534696 ttcaatcgtctgatcttcatcaacgacaatgatctcaacaatgtttgatagcatcaagccacttttatctgcagtagcctcaattgtgctaatgtaaacc 32534597  T
Q  446 atcacgaatgagctcattcctcatgagctcctacaattttttcaagctggacttcaccatctttttcgccaatcctccgcatagttcaccataatcattg 545  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||| ||||| | |||||||||||||||| |||| ||| ||| ||  | ||||||||| || |||    
T  32534596 atcacgaatgaactcattccccatgagctcctaaactttgttcaatc-ggacttcaccatctttgtcgctaattctcagcgcaattcaccatagtcgttg 32534498  T
Q  546 aagaatttcaag 557  Q
    ||||||||||||    
T  32534497 aagaatttcaag 32534486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 144 - 256
Target Start/End: Original strand, 4880582 - 4880690
Alignment:
Q  144 gttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcccc 242  Q
    |||||||| |||||  |||| ||||||||||||  ||| | ||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  4880582 gttgtttaaagttg--ttttctttaccacttgt--actaacttgttgtatcacccgttaaggtttgaggttgtggttttacgagtcaggttcatg-cccc 4880676  T
Q  243 cagtcttgtacttc 256  Q
    || |||||||||||    
T  4880677 caatcttgtacttc 4880690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 99 - 145
Target Start/End: Original strand, 21659131 - 21659177
Alignment:
Q  99 ttttttgcgattcggtttcgcatccatacgtgggtgcgctgaattgt 145  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21659131 ttttttgcaattcgatttcgcatccatacgtgggtgcgctggattgt 21659177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20262682 - 20262616
Alignment:
Q  141 attgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcac-cgttagggtttg 208  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20262682 attgttgtttagagttg--ttttctttaccacttgtattctgatttgttgtatcactcgttagggtttg 20262616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 68; Significance: 7e-30; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 143 - 256
Target Start/End: Original strand, 51702290 - 51702405
Alignment:
Q  143 tgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcac-cgtta-gggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcc 240  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||    
T  51702290 tgttgtttagagttgttttctattcaccacttgtgtactgatttgatgtatcactcgttaggggtttgagcttgtggttttctgggtctggctcatgccc 51702389  T
Q  241 cccagtcttgtacttc 256  Q
    ||||| ||||||||||    
T  51702390 cccagccttgtacttc 51702405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 163 - 256
Target Start/End: Original strand, 8069743 - 8069837
Alignment:
Q  163 tatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcccccagtcttgtacttc 256  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8069743 tatttaccactagtgtacatatttgttgtatcacccgttagggtttgagttggtggttatccgggtcaggttcatgccccccagtcttgtacttc 8069837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 231
Target Start/End: Original strand, 26070895 - 26070981
Alignment:
Q  143 tgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtat-caccgttagggtttgagcttgtggttttatgggtcagg 231  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  26070895 tgttgtttagagttg--ttttctttaccacttgtgtactgatttgttgtatcccccgttagggtttgagtctgtgg-tttatgggtcagg 26070981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 143 - 256
Target Start/End: Original strand, 42912555 - 42912664
Alignment:
Q  143 tgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtccc 241  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  42912555 tgttgtttagagttg--ttttctttaccacttgt--actaatttgttgtataacccgttagggtttgaggttgtggttttacgggccaggttcatg-ccc 42912649  T
Q  242 ccagtcttgtacttc 256  Q
    | | |||||||||||    
T  42912650 ctaatcttgtacttc 42912664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 159 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2199747 - 2199653
Alignment:
Q  159 tttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcccccagtcttgta 252  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2199747 tttttatataccacttgtgtactgatttgctgtatcacccgttagggtttgagtttgtggttttctgggtcaggttcatgccccccagtcttgta 2199653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 273
Target Start/End: Original strand, 26130272 - 26130401
Alignment:
Q  143 tgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtccc 241  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| |||| ||| |||||||||  | ||||| | |||||||| ||||||||||    
T  26130272 tgttgtttagagttg-ttttcatttaccacttttgtactgaattgtcgtaccacccgtttgggtttgagtctatggttatctgggtcagattcatgtccc 26130370  T
Q  242 ccagtcttgtacttcttattttatttgaattt 273  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  26130371 ccagtcttgtacttcct-ttttattttaattt 26130401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 26285986 - 26285876
Alignment:
Q  145 ttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatcacc-gttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtccccc 243  Q
    |||||||||||||  |||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||| | | ||||||||||||| ||||     
T  26285986 ttgtttagagttg--ttttcttaaccacttgtgtaatgatttgttgtatcacatgttagggtttgagtctgtggttctctaggtcaggttcatgccccct 26285889  T
Q  244 agtcttgtacttc 256  Q
    | |||||||||||    
T  26285888 aatcttgtacttc 26285876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 108 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 32864446 - 32864408
Alignment:
Q  108 attcggtttcgcatccatacgtgggtgcgctgaattgtt 146  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  32864446 attcggtttcgcgtccatacgtgggtgcgctggattgtt 32864408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Original strand, 12658554 - 12658654
Alignment:
Q  46 gtgttggcagatgattcatatgcctacttga-tactctgaacacccactttgtgttttttgcgattcggtttcgcatccatacgtgggtgcgctgaattg 144  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||| | |||| |||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  12658554 gtgttggcagatgatccatacgtctactttaatactatgaacaaccactctgcattttttgcaattcggtttcgcatccatacgtggttgtgctggattg 12658653  T
Q  145 t 145  Q
    |    
T  12658654 t 12658654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 99 - 145
Target Start/End: Original strand, 35247748 - 35247794
Alignment:
Q  99 ttttttgcgattcggtttcgcatccatacgtgggtgcgctgaattgt 145  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  35247748 ttttttgcaatttggtttcgcgtccatacgtgggtgcgctggattgt 35247794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 51925793 - 51925708
Alignment:
Q  159 tttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatca-ccgttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtccccca 244  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  51925793 tttttatttaccacacttgtactgatttgttgtatcatctgttagggtttgagtctgtggttat-tgggtcaggttcatgcccccca 51925708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 243
Target Start/End: Original strand, 24886774 - 24886873
Alignment:
Q  143 tgttgtttagagttgctttttatttaccacttgtgtactgatttgatgtatca-ccgttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtccc 241  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||     |||||| | ||||||||||||||| |||    
T  24886774 tgttgtttagagttg--ttttctttaccgcttgtgttctgatttgttgtatcatccgttagggtttgtatcggtggttatctgggtcaggttcatgcccc 24886871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 27292223 - 27292133
Alignment:
Q  167 taccacttgtgtactgatttgatgtatcaccgttagggtttgagcttgtggttttatgggtcaggttcatgtcccc-cagtcttgtacttc 256  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||| |||||| || |||   |||||||||  ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  27292223 taccacttatgtgctgatttgttgtatccccgttacgggttgtttttgtggtttactgggtcaggtttatgccccctcagtcttgtacttc 27292133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 95 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 32839191 - 32839149
Alignment:
Q  95 tgtgttttttgcgattcggtttcgcatccatacgtgggtgcgc 137  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  32839191 tgtgttttttgcaattcggtttcgcatccacgcgtgggtgcgc 32839149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University