View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9143_low_3 (Length: 692)

Name: NF9143_low_3
Description: NF9143
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9143_low_3
NF9143_low_3
[»] chr3 (51 HSPs)
chr3 (17-680)||(19400339-19401002)
chr3 (53-641)||(19425339-19425927)
chr3 (54-680)||(18109052-18109678)
chr3 (55-680)||(17950445-17951070)
chr3 (53-681)||(19334621-19335249)
chr3 (19-320)||(19381863-19382164)
chr3 (30-317)||(19465326-19465612)
chr3 (19-314)||(18166132-18166427)
chr3 (19-307)||(19352375-19352663)
chr3 (35-320)||(18016992-18017277)
chr3 (30-317)||(14895130-14895417)
chr3 (405-676)||(25463667-25463938)
chr3 (17-317)||(25464023-25464323)
chr3 (30-320)||(19394119-19394409)
chr3 (405-676)||(18116582-18116853)
chr3 (30-272)||(17942972-17943214)
chr3 (30-320)||(19376592-19376882)
chr3 (17-309)||(16678191-16678483)
chr3 (19-271)||(19354734-19354986)
chr3 (17-314)||(18147806-18148103)
chr3 (30-326)||(19415148-19415444)
chr3 (17-323)||(18116935-18117241)
chr3 (17-314)||(19437934-19438231)
chr3 (17-323)||(19462159-19462465)
chr3 (405-676)||(19461804-19462077)
chr3 (30-317)||(17726277-17726564)
chr3 (30-317)||(19027506-19027793)
chr3 (441-677)||(19381509-19381745)
chr3 (107-307)||(18104329-18104529)
chr3 (405-681)||(19376234-19376510)
chr3 (414-681)||(18872999-18873266)
chr3 (30-324)||(18872618-18872912)
chr3 (414-602)||(16677901-16678089)
chr3 (405-680)||(17726649-17726924)
chr3 (414-681)||(17942566-17942833)
chr3 (405-680)||(19027878-19028153)
chr3 (50-323)||(19456264-19456537)
chr3 (441-676)||(18165773-18166008)
chr3 (414-607)||(14895511-14895704)
chr3 (405-681)||(19414796-19415072)
chr3 (407-629)||(18147494-18147716)
chr3 (441-676)||(19464970-19465205)
chr3 (439-624)||(19437627-19437812)
chr3 (405-681)||(19393761-19394037)
chr3 (441-606)||(18016709-18016874)
chr3 (441-606)||(19352079-19352244)
chr3 (441-606)||(19354402-19354567)
chr3 (405-602)||(18104037-18104234)
chr3 (490-563)||(19439374-19439447)
chr3 (441-484)||(19439619-19439662)
chr3 (200-250)||(19428078-19428128)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (17-676)||(6020-6679)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (61-676)||(2872-3487)
[»] scaffold0274 (3 HSPs)
scaffold0274 (61-676)||(2340-2956)
scaffold0274 (61-323)||(21552-21814)
scaffold0274 (446-605)||(21312-21470)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (17-319)||(8460537-8460839)
chr8 (439-674)||(8460164-8460399)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (49-314)||(2709332-2709597)
chr4 (30-317)||(15536506-15536793)
chr4 (405-602)||(2709700-2709897)
chr4 (405-641)||(15536185-15536421)
[»] scaffold0271 (1 HSPs)
scaffold0271 (17-323)||(11468-11774)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-324)||(13665677-13665984)
chr6 (441-602)||(13666098-13666259)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (142-225)||(1482502-1482585)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 51)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 19401002 - 19400339
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19401002 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 19400903  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400902 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 19400803  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400802 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtc 19400703  T
Q  317 tatctggactgattagaaccgcataattttgacttttaataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400702 tatctggactgattagaaccgcataattttgacttttaataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagt 19400603  T
Q  417 caagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400602 caagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtc 19400503  T
Q  517 ccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagactt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400502 ccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagactt 19400403  T
Q  617 ccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggtt 680  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19400402 ccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattacgccacaggtt 19400339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 53 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 19425927 - 19425339
Alignment:
Q  53 ttgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattatt 152  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||   | |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19425927 ttgggatttttccgtttaaattattgcaagataaattcaaaaaacccaaaaaggttaagacagacatgctctgaggaatttcaccacaaaacttattatt 19425828  T
Q  153 agagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaaca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  19425827 agagagatcgagagattccatatttttcatgcctccaatcacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaagctgaaca 19425728  T
Q  253 agtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggactgattagaaccgcataattttgacttt 352  Q
    || | |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| | |||||| | | ||  |  ||||| ||||| ||    
T  19425727 agcctaaacaattccaaaggcacttctccagacaagctatttgctgaaaggtcaatggttcgtctttttggacttactcgatacatataatcttgacctt 19425628  T
Q  353 taataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaag 452  Q
    |  |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||  || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  19425627 ttgtaaacaactcaattgtggtacctgctggtaattcctcctcttcaaatgtaaccatatcagtcaagttatagacacattctggtatagatcctgaaag 19425528  T
Q  453 tttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttct 552  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  19425527 tttgtttagagcaaggtccaaatgaaacaaataaggaagattgaataattgccttgggatagtcccttcaaattggttagctctcaatatgacgacttct 19425428  T
Q  553 aagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtg 641  Q
    || |||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||| ||  | ||||||| ||||||||||||||||    
T  19425427 aatttttgtgataagttcattggtatgattcctgaaaatttattttctcccaaaatcatgatctgcaattgtttccaatcagagaggtg 19425339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 54 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 18109678 - 18109052
Alignment:
Q  54 tgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattatta 153  Q
    ||||||| |||| |||||||||||  | ||||||||||||    | |||||| | ||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  18109678 tgggatttttccatcaaaattattatatgataaattcaaataacccaaaaaggtcaagagagacataccctggggaatttcaccaaaaaacttgttatta 18109579  T
Q  154 gagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaa 253  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |  ||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18109578 gagaggtcgagagattccatatttttcatgcctccaatcgttttcggtattgttcccacaaaattgttgtgagataagtttaatgtttgaacttgaacaa 18109479  T
Q  254 gtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggactgattagaaccgcataattttgactttt 353  Q
    |  |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||  || ||    |  |    ||   |||||| ||||| |||    
T  18109478 gcagaaacaattccaatggcacttctccaggcaagctattggctgaaaggtcaatagttctcctttcccatcgtacatcaataacataatcttgaccttt 18109379  T
Q  354 aataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagt 453  Q
      ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  || || ||| |||||||| ||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||    
T  18109378 tgtaaacaactcaattatgatatctactggcaattcctccgcatcaaatgtaaccatatgagtcaagttatagacacactttggtatagatcttgaaagt 18109279  T
Q  454 ttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttcta 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18109278 ttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaagtaaggaagaatgaataattgtgttggaatagttccttcaaattggttagctctcaatatgacaacttcta 18109179  T
Q  554 agttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttc 653  Q
    | |||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  18109178 atttttgtgataaattgattggtattgttgcagaaaattcattttctcccaagttcatgatttccaattgtctccaatcagagaggtgtcctagaacttc 18109079  T
Q  654 accagatagcctattactccacaggtt 680  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  18109078 accagatagcctattactccaaaggtt 18109052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 55 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 17951070 - 17950445
Alignment:
Q  55 gggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaa-acctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattatta 153  Q
    |||||| |||| |||||||||||  | |||||||||||| | ||| |||||| | ||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17951070 gggatttttccatcaaaattattatatgataaattcaaataactc-aaaaaggtcaagagagacataccatgaggaatttcaccaaaaaacttgttatta 17950972  T
Q  154 gagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaa 253  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |  ||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17950971 gagaggtcgagagattccatatttttcatgcctccaatcgttttcggtattgttcccacaaaattgttgtgagataagtttaatgtttgaacttgaacaa 17950872  T
Q  254 gtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggactgattagaaccgcataattttgactttt 353  Q
    | ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||   |  | |    |  | |||||| || || |||    
T  17950871 gccgaaacaattccaatggcacttttccagacaagctattggctgaaaggtcaatagttcgcctatacaggttaacatcatacacataatcttaaccttt 17950772  T
Q  354 aataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagt 453  Q
      |||||||||||||  |  || ||||||||||||||||  ||  | ||| |||||||| ||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||    
T  17950771 tgtaaacaactcaatcgttatatctactggcaattcctccgcatgaaatgtaaccatatgagtcaagttatagacacactctggtatagatcctgaaagt 17950672  T
Q  454 ttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttcta 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17950671 ttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaagtaaggaagattgaataattgtgttggaatagttccttctaattggttagctctcaatatgacaacttcta 17950572  T
Q  554 agttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttc 653  Q
    | |||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17950571 atttttgtgataaattgattggtattgttgcagaaaattcattttctcccaagttcatgatttccaattgtctccaatcagagaggtgtcctagaacttc 17950472  T
Q  654 accagatagcctattactccacaggtt 680  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  17950471 accagatagcctattactccaaaggtt 17950445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 53 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 19335249 - 19334621
Alignment:
Q  53 ttgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattatt 152  Q
    |||||||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||    | |||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  19335249 ttgggatttttccttcaaaactgttgtaagataaattcaaataacccaaaaaggttaagacagacatgctccgaggaatttcaccataaaacttattatt 19335150  T
Q  153 agagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaaca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |   ||  | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19335149 agagagatcgagagattccatatttatcatgcctccaatcgtcttctgaattgttccaatgaaactattgtgagataagtttaatgtttgaacttgaaca 19335050  T
Q  253 agtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggactgattagaaccgcataattttgacttt 352  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||||| | ||| |||||  || |||| ||     ||||| ||||| ||    
T  19335049 agccgaaacaattccaatggcacttctccagtcaagtgattggctgaaaggtcaatagtacgtgtatctccacggatttgatagatataatcttgacctt 19334950  T
Q  353 taataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaag 452  Q
    |  |||||||||||||| || || || |||| ||| || | |||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  19334949 ttgtaaacaactcaattgtgatatctgctggtaataccccctcagaaaatgtaaccatttcagtcaagttatagacacaatccggtatagatcctgaaag 19334850  T
Q  453 tttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttct 552  Q
    |||||| ||||||||||| || | || ||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  | || |    
T  19334849 tttgttatgtgcaaggtctaagtaaatcaaataagagagattgaatagttgttgtggaatagtcccttcaaattgattggctctcaatatgatcagttgt 19334750  T
Q  553 aagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagctt 652  Q
    ||||||||||| |      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||||  ||||||| ||||||||||||| ||  |  || |||    
T  19334749 aagttttgtgacatccctgttggtatgcttccagaaaattcattttctcccaaatttatgactctcaattgtttccaatcagagagatgctcttgaactt 19334650  T
Q  653 caccagatagcctattactccacaggttc 681  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  19334649 caccagacagcctattactccataggttc 19334621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 19382164 - 19381863
Alignment:
Q  19 cttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagcca 118  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  19382164 cttgatgcattaaaactttgaagttgagttcctgttgggatttttccatcaaaattattgcaagataaattcaacacctccaaaaagtttaagagagcca 19382065  T
Q  119 tgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaatt 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |   ||||| ||||||||||| |||||    
T  19382064 tgctttgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatttatcatgcctccaatcgtctttggaattgttccaatgaaatt 19381965  T
Q  219 attgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtcta 318  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  19381964 attgtgagataagttcaatgtttgaacttgaacaagccgaaacaattccaatggcatttctccagacaagctattgggtgaaaggtcaatagttcgccta 19381865  T
Q  319 tc 320  Q
    ||    
T  19381864 tc 19381863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 30 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 19465612 - 19465326
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19465612 aaaactttgaagttgagttcctattggaatttttccatcaaaattattgcaagataaattcaacacctccaaaaagttta-gagagccatgctctgagga 19465514  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||| |  |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  19465513 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatattaatcatgcctccaatcgtttttggaattgttccagtcaaactattgtgagata 19465414  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtct 317  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  19465413 agttcaatgtttgaacttgaacaagccgaaacaattccaatggcacttctccagacaagctattggctggaaggtcaatagttcgtct 19465326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18166427 - 18166132
Alignment:
Q  19 cttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagcca 118  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||    |||||||| |||||||||  |    
T  18166427 cttgatgcattaaaactttgaagttgagttcctattgggattattccgtcaaagttattgtaagataaattcaaataacctaaaaaggttaagagagaga 18166328  T
Q  119 tgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaatt 218  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  18166327 tgctctgaggaatttcaccataaaacttattactagagaggtcgagagattccatatttttcatgcctccaatctcttttggtattgttccgatcaaatt 18166228  T
Q  219 attgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  18166227 attgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagccgaaacatttccaatggtacttctccagacaagctattgtttgaaatgtcaatagttcg 18166132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19352663 - 19352375
Alignment:
Q  19 cttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagcca 118  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||| | |||  |||||||| |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  19352663 cttgatgcattaaaactttgaagttgtgttccagttgggatttttccattgaaattattgcaagataaatttaaaacctctaaaaagtttaggcgagcca 19352564  T
Q  119 tgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaatt 218  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  19352563 tggtctgcggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccacatttttcatgcctccaatctcttttggtattgttccaatcaaatt 19352464  T
Q  219 attgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaa 307  Q
     |||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  19352463 gttgtgatataagtttaacgtttgaagttgagcaagccgaaacaattccaatggaacttctccagacaagctattggatgaaaggtcaa 19352375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 35 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 18017277 - 18016992
Alignment:
Q  35 tttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttc 134  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18017277 tttgaagttgagttcctgttgggatttttccatcaaaattattgcaagataaattcaacacccccaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttc 18017178  T
Q  135 accaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagttt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |   || || ||||||||  | ||| |||||||||||||||||    
T  18017177 accaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatttttttcatgcctccaatcgtcttcggaattgttcctttgaaactattgtgagataagttt 18017078  T
Q  235 aacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatc 320  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  18017077 aatgattgaacttgaacaagccgaaacaattccaatggcacttctccagtcaagtgattggctgaaaggtcaatagttcgcctatc 18016992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 30 - 317
Target Start/End: Original strand, 14895130 - 14895417
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| |||| |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||    | |||||  ||||||||| ||||||||| |||    
T  14895130 aaaactttgaagttgagttcctgttggaatttttccgtcaaaattgttgtaagataaattcaaataacccaaaaatgttaagagagacatgctctgcgga 14895229  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  ||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14895230 atttcaccataaaacttattactagagaggtcaagagattccatattcttcatgcgtccaatatcttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 14895329  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14895330 agtttaacgtttgaacttgaacaagccgaaacaattccaatggcacttctccggacaagctattggctgaaaggtcaatagttcgtct 14895417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 405 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 25463938 - 25463667
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||| || || | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  25463938 aaccatatcagtcaagttgtagttgcactttggcagagatcctgaaagtttgttacgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtgagattgaatagttgt 25463839  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| | |||  | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25463838 ggtggaatattcccttcaaattggtttgctctcaatatgaccacttctaagtatagtggcatgttcattggtatggttccagaaaattcattttctccca 25463739  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccaca 676  Q
    || ||| || |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  25463738 agttcatgatttccaattgtctccaatcagagaggtgtactagaacttcaccagatagcctattattccaca 25463667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 25464323 - 25464023
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaa-acctctaaaaagtttaagagag 115  Q
    |||| |||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||     
T  25464323 agctcgatgcattaaaactttgaagttgagttcctattgggatttttccatcaaaattgttgtaagataaattcaaataactc-aaaaagtttaagagaa 25464225  T
Q  116 ccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaa 215  Q
    ||| ||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||| |||||||||||||| ||    
T  25464224 ccaggctttgaggaattccaccacaaagcttgttattagaaagatcgagagattccatatttttcatgcctccaatctctttcggtattgttccaatgaa 25464125  T
Q  216 attattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  25464124 attattgtgagataagtttaatgtttgaacttgaaccagccgaaccaattccaatggcacttctccagacaagttattggctgaaaggtcaatagttcgt 25464025  T
Q  316 ct 317  Q
    ||    
T  25464024 ct 25464023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 19394409 - 19394119
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||    | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19394409 aaaactttgaagttgagttcctattgggatttttccgtcaaaattgttgtaagatagattcaaataacccaaaaagtttaagagagccatgctttgagga 19394310  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||| |||||| |   || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19394309 atttcaccataaaacttattattggaaagatcgagagattccaaatttttcatgcctccaatcgtgttcggtattgttccaatgaaattattgtgagata 19394210  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatc 320  Q
      ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||    
T  19394209 gatttaacgtttgaacttgaataagccgaaataattccaatggcacttctccagacaagctattggctgaaaggtcaacagttcgcctatc 19394119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 405 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 18116853 - 18116582
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18116853 aaccatatgagtcaagttataaatgcactccgttatagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtccaaatgaaacaaattagtgagattgaataattgt 18116754  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||  | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18116753 gttggaatactcccttcaaattggttacctctcagtatgactacttctaaatattgtggtatgttcaatggtatggttccagaaaattcattttctccca 18116654  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccaca 676  Q
    || ||| || || ||||||||||||||| ||||||| | | ||| | |||||||| || |||||||||||||    
T  18116653 agttcatgaattgcaattgtctccaatcggagaggtttactagaacctcaccagacagtctattactccaca 18116582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 17943214 - 17942972
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17943214 aaaactttgaagttgagttccaattgggatttttccatcaaaattattgcaagataaattcaacacccccaaaaaatttaagagagccatgctctgagga 17943115  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||     ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  17943114 atttcaccaaaaaacttattattagagagatctagagattccatatttgtcatgcctccaatggtctttggaattcttccagtcaaattattgtgagata 17943015  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatgg 272  Q
    |||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  17943014 agttcaatgtttgaacttgaataagccgaaacaattccaatgg 17942972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 19376882 - 19376592
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| ||| |||||| |||||||    | |||||| |||||| || |||| ||||||||    
T  19376882 aaaactttgaagttgagttcctattggaatttttccatcaaaattgttgtaagatagattcaaataacccaaaaaggttaagatagacatggtctgagga 19376783  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  ||||||  |||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  19376782 atttcaccataaaacttattactagagaggtcaagagattccatattcttcatgcatccaatatcttttggtattgttccaacaaaattattgtgagata 19376683  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  19376682 agtttaacgtttgaacttgaacaaggtgaaacaattccaatggcaattctccagacaagctattggatgaaaggtcaatagttcgcctatc 19376592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 16678483 - 16678191
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    |||| |||| || |||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    | ||||||||||||||||     
T  16678483 agctcgatgcattaaaactttgaagttgagttcctatcgggatttttccgtcaaaattgttgcaagacaaattcaaataacccaaaaagtttaagagaga 16678384  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    |   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| | |||| |   ||||||||| ||||| | |||    
T  16678383 cgcactctgaggaatttcaccagaaaacttattattagagaagtcgagagattccatatttttcatgccaccaatcgtctttggtatttttccactgaaa 16678284  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaata 309  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  16678283 ttattgtgagataagtttaaggtttggacttgaacaagccgaaacaattccaatggcacttctccagacaagttattggctgaaaggtcaata 16678191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19354986 - 19354734
Alignment:
Q  19 cttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagcca 118  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||    |||||||| ||||||||| ||    
T  19354986 cttgatgcattaaaactttgaagttgagttcctattgggatttttccgtcaaaattgttgtaagataaattcaaataacctaaaaaggttaagagagaca 19354887  T
Q  119 tgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaatt 218  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||| | || |||||||||||||| |||| ||    
T  19354886 tgctctgaggaatgtcaccataaaacttattactagagaggtcaagagattccatatttttcatgcctccaatctctcttggtattgttccattcaagtt 19354787  T
Q  219 attgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatg 271  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19354786 attatgagataagtttaaggtttgaacttgaacaagccgaaacaattccaatg 19354734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18148103 - 18147806
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaa-acctctaaaaagtttaagagag 115  Q
    |||| |||| || |||| |||||| ||| | ||| || |||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||| | ||| |||||| |||||||||    
T  18148103 agctcgatgcattaaaactttgaagttgtgttccgatcgggattcttccgtcaaaattattatatgataaattcaaataactc-aaaaaggttaagagag 18148005  T
Q  116 ccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaa 215  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||| |   || |||||||||||||  ||    
T  18148004 acatgccctgaggaatttcaccaaaaaacttgttattagagaggtcgagagatttcatatttttcatgcctccaatcgtcttcggtattgttccaacaaa 18147905  T
Q  216 attattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcg 314  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  18147904 attattgtgagataagtttaatgtttgaacttgaacaagctgaaacaattccaatggcaattctccagacaagctattgcctgaaaggtcaatagttcg 18147806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 30 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 19415444 - 19415148
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||| |||   || |||||| |||||| || |||||||||||||    
T  19415444 aaaactttgaagttgagttcctattgggatttttccgtcaaaactgttgtaagataaatttaaataatccaaaaaggttaagaaagacatgctctgagga 19415345  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||  | ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||| ||  || || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19415344 atttcaccgtagaacttattatttgagaggtctagagattccatatttttcatgtcaccaatcagcttaggaattgttccagtcaaattattgtgagata 19415245  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggact 326  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  19415244 agtttaatgtttgtatttgaacaagtcgaaataattgcaatgtcacttctccagacaagctattggatgaaaggtcaatagttcgcctatccggact 19415148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 18117241 - 18116935
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaa-acctctaaaaagtttaagagag 115  Q
    ||||||||| || |||| |||||| ||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| | | | |||||||| |||||||    
T  18117241 agcttgatgcattaaaactttgaagttgcgttgctattgggatttttccgtcaaaattattgtatgataaattcaaataacccaaaaaagtt-aagagag 18117143  T
Q  116 ccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaa 215  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |   || ||||| |||||||| ||    
T  18117142 acatgctctgaggaatttcaccacaaagcttattattagaaaaatcgagagattccatatttttcatgcctccaatcgtcttcggtatagttccaatgaa 18117043  T
Q  216 attattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||| | ||||| ||||||| ||||     
T  18117042 attattgtgagataagtttaatgtttgaactttaacaagccgaaataattccaatggcacttttccagacaagttattagctgaaaagtcaatagttcgc 18116943  T
Q  316 ctatctgg 323  Q
    ||||||||    
T  18116942 ctatctgg 18116935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 19438231 - 19437934
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    |||| |||| || |||| |||||| ||| | ||| || |||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||   || |||||| |||||||||     
T  19438231 agctcgatgcattaaaactttgaagttgcgttccgatcgggattcttccgtcaaaattattatatgataaattcaaataatccaaaaaggttaagagaga 19438132  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |   || |||||||||||||  |||    
T  19438131 catgccttgaggaatttcaccaaaaaacttgttattagatagatcgagagattccatatttttcatgcctctaatcgtcttcggtattgttccaacaaaa 19438032  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||    
T  19438031 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagctgaaaaaattccaatggcacttctccagacaagttattcgctgaaaggtcaatagttcg 19437934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19462465 - 19462159
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaa-acctctaaaaagtttaagagag 115  Q
    ||||||||| || |||| |||||| ||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| | | | |||||||| |||||||    
T  19462465 agcttgatgcattaaaactttgaagttgcgttgctattgggatttttccgtcaaaattattgtatgataaattcaaataacccaaaaaagtt-aagagag 19462367  T
Q  116 ccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaa 215  Q
     ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |   || ||||| |||||||| ||    
T  19462366 acatgctccgaggaatttcaccacaaagcttattattagaaaaatcgagagattccatatttttcatgcctccaatcgtcttcggtatagttccaatgaa 19462267  T
Q  216 attattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||| | ||||| ||||||| ||||     
T  19462266 attattgtgagataagtttaatgtttgaactttaacaagccgaaataattccaatggcacttttccagacaagttattagctgaaaagtcaatagttcgc 19462167  T
Q  316 ctatctgg 323  Q
    ||||||||    
T  19462166 ctatctgg 19462159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 405 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 19462077 - 19461804
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||| | ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  19462077 aaccatatgagtcaagttataaatgcactccgtcatagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtccaaatgaaacaaattagtgagattgaataattgt 19461978  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcag--tatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcc 602  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||  |||||||| | |||||  | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19461977 gttggaatactcccttcaaattggttacctctcagtatatgaatacttctaaatattgtggtatgttcaatggtatggttccagaaaattcattttctcc 19461878  T
Q  603 caagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccaca 676  Q
    |||| ||| || || |||| |||||||||| ||||||| | | ||| | |||||||| || |||||||||||||    
T  19461877 caagttcatgaattgcaatcgtctccaatcggagaggtttactagaacctcaccagacagtctattactccaca 19461804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 30 - 317
Target Start/End: Original strand, 17726277 - 17726564
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| || ||| ||||||||||||||    | ||||||| |||   || |||||||||||||    
T  17726277 aaaactttgaagttgagttcctattgggatttttccatcaaacttgttgtaagataaattcaaataacccaaaaagtgtaacgaagacatgctctgagga 17726376  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17726377 atttcaccagaaaaattattgttggagaggtcgagagattccaaatttttcatgcctccaattgttttcggtattgttccaatgaaattattgtgagata 17726476  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtct 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  17726477 agtttaatgtttgaacttgaacaagccgaaataattccgatgttacttcaccagacaagctattggctgaaaggtcaatagttcgtct 17726564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 30 - 317
Target Start/End: Original strand, 19027506 - 19027793
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| || ||| ||||||||||||||    | ||||||| |||   || |||||||||||||    
T  19027506 aaaactttgaagttgagttcctattgggatttttccatcaaacttgttgtaagataaattcaaataacccaaaaagtgtaacgaagacatgctctgagga 19027605  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19027606 atttcaccagaaaaattattgttggagaggtcgagagattccaaatttttcatgcctccaattgttttcggtattgttccaatgaaattattgtgagata 19027705  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtct 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  19027706 agtttaatgtttgaacttgaacaagccgaaataattccgatgttacttcaccagacaagctattggctgaaaggtcaatagttcgtct 19027793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 441 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 19381745 - 19381509
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  19381745 agatccagaaaatttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaataagagagattgaataattgtggtggaatattcccttcaaattggttagctctcaat 19381646  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggt 640  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| || |  |||| || |  || |||||||||    
T  19381645 atgacaatttctaagttttctgataagttcattggtatggttccagaaaattcattttctcccaaattcatgaatagcaatcgttttgaagcagagaggt 19381546  T
Q  641 gtcccagagcttcaccagatagcctattactccacag 677  Q
    || | ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  19381545 gtgctagaacttcaccagacagcctattactccacag 19381509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 107 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 18104529 - 18104329
Alignment:
Q  107 ttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgt 206  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| |   || ||||||||    
T  18104529 ttaagagagtcatgtcctgaggaatttcaccaaaaaacttgttattagagaggtcgagagattccatatttttcatgcttccaatcgtcttcggtattgt 18104430  T
Q  207 tccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtca 306  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  18104429 tccaataaaattattgtgagataagttcaatgtttgaagttgaacaagccgaaacaattccaatggcacttcaccagacaagctattagctgaaaggtca 18104330  T
Q  307 a 307  Q
    |    
T  18104329 a 18104329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 405 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 19376510 - 19376234
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||| |  || | |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  19376510 aaccatattagtcaagttgtagatgcagtgtggaaaagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaataagagagattgaatagttgt 19376411  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
      ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |  | |||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19376410 tgtggaatagtcccttcaaatttattagctctcaatatgaccaaatataagttttgtgacatcttgattggtatggttccagaaaattcattttctccca 19376311  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggttc 681  Q
    |  |||||| || ||||||  |  || ||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19376310 aattcaagaattgcaattgatttgaagcagagaggtgagctagaacttcaccagatagcctattactccataggttc 19376234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 414 - 681
Target Start/End: Original strand, 18872999 - 18873266
Alignment:
Q  414 agtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaata 513  Q
    ||||||||| ||||| || || || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| |||| ||||| || ||||    
T  18872999 agtcaagttgtagacacagtttggcaaagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtccaagtgaaacaaattagagagattaaatagttgtggtgaaata 18873098  T
Q  514 gtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaaga 613  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |   ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  18873099 ttcccttcaaattggttagctctcaatatgactacttctaggttttgtgacatcatgaatggtatgtttccagaaaattcattttctcccaaattcaaga 18873198  T
Q  614 cttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggttc 681  Q
      | ||| ||| |||| |||||||||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18873199 tctgcaactgtttccattcagagaggtgatcttgaacttcaccagatagcctattactccacaggttc 18873266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 30 - 324
Target Start/End: Original strand, 18872618 - 18872912
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||||| ||| ||||| ||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||    | | ||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  18872618 aaaactttgaagttgagttccaattggaatttttccttcaaaactgttgtaagataaattcaaataacccataaagtgtaacagagacatgctctgagga 18872717  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| || |   ||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||    
T  18872718 atttcaccacaaaacttattactagagagatcgagagattccatattgttcatgcctctaatcgtctttggaattgttccaacgaaactattatgagata 18872817  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctgga 324  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  18872818 agtttaatgtttgaacttgaacaagctgaaacaattccaatagcacttctccagtcaagtgattggctgaaaggtcaatagttcgcctatatgga 18872912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 414 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 16678089 - 16677901
Alignment:
Q  414 agtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaata 513  Q
    |||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||  |||||||    
T  16678089 agtcaagttatagacgtactttggcatagatcctgaaagtttgttatgtgcaagatccaaatgaaacaaagaagagagattgaataactgtagtggaata 16677990  T
Q  514 gtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcc 602  Q
     | |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16677989 cttccttcaaaatggttagctctcaatataacaacttctaagttttgtgacatcttaattggtatggttccagaaaattcattttctcc 16677901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 405 - 680
Target Start/End: Original strand, 17726649 - 17726924
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||  |||||||||| ||||    
T  17726649 aaccatatctgtcaagttgtagacgcactttggcatagaacctgaaagtttgttatgtgcaaggtccaagtgcaacaaagaagagagattgaatagttgt 17726748  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
    |  ||||||| ||||||||| || ||| ||| || |||||| | |||||||| |||||| |  |  | ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  17726749 gcaggaataggcccttcaaaatgattacctcccaatatgaccatttctaagtgttgtgacatctctactggtatgtttccagaaaattcattttctccca 17726848  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggtt 680  Q
    | || | |  || ||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  17726849 aaataatgtgttgcaattgtttcaaatcagagaggtgtcctagaacttcaccagacagcctattactccataggtt 17726924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 414 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 17942833 - 17942566
Alignment:
Q  414 agtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaata 513  Q
    ||||||||| |||||||| |  || | |||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |  |||||||||| ||||   ||||||    
T  17942833 agtcaagttgtagacgcagtgtggcaaagatcctgaaagtttgttatttgcaaggtctaagtgaaacaaataggagagattgaatagttgttgcggaata 17942734  T
Q  514 gtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaaga 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  ||| ||    
T  17942733 gtcccttcaaattggttagctctcaatatgaccacttgtaagttttgtgataagctgattggtatggttccaaaaaactcattttctcccaaattcatga 17942634  T
Q  614 cttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggttc 681  Q
     |  |||| || |  || |||||||||||   ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  17942633 ataacaatcgttttgaagcagagaggtgtgttagaacttcaccagacagcctattactccataggttc 17942566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 405 - 680
Target Start/End: Original strand, 19027878 - 19028153
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||  |||||||||| ||||    
T  19027878 aaccatatctgtcaagttgtagacgcactttggcatagaacctgaaagtttgttatgtgcaaggtccaagtgcaacaaagaagagagattgaatagttgt 19027977  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
    |  ||||||| ||||||||| || ||| ||| || |||||| | |||||||| |||||| |  |  | ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  19027978 gcaggaataggcccttcaaaatgattacctcccaatatgaccatttctaagtgttgtgacatctctactggtatgtttccagaaaattcattttctccca 19028077  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggtt 680  Q
    | || | |  || ||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19028078 aaataatgtgttgcaattgtttcaaatcagagaggtgtcctagaacttcaccagacagcctattactccataggtt 19028153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19456537 - 19456264
Alignment:
Q  50 ctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttatt 149  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||    | |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  19456537 ctatcgggatttttctgtcaaaattattgtatgataaattcaaataacccaaaaaggttaagagagacatgctctgtggaatttcaccacaaaacttatt 19456438  T
Q  150 attagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttga 249  Q
     || || |  |||||||||||||||| ||||||  ||||||     || ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19456437 tttggaaaattcgagagattccatatttttcatacctccaattgtcttcggtatggtaccaaagaaattattgtgagataagtttaatgtttgaacctga 19456338  T
Q  250 acaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctgg 323  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| |||| || |||||    
T  19456337 acaaaccgaaacaattccaatggcacttctccagacaagctattggatgaatcgtcaatagttcgcctttctgg 19456264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 441 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 18166008 - 18165773
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18166008 agatcctgaaagtttgttattcgcaaggtctaagtgaaacaaattagagagattgaatatttgtggtggaatagtcccttcaaattggttagctctcaat 18165909  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggt 640  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||  || |||| |||| ||    
T  18165908 atgaccacttctaacttttgtgaaatcaaaattggtatggttccagaaaattcattttctcccaagttcatgatttccaattggttcaaatcggagaagt 18165809  T
Q  641 gtcccagagcttcaccagatagcctattactccaca 676  Q
    |      | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  18165808 gcaatgaaacttcaccaaatagcctattactccaca 18165773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 414 - 607
Target Start/End: Original strand, 14895511 - 14895704
Alignment:
Q  414 agtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaata 513  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  14895511 agtcaagttgtagacgctgttcggcaaagatcctgaaaatttgttgtgtgcaaggtccaaatgaaacaaagaagtgagattgaataattgtggtggaata 14895610  T
Q  514 gtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaaga 607  Q
     |||||||||||||||||| ||||| ||| || |||| ||||| |||||| |   || ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  14895611 ttcccttcaaattggttagatctcaatataaccacttgtaagtattgtgacatcatggttggtatagttccataaaattcattttctcccaaga 14895704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 405 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 19415072 - 19414796
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  |  || | |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||  ||||| ||||  |||    
T  19415072 aaccatatgagtcaagttgtagacgctgtgtggcaaagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaatcagagagattaaatagctgt 19414973  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  19414972 ggtggaatagtcccttcaaatcggttatctctcaatatgaccacttctaagttctgtgacatcatgattggtatggttccataaaattcattttctccca 19414873  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggttc 681  Q
    |  ||| ||||   |||||  ||||| |||||  ||      || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19414872 aattcatgactcttaattgcttccaaccagagcagtacaaaggaacttcaccagatagcctattactccacaggttc 19414796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 407 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 18147716 - 18147494
Alignment:
Q  407 ccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgt 506  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || || |||||  | ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||  || ||||||| ||||      
T  18147716 ccatatcagtcaagttgtagacacactttggcatagaatcggaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaatcaaataagagaggttgaatagttgttg 18147617  T
Q  507 tggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaag 606  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||  |||||||||||| |   |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18147616 tggaatagtcccttcaaatttattagctctcaatatgaccactagtaagttttgtgacatcatgattggtatggttccagaaaattcattttctcctaag 18147517  T
Q  607 atcaagacttccaattgtctcca 629  Q
     ||| || |||||||||| ||||    
T  18147516 ttcatgatttccaattgtttcca 18147494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 441 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 19465205 - 19464970
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||  |   ||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19465205 agatcctgaaagtttgttatttgcaaggtctaagtgaaacaaaatatggagatcaaatagttgtggtggaatagtcccttcaaattggttagctctcaat 19465106  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggt 640  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||    ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |  |||||||||  || ||| ||||| ||    
T  19465105 atgaccacttctaagtcttgtgaaatcaagataggtatggttccagaaaattcattttcgcccaagttcatgttttccaattggttcaaattagagaagt 19465006  T
Q  641 gtcccagagcttcaccagatagcctattactccaca 676  Q
    |   |  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  19465005 gcaacgaaacttcaccagatagcctattactccaca 19464970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 439 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 19437812 - 19437627
Alignment:
Q  439 atagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctca 538  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||  |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19437812 atagaaccagaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaatcaaataagagagattgaatagttgttgcggaatagtcccttcaaatttattagctctca 19437713  T
Q  539 gtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgt 624  Q
     |||||| |||| |||||||||||| |   |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |  ||||||||||    
T  19437712 atatgaccacttttaagttttgtgacatcatgattggtatggttccagaaaattcattttctcctaagttcatggtttccaattgt 19437627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 405 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 19394037 - 19393761
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    ||||||||| |||||||| | ||| || || || | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||    
T  19394037 aaccatatctgtcaagttgtcgacacactttggcacagaacctgaaagtttattatgtgcaagatccaaatgaaacatataagagatattgaatagttgt 19393938  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
      ||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||||  |     | ||||||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  19393937 tgtggaatagtaccttcaaattgattggctctcaatatgaccactactaagttttgtggcatcccaactggtatgtttccagaaaattcattttttccca 19393838  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccacaggttc 681  Q
    |  ||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |    || |||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  19393837 aattcatgatctgcaattgtctccaatcagagaggtttaatggaacttcaccagacagcttattactccataggttc 19393761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 441 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 18016874 - 18016709
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||  || ||||||| |    
T  18016874 agatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaataagagagattgaataattgtcgtggaataatcccttcaaatttattggctctcaat 18016775  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaag 606  Q
    ||||| |||  |||||||||||| |     | ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  18016774 atgaccactcttaagttttgtgacatccctactggtatgtttccagaaaattcattttttcccaag 18016709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 441 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 19352244 - 19352079
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||  || ||||| | |    
T  19352244 agatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaataagagagattgaataattgttgtggaataatcccttcaaatttattggctctaaat 19352145  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaag 606  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |     |  |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  19352144 atgaccactactaagttttgtgacatccctaccggtatgtttccagaaaattcattttctcccaag 19352079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 441 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 19354567 - 19354402
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||  ||||| |||| ||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |    
T  19354567 agatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaattagagagattaaatagttgttgtgggatattcccttcaaattggttggctctcaat 19354468  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaag 606  Q
    ||||| |||  ||||  |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  19354467 atgaccactgttaaggattgtgacattttgattggtatggttccagaaaattcgttagctcccaag 19354402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 405 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 18104234 - 18104037
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| || || || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||   || ||||||||  |||||||||| ||||    
T  18104234 aaccatattagtcaagttgtagacacactttggcatagaaccggaaagtttgttatgtgcaaggtctaagaaaatcaaataagagagattgaatagttgt 18104135  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcc 602  Q
        |||| |||||||||||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||||||| |     | |||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  18104134 tgcagaattgtcccttcaaattgattggctctcaatatgatcacttctaagttttgtgacatacctactggtatagttccagaaaattcattttctcc 18104037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 490 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 19439447 - 19439374
Alignment:
Q  490 agattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtga 563  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| || ||| |||||||||||||    
T  19439447 agattgaatagttgttgtggaatagttccttcaaattggttatctctcaatattaccactcctaagttttgtga 19439374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 441 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 19439662 - 19439619
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaat 484  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  19439662 agatcctgaaaatttgttatgtgcaaggtccaagtgaaacaaat 19439619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 200 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19428128 - 19428078
Alignment:
Q  200 gtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaa 250  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||    
T  19428128 gtattgttccactcaaattattatgagatatgttcaaagtttgaacttgaa 19428078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 6679 - 6020
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    |||| |||| || |||| |||||| |||||  || ||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    | || ||||||||| |||     
T  6679 agctcgatgcattaaaactttgaagttgagtccccattggtatagttccgttaaaattgttgcaagataagttcaaataacccaagaagtttaagtgaga 6580  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||| | |||    
T  6579 catgctctgaggaatttcaccacaaaacttattattagagagatcgagagactccatatttttcatgcctccaatcatctttggtattgttccagtaaaa 6480  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtc 316  Q
    | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || ||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  6479 tgattgtgagataaatttaatgtttgaacttgaacaagacgaaataattccattgacacttttccagacaagctattgactgaaaggtcaatagttcgcc 6380  T
Q  317 tatctggactgattagaaccgcataattttgacttttaataaacaactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagt 416  Q
    ||||||| |  | |  |  |  ||||| ||||| |||   ||||||||||||| | ||| |    |||||| | ||  ||    | | |||||| | | |    
T  6379 tatctggccgcacttcatacatataatcttgacctttttgaaacaactcaattgtcgtatcagaaggcaatgcatccacatataaagtaaccatttgact 6280  T
Q  417 caagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtc 516  Q
    ||| || |||| ||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  6279 caaattgtagatgcagtttggcatagatcctgagagtttgttatgtgcaaggtccaagtgaaacaaataagagagattgaataattgtgatggaatagtc 6180  T
Q  517 ccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagactt 616  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| || ||    
T  6179 ccttcgaattggttagctcttaatatgacaacttctaaatattgtggcatgttgattggtatggttccagaaaactcattttcttccaaattcatgaatt 6080  T
Q  617 ccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagatagcctattactccaca 676  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  6079 gcaattgtttccaatcagagaggtgtcctagaacttcaccagacagcttattactccaca 6020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 61 - 676
Target Start/End: Original strand, 2872 - 3487
Alignment:
Q  61 gttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagat 160  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    | |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2872 gttccgttaaaattgttgcaagataagttcaaataacccaaaaagtttaagtgagacatgctccgaggaatttcaccacaaaacttattattagagagat 2971  T
Q  161 cgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaa 260  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||||| |   ||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  2972 cgagagactccatatttttcatgcctccaatcgtctttggtattgttccagtaaaatgattgtgagataaatttaatgtttgaacttgaacaagacgaaa 3071  T
Q  261 caattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggactgattagaaccgcataattttgacttttaataaac 360  Q
     ||||||| || || ||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||| |  | |  |  |  ||||| ||||| |||   ||||    
T  3072 taattccattgacacttttccagacaagctattgactgaaaggtcaatagttcgcctatctggtcgcacttcatacatataatcttgacctttttgaaac 3171  T
Q  361 aactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgtttt 460  Q
    ||||||||| | ||| |    |||||| | ||  ||    | | |||||| | | |||| || |||| ||| || || ||||||||||| |||||||| |    
T  3172 aactcaattgtcgtatcagaaggcaatgcatccacatataaagtaaccatttgactcaaattgtagatgcagtttggcatagatcctgagagtttgttat 3271  T
Q  461 gtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttg 560  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||    
T  3272 gtgcaaggtccaagtgaaacaaataagagagattgaataattgtgatggaatagtcccttcgaattggttagctcttaatatgacaacttctaaatattg 3371  T
Q  561 tgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccagat 660  Q
    ||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||     
T  3372 tggcatgttgattggtatggttccagaaaactcattttcttccaaattcatgaattgcaattgtttccaatcagagaggtgtcctagaacttcaccagac 3471  T
Q  661 agcctattactccaca 676  Q
    ||| ||||||||||||    
T  3472 agcttattactccaca 3487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 3)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 61 - 676
Target Start/End: Original strand, 2340 - 2956
Alignment:
Q  61 gttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaa-acctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagaga 159  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |   | || ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2340 gttccgttaaaattgttgcaagataagttcaaataaacccaagaagtttaagtgagacatgctccgaggaatttcaccacaaaacttattattagagaga 2439  T
Q  160 tcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaa 259  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||| |   ||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2440 tcgagagactccatatttttcatgcctccaatcgtctttggtattgttccagtaaaatgattgtgagataaatttaatgtttgaacttgaacaagacgaa 2539  T
Q  260 acaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctggactgattagaaccgcataattttgacttttaataaa 359  Q
    | ||||||| || || ||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||| |  | |  |  |  ||||| ||||| |||   |||    
T  2540 ataattccattgacacttttccagacaagctattgactgaaaggtcaatagttcgcctatctggccgcacttcatacatataatcttgacctttttgaaa 2639  T
Q  360 caactcaattatggtacctactggcaattcctcgtcagcatatgcaaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttt 459  Q
    |||||||||| | ||| |    |||||| | ||  ||    | | |||||| | | |||| || |||| ||| || || ||||||||||| ||||||||     
T  2640 caactcaattgtcgtatcagaaggcaatgcatccacatataaagtaaccatttgactcaaattgtagatgcagtttggcatagatcctgagagtttgtta 2739  T
Q  460 tgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagtttt 559  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||    
T  2740 tgtgcaaggtccaagtgaaacaaataagagagattgaataattgtgatggaatagtcccttcgaattggttagctcttaatatgacaacttctaaatatt 2839  T
Q  560 gtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtgtcccagagcttcaccaga 659  Q
    |||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2840 gtggcatgttgattggtatggttccagaaaactcattttcttccaaattcatgaattgcaattgtttccaatcagagaggtgtcctagaacttcaccaga 2939  T
Q  660 tagcctattactccaca 676  Q
     ||| ||||||||||||    
T  2940 cagcttattactccaca 2956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 61 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 21814 - 21552
Alignment:
Q  61 gttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagat 160  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    | |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21814 gttccgttaaaattgttgcaagataagttcaaataacccaaaaagtttaagtgagacatgctccgaggaatttcaccacaaaacttattattagagagat 21715  T
Q  161 cgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaa 260  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||||| |   ||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21714 cgagagactccatatttttcatgcctccaatcgtctttggtattgttccagtaaaatgattgtgagataaatttaatgtttgaacttgaacaagacgaaa 21615  T
Q  261 caattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtctatctgg 323  Q
     ||||||| || || ||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  21614 taattccattgacacttttccagacaagctattgactgaaaggtcaatagttcgcctatctgg 21552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 446 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 21470 - 21312
Alignment:
Q  446 ctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgac 545  Q
    |||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||    
T  21470 ctgagagtttgttatgtgcaaggttcaagtgaaacaaataagagagattgaataattgtggtggaatagtcc-ttcgaattggttagctcttaatatgac 21372  T
Q  546 aacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaa 605  Q
     |||||||| | |||||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  21371 cacttctaaatattgtggcatgttgattggtatggttccagaaaactcattttctcccaa 21312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 8460839 - 8460537
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    |||| |||| || |||| |||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8460839 agctcgatgcattaaaactttgaagttgagttccaattgggatttttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 8460740  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||  || ||||||||||||||||||    
T  8460739 catgctctgaggaatttcaccacaaaacttattattagagaggtcgagtgattccatatatttcatgcctccaatcatcttgggtattgttccaatcaaa 8460640  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtc 316  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||||||| |||| ||| ||||||||| |||| | ||||||||||||| |||| |    
T  8460639 ttattgtgagataagttcaatgtttgaacttggacaagatgaaataattccaacggcacttctccagacaagttattagctgaaaggtcaatagttcgcc 8460540  T
Q  317 tat 319  Q
    |||    
T  8460539 tat 8460537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 439 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 8460399 - 8460164
Alignment:
Q  439 atagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctca 538  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  || | |||||| |||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  8460399 atagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtccaaatgaaacaaaagagggagttcgaataactgtggtggaatattgccttcaaattggttggctctca 8460300  T
Q  539 gtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcccaagatcaagacttccaattgtctccaatcagagag 638  Q
     |||||| |||||||| |   |||| | ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| | |  | |||||||||| || ||||| ||||    
T  8460299 atatgaccacttctaaataccgtgacatgttcattggaatggttccagaaaattgattttctcccaagttaatcatttccaattgtttcaaatcaaagag 8460200  T
Q  639 gtgtcccagagcttcaccagatagcctattactcca 674  Q
    ||   || || |||| ||||||||||||||||||||    
T  8460199 gtccaccggaacttcgccagatagcctattactcca 8460164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 4e-86; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 49 - 314
Target Start/End: Original strand, 2709332 - 2709597
Alignment:
Q  49 cctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaacttat 148  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2709332 cctattgggatttttccattaaaattattgcaagataaatttaaaacctctaaataggttatgatagccatgctctgaggaatttcaccaaaaaatttat 2709431  T
Q  149 tattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagataagtttaacgtttgaacttg 248  Q
    | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  2709432 tgttagagagatcgagagattccatgtttttcatgtctccaatcatcttgggtattgttccagtcaaattattgtgagataagttcaatgattgaacttg 2709531  T
Q  249 aacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcg 314  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2709532 aacaagttgaaataattccaatggcacttctccagacaagctattggctgaaaggtcaatagttcg 2709597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 15536793 - 15536506
Alignment:
Q  30 aaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagccatgctctgagga 129  Q
    |||| |||||| ||| | ||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||    | |||||| |||||| |  |||| | ||||||    
T  15536793 aaaactttgaagttgtgttccaattgggatttttccattgaaattattgcaagataaattcaaataacccaaaaaggttaagacaaacatgttttgagga 15536694  T
Q  130 atttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtgagata 229  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| | |||| |   ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  15536693 atttcaccataaaacttattattagagagatcgagagattccatgtttatcatgccgccaatcgtctttggtattgttccaacaaaattattgtgagata 15536594  T
Q  230 agtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  15536593 agtttaacgtttgaacttgaacaagccgaaacaattccaatggcagttccccaaacaagctattggctgaaaggtcaatagttcgtct 15536506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 405 - 602
Target Start/End: Original strand, 2709700 - 2709897
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| | ||  |||||||||||||||    
T  2709700 aaccatataactcaagttatagacgcactctggtatagatcctgaaagtttattttgtgcaaggtccaagtgatacaacttagagagattgaataattgt 2709799  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcc 602  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  || | ||| || |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2709800 gttggaatagtccctttaaattggttagctctcaatatgagaactttcaaatcttgcgacatcttgattggtatagttccagaaaattcattttctcc 2709897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 405 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 15536421 - 15536185
Alignment:
Q  405 aaccatatcagtcaagttatagacgcatttcggtatagatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgt 504  Q
    |||||| | ||||||||| || ||||| |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  15536421 aaccatttgagtcaagttgtacacgcagtgtggtaaagatcctgaaagtttgttatgtgcaaggtctaagtgaaacaaataagagagattgaataattgt 15536322  T
Q  505 gttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagtatgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctccca 604  Q
    |  |||||| ||||||||||||  || | ||||| |||||| ||| ||||||||||||| |   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15536321 ggcggaataatcccttcaaatttattggttctcaatatgaccactactaagttttgtgacatcatgattggtatggttccagaaaattcattttctccca 15536222  T
Q  605 agatcaagacttccaattgtctccaatcagagaggtg 641  Q
    || ||| |  || ||||||| || || ||||||||||    
T  15536221 agttcatggtttgcaattgtttcgaagcagagaggtg 15536185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11774 - 11468
Alignment:
Q  17 agcttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacctctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    |||| |||| || |||| |||||| |||||  || ||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    | || ||||||||| |||     
T  11774 agctcgatgcattaaaactttgaagttgagtccccattggtatagttccgttaaaattgttgcaagataagttcaaataacccaagaagtttaagtgaga 11675  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |   ||||||||||||||| | |||    
T  11674 catgctctgaggaatttcaccacaaaacttattattagagagatcgagagactccatatttttcatgcctccaatcttctttggtattgttccagtaaaa 11575  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtc 316  Q
    | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || ||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  11574 tgattgtgagataaatttaatgtttgaacttgaacaagacgaaataattccattgacacttttccagacaagctattgactgaaaggtcaatagttcgcc 11475  T
Q  317 tatctgg 323  Q
    |||||||    
T  11474 tatctgg 11468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 324
Target Start/End: Original strand, 13665677 - 13665984
Alignment:
Q  19 cttgatggatcaaaagtttgaatttgagatcctattgggattgttccgtcaaaattattgcaagataaattcaaaacc--tctaaaaagtttaagagagc 116  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||     || |||||| |||||| ||     
T  13665677 cttgatgcattaaaactttgaagttgagttcctatagggatttttccgtcaaaattgttgtgagataaattcaaatatattccaaaaaggttaagataga 13665776  T
Q  117 catgctctgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaa 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||||||| |||||||||||||||  |     |||||||||||| |||||    
T  13665777 catgctccgaggaatttcaccaaaaaacttattattagagaagtccaaagattccataagtttcatgtctccaattagcaggggtattgttccagtcaaa 13665876  T
Q  217 ttattgtgagataagtttaacgtttgaacttgaacaagtcgaaacaattccaatggcagttccccagacaagctattggttgaaaggtcaataattcgtc 316  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  13665877 ttattgtgagataagttcaatgtttgaacttgaacaagctgaaataattccagtggcaattctccaaacaagctattagctgaaaggtcaatagttcgtc 13665976  T
Q  317 tatctgga 324  Q
    ||||||||    
T  13665977 tatctgga 13665984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 441 - 602
Target Start/End: Original strand, 13666098 - 13666259
Alignment:
Q  441 agatcctgaaagtttgttttgtgcaaggtccaaatgaaacaaataagtaagattgaataattgtgttggaatagtcccttcaaattggttagctctcagt 540  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| |  |||||||||||||  ||||| |||| |||||  |||||| | ||||||||||  ||  |||||| |    
T  13666098 agatcctgaaagtttcatatgtgcaaggtctaggtgaaacaaataagagagattaaatagttgtgggggaatactgccttcaaatttattttctctcaat 13666197  T
Q  541 atgacaacttctaagttttgtgaaaagttgattggtatggttcccgaaaattcattttctcc 602  Q
    ||||| ||||  |||||| ||||||    ||||| |||||||||   |||||||||||||||    
T  13666198 atgaccacttgaaagtttggtgaaatcaagattgttatggttccattaaattcattttctcc 13666259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 142 - 225
Target Start/End: Original strand, 1482502 - 1482585
Alignment:
Q  142 aacttattattagagagatcgagagattccatatgtttcatgtctccaaccacttttggtattgttccaatcaaattattgtga 225  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||  ||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482502 aacttattactagagaggtcaagagattccatattcttcatgcgtccaatatcttttggtattgttccaatcaaattattgtga 1482585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University