View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9148_low_2 (Length: 910)

Name: NF9148_low_2
Description: NF9148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9148_low_2
NF9148_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-891)||(52375995-52376847)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 52376847 - 52375995
Alignment:
Q  20 acaggaacttcacctccaaaaccagcagattcaccaattggtgctgcagaagatttgcctgcagacacaccagaaggaggagcaccgacaccaacaacag 119  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52376847 acaggaagttcacctccaaaatcagcagattcaccaattggtgctgcagaagatttgcctgcagacacaccagaaggaggagcaccgacaccaacagcag 52376748  T
Q  120 atggttcatccaataaatcaccacaacaagcaccaacaaatgcaccatcaaacgaaccaagcaaaacacctgaatctgcacccacaaatgcacccacagc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376747 atggttcatccaataaatcaccacaacaagcaccaacaaatgcaccatcaaacgaaccaagcaaaacacctgaatctgcacccacaaatgcacccacagc 52376648  T
Q  220 agcatccaccaacgcgcctgcagaggcaccaaaaggcaatggcgagaatgtagccggtagttctaaagcacctggaagtgctccaattgtgtcgccagcc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  52376647 agcatccaccaacgcgcctgcagaggcaccaaaaggcaatggcgcgaatgtagccggtagttctaaagcacctgaaagtgctccaattgtgtctccaacc 52376548  T
Q  320 ggagcacctcaaggggatctaacagacgatgatgatgacgatgatcaaatggttgcaccttcaggtgcacctaaaggagcacctaaagggacctctacag 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||    
T  52376547 ggagcacctcaaggggatctaacagatgatgatgatgacgatgatcaaatggttgcaccttcaggtgcaccta------------aagggacctctacag 52376460  T
Q  420 atgatgattgaagtatagaattgtaacatcatcacattcttaattcaatgttaattattaacataaacagttaagtttccattgaaattttaaacggggt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  52376459 atgatgattgaagtatagaattgtaacatcatcacattcttaattcaatgttaattattaacataaacagttaagtttccgttgaaattttaaacggggt 52376360  T
Q  520 tgagtatgtaataccgatcaattttccccgtaacaaaatgtgcgtatttgttgatcctaacatctgcctatgggaaaataagttatacacttgcttgtac 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  52376359 tgagtatgtaataccgatcaattttccccgtaacaaaatgtgcgtatttgttgatcctaacatctgcctatgggaaaataagttatacacttgcttgcac 52376260  T
Q  620 taagtttattattactattggatcattaaagaaaaagcaagtggtcaaagctatggaactttgaatacaatattaattatatgacaaccttagatttgac 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  52376259 taagtttattattactattggatcattaaagaaaaagcaagtggtcaaagctatggaactttgaatacaatattaattatatgacaaccttagatttca- 52376161  T
Q  720 ttgtaccgtgatcgcacacaattagccatattaattgtcaatattgaacgatctagatttcaatcgaaaggccattgatatggctgattgtgaccacata 819  Q
       ||  || |    | |  | | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376160 --atattgtca----atattaattgtcatattaattgttaatattgaacgatctagatttcaatcgaaaggccattgatatggctgattgtgaccacata 52376067  T
Q  820 caaactaataaatccttcatctnnnnnnngttgatggggcgttgtagctaactaaaatcctccaatggacag 891  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52376066 caaactaataaatccttcatctaaaaaaagttgatggggcgttgtagctaactaaaatcctccaatggacag 52375995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University