View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9150_low_19 (Length: 593)

Name: NF9150_low_19
Description: NF9150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9150_low_19
NF9150_low_19
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-585)||(5886530-5887114)
chr4 (3-572)||(5895377-5895946)
chr4 (14-572)||(5612907-5613468)
chr4 (3-577)||(5848313-5848890)
chr4 (10-397)||(5539599-5539986)
chr4 (162-572)||(5604792-5605202)
chr4 (10-417)||(5558473-5558877)
chr4 (10-356)||(5571462-5571808)
chr4 (10-397)||(5583669-5584056)
chr4 (253-577)||(3748286-3748613)
chr4 (247-577)||(5857437-5857767)
chr4 (33-151)||(3748715-3748833)
chr4 (481-563)||(5564112-5564194)
chr4 (5-105)||(5853340-5853440)
chr4 (162-213)||(5564465-5564516)
chr4 (11-66)||(5564612-5564667)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (307-417)||(1482686-1482796)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 585
Target Start/End: Original strand, 5886530 - 5887114
Alignment:
Q  1 gttggaattccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaac 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5886530 gttggagttccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaac 5886629  T
Q  101 aagttgaatggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5886630 aagttgaatggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaatcattgagaatgatg 5886729  T
Q  201 caaatgctgatcagacaacctttcccaattttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5886730 caaatgctgatcagacaacctttcccaattttgaacgtctttttttggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacatt 5886829  T
Q  301 aatcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaatttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5886830 aatcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggagttctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaatttt 5886929  T
Q  401 ctcacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatatattgaccttcataacaaccacattcaaggaatacctgtttttcttgaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5886930 ctcacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatatattgaccttcataacaaccacattcaaggaatacctgtttttcttgaat 5887029  T
Q  501 atcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaattacctgtcttacacacaggttct 585  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5887030 atcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaattacctgtcttacacacagtttct 5887114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 3 - 572
Target Start/End: Original strand, 5895377 - 5895946
Alignment:
Q  3 tggaattccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||  |||||||||||| |     
T  5895377 tggaattccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagctccgttcactttctttcctctatctttcctctaatag 5895476  T
Q  103 gttgaatggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgca 202  Q
    ||||||||| |  || || | ||||||||||||||||||||| ||||||    |  || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5895477 gttgaatgggtcactacaactagatgagcttttgaagcttagtaatttattaggactagacctttcatacaacaacatatcaataaatgagaatgatgca 5895576  T
Q  203 aatgctgatcagacaacctttcccaattttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaa 302  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5895577 aatgctgaccagactgcctttcccaattttgaacttctttatttatcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattgc 5895676  T
Q  303 tcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttct 402  Q
    |   ||||||||| ||| |||||||||||||||||    ||||||| ||||||| || ||||||   ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5895677 tatctctagacctttcacataaccaaattcaaggagcagtgcccaattggatttggaaactacagagtcttcaacaacttaatatttcacacaattttct 5895776  T
Q  403 cacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatatatt-gaccttcataacaaccacattcaagg---aatacctgtttttcttga 498  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||| || ||||||    |||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||    
T  5895777 cacagaattggaaggttctttgcaaaatcttacttcca----tttgggtattagaccttcataacaaccaaattcaaggaacaatacctgtttttcctga 5895872  T
Q  499 atatcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaattacctgtctt 572  Q
    || | || | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  5895873 atttattcagtatttggattactcaaccaataaattctctgttatcccacatgatattggtaattacttgtctt 5895946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 14 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 5613468 - 5612907
Alignment:
Q  14 gatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagttgaatggat 113  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||  |||||||||||| | ||||||||| |    
T  5613468 gatttacgtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccaactccgttcactttctatcctccatctttcctctaataggttgaatgggt 5613369  T
Q  114 tgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctgatca 213  Q
      || || | ||||||||||||||||||||| ||||||    |  || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  5613368 cactacaactagatgagcttttgaagcttagtaatttattaggactagacctttcatacaacaacatatcaataaatgagaatgatgcaaatgctgatca 5613269  T
Q  214 gacaacctttcccaattttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatctagac 313  Q
    |||  |||||||||||||||||  ||       ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||    
T  5613268 gactgcctttcccaattttgaatatcttcatttggcatcctgcaacctgaaaacttttcctatattcttgagaaatcaatcaacattggaaaatctagac 5613169  T
Q  314 ctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttctcacagaaatgg 413  Q
    || |||   ||||||||||||||| || |||| || ||||||| || |||||||  |||| || | |||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  5613168 ctttcagccaaccaaattcaaggagttgtgccaaattggatttggaaactacaaagtcttgaacagcttaatatttcacacaattttctcacagagttgg 5613069  T
Q  414 aaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatatattgaccttcataacaaccacattcaaggaa---tacctgtttttcttgaatatcttgaata 510  Q
    |||| | || |||||||||| |||||||||||     ||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||  ||||| | ||  |||    
T  5613068 aaggttgtttgcaaaatattacttccaaccttcatcttattgaccttcataacaaccaaattcaaggaacaatacctgttttttctgaatctattagata 5612969  T
Q  511 tttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaattacctgtctt 572  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5612968 tttggattactcaaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaattacctgtctt 5612907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 3 - 577
Target Start/End: Original strand, 5848313 - 5848890
Alignment:
Q  3 tggaattccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||| | |||||  |||||| ||||| |     
T  5848313 tggaattccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctctcttccagttccgttcactttttttcctcgatctttcatctaatag 5848412  T
Q  103 gttgaatggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgca 202  Q
    ||||||||| |   | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |    ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5848413 gttgaatgggtcaatgcagctagatgagcttttggagcttagaaatttaactgacctaaccctttcatacaacaacatatcaatcattgagaatgatgca 5848512  T
Q  203 aatgctgatcagacaacctttcccaattttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaa 302  Q
    | || |||||||||| ||||||||||  |  ||   |       |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||      
T  5848513 agtgttgatcagacagcctttcccaagctacaaacactatatttggcatcctgcaacttgcaaactttccctagattcctgaaaaatcaatcaacattgg 5848612  T
Q  303 tcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacact-acaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttc 401  Q
       ||||| |||| |||  |||||||||||||||| |  | ||||| ||||||| || ||| | ||||  |||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  5848613 gatatctaaacctttcagctaaccaaattcaaggagtggtacccaattggatttggaaactaaaaagtctttcacta-cttgatatttcatacaattttc 5848711  T
Q  402 tcacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatatattgaccttcataacaaccacattcaagg---aatacctgtttttcttga 498  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||  | |||||   | || ||||||||| |||    
T  5848712 tcacagaattggaaggttctttgcaaaatattacttccaaccttattttaattgaccttcataacaaccaactacaaggatcagtatctgtttttcctga 5848811  T
Q  499 atatcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaattacctgtcttacaca 577  Q
    || | ||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  5848812 atctattgaatgcttggattactcaaccaacaatttctctggtatcccacatgatattggtaattatctgtcttccaca 5848890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 397
Target Start/End: Original strand, 5539599 - 5539986
Alignment:
Q  10 ccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagttgaat 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||    
T  5539599 ccttgatttaagtagcaataatctatcagggtcttttccaacatctatcttccagcttcgttcactttctgtcctcgatctttcctttaacaggttgaat 5539698  T
Q  110 ggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctg 209  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||  |    || ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||    
T  5539699 ggattgctgcagttagatgagcttttgaagctaagaaatttaactgcactagacctttcatacaacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctg 5539798  T
Q  210 atcagacaacctttcccaat-tttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatc 308  Q
    |||| ||  ||||| ||||| || | || ||       ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||| | ||| | || ||    
T  5539799 atcatacttccttttccaatattagtac-tctaatgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccagattgaacattc 5539897  T
Q  309 tagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaat 397  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||   ||||||||||||| | ||  ||||||  ||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  5539898 tagacctttcaaataatcaaattcatggaacagtgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaaaccttaatgtttctcacaat 5539986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 162 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 5605202 - 5604792
Alignment:
Q  162 acctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctgatcagacaacctttcccaattttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaactt 261  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||| ||||||||   ||||||||||| |  ||| |        ||||||||||||| |    
T  5605202 acctttcatacaacaacatgtcaatcaatgggaatgatgcaaatgttgatcagatttcctttcccaatataaaacttttatatttggcatcctgcaacat 5605103  T
Q  262 gaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgaca 361  Q
      ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||   ||||||||| ||| ||||| | ||||||||| |  |||| || ||||||| || |    
T  5605102 acaaagtttccctagattcttgatgaatcaatcaacattgatatctctagacctttcagataacaacattcaaggagtagtgccgaattggatttggaaa 5605003  T
Q  362 ctacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttctcacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatata-ttgacctt 460  Q
    ||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || ||||||    |||   || | ||||||    
T  5605002 ctacaaagtcttcaatggcttaatatttcacacaattttctcacagaattggaaggttctttgcaaaatcttacttcca----tttgggtagtagacctt 5604907  T
Q  461 cataacaaccacattcaagga---atacctgtttttcttgaatatcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattg 557  Q
    |||||||||||  | ||||||   ||||||||||||| ||||| | ||| || |||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  5604906 cataacaaccaactacaaggatgcatacctgtttttcctgaatctattggatttttggattactcaacaaacaatttttctgttatcccacatgatattg 5604807  T
Q  558 gtaattacctgtctt 572  Q
    | |||||||| ||||    
T  5604806 gcaattacctttctt 5604792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 5558877 - 5558473
Alignment:
Q  10 ccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagttgaat 109  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  5558877 ccttgatttaagtagaaataatctagcagggtctgttccaacatctatcttcctgcttcgttcactttctgtcctcgatctttcctctaacaggttgaat 5558778  T
Q  110 ggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctg 209  Q
    || |  || || | |||| | |||||| ||||||||||||||  |    || |||||||||| |||||||||||||| | ||  | ||||||||||| ||    
T  5558777 gggtcactgcatctagataaacttttggagcttagaaatttaactgcactaaacctttcatataacaacatatcaatcaatgtaagtgatgcaaatgttg 5558678  T
Q  210 atcagacaacctttcccaattttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatct 309  Q
    |||| ||   ||||||||| |||  |||||       |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |  ||| || ||||    
T  5558677 atcatactttctttcccaaatttacacgtctagaattggcaacctgcaacttgaaaactttccctaatttcttgatgaaccaatccatgttattccatct 5558578  T
Q  310 agacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttctcacagaa 409  Q
    |||||| |||  |||||||||||| ||| |  ||||||| ||||||| ||||||  ||| |||| || | || |||||||| |||||||||||||| |||    
T  5558577 agacctttcagctaaccaaattcacggagtagtgcccaattggatttggacact--aag-tcttgaacagctgaatatttctcacaattttctcactgaa 5558481  T
Q  410 atggaagg 417  Q
     |||||||    
T  5558480 ttggaagg 5558473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 356
Target Start/End: Original strand, 5571462 - 5571808
Alignment:
Q  10 ccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagttgaat 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||  |||||||  ||||| |||||||    
T  5571462 ccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagttcagatcactttatgtcctcgatctttccattaacaggttgaat 5571561  T
Q  110 ggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctg 209  Q
    || | | | |||| ||||||||||||| |||| || | ||||  |    || ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||    
T  5571562 ggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagtagtttaactgccctagacctttcatacaacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctg 5571661  T
Q  210 atcagacaacctttcccaat-tttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatc 308  Q
    |||| ||  | ||| ||||| || | || |        ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||| | ||| | || ||    
T  5571662 atcatacttcgttttccaatattagtac-tttaaagttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccagattgagcattc 5571760  T
Q  309 tagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattt 356  Q
    ||||||| ||| |||| || |||||||||||  | |||||||||||||    
T  5571761 tagacctctcacataatcagattcaaggaatagttcccaactggattt 5571808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 397
Target Start/End: Original strand, 5583669 - 5584056
Alignment:
Q  10 ccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagttgaat 109  Q
    |||||||||||| | |||| || |||||||||| |||||||  ||||||||  | ||| |||| ||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||    
T  5583669 ccttgatttaagcaacaatgatctatcagggccatttccaatgtctatctttaaactccattcgctttctgtcctcgatctttcctttaacaggttgaat 5583768  T
Q  110 ggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctg 209  Q
    || | ||| |||| |||||||||| || |||||||| |||||  ||   || ||||||||||||||||||||||| | | ||  |||| | ||||| ||     
T  5583769 gggtcgctgcagctagatgagcttatggagcttagagatttatctacactagacctttcatacaacaacatatcagtaaatgtaaatgtttcaaatccta 5583868  T
Q  210 atcagacaacctttcccaat-tttgaacgtcnnnnnnnggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatc 308  Q
    || | ||  ||||||||||| || | ||  |       ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||    || | || ||    
T  5583869 attatacttcctttcccaatattagcac-actcattttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaactaatcctgttttagcattc 5583967  T
Q  309 tagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaat 397  Q
    ||||||| ||| |||| || |||||||||||  | ||||||||||||| ||   | |||  |||||||  |||||||||||| ||||||    
T  5583968 tagacctctcacataatcagattcaaggaatagttcccaactggatttggaggattcaaaatcttcaaagccttaatatttctcacaat 5584056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 253 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 3748613 - 3748286
Alignment:
Q  253 ctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactgg 352  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||  ||||||| ||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||  | || || |||    
T  3748613 ctgcaacttgaaaacttttcctagtttcttgataaaccatacaacattgatccaactagacctttcagataaccagattcaaggaatagtaccaaattgg 3748514  T
Q  353 attttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttctcacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttttatata 452  Q
     ||| || ||| | |  |||  ||   ||||||||||| |||||| |||||||  |  |||||||  ||| ||||||| |  ||||| ||     |  |     
T  3748513 gtttggaaactgccatatctagaagctcttaatatttctcacaatcttctcactcatttggaaggacctttgcaaaatctcacttcctactgggaaattc 3748414  T
Q  453 ttgaccttcataacaaccacattcaagg---aatacctgtttttcttgaatatcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgca 549  Q
    ||||||||||||||||| |  | |||||   ||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |    
T  3748413 ttgaccttcataacaacaaactgcaaggaccaatacctttttttcttaaatctgttgaatatttggattactctaccaacaaattttctgttatcccaga 3748314  T
Q  550 tgatattggtaattacctgtcttacaca 577  Q
     ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  3748313 agatattggtaattacctatcttccaca 3748286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 247 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 5857767 - 5857437
Alignment:
Q  247 ggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaacattaatcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgccc 346  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||| | ||| | || ||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||  | ||     
T  5857767 ggcatcctgcaacttgaaaactatccctagtttcttgataaaccaatccagattgaccattctagacctttcagataaccagattcatggaatagtacca 5857668  T
Q  347 aactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttctcacagaaatggaaggctcttcgcaaaatattgcttccaaccttt 446  Q
    || ||||||| || ||||| |  |||||||  |||||||||||| ||||||| | | |  ||  |||||||  ||  ||||||| || ||||||    ||    
T  5857667 aattggatttggaaactaccatatcttcaagtccttaatatttctcacaattcttttatcgacttggaaggacctatgcaaaatcttacttcca----tt 5857572  T
Q  447 tatatatt-gaccttcataacaaccacattcaagg---aatacctgtttttcttgaatatcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgtta 542  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||  |||| ||   |||||| ||||||  | ||| |  ||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||    
T  5857571 tggatattagaccttcataacaaccaacttcaggggtcaataccagttttttctaaatcttctgattatttggattactcaacaaacaaattttcagtta 5857472  T
Q  543 tcccgcatgatattggtaattacctgtcttacaca 577  Q
    || | || |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5857471 tctcacaagatattggcaattacctgtcttccaca 5857437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 33 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 3748833 - 3748715
Alignment:
Q  33 tatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagttgaatggattgcttcagcaagatgagct 132  Q
    ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||| | | ||||| ||| |||| ||| |||||    
T  3748833 tatcaggaccttttccaatatctgtcttgcagctcaagtcactttctgtcctcgatctttccactaacaagatcactggatcgctgcagctagacgagct 3748734  T
Q  133 tttgaagcttagaaattta 151  Q
    ||| ||||| | |||||||    
T  3748733 tttaaagctcaaaaattta 3748715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 481 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 5564194 - 5564112
Alignment:
Q  481 aatacctgtttttcttgaatatcttgaatatttggattactcgaccaacaaattctctgttatcccgcatgatattggtaatt 563  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||| |  |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  5564194 aatacctgcttttcttgaatatgttcaatatttggattgctcaatgaacaaattttctgttatcccacaagatattggtaatt 5564112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 105
Target Start/End: Original strand, 5853340 - 5853440
Alignment:
Q  5 gaattccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaacaagt 104  Q
    |||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||| || |||||   |||||||| |  |||   |||||||||||||||||    
T  5853340 gaatcccttgatttaagaagcaatgatctatcagggccttttccaaaatctatattgcagcttggttcactttatcgccttgatctttcctctaacaagt 5853439  T
Q  105 t 105  Q
    |    
T  5853440 t 5853440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 162 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 5564516 - 5564465
Alignment:
Q  162 acctttcatacaacaacatatcaattattgagaatgatgcaaatgctgatca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||| ||||||    
T  5564516 acctttcatacaacaacatatcaattaatgggaatgttgctaatgttgatca 5564465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 5564667 - 5564612
Alignment:
Q  11 cttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagct 66  Q
    ||||||||||| |||||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  5564667 cttgatttaagcagcaatcatctatctggtccttttccaacatctatctttcagct 5564612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 1482796 - 1482686
Alignment:
Q  307 tctagacctgtcaaataaccaaattcaaggaattctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaattttctcaca 406  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||   || || || ||||||| || |||| ||  | ||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  1482796 tctagacctttcagagaaccaaattcaaggagcacttcctaattggatttggaaactagaaagtattcaggaacttaatatttcacacaattttctcaca 1482697  T
Q  407 gaaatggaagg 417  Q
    ||| |||||||    
T  1482696 gaattggaagg 1482686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University