View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9151_low_5 (Length: 329)

Name: NF9151_low_5
Description: NF9151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9151_low_5
NF9151_low_5
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-324)||(31618535-31618858)
chr7 (2-299)||(31576290-31576587)
chr7 (2-299)||(31604956-31605253)
chr7 (2-299)||(31614824-31615121)
chr7 (2-324)||(31595322-31595644)
chr7 (2-324)||(31608525-31608847)
chr7 (24-299)||(31585700-31585975)
chr7 (38-329)||(31438694-31438985)
chr7 (24-329)||(31541282-31541584)
chr7 (24-258)||(33304832-33305068)
chr7 (24-329)||(31532625-31532927)
chr7 (2-329)||(31572485-31572809)
chr7 (57-135)||(32351758-32351836)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (2-329)||(52173952-52174279)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (38-329)||(15063041-15063332)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 31618858 - 31618535
Alignment:
Q  1 ctacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31618858 ctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatt 31618759  T
Q  101 agtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31618758 agtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgg 31618659  T
Q  201 ataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagtt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  31618658 ataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcgaattgcaattggcattgctaaaggtctagagta 31618559  T
Q  301 ctttaatcaaggttgtatttcaag 324  Q
    |||  ||||||| |||| ||||||    
T  31618558 cttgcatcaaggatgtagttcaag 31618535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 31576587 - 31576290
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || ||||||||||||| |||||||||||||  ||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31576587 tacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 31576488  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    || | |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| || | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31576487 gtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattgga 31576388  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagt 299  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  31576387 taagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagt 31576290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 31605253 - 31604956
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || ||||||||||||| |||||||||||||  ||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605253 tacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 31605154  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    || | |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| || | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31605153 gtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattgga 31605054  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagt 299  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  31605053 taagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagt 31604956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 31615121 - 31614824
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || ||||||| ||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31615121 tacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 31615022  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    || | |||| ||| ||||||||||| || |||||||| | |||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31615021 gtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattgga 31614922  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagt 299  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31614921 tagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattggaacactttgttccaaattgcaattggcatcgctagaggtctagagt 31614824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 31595644 - 31595322
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  31595644 tacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatca 31595545  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  31595544 gtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgttacgaggcaaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactaga 31595445  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttc 301  Q
     || |||||||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || || |||||||||| |||| |||||| |    
T  31595444 caaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattcgaacactttgttccaaattgctatcggcattgctagaggtttagagtac 31595345  T
Q  302 tttaatcaaggttgtatttcaag 324  Q
    ||  ||||||| |||| ||||||    
T  31595344 ttgcatcaaggatgtagttcaag 31595322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 31608847 - 31608525
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  31608847 tacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatca 31608748  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||| | |||||| || | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  31608747 gtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgttatgaggtgaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctgga 31608648  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttc 301  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||| |||||| |||| |    
T  31608647 taagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattggaacactttgttccaagttgctatcggcattgctagaggtctcgagtac 31608548  T
Q  302 tttaatcaaggttgtatttcaag 324  Q
    ||  ||||||| |||| ||||||    
T  31608547 ttgcatcaaggatgtagttcaag 31608525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 24 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 31585975 - 31585700
Alignment:
Q  24 gtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacat 123  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  31585975 gtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatggagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacat 31585876  T
Q  124 tgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaa 223  Q
    ||| || |||||||| | ||| || || | ||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| | |||  ||    
T  31585875 tgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaa 31585776  T
Q  224 tttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagt 299  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  31585775 tttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttccaaattgcagttggcattgctagaggtttagagt 31585700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 38 - 329
Target Start/End: Original strand, 31438694 - 31438985
Alignment:
Q  38 gtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttag 137  Q
    |||||||||||||| |||   |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||| |||||||||| || ||||| |    
T  31438694 gtgaaagtaataagtgagtgcaagggagacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgg 31438793  T
Q  138 gatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccat 237  Q
    | | |||||| ||| |||||||||| ||  | ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| ||    
T  31438794 gtttttgttatgaaaagaacaaaagtgcattgatatatgaattcatgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctat 31438893  T
Q  238 ttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttctttaatcaaggttgtatttcaagaattt 329  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||| || || |||||| ||||||||| ||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  31438894 ttgtgatttggattggaacacaatgttccatattgcaattagcattgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattt 31438985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 31541584 - 31541282
Alignment:
Q  24 gtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacat 123  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||  ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  31541584 gtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacat 31541485  T
Q  124 tgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaa 223  Q
    ||| || ||||| |||| |||||   | |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |    
T  31541484 tgtctcacttttgggattttgtt---atgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtgga 31541388  T
Q  224 tttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttctttaatcaaggttgtatttcaa 323  Q
    |||| | |||| ||||||  ||| |||||||| || ||||  ||||| ||||| || ||||||  ||| ||||| | |||  ||||||| ||||||||||    
T  31541387 tttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaa 31541288  T
Q  324 gaattt 329  Q
    ||||||    
T  31541287 gaattt 31541282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 24 - 258
Target Start/End: Original strand, 33304832 - 33305068
Alignment:
Q  24 gtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcac-----atatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||     || ||    
T  33304832 gtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtccaagggaaatggagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtg 33304931  T
Q  119 aacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaa 218  Q
    |||||||| || ||||| || | |||||| ||   |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  33304932 aacattgtctcacttttgggtttttgttatga---gaacaaaagagctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataa 33305028  T
Q  219 gtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacac 258  Q
    ||| || |||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  33305029 gtggatctcctgatgctatttgtgatttggattggaacac 33305068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 31532927 - 31532625
Alignment:
Q  24 gtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacat 123  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  31532927 gtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtcaaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacat 31532828  T
Q  124 tgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaa 223  Q
     || || ||||| ||   || || | | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||||||      
T  31532827 cgtttcacttttggg---tttttgctatgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtggg 31532731  T
Q  224 tttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttctttaatcaaggttgtatttcaa 323  Q
    || ||| |||| ||||||  ||| ||||||||| | ||||  ||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| | |||  ||||||| |||| |||||    
T  31532730 ttgcctgatgctatttgtagtttagattggaacgcattgtaccaaattgcaatcggcattgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaa 31532631  T
Q  324 gaattt 329  Q
    | ||||    
T  31532630 ggattt 31532625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 2 - 329
Target Start/End: Original strand, 31572485 - 31572809
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || || |||||||||| || |||||||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31572485 tacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatctaagggagatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 31572584  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| || ||||| || |  ||||   | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||| | ||    
T  31572585 gtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgtt---atgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatgccaaatggttcactaga 31572681  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttc 301  Q
     ||||||||||  ||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||||||||| ||||  | ||| ||||| ||||| |||| ||| || || | |    
T  31572682 caagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattggaacacgttgtaccgaattgcaataggcatagctagaggactcgaatac 31572781  T
Q  302 tttaatcaaggttgtatttcaagaattt 329  Q
    ||  | ||||| ||||||||||| ||||    
T  31572782 ttgcaacaaggatgtatttcaaggattt 31572809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 32351836 - 32351758
Alignment:
Q  57 caaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgctttt 135  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||||||||||| | ||| |||| ||| || |||||| |||||||||| || |||||    
T  32351836 caaagggagatggaaaagatttcataaatgaagtagatagaattactagaacctcacatgtgaacattgtttcactttt 32351758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 329
Target Start/End: Original strand, 52173952 - 52174279
Alignment:
Q  2 tacaaagcaagtttatacaatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 101  Q
    |||||||||||||||    || ||||||||||||| || |||||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52173952 tacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaagggggatggagaagaattcataaatgaagttgctagcatta 52174051  T
Q  102 gtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattgga 201  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  52174052 gtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagcactaatatatgaattcatgcgccaaggatcattgga 52174151  T
Q  202 taagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttc 301  Q
    | |||||||||| ||||||| |||| || | ||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  52174152 tcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttccaaattgcaattggcattgctaaaggactagagtac 52174251  T
Q  302 tttaatcaaggttgtatttcaagaattt 329  Q
    ||  ||||||| |||| |||||| ||||    
T  52174252 ttgcatcaaggatgtagttcaaggattt 52174279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 9e-64; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 38 - 329
Target Start/End: Original strand, 15063041 - 15063332
Alignment:
Q  38 gtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttag 137  Q
    |||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |  ||||||||||||||| |||| || ||||| |    
T  15063041 gtgaaagtgataagcgagtgcaagggaaacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgg 15063140  T
Q  138 gatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccat 237  Q
    | | |||||| ||  |||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||    
T  15063141 gtttttgttatgagaagaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctat 15063240  T
Q  238 ttgtgattttgattggaacactttgtttcaaatcgcaattggcattgctaaaggtctagagttctttaatcaaggttgtatttcaagaattt 329  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||  |||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  15063241 ttgtgatttggattggaacacattattccaaatcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattt 15063332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University