View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9153_low_1 (Length: 874)

Name: NF9153_low_1
Description: NF9153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9153_low_1
NF9153_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-857)||(3635793-3636631)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 857
Target Start/End: Original strand, 3635793 - 3636631
Alignment:
Q  19 gaaacatgaccccaagcgtgccattagttctcagctaagtatgcactgtgaaggttcacacaacaaacccgatgagggtgtattgcattctcaagatatg 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635793 gaaacatgaccccaagcgggccattagttctcagctaagtatgcactgtgaaggttcacacaacaaacccgatgagggtgtattgcattctcaagatatg 3635892  T
Q  119 gttggatgttctagtctgtcattgaacgatcctctttgttcagttgttccatgtagctttgcttcagaacatgacaattacaaaactcatattgacaaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635893 gttggatgttctagtctgtcattgaacgatcctctttgttcagttgttccatgtagctttgcttcagaacatgacaattacaaaactcatattgacaaag 3635992  T
Q  219 aaaacgatatagagtatttggccccgttagtctctgactttgaggtggacaattgtcaaaggatctcagataagaatactacattcgactgtagagacga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635993 aaaacgatatagagtatttggccccgttagtctctgactttgaggtggacaattgtcaaaggatctcagataagaatactacattcgactgtagagacga 3636092  T
Q  319 gaaaatcacatctataatagatggaaaagatattctacttacttcaacagaggttgtcgaacaaatgtctgagaagttaaccagggttgagcatacttgt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3636093 gaaaatcacatctataatagatggaaaagatattctacttacttcaacagaggttgtcgaacaaatgtctgagaagttaaccagggttgagcatacttgt 3636192  T
Q  419 cttaagacttatagcatgatcttacaaaaccaagatgttaaccaaaactgtaattcgacaccactttcaactaaccaaagtgatattgctgctgcatctt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3636193 cttaagacttatagcatgatcttacaaaaccaagatgttaaccaaaactgtaattcgacaccactttcaactaaccaaagtgatattgctgctgcatctt 3636292  T
Q  519 tgggaacaagggtttcagagtctccctctgcattcgagcattcaaatgaaaacaaaaatgaagtaaatcatcaacatttgattgatcaaaagtcaattat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3636293 tgggaacaagggtttcagagtctccctctgcattcgagcattcaaatgaaaacaaaaatgaagtaaatcatcaacatttgattgatcaaaagtcaattat 3636392  T
Q  619 acaaataaccgatgacaagagtgatgagttaaaagcctcagaactgacacatgagaggaggtcacctattaatctaaaccataggacacgccaccgctta 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3636393 acaaataaccgatgacaagagtgatgagttaaaagcctcagaactgacacatgagaggaggtcacctattaatctaaaccataggacacgccaccgctta 3636492  T
Q  719 ctgggtcctaaaacttctgtaaatgatatcagtatagagaaaaatataaaccaatatgtagtagcagaaactgttgttcagcatcaacagaacaataatc 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3636493 ctgggtcctaaaacttctgtaaatgatatcagtatagagaaaaatataaaccaatatgtagtagcagaaactgttgttcagcatcaacagaacaataatc 3636592  T
Q  819 ttattaaggtacaagttgagtgcaataaatccgttgatg 857  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3636593 ttattaaggtacaagttgagtgcaataaatccgttgatg 3636631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University