View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9162_low_2 (Length: 964)

Name: NF9162_low_2
Description: NF9162
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9162_low_2
NF9162_low_2
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (13-645)||(50803422-50804057)
chr3 (13-645)||(50871820-50872455)
chr3 (669-946)||(50804051-50804328)
chr3 (669-946)||(50871549-50871826)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (65-645)||(5286344-5286927)
chr2 (669-946)||(5286074-5286350)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-447)||(19058054-19058487)
chr7 (780-946)||(19057859-19058025)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 645
Target Start/End: Original strand, 50803422 - 50804057
Alignment:
Q  13 tttggtgttcggaagacaagaagcatggtatagattcttttttnnnnnnnnn-gaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50803422 tttggtgttcggaagacaagaagcatggtatagattcttttttaaaaaaaaaagaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaa 50803521  T
Q  112 taataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50803522 taataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaat 50803621  T
Q  212 gaaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagacc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50803622 gaaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagacc 50803721  T
Q  312 attaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50803722 attaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggaaaaaaatcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttt 50803821  T
Q  412 tctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacattcatgtatctcttggaagagaatacatatggtatttgtgaca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50803822 tctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacattcatgtatctcttggaagagaatacatatggtatttgtgaca 50803921  T
Q  512 --tttttatgactttttaaagtttcaatgaaagaatatgtaaagacttccaataaaaattgtgaacgtaacaattacaaatacaggaaaagtattatatc 609  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50803922 tttttttatgactttttaaagtttcaatgaaagaatatgtaaagacttccaataaaaattgtgaacgtaacaattacaaatacaggaaaagtattatatc 50804021  T
Q  610 actatattacaggtacagagatggacattggtactg 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50804022 actatattacaggtacagagatggacattggtactg 50804057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 50872455 - 50871820
Alignment:
Q  13 tttggtgttcggaagacaagaagcatggtatagattcttttttnnnnnnnnn-gaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50872455 tttggtgttcggaagacaagaagcatggtatagattcttttttaaaaaaaaaagaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaa 50872356  T
Q  112 taataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50872355 taataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaat 50872256  T
Q  212 gaaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagacc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50872255 gaaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagacc 50872156  T
Q  312 attaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50872155 attaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggaaaaaaatcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttt 50872056  T
Q  412 tctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacattcatgtatctcttggaagagaatacatatggtatttgtgaca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50872055 tctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacattcatgtatctcttggaagagaatacatatggtatttgtgaca 50871956  T
Q  512 --tttttatgactttttaaagtttcaatgaaagaatatgtaaagacttccaataaaaattgtgaacgtaacaattacaaatacaggaaaagtattatatc 609  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50871955 tttttttatgactttttaaagtttcaatgaaagaatatgtaaagacttccaataaaaattgtgaacgtaacaattacaaatacaggaaaagtattatatc 50871856  T
Q  610 actatattacaggtacagagatggacattggtactg 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50871855 actatattacaggtacagagatggacattggtactg 50871820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 669 - 946
Target Start/End: Original strand, 50804051 - 50804328
Alignment:
Q  669 ggtactgaaacatccctctgcagcaaagcttgaatccctagtttgagctgaattgctagccaatgcatagcctacacctaatccaccataatgtagagat 768  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50804051 ggtactgaaacatccctctgcagcaaagcttgaatccctagtttgagctgaattgctagccaatgcatagcctacacctaatccaccataatgtagagat 50804150  T
Q  769 gcattttcacatctctgaaacactctagcaagtgaagcagctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaatagttgggtttgaagtaatccggcaatag 868  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50804151 gcattttcacatctctgaaacactctagcaagtgaagcggctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaatagttgggtttgaagtaatccggcaatag 50804250  T
Q  869 gtggtgccttaacaaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaaatgcattct 946  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50804251 gtggtgccttaaccaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaaatgcattct 50804328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 669 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 50871826 - 50871549
Alignment:
Q  669 ggtactgaaacatccctctgcagcaaagcttgaatccctagtttgagctgaattgctagccaatgcatagcctacacctaatccaccataatgtagagat 768  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50871826 ggtactgaaacatccctctgcagcaaagcttgaatccctagtttgagctgaattgctagccaatgcatagcctacacctaatccaccataatgtagagat 50871727  T
Q  769 gcattttcacatctctgaaacactctagcaagtgaagcagctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaatagttgggtttgaagtaatccggcaatag 868  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50871726 gcattttcacatctctgaaacactctagcaagtgaagcggctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaatagttgggtttgaagtaatccggcaatag 50871627  T
Q  869 gtggtgccttaacaaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaaatgcattct 946  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50871626 gtggtgccttaaccaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaaatgcattct 50871549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 5286927 - 5286344
Alignment:
Q  65 gaatagtgcatatt-gcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaa 163  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5286927 gaatagtgcatatttgcaacattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccgcataaatgtctccaatagcacacaagtctccatctaa 5286828  T
Q  164 tcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaac 263  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5286827 tcaatgcaggaaaataaaaaatgcaagcagaatggtttacattcaaatgaaatgatggcatgagcacagttaggccccattgtaatcatcaattgtgaac 5286728  T
Q  264 attaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaacca 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||       |||| ||||||    
T  5286727 attaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgggaccattaaaattaatatgcagtggtagccaagaaaggaaaaaaatcataaaacca 5286628  T
Q  364 aatatgac-caagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtca 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5286627 aatatgacacaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataactcaacgttacacatgtgatgaa-ctaacttgtca 5286529  T
Q  463 acaacattcatgtatctcttggaagagaatacatatggtatttgtgaca--tttttatgactttttaaagtttcaatgaaagaatatgtaaagacttcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  5286528 acaacattcatgtatctcttggaagagaatacatatggtattggtgacatttttttatgactttataaagtttcaattaaagaatctgtaaaaacttcca 5286429  T
Q  561 ataaaaattgtgaacgtaacaattacaaatacaggaaaagtattatatcactatattacaggtacagagatggacattggtactg 645  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5286428 ataaaaattgtgaacgtaacaattacaaatacagaaaaagtattataccactatattacaggtacagagattgacattggtactg 5286344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 669 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 5286350 - 5286074
Alignment:
Q  669 ggtactgaaacatccctctgcagcaaagcttgaatccctagtttgagctgaattgctagccaatgcatagcctacacctaatccaccataatgtagagat 768  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  5286350 ggtactgaaacatccc-ctgcagcaaagcttgaatctctagtttgagctgaattgctagcaaatgcatagcctacacctaatccaccgtaatgcagagat 5286252  T
Q  769 gcattttcacatctctgaaacactctagcaagtgaagcagctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaatagttgggtttgaagtaatccggcaatag 868  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  5286251 gcattttcacatctctgaaacactctagcaagtgaagcggctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaataatagggtttgaagtaatccggcaatag 5286152  T
Q  869 gtggtgccttaacaaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaaatgcattct 946  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  5286151 ctggtgccttaactaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcgactgcattct 5286074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19058487 - 19058054
Alignment:
Q  13 tttggtgttcggaagacaagaagcatggtatagattcttttttnnnnnnnnngaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaat 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||         |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19058487 tttggtgttcagaagacaagaagcatggtgtagattctttttttaaaaaaa-gaatagtgcatattgcaacattgtttatgaatttgtggtaaatgtaat 19058389  T
Q  113 aataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19058388 aataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttgcattcaaatg 19058289  T
Q  213 aaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagacca 312  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19058288 aaatgatggtatgagcacagttaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgggacca 19058189  T
Q  313 ttaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctctttt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19058188 ttaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggaaaaaaatcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctctttt 19058089  T
Q  413 ctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgat 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19058088 ctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgat 19058054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 780 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 19058025 - 19057859
Alignment:
Q  780 tctctgaaacactctagcaagtgaagcagctttacgtctagctcgctttgtcccggtaaatagttgggtttgaagtaatccggcaataggtggtgcctta 879  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19058025 tctctgaaacactctagcaagtgaagcggctttacgtctagctcactttgtcccggtaaatagtagggtttgaagtaatccggcaatagctggtgcctta 19057926  T
Q  880 acaaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaaatgcattct 946  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19057925 accaccctttcagttgcagctgaacctccactccggcataactcgagcaatgctgcaactgcattct 19057859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University