View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9164_low_6 (Length: 740)

Name: NF9164_low_6
Description: NF9164
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9164_low_6
NF9164_low_6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-726)||(24361118-24361827)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 726
Target Start/End: Original strand, 24361118 - 24361827
Alignment:
Q  18 cggtcagtgtataacattgaccgcaggggatcccatgttgtactattatatggtccttggtgaggatccgtcaaataagatctcttacaattgtttatgg 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24361118 cggtcagtgtataacagtgaccgcaggggatcccatgttgtactattatatggtttttggtgaggatccgtcaaataagacctcttacaattgtttatgg 24361217  T
Q  118 tgcaatagttataaaaactgttaattttaaagagagaaaaagtttctctctttaattttatcggtctttatgactgttgcactataaaacaacattaaag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24361218 tgcaatagttataaaaactgttaattttagagagagaaaaagtttctctctttaattttatcggtctttataactgttgcactataaaacaacattaaag 24361317  T
Q  218 aatcctggttcgtagttttgtatatctcattcatgtgtaattttcatatctacacacataacattaattgttttagatttgagtacnnnnnnnatattat 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  24361318 aattctggttcgtagttttgtatatctcattcatgtgtaattttcatatctacacacacaacattaattgttttagatttgagtactttttttatattat 24361417  T
Q  318 atatccttcaannnnnnnnaccaactatggcagaaacatatatgcaccagatttaattctgtagaggaataatggtgactttattgataaaatagtaaac 417  Q
    |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24361418 atatccttcaattttttttaccaactatggcagaaacatatatgcaccagatgtaattttgtagaggaataatggtgactttattgataaaatagtaaac 24361517  T
Q  418 agcagagtttagtaaattgagattgaagaaagtgattactttaatcttctatggttttgtcaagcatattatttcccaaagaaaggtgaa-catgctnnn 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       
T  24361518 agcagagtttagtaaattgagattgaagaaagtgattactttaaccttctatggttttgtcaagcatattatttcccaaagaaaggtgaatcatgctaaa 24361617  T
Q  517 nnnnggaagaaagaaatggtgcaaccagaatttgactttttagactatcttttaaaagcaaggaaaacatgcatataaatgtatgaacaatttccttgta 616  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24361618 aaaaggaagaaagaaatggtgcaaccagaatttgactttttagactatcttttaaaagcaaggaaaacatgcatataaatgtatgaacaatttccttgta 24361717  T
Q  617 taattaccatttcaacctgaaaaacaagttgaattagagaactcaaaatctactttgtttttggaggttaattaatacatcctgatgacgtactaatgat 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24361718 taattaccatttcaacctgaaaaacaagttgaattagagaactcaaaatctactttgtttttggaggttaattaatacatcctgatgacgtactaatgat 24361817  T
Q  717 aatatctgtg 726  Q
    ||||||||||    
T  24361818 aatatctgtg 24361827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University