View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9171_low_1 (Length: 1080)

Name: NF9171_low_1
Description: NF9171
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9171_low_1
NF9171_low_1
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (20-1063)||(36280768-36281823)
chr3 (704-1004)||(7129924-7130227)
chr3 (714-1009)||(6820615-6820907)
chr3 (962-997)||(48352158-48352193)
chr3 (949-998)||(26955807-26955856)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (702-858)||(1072450-1072606)
chr4 (935-1004)||(1072686-1072755)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (727-1063)||(33178045-33178381)
chr8 (942-999)||(15038747-15038804)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (947-1063)||(16305297-16305411)
chr1 (962-997)||(48710362-48710397)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (962-997)||(27515880-27515915)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (942-1007)||(2845423-2845488)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 894; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 894; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 36281823 - 36280768
Alignment:
Q  20 gtgcatgtttgattttaatacgtgcatatttttgtttattaaaagaatgagaaaacttgaatgttaactaatggagaaaaagtagtaattgaaataagtt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36281823 gtgcatgtttgattttaatacgtgcatatttttgtttattaaaagaatgagaaaacttgaatgttaactaatggagaaaaagtagtaattgaaataagtt 36281724  T
Q  120 tttcccaatatcctctatgttatcaaatcgtgtgaaattttatctcgagtataacatattaacacaccaaccaatttgggcatcctttgtgaaataattt 219  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  36281723 tttcccaagatcctctatgttatcaaatcgtgtgaaattttatctcgagtataacatattaacacaccaaccaatttgggcatcctttgccaaataattt 36281624  T
Q  220 tcaacttctagtttttaccctgaacacaaatca-tgtaaaggtaatctctaaatagcagggagccagggacatcgcttttgatctaaattagtagtccaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36281623 tcaacttctagtttttaccctgaaca--aatcaatgtaaaggtaatctctaaatagcagggagccagggacatcgcttttgatctaaattagtagtccaa 36281526  T
Q  319 actttacccataatannnnnnnnn------ccctcaacctaaaactagattaccaagaaatgactgattaacta-----acctaccaagtaaagctatcg 407  Q
    |||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  36281525 actttacccataatatttttttttttctttccctcaacctaaaactagattaccaagaaatgactgattaactagcgctacctaccaagtaaagctatcg 36281426  T
Q  408 caccacgccgtgttgggtctatgggctagtttttacatataaatgatgtctacaaaaaatgaaatattaatgagatttgacggcttattttatttcaatt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36281425 caccacgccgtgttgggtctatgggctagtttttacatataaatgatgtctacaaaaaatgaaatattaatgagatttgacggcttattttatttcaatt 36281326  T
Q  508 aacaattgttaggattataaatcgactttggctaataaactagttgaataaaattgctaaaactatagtttaggtgaaatagtacatggtatttaattcc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36281325 aacaattgttaggattataaatcgactttggctaataaactagttgaataaaattgctaaaactatagtttaggtgaaatagtacatggtatttaattcc 36281226  T
Q  608 atttgacaaattttctaatattattttagccacgtcgtatggtgttatgtgctcatggtggtatgtgcttgttaggggtaggaaggggcggttgtgtgtt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36281225 atttgacaaattttctaatattattttagccacgtcatatggtgttatgtgcttatggtggtatgtgcttgttaggggtaggaaggggcggttgtgtgtt 36281126  T
Q  708 gagaggggtgatgggtaggtgtggtggcagactatgagaagtatcagagagggcgtgggtcaggtggatggtgagtggctgagagataatattagttgga 807  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36281125 gagaggggcgatgggtaggtgtggtggcagactatgagaagtatcagagagggcgtgggtcaggtggatggtgagtggctgagagataaaattagttgga 36281026  T
Q  808 agatgtgtgatgggaattctactttgtttttgttagattcctgattggatgatatgtccctgagat--acttatagaagattatacgagttagctgatat 905  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36281025 agatgtgtgatgggaattttactttgtttttgttagatccctgattggatgatatgcccctgagatacacttatagaagattatacgagttagctgatat 36280926  T
Q  906 aaattgacaaatgtagagaatgtgttcattatggggtggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaagttgg 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36280925 aaattgacaaatgtagagaatgtgttcattatggggtggggagtgaacggtgaggagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaagagttgg 36280826  T
Q  1006 tgagagagactgtgttgggcggttaattccaatggttttacaggttggatcagttgat 1063  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36280825 tgagagagagtgtgttgggcggctaactccaatggttttacaggttggatcagttgat 36280768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 704 - 1004
Target Start/End: Complemental strand, 7130227 - 7129924
Alignment:
Q  704 tgttgagaggggtgatgggtaggtgtggtggcagactatgagaagtatcagagagggcgtgggtcaggtggatggtgagtggctgagagataatattagt 803  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||    
T  7130227 tgttgagaggggtgatgggtcggtgtggcggcagactatgaaaagtataagaaagggcgtgggtcaggtggatgttgggtggttgagagataacattagt 7130128  T
Q  804 tggaagatgtgtgatgggaattctactttgtttttgttagattcctgattggatgatatgtccctga--gatacttatagaagattatacgagttagctg 901  Q
      |||  || |||||| || ||||||| |||||| ||||||| |||| |||| || ||||  |||||  || | || | |||||||||| |||||||| |    
T  7130127 cagaacgtgggtgatgcgacttctactatgttttggttagatccctggttgggtggtatgctcctgaaggagagttttggaagattatatgagttagcgg 7130028  T
Q  902 at-ataaattgacaaatgtagagaatgtgttcattatggggtggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaa 1000  Q
    || | |||||| ||| ||||||| || |||| ||||| |||||||| | ||| ||||||  ||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  7130027 ataaaaaattggcaattgtagagcatatgtttattatagggtggggagagaatggtgaggcgtgtaagtggtgtaggaggttgttttcttgggaggaaga 7129928  T
Q  1001 gttg 1004  Q
    ||||    
T  7129927 gttg 7129924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 714 - 1009
Target Start/End: Original strand, 6820615 - 6820907
Alignment:
Q  714 ggtgatgggtaggtgtggtggcagactatgagaagtatcagagagggcgtgggtcaggtggatggtgagtggctgagagataatattagttggaagatgt 813  Q
    |||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||  |||||| |||||||||| || ||||       |||||||||| ||||||| |||  ||     
T  6820615 ggtgatgggttggtgtgatggcatattatgagaagtatctaagagggtgtgggtcaggcgggtggt-------tgagagataacattagttagaacgtgg 6820707  T
Q  814 gtgatgggaattctactttgtttttgttagattcctgatt-ggatgatatgtccctgag--atacttatagaagattatacgagttagctgata-taaat 909  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||||| | || || ||||| | || || ||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||    
T  6820708 gtgatgggaactctactctgttttggttagatccttggtttggatggtttgcccttgagggatagttatagaagattatatgagttagctgacaataaat 6820807  T
Q  910 tgacaaatgtagagaatgtgttcattatggggtggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaagttggtgag 1009  Q
    || ||| |||||||||| |||||| ||   | ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6820808 tggcaactgtagagaatatgttcactacatgatggggagtgaacggtgaggagtggaagtagcgtatgaggttatttgcttggaaggaagagttggtgag 6820907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 962 - 997
Target Start/End: Original strand, 48352158 - 48352193
Alignment:
Q  962 gtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggagga 997  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48352158 gtggaagtggcggaggaggttatttgcttgggagga 48352193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 949 - 998
Target Start/End: Complemental strand, 26955856 - 26955807
Alignment:
Q  949 tgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaa 998  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  26955856 tgaatggtgagacgtgaaagtggcgtaagaggttgtttgcttgggaggaa 26955807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 8e-33; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 702 - 858
Target Start/End: Original strand, 1072450 - 1072606
Alignment:
Q  702 tgtgttgagaggggtgatgggtaggtgtggtggcagactatgagaagtatcagagagggcgtgggtcaggtggatggtgagtggctgagagataatatta 801  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| || || || |||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  1072450 tgtgttgagaggggtgatgggtcggtatggtggcagactatgagaaatattagagagggagtaggacacgtggatggagggtgactgagagataatatta 1072549  T
Q  802 gttggaagatgtgtgatgggaattctactttgtttttgttagattcctgattggatg 858  Q
    || ||||| || || ||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||| |||||||    
T  1072550 gtcggaaggtgggtaatgagaattttactttgttttggttagatctctggttggatg 1072606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 935 - 1004
Target Start/End: Original strand, 1072686 - 1072755
Alignment:
Q  935 tatggggtggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaagttg 1004  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||| |||||||||||| | | |||||||||| |||||    
T  1072686 tatggggtggggtgtgaatggtgaggcgtgcaagtgtcgtaggaggttactcgtttgggaggaagagttg 1072755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 727 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 33178381 - 33178045
Alignment:
Q  727 tgtggtggcagactatgagaagtatcagagagggcgtgggtcaggtggatggtgagtggctgagagataatattagttggaagatgtgtgatgggaattc 826  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||| |||||||  ||||| || |||||||| | |||| | || |||||||||||  ||||| || | ||||| || ||    
T  33178381 tgtggtggcagagtataagaaatattagagaggaggtgggacaagtggatggagggtggttaagggataatattagccggaaggtgggggatggaaactc 33178282  T
Q  827 tactttgtttttgttagattcctgattggatgatatgtccctga--gatacttatagaagattatacgagttagctgatataaattgacaaatgtagaga 924  Q
    |||| |||||| | ||||| | || ||||||| |||| | ||||  |||  || |  |||||| ||||||||| |||  |||| ||||||| ||| | |     
T  33178281 tactctgttttgggtagatccgtggttggatggtatgcctctgaaggattgttttcaaagattttacgagttaactgcaataagttgacaactgtggtgg 33178182  T
Q  925 atgtgttcattatggggtggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaagttggtgagagagactgtgttggg 1024  Q
    || ||||   ||||||||||||| |||| || |||  |||||||||||||  |||||| || |||||||||||| |||||||||| |||  ||||| |||    
T  33178181 atatgttttctatggggtgggggctgaatggagaggcgtggaagtggcgtcagaggttgttcgcttgggaggaagagttggtgagggag--tgtgtaggg 33178084  T
Q  1025 cggttaattccaatggttttacaggttggatcagttgat 1063  Q
    ||  ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  33178083 cgtctaactccagttgttttacaggttggatcaggtgat 33178045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 942 - 999
Target Start/End: Complemental strand, 15038804 - 15038747
Alignment:
Q  942 tggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaa 999  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  15038804 tggggagtgaacggtgagccgtggaagtggtgtaggacgttgtttgcttgggaggaaa 15038747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 947 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 16305411 - 16305297
Alignment:
Q  947 ggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaagttggtgagagagactgtgttgggcggttaattccaatggttttac 1046  Q
    |||||| ||||||  |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||  |||||| ||| | ||| |  | ||||||| |    
T  16305411 ggtgaatggtgaggtgtggaagttgtgtaggaggttattcgcttgggaggaagagttgctgagggag--tgtgttaggcagctaacttgagtggttttgc 16305314  T
Q  1047 aggttggatcagttgat 1063  Q
    |||||||| ||||||||    
T  16305313 aggttggaacagttgat 16305297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 962 - 997
Target Start/End: Complemental strand, 48710397 - 48710362
Alignment:
Q  962 gtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggagga 997  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48710397 gtggaagtggcgtaggaggttatttgcgtgggagga 48710362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 962 - 997
Target Start/End: Complemental strand, 27515915 - 27515880
Alignment:
Q  962 gtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggagga 997  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27515915 gtggaagtggcgtaggaggttatttgcgtgggagga 27515880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 942 - 1007
Target Start/End: Complemental strand, 2845488 - 2845423
Alignment:
Q  942 tggggggtgaacggtgagaagtggaagtggcgtaggaggttatttgcttgggaggaaaagttggtg 1007  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||| || |||||||| || || |||||||||    
T  2845488 tggggagtgaacggtgagacgaggaagtggcgaaggagattgtttgcttgagatgagaagttggtg 2845423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University