View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9182_low_4 (Length: 671)

Name: NF9182_low_4
Description: NF9182
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9182_low_4
NF9182_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-653)||(34859192-34859836)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 34859836 - 34859192
Alignment:
Q  9 aggagcagagatgcacttgaaacaagcataacacaacacaactaagagaccaaaacatactacatttatgaattaactaaccatgaacccaaatctacga 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34859836 aggagaagagatgcacttgaaacaagcataacacaacacaactaagagactaaaacatactacatttatgaattaactaaccatgaacccaaatctacga 34859737  T
Q  109 tttccaagattttctgcactagttggaaggagtgaaccctggctaactttgagagaattcatgatttctgtagatgaatttagaactggagctgagaagt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34859736 tttccaagattttctgcactagttggaaggagtgaaccctggctaactttgagagaattcatgatttctgtagatgaatttagaactggagctgagaagt 34859637  T
Q  209 acagatacacctttagcttgttatgatcattagttgcctgtactgttctagtttcactgttaatttgaagtagcttttcgggtacatgagtcctgatgtt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34859636 acagatacacctttagcttgttatgatcattagttgcctgtactgttctagtttcactgttaatttgaactagcttttcgggtacatgagtcctgatgtt 34859537  T
Q  309 gacatacacctttcttctgtctgtggatcatgctcaccatggaagcaaaccaagttttttcaacatcaaaaactgatatagaaatttgttctttcagtat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34859536 gacatacacctttcttctgtctgtggatcatgctcaccatagaaacaaaccaagttttttcaacatcaaaaactgatatagaaatttgttctttcagtat 34859437  T
Q  409 gtgtgttaaagacagagaaacacctttaattagggtggaaataggctaggaccatctaggctttgcataaacaggtctaaccattttataaaaaacaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  34859436 gtgtgttaaagacagagaaacacctttaattagggtggaaataggctaggaccatctaggctttgcataaataggtctaaccattttatagaaaacaaag 34859337  T
Q  509 ctgaacctggtatgttacggttatttctaagacctgagnnnnnnnnnaaagtctggtatgacttgctagcttacttaaaaaggtttatttcatattaaca 608  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34859336 ctgaacctggtatgttacagttatttctaagacctgagtttttttttaaagtctggtatgacttgctagcttacttaaaaaggtttatttcatattaaca 34859237  T
Q  609 attttaaacaagtaatcttaaaatagactaaccagctaatatgtc 653  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34859236 attttaaacaagtaatcttaaaatagactaaccagctaatatgtc 34859192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University